检校的足迹无处不在。朱元璋曾派人去察听将官家庭活动，报告说有女僧引诱华高胡大海等人妻子敬奉西僧，行“金天敬”法。元璋大怒，把两家妇人连同女僧一起丢在水里。傅友德出征赐宴，派叶国珍作陪，拨与朝妓十余人。正在欢宴时，被内官看到，添油加醋报告朱元璋说是有伤风化。朱元璋一怒之下，令壮士拘执叶国珍与妓妇连锁于马坊。叶国珍愤愤不平：“死则死，何得与贱人同锁？”朱元璋回说：“正为你不分贵贱，才这样对你。”一顿鞭笞，把叶发配瓜州作了农夫。宋濂性格最为诚谨，有一天请客喝酒，被皇帝派人探知。第二天，朱元璋当面发问：昨天喝酒没有，请了哪些客，备了什么菜？宋濂一一据实以对。朱元璋笑笑说：“全对，没有骗我。”唬得宋濂魂飞魄散。吴琳以吏部尚书告老还乡，元璋派人察看，远远见一农人坐在小杌上，起来插秧，样子很端谨。使者前问：“此地有吴尚书这人否？”农人叉手而答：“琳便是。”使者如实回复，元璋大喜。
又如南京各部皂隶都戴漆巾，只有礼部例外；各衙门都有门额，只有兵部没有。原来这都是锦衣卫干的事。
在各衙门都有锦衣卫暗中侦察，一天礼部皂隶睡午觉，被取去漆巾；兵部有一晚无人守夜，被锦衣卫抬走了门额。当事人发觉后又不敢作声，也就作了典故。
有时朱元璋自己也作这种特务体验。如弘文馆学士罗复仁，说一口江西话，质直朴素。元璋叫他老实罗。一天，忽然想证实一下老实罗是否老实，出其不意一个人跑到罗家，——城外一个小胡同里。只见破破烂烂东倒西歪的几间房子，老实罗正爬在梯子上粉刷墙壁，一见皇帝老儿来了，不免诚恐惶恐，赶紧叫女人抱一个小杌子请皇帝坐下。元璋见他实在穷得可以，老大不过意，说：“好秀才怎能住这样烂房子！”即刻赏他城里一所大宅邸。
朱元璋本人对检校并无好感，并喻之为“恶狗”。
到洪武十五年，为了适应大规模的清洗需要，特设锦衣卫，把侦伺处刑之权交给武官。锦衣卫前身是吴元年设立的拱卫司。洪武二年改为亲军都尉府，统领左右前后中五卫和仪鸾司，掌管侍卫法驾卤薄，十五年始改锦衣卫。
锦衣卫设有三品指挥使一人，从三品同知二人，四品佥事三人，五品镇抚二人，五品十四所千户十四人，从五品副千户和六品百户。所统有将军力士校尉，执掌直驾侍卫巡察缉捕。镇抚司分南北，北镇抚司专理诏狱。
直驾侍卫只是形式上的职务，巡查缉捕才是工作的重心，凡是“不轨妖言”，都在缉捕巡查之列。所谓“不轨”实指政治上的反对派，“妖言”实指不满现状要求改革的宗教团体，尤其是弥勒白莲和明教等。
因为朱元璋从红军出身，当初也喊过“弥勒降生”“明王出世”的口号，非常明白宗教教义的号召力，更清楚聚众结社对政权统治的威胁。对于一些并肩百战骁悍不驯的将军们，还有一群出身豪室有地方势力有社会声望的文臣，自己百年之后，忠厚仁义的皇太子怎么对付得了？到太子死后，皇太孙比他父亲更不中用，成天和腐儒们坐而论道，根本不是驾驭群雄的角色。为了替儿孙斩除荆棘，扫清障碍，朱元璋借用特务机构，有目的有步骤地对文臣武将实施大规模清洗。
到洪武二十年，文武大臣和其他有威胁的人物被杀得差不多了，朱元璋以为可以从此高枕无忧。下令焚毁锦衣卫刑具，把犯人移交刑部，把锦衣卫指挥使也杀了，卸脱了残暴屠杀的责任，表示从此以后要实现法治。六年后，胡党蓝党都已杀完，朱元璋才大大松了一口气，又下令以后一切案件都由朝廷司法处理，内外刑狱讼事不再经由锦衣卫。但是锦衣卫组织机构并未撤销，在有明王朝的统治中仍然占有举足轻重的地位。
六、利剑高悬 整饬吏治肃朝纲
作为元末农民起义领袖，朱元璋深悉元末弊政：仕进之徒，上至公侯，下至州县簿书小吏，大多贪赃枉法，以致法政不严，最终导致元朝的灭亡。朱元璋以为此弊不除，难成善政。
洪武四年十一月十一日下令，警告自今官吏有犯贪赃罪的严惩不贷。并具体规定只要官吏贪赃达八十贯钱者，就绞首示众，然后剥皮填草，挂于当地衙门大堂上，以示警戒，力儆效尤。新官上任，往往触目惊心，轻易不敢胡作非为。据说，在每个府州县衙门旁边都修了一座庙，专门作为剥皮场所使用。由此可见，朱元璋惩治贪官污吏态度之坚决用法之严厉。
洪武十八年三月二十八日，朱元璋怀疑北平二司官吏李或、赵德全等与户部侍郎郭桓、胡益、王道亨等互相勾结，合伙贪污，便下令法司严刑拷问，查出郭桓等人贪污官粮达七百余万石，于是大兴怨狱，史称“坐盗官粮案”，又称“郭桓贪污案”。参与者礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦至德全部伏诛。由此案而下狱拟罪的达数万人，很多无辜的官吏都被牵连进去了；追赃的时候，又任意扩大范围，百姓中中产以上之家几乎都因此而破产；而且下诏指明对贪官污吏的惩罚永远不能赦免。民间一时怨声载道。由于“郭桓贪污案”乃有明开国以来第一大贪污案，朱元璋不免借以造势，以儆效尤。御史余敏、丁廷举等上疏奏报民情不平，朱元璋就亲自下诏列举郭桓等人的罪状。余敏等又奏郭桓案所指证的都是法司严刑拷打逼他招供的，大多是冤案。朱元璋只好一面将郭桓等人的罪状用皇榜示于天下，一面将制造冤案的右审刑吴庸等处以极刑，借以平息人们的怨恨。
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