垂死的哀鸣，役有打动神宗底心坎。上谕只说：
卿受皇考顾命，夙夜勤劳，朕方虚己仰承，眷倚甚切。卿何忍遽欲舍朕而去，又有此奏，览之动心。宜遵前旨，专心静摄，以俟痊日辅理，慎勿再有所陈。（见前疏）
从此以后，居正说不到退休，说不到生还，更说不到效用有日。六月十八日，神宗派司礼太监责手敕慰问居正。敕言“闻先生糜饮不进，朕心忧虑，国家大事，当为朕一一言之。”昏沉底当中，居正疏荐前礼部尚书潘晟、吏部左侍郎余有丁，神宗随即令潘晟为礼部尚书兼武英殿大学士，余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士。以后，居正再荐户部尚书张学颜、兵部尚书梁梦龙、礼部尚书徐学谟、工部尚书曾省吾、及侍郎许国、陈经邦、王篆，才可大用。人才太多了，内阁一时容不下，神宗把人名粘在御屏上，以备召用。居正昏迷了，大家眼见得这是唯一的机会，不肯放手。潘晟是冯保底老师，冯保勉强居正推荐；梁梦龙、曾省吾是居正底门生；王篆是居正长子敬修底亲家；徐学谟在居正归葬的时候，是抚治郧襄都御史，以后居正再三提拔，现在也名列御屏了。有能力的固当推举以备国家栋梁之选，有关系的也在这个庇廕之下，同时列名。居正昏迷之中，只得由他们去了。
六月十九日，居正病势已经非常严重。神宗再派太监慰问，便中询问身后的措置。在昏瞆迷惑的当中，居正说了几句不明不白的话。
第二天，六月二十日，居正舍弃十六年始终不放的政权、十年以来竭诚拥戴的皇帝、和六千余万中国的人民，（万历六年，人口总计六千六十九万二千八百五十六口）死在北京的寓所，遗下七十余岁的母亲、三十余年的伴侣，和六个儿子、六个孙子。神宗不曾和他说过吗？“先生功大，朕无可为酬，只是看顾先生的子孙便了。”居正已经把他底生命，贡献国家，在临死的时候，他用不到顾虑自己的子孙。
神宗得到居正病殁的消息，下诏罢朝数日。两宫皇太后、皇上、和皇弟潞王，赐赙银一千余两，司礼太监张诚监护丧事。一切饰终的典礼都完备了：赠上柱国、赐谥文忠、予一子尚宝司丞、赐祭十六坛。居正灵枢将发的时候，内阁张四维、申时行、余有丁疏请派员护送，随即派定太仆少卿于鲸，锦衣卫指挥佥事曹应奎护送回南。赵太夫人也在同时南回江陵，护送的是司礼太监陈政。江陵的山水无恙罢！三十六年以前，看到一位少年入京会试，成为新科的进士；三十六年以后，又看到这位进士回来，成为功业彪炳的张文忠公。
尾声
居正殁后，赐谥文忠：“文”是曾任翰林者常有的谥法，“忠”是特赐；据谥法解，“危身奉上曰忠”，在赐谥的时候，对于居正，原有确切的认识。王世贞称居正“业惟戡乱，勋表救时，在唐赞皇，复为元之”，正是那一时期的公论。
但是居正身死未久，又一道波浪来了。
居正疏荐潘晟入阁，御史、给事中弹劾潘晟的奏疏，接二连三地来了。潘晟已由原籍浙江新昌出发，只得中途疏辞，张四维拟旨报允，这是第一步。四维和曾省吾、王篆不久发生冲突，御史江东之上疏攻击冯保底门客徐爵。经过这一个尝试以后，御史李植直疏冯保十二大罪，司礼太监张诚、张鲸更在神宗面前攻击冯保，他们说起冯保家资饶富，胜过皇上。神宗随即逮捕冯保，十二月，发南京安置，同时梁梦龙、曾省吾、王篆一概勒令致仕。在查抄冯保家产的时候，得金银一百余万、珠宝无数，神宗开始领略查抄底滋味。
冯保临去的时候，慈圣太后还不十分清楚，她问神宗为什么。“没有什么，”神宗说，“只是老奴受了张居正的蛊惑，不久自会召回的。”
慈圣太后还以为神宗是那个听话的孩子呢！他已经二十岁了，知道怎样应付母亲。居正、冯保、慈圣太后，只是一串的噩梦，梦境消残了，神宗开始发现自己。不久以后，慈圣太后还看到这个朝夕问安的儿子，索性连慈庆、慈宁两宫，轻易不到一步。可怜的老妇人啊，你们被忘去了！
生人应付了，神宗再应付死人。
居正整顿驿递，现在官员不得任意乘驿的禁例取消了；居正用考成法控制六部，现在考成法取消了；居正裁汰冗官，现在冗官一律恢复了；居正严令不得滥广学额，现在学额一并从宽了；乃至居正严守世宗遗训，外戚封爵不得世袭，现在也一概世袭了。居正所遗的制度，神宗正在不断地取消。
但是这只是法制方面的改订，事情多得很呢。
万历十一年三月，诏夺居正上柱国、太师，再诏夺文忠公谥，斥其子锦衣卫指挥简修为民。居正身殁至此，仅仅九个月。
居正病重的时候，北京各部院替他建斋祈祷；这是一股风，吹遍南京、山西、陕西、河南、湖广。半个中国，都在为这功业彪炳的首辅祈祷，现在风势转过了，御史、给事中都在尽力攻击居正，他们要报效国家，报效皇上，当然便要排除居正底爪牙，废止居正底苛政。最得力的是御史丁此吕。此吕检举万历七年己卯科应天乡试主考高启愚所出的试题，“舜亦以命禹。”此吕指出这是高启愚有意劝进：舜是皇上，禹是居正，不是劝进是什么？张四维在十一年四月致仕了，现在的首辅是申时行，神宗把此吕底奏疏交给时行。
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