“此吕把暧昧之言陷人大罪，”时行说，“诚恐此后谗言大至，非清明之朝所宜有。”
经过几度的争持，此吕、启愚同时去职。这一次奏疏中此吕甚至攻击敬修、嗣修、懋修三人应乡试、会试时的考官，认为阿附居正，又说礼部侍郎何雒文代嗣修、懋修撰殿试策，幸亏时行说：“考官只据文艺，不知姓名，不宜以此为罪，”考官免罪，但是雒文还是解职。
不久以后，御史羊可立追论居正构陷辽庶人宪㸅。十七年以前的事了，现在重新提起。宪㸅次妃王氏上疏鸣冤，疏中又说：“庶人金宝万计，尽入居正府矣。”金宝打动神宗的心坎，万历十二年四月诏令查抄居正家产，司礼太监张诚，刑部右侍郎邱橓，及锦衣卫、给事中等奉命前往。左都御史赵锦上疏，言“世宗籍严嵩家，祸延江西诸府，居正私藏未必逮严氏，若加搜索，恐遗害三楚，十倍江西民。且居正诚擅权，非有异志，其翼戴冲圣，夙夜勤劳，四外迭谧，功亦有不容泯者。今其官、荫、赠谥、及诸子官职，并从领革，已足示惩，乞特哀矜，稍宽其罚。”吏部尚书杨巍疏称“居正为顾命辅臣，侍皇上十年，任劳任怨，一念狗马微忠，或亦有之。今……上干阴阳之气，下伤臣庶之心，职等身为大臣，受恩深重，惟愿皇上存天地之心，为尧舜之主，使四海臣民，仰颂圣德，则雷霆之威，雨露之仁，并行而不停矣。此非独职等之心，乃在朝诸臣之心，天下臣民之心也。”一切的言论，神宗照例不听。
刑部侍郎邱橓这一行人从北京出发了。出发以后，邱橓接到在朝几位大臣底书牍。内阁大学士申时行说：“圣德好生，门下必能曲体，不使覆盆有不照之冤，比屋有不辜之累也。冀始终留神，以仰承圣德，俯慰人心。”许国已入内阁了，也说“愿推罪人不孥之义，以成圣主好生之仁，且无令后世议今日轻人而重货也。上累圣德，中亏国体，下失人心，奉旨行事者亦何所辞其责。”最沉痛的是左谕德于慎行底一书，洋洋千言，是传诵一时的文字。他说：
江陵殚精毕智，勤劳于国家，阴祸机深，结怨于上下。当其柄政，举朝争颂其功而不敢言其过，今日既败，举朝争索其罪而不敢言其功，皆非情实也。且江陵平生，以法绳天下，而间结以恩，此其所入有限矣。彼以盖世之功自豪，固不甘为污鄙，而以传世之业期其子，又不使滥有交游，其所入又有限矣。若欲根究株连，称塞上命，恐全楚公私，重受其困。又江陵太夫人在堂，八十老母，累然诸子皆书生，不涉世事，籍没之后，必至落魄流离，可为酸楚。望于事宁罪定，疏请于上，乞以聚庐之居，恤以立锥之地，使生者不致为栾、郤之族，死者不致为若敖之鬼，亦上帷盖之仁也。
但是一切的话，邱橓都付之不理。
这一次查抄底动机，当然还是出自神宗。居正当国十年，效忠国家，但是展正所揽驻大权，是神宗的大权。居正当权是神宗的失位，效忠国家便是蔑视皇上。这是最显然的逻辑。所以居正当国十年之中：居正和神宗，站在对立的地位，纵使双方在当时未必意识到，这是一件无可否认的事实。居正死了，神宗开始尝到复仇的滋味。居正的法制推翻了，官荫、赠谥削除了，甚至连诸子的官职都褫革了。张先生、张太嶽、张文忠公这一类的名称都搁起，只是一个平常的张居正。复仇的要求应当感到满足。但是感到满足的只是神宗底一个方面。
神宗是高傲，但是同时也是贪婪。一个小农底外孙，禁不住金银财宝底诱惑。是宪㸅次妃王氏底聪明呢，还是受到什么暗示？“金宝万计，尽入张府”两句，铸定张宅抄家的命运。明朝底法律，抄家只有三条：（一）谋反，（二）叛逆，及（三）奸党。（见《明史》卷一九三《翟銮传》）居正的罪状属于哪一条呢？不管他，查抄底诏令下来了。许国说：“无令后世议今日轻人而重货；”这才是一针见血之言。
邱橓未到江陵以前，荆州府、江陵县亲自到张宅封门，张宅子女躲到空屋里，不敢出来。没有食物，不要紧，他们只是不敢出来！直到五月初五，邱橓到了，打开宅门，饿死的已经十余口。搜检、拷问，应有的尽有了。居正兄弟和诸子底私藏，都按出来，一共得到黄金万余两，白银十余万两。这是很大的数量，但是问官们还不满意，他们重行拷问，要张家招出寄存宅外的二百万银两，于是又牵上曾省吾、王篆、傅作舟三家。在拷问的当中，敬修自杀；懋修投井不死，不食又不死，侥幸保存一条性命。敬修临死的血书，是这次惨案中一件沉痛的文献，录于次：
呜呼，天道无知，似失好生之德，人心难测，罔恤尽瘁之忠。叹解网之无人，嗟缧绁之非罪，虽陈百喙，究莫释夫讥谗，惟誓一死，以申鸣其冤郁。窃先公以甘盘旧眷，简在密勿，其十年辅理之功，唯期奠天下于磐石，既不求誉，亦不恤毁，致有今日之祸；而敬修以长嗣，罹兹闵凶，何敢爱身命而寂无一言也。忆自四月二十一日闻报，二十二日即移居旧宅，男女惊骇之状，惨不忍言。至五月初五日，邱侍郎到府；初七日提敬修面审，其当事噂沓之形，与吏卒咆哮之景，皆生平所未经受者，而况体关三木，首戴幪巾乎！在敬修固不足惜，独是屈坐先公以二百万银数，不知先公自历官以来，清介之声，传播海内，不惟变产竭资不能完，即粉身碎骨亦难充者！且又要诬扳曾确庵（省吾）寄银十五万，王少方（篆）寄银十万，傅大川（作舟）寄银五万，云“从则已，不从则奉天命行事！”恐吓之言，令人胆落。嗟此三家，素皆怨府，患由张门及之，而又以数十万为寄，何其愚也！吾意三家纵贪，不能有此积，亦不能完结此事，吾后日何面目见之，且以敬修为何如人品也。今又以母、子、叔、侄，恐团聚一处，有串通之弊，于初十日，又出牌，追令隔别，不许相聚接语。可怜身名灰灭，骨肉星散，且虑会审之时，罗织锻炼，皆不可测，人非木石，岂能堪此！今幽囚仓室，风雨萧条，青草鸣蛙，实助余之悲悼耳。故告之天地神明，决一瞑而万世不愧。暖乎，人孰不贪生畏死，而敬修遭时如此，度后日决无生路！旷而观之，孔之圣也而死，回之贤也而死，死有重于泰山，有轻于鸿毛者，予于此时，审之熟矣。他如先公在朝有履满之嫌，去位有忧国之虑，惟思顾命之重，以身殉国，不能先几远害，以至于斯，而其功罪，与今日辽藩诬奏事，自有天下后世公论，在敬修不必辩。独其虚坐本家之银，与三家之寄，皆非一时可了之案，则何敢欺天罔人，以为脱祸求生之计。不得已而托之片楮，啮指以明剖心！此帖送各位当道一目，勿谓敬修为匹夫小节，而甘为沟渎之行也。祖宗祭祀，与祖母、老母饘粥，有诸弟在，足以承奉，吾死可决矣。而吾母素受辛苦，吾妻素亦贤淑，次室尚是稚子，俱有烈妇风，闻予之死，料不能自保。尤可痛者，吾有六岁孤儿，焭焭在抱，知亦不能存活也。
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