2月13日，袁世凯把清帝退位的决定正式通知南京临时政府，并信誓旦旦地宣称：“共和为最良国体，世界之所公认，今由帝政一跃而跻及之，实诸翁累年之心血，亦民国无穷之幸福，从此努力进行，务令达到圆满地位，永不使君主政体再行于中国。”
这算是袁世凯在清帝退位以后，为登上大总统宝座，向南方政府宣布政见，保证绝对赞成共和体制。
孙中山接到此电，当即履行就职时的诺言，向参议院辞职，把临时大总统的职务让给了袁世凯。
2月15日，参议院正式选举袁世凯为临时大总统。在南京临时政府正式结束前，孙中山等革命民主派为防止和限制袁世凯可能滋长的独裁欲望，在向参议院推举袁世凯继任临时大总统的同时，拟定了三项条件：一是临时政府所在地定为南京；二是新总统必须到南京向参议院宣誓就职；三是新总统必须遵守参议院通过的《临时约法》。
有着强烈个人野心的袁世凯当然不会接受南下，硬是把临时政府设在北京，至于什么“约法”那就更不在话下。张謇从社会安定和发展实业的良好愿望出发，深恐南北僵持的时间太长，会引起外国列强的武装干涉，导致国家四分五裂、内乱不止，于是在南北代表议和的情况下，也出来做调解工作。当时由于孙中山辞职，袁世凯即将上台，使南方政府内部发生重大分化，张謇等东南绅商上层纷纷脱离南京临时政府，而希望袁世凯尽快上台，以恢复统一和秩序。革命党人因寡不敌众，只好屈从袁世凯的蛮横要求。
袁世凯上台后，张謇并没有马上参加袁世凯的北京政府，他宁愿充当不带南北色彩的调解人。因此，他答复袁世凯说：“以生平所知，拾遗补阙，自问尚有一日之长，若处行政地位，侪于国务，则言论转难发挥。”
为了实实在在地替袁世凯“拾遗补阙”，“遥为声援”，张謇等在袁世凯的资助下，以统一党和民社为基础，合并国民协进会、国民公党、国民公会、共进会等政治团体，于5月初正式成立共和党。此后又将共和、民主两党合并，成立进步党，在组党过程中，张謇起了重要作用。
张謇为了让袁世凯尽快完成统一和建立行政秩序，还帮助他遣散南方革命党人手中的军队，并将一切有影响、有号召力的革命党人尽可能网罗到北京，以减少不利因素。
1912年9月3日，张謇感到江南大局稳定，便带着孟森等随员北上，与袁世凯商谈盐法、官制改革计划。与此同时，由于袁世凯的虚伪姿态对革命派的麻痹，北京政坛出现了一派和谐气氛。在孙中山、黄兴相继入京后，经他们与袁世凯、黎元洪联合蹉商，发表了“八大纲领”。国内政治似乎出现了升平景象，民族工商业开始复苏，张謇以为统一与秩序已经指日可待，因此他回到江苏，陆续辞去了咨议局议长、国会议员、盐政总理等职，转而以全部精力在南通家乡经营企业、推广地方自治。
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