10月初，由丁立钧领衔，翰林院35人联名上《请罪李鸿章公折》，张謇以自己熟悉朝鲜事务原因单独上《推原祸始，防患未来，请去北洋折》。张謇的奏折围绕朝鲜问题的由来，对李鸿章处理朝鲜问题和对日本和战问题的种种错误，作了淋漓尽致的揭露：“一是李鸿章自任北洋大臣以来，凡遇到外洋侵侮中国，无不坚持和议。于是一般人认为他是“主和误国”。据我细心观察，二十多年来，李鸿章是惟一败坏和局的人。
“二是朝鲜问题发展到今天，都是李鸿章败坏和局造成，光绪八年，李鸿章命丁汝昌、马建忠赴朝与英美各国立约，既同意朝鲜独立，又明确朝鲜仍为中国属国，不仅使中国失去屏障，而且为日本提供了可乘之机。朝鲜不亡于日本人，而先亡于李鸿章。
“三是盟血未干，朝鲜内乱，日本乘虚而入，广东水师提督吴长庆统率六营军队东征平乱。事后，再三函请李鸿章早定修政练兵，兴利备患的方法，被他斥为“多事”。吴长庆因功得罪，被调守金州，积愤致死。李鸿章又将驻朝军队一部撤回，又否定了吴长庆建议为朝鲜练兵之事，给日本人敞开大门。李鸿章造成的结果是：日本所要的，李鸿章全给；日本所惧怕的，李鸿章为之除去。
“四是中外用兵之法，战和相济。西方列强从未放弃武力征服中国的政策，因此任何人也不敢轻易败坏和局。李鸿章经营洋务、军务三十年，难道不知道？但在本年6月，日本再次侵朝，假如李鸿章得到袁世凯数十封密电之后，公开谴责日本违反光绪十一年条约两国不得擅自向朝鲜派兵的承诺，日理屈，或可不战而和；退而采取当年吴长庆保护朝鲜国王的办法，易客为主，变被动为主动，尚能却日而和；再退而由袁世凯帮助朝鲜改革内政，杜绝日本出兵口实，也未尝不可，但是，李鸿章以牺牲朝鲜为既定方针，使日本无所顾忌，发动侵朝战争。
“五是日军结集朝鲜后，牙山清军待援，大同江距平壤不到二百里，距汉城四百余里，援军应由大同江入，进驻平壤，与卫汝贵、左宝贵等会合，分兵固守、赴援。而李鸿章有意让援军迂回九连城，多行七八百里，贻误战机；又让牙山驻军退往平壤，造成清军全线溃退，日军大获全胜。
“六是李鸿章所派淮、奉、豫各军，平时各不相关，临阵互不统率，各自为战，其嫡糸淮军卫汝贵、叶志超部，军纪涣散，临阵脱逃，抢掠奸淫，无所不为，大失朝鲜民心。左宝贵、马玉昆电请盛宣怀转禀设法，李鸿章置之不理，宋庆资深望重，又自请当前敌，李鸿章不给节制调度权力，而自任统帅隔海调度，朝鲜地形复杂，处处有险可守，进退自如，李鸿章却严令一万八千人困守一城，等待日军围歼。粮台不设，侦探不灵，不救牙山，不护操江，平壤一溃，瞠目无策，朝鲜大败都是李鸿章一手酿成的。
“七是衔史参揭北洋各军腐败情形，如倒卖枪炮，接济日军粮食，偷运开平煤炭，临敌避匿，谎报军务等，李鸿章均置之不问，反为败将保奏，对英勇牺牲的林国祥、邓世昌等将领不闻不问，却对遇敌即溃、贻误战机的叶志超、丁汝昌等保奏奖叙。
“试问以四朝之元老，筹三省之海防，统胜兵精卒五十营，设机厂、学堂六七处，历时二十年之久，用财数千万之多，一旦有事，但能漫为大言，胁制朝廷，曾无一端立于可战之地，以善可和之局，稍有人理，能无痛心。”
张謇指出李鸿章不仅“败战”而且“败和”，北洋大臣一职“实非天下人唾骂之李鸿章所以能胜任”。
他请求朝廷“另简重臣，以战定和，固人心而申国势。专任李鸿章直隶总督，富贵晏安，以终其身”。
李鸿章虽然不再管理对日事务，但是恭亲王面对日本的不断进攻，也是无有效的办法。战事节节败退，张謇在日记中写道：“其实中国何尝有必战之布置耶！”
到了10月11日，山海关已经告急，张謇夜访翁同和，两人说起局势，只能相对落泪。
10月14日，张謇接到了父亲去世的消息。忧心国事的张謇怀着丧亲的悲痛匆忙返乡。他回到家里，为父亲写出了挽联：
一第之名，何补百年之恨；
慰亲之望，何如侍亲之终。
对父亲的歉疚溢于言表。
第二年，中日之战以中国的大败而结束，李鸿章代表中国政府签订《马关条约》，中国割让澎湖列岛、台湾和辽东半岛，并赔偿巨款，中日战事告一段落。
在家守丧的张謇在自己的日记中写了“和约十款”
的基本内容，并沉痛地说：“几罄中国之膏血，国体之得失无论矣。”他痛恨自己“徒为口舌之争，不能死敌，不能锄奸，负父之命而窃君禄，罪无可逭也。”
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