完淳被秘密地解往南京。当时他的好友，曾在明朝被农民起义军灭亡时与之一起组织“少年得朋会”的杜登春正在虎丘石佛寺读书，对此一无所知。一天，他乘凉散步，将至憨憨泉时，忽然见到一个小和尚模样的人和数名穿青衣的人在泉边汲水而饮。他遥望那小和尚，越看越像完淳，上前一看，竟果然是他！急忙询问，完淳告诉他：“我已被缚上道，身无分文，你若有，请给我一点。”原来边上的人就是押解他的差人。杜登春心如刀绞，忙从囊中掏出所有的钱递给完淳，送他登舟。旁边一个差官觉得杜登春也像同谋，就凶神恶煞地询问他的名字。杜登春小心地告诉他，自己家与完淳家是世交，并说：“天气渐凉，他衣服单薄，我为他带一点买衣服的钱，对你也未尝无益，何必这么生气呢？”差官哑口无言。
于是杜登春又叫了酒菜请他们吃饭，得以再与完淳叙说几句，以示永别。完淳当场口吟一首诗赠给他：“竹马交情十五年，飘零湖海更谁怜。知心独吊要离墓，亡命难寻少伯船。山鬼未回江上梦，楚囚一去草如烟。高堂弱息凭君在，极目乡关思惘然。”又说：“此一去我是绝不能再回来了，媳妇钱氏已有身孕，如果是男孩，就让他做你未来的女婿，是女孩，就做你未来的儿媳吧。如果孩子不能成活，就让我家绝后好了，千万嘱咐他们不可抱养个孩子来随便立后，以免辱没了我夏家的清操，此事就赖你为我操持了。”
杜登春望着一去不复返的朋友，泪如雨下，完淳却没有任何表情。他心志已决，不会再为那些牵连自己的凡事而再回首挂念了。
船到江宁，完淳望见隐隐的钟山，不觉仰天大笑：“我得归骨于高皇帝（指明朝开国皇帝，太祖朱元璋。）孝陵，千载无恨！”
完淳被押解进金陵城后，竟见到了先自己被捕的岳父。翁婿在这种情况下见面，不觉又喜又悲。他们这一行被抓的重犯由洪承畴亲自审问，完淳在堂上不跪不拜，决心一死。洪承畴老早就听说了他是江南有名的神童，今日见他这般年轻，却有如此傲骨，不觉想杀杀他的锐气，便说：“你这样大的小孩子懂得什么道理，怎么会起兵造反呢？恐怕是误入贼营吧。好好回去读书，不要再与朝廷作对，将来我自会提拔你的。”完淳厉声说：“我虽小，也常常听大人说本朝有一位大忠臣洪亨九（洪承畴的号）先生是一位人杰，在当年和清军作战时为国捐躯，血溅章渠，先皇帝（指崇祯）亲自为他追悼，此事感动天地。我常常敬慕他的忠烈，年纪虽小，却也要学他杀身报国，岂可以因年纪小而退避！”洪承畴听了，顿时满面通红，完淳所说的追悼确有其事，但当时崇祯皇帝及全国百姓并不知他并未战死，而是最终投降了清军。今日完淳旧话重提，引得在场众位义士无不义愤填膺。
边上的守卫告诉完淳：“坐在上面的这位元帅就是你提到的洪经略啊。”
完淳故意怒斥：“亨九先生为国捐躯已经很多年了，天下人没有不知道的，连皇帝都曾亲自为他设祭坛，群臣都为之流泪。他是什么人，竟敢伪托洪先生的英名来玷污他的灵魂！怎么敢在这里冒充！”
一时间众人皆暗自偷笑，洪承畴神色沮丧，哑口无言，只得命人赶快把他们推出斩首。
完淳意气从容地走出公堂，一如平时。岳父钱彦林也早已将生死置之度外，只是看着还这么年轻的女婿，想起苦命的女儿，心头不忍，悄悄对他说：“你还年少，不应该和我们一起死啊。”完淳微微一笑：“宁为袁粲死，不作褚渊生。丈人何相待之薄耶！”
即怪岳父对自己相期太薄，自己以和岳父同死为荣，只愿早点杀身成仁。钱彦林轻叹一声：“只是可怜了我那秦篆女儿了”完淳沉默一下，说：“我已有书留给她，也许姐姐能看在姐弟一场的情面上替我照顾她们母子。”钱彦林也不说话了，只是默默地握了一下女婿的手。完淳也握紧岳父的手，和他深情对望，庄严地说：“今生已矣，来世为期；万岁千秋，不销义魂；九天八表，永历英魂。”
这时杜登春和另一个好友沈羽霄也匆匆赶来金陵，为完淳送行。他们正在向人打听这批解到金陵的囚犯的下落，忽然听见路边有敲锣开道声，挤在人群里一看，才知道是完淳一行被押赴刑场正法。他含着热泪亲眼看见完淳在威逼下坚决不跪，刽子手便用刀架在他的喉咙上，将他的喉管割断。一代少年英雄夏完淳就这样站着死在了刑场上，那喷薄而出的鲜血，滚烫的鲜血潺潺地流淌在这片他热爱的土地上，化作朵朵血花。
完淳在被押解南京的途中、狱中写了不少诗歌，被后人编纂为他最后的一个集子《南冠草》。这些诗歌是在“家仇未报，臣功未成，志重泉，流恨千古”
的悲壮苍凉、遗憾抱恨心情下写成的，因此在其诗歌集中也最动人心魄。除了上面提到过的《别云间》、《细林野哭》等外，还有写给母亲的《拜辞家恭人》和写给妻子的《寄内》以及写给姐姐与外甥的《寄荆隐女兄兼武功侯甥》等。一方面表达了对亲人不忍割舍的深情，一方面也对后起一代如外甥侯檠者寄予了无限热望。
除此之外，他又专门写了《狱中上母书》和《遗夫人书》，向两位母亲及妻子作了详细的交代。其《狱中上母书》感情真挚，一字一泪，开头就是“不孝完淳，今日死矣。以身殉父，不得以身报母矣。”
陈述自父亲去世后，两易春秋，自己“艰辛历尽”，本图复见天日，以报大仇，却奈何“天不佑我”，表现了极度的遗憾。两年来，他到处奔波，使得“一门漂泊，生不得相依，死不得相问”，而自己死后，“哀哀八口，何以为生！”对两位母亲深感愧疚。血泪之情，力透纸背。
对自己名义上的母亲，已经削发出家的嫡母盛氏，他满怀深情地回忆了当自己小时，她是怎样细致地关心自己的冷暖，教习自己诗书的动人场景。然而大恩未酬，自己就要“溘然先从九京”了，只得将她托付给姐姐照顾。对生母陆氏，他的心情则更加复杂。
封建社会等级观念极其严重，男孩应视父亲的正房为正式的母亲，而对作为父亲偏房的生身母亲只能喊“娘”，有些家庭甚至不允许他们密切往来。作为书香门第的公子，完淳自然明白这点，也必须遵循这点，但对身世可怜，地位低下的生母，他从小就满怀歉疚与热爱相混杂的复杂感情，这种感情在他即将赴死时也表现得更加明显。因此，这封书信其实是同时写给两位母亲的。在信中，他将生母与嫡母并提，称呼她们是“双慈在堂”，又郑重地将生母托付给她亲生的女儿，自己的妹妹惠吉扶养，暗暗希望她能在女儿女婿那里得到新的安慰，忘却失子的痛苦。
在书信里，他又一次阐明了曾对杜登春说过的话，即如果妻子这胎不是男孩，也千万不要从夏家近支中找一个孩子来作为后人。本来国已破败，家也凋零，有没有后代已不太重要，如果老天真的有意让他绝后，还不如就此断绝香火，以保证夏家的清名。等到国家光复的那一天，自然会有人想起他们，祭奠他们的。
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