关于夏完淳被捕的原因，历史上向来众说纷纭，有多种解释。
有人认为是“以陈子龙狱词连及”（《明史稿》），有人以为“以吴胜兆案牵连”（《镇洋县志》、《东山国语国语补南》），也有人认为是鲁王遥授他为中书舍人，完淳拜表谢恩，被发觉所致（《小腆纪传》），还有人认为是他为一名叫谢尧文的写联络表而被抓（《曹家驹《说梦》），道听途说，不一而足。对此两位权威人士郭沫若和白坚先生的看法是这样的：郭沫若先生认为究其实际，以《说梦》最为可靠，当1646年时，许多明朝遗民都有心为义军捐款，有一叫谢尧文的人奔走联络。第二年，谢在崇关准备渡海去见鲁王时，因衣冠与众不同而被海上兵卒盘问，又出言抗争，遂被抓，重刑之下，向柘林守备陈可一吐露了真情，兵卒在旅舍找到了他写的表文和捐款人名单，交给当时的提督吴胜兆。吴胜兆那时已决心反正，因此也就置之不理，只把谢关起来了事。吴胜兆事败后，新来的官员重审囚犯，发觉了谢尧林，这才顺藤摸瓜，按名单抓人，无一幸免。表文出自夏完淳之手，自然也难逃此祸。
白坚先生也认为，夏完淳被捕下狱，是由于谢尧文通海事泄。之所以有很多人认为是吴胜兆反正之事牵连，就因为谢尧文通海是在吴胜兆反正失败后才加以真正追查的，而且两案在狱的人同日在南京遇难，因此更使两案牵扯在一起难以分清。但好在清朝档案尚在，所以认真考核和验证，问题也就豁然而解了。
据侯岐曾日记也可看出，当谢尧文被捕时，曾有人到侯家报信，让通知完淳快走。侯岐曾的大儿子玄相陪夜酌，详细问明情况，也感到非常紧急，侯岐曾与周围好友共同分析商议，从种种迹象上，也坚信确有此事。那时完淳还在松江，已从老师陈子龙处知道了吴胜兆即将反正的消息，因此托姐姐给侯家带信说事情无恙，大家以为是一场虚惊，都拍手相庆。其实当时祸机已伏，危机已露，警报频传，但大家都因经验不足、行事不密，考虑不周而没有行动。等吴胜兆事败后，形势危急万分，连同夏完淳在内的诸人还是麻痹大意，只顾着伤心陈子龙等人的死和谋划新的行动，而没有及时逃脱，以至被敌人一网打尽。实在令人扼腕叹息。
完淳被捕后，曾写下《别云间》、《拜辞家恭人》以辞别亲爱的家乡松江和自己的母亲。其中《别云间》一首流传千古，至今不衰：
三年羁旅客，今日又南冠。
无限河山泪，谁言天地宽。
已知泉路近，欲别故乡难。
毅魄归来日，灵旗空际看。
他被缚着离开自幼生长的故乡，离开含泪送别的家乡百姓，这熟悉的故乡风景，这埋葬着他的祖父、祖母、父亲的玉峰、泖水，今日就要与之永别了。从前他离家在外，奔走抗清，但总还有回到家乡的一天。
但不意如今终遭缧绁，就要与家乡永诀了。面对陷于敌手的家乡山水，远望满目疮痍的祖国河山，他泪如泉涌，连那本来十分宽阔的天地，都变得窄小了。他预料自己死期不远，深感生离死别，痛苦万分。然而身虽离乡，但心仍萦故里，纵然此去断无生还，也要让灵魂归来，再见家乡的山水和亲人。全诗那悲壮激烈的格调，高昂的爱国热忱和英雄气概浑然天成，令人读后热血沸腾，不能自已。
这件案子固然造成了大批人的牺牲，在敌人方面也造成了不小的波折，使清朝对洪承畴这样的所谓重臣也产生怀疑，将之打成待罪的身份，虽然后来又加以“安慰”，去除了罪名，但也可见汉奸们所受的清朝方面的监视和不信任有多么的重。
完淳被立刻解往南京。一路上，他吟咏不绝，高歌慷慨如同平日，早已将生死置之度外。深夜，当船经细林山下时，他望着黑压压的山林，遥听见晚钟声声，乌鸦悲鸣，想起当年自己和老师陈子龙在山中游崇真道院时的情景，老师的一颦一笑、一举一动还在眼前浮现，这位复社与几社的卓越领袖，抗清的坚强志士就这样匆匆地走了，像父亲一样投入了茫茫的水中。而他的学生，也最终落入了敌人的罗网。完淳百感交集，写下了他诗歌中的代表作《细林野哭》，它和后来路经吴江时悼念吴易吴日生的《吴江野哭》同为意气凛然、富有真情实感的佳作。全文如下：
“细林山上夜乌啼，细林山下秋草齐；有客扁舟不系缆，乘风直下松江西。却忆当年细林客，孟公四海文章伯；昔日曾来访白云，落叶满山寻不得。始知孟公湖海人，荒台古月水粼粼。相逢对哭天下事，酒酣睥睨意气亲。去年平陵鼓声死，与公同渡吴江水；今年梦断九峰云，旌旗犹映暮山紫。潇洒秦庭泪已挥，仿佛聊城矢更飞；黄鹄欲举六翮折，茫茫四海安将归？
天地洪荒日月促，气如长虹葬鱼腹。肠断当年国士恩，剪纸招魂为公哭。烈皇乘云御六龙，攀髯控驭先文忠。君臣地下会相见，泪洒阊阖生悲风。我欲归来振羽翼，谁知一举入罗弋。家世堪怜赵氏孤，到今竟作田横客。呜呼！抚膺一声江云开，身在罗网且莫哀，公乎，公乎，为我筑室傍夜台，霜寒月苦行当来！”
这是夏完淳所有诗文中最自由、最富激情与悲鸣的一首，是他17年生命最后时刻爆发出的最强音，因此也成为了世代传颂的佳篇。
尽管心境极端痛苦，但完淳仍是“身在罗网且莫哀”，基调高昂，感情极深。尽管处在最险恶的境地，但完淳对老师和战友深挚崇高的感情和至死不屈的牺牲精神仍表露无遗，生气凛然，慷慨激昂。郭沫若说：“真可谓声与泪俱下，一字一咽。其早欲追随其师，存心一死，固已见乎情见乎辞。17岁之少年如此慷慨沉着，谁能读之不为之凛然生感耶！”
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