这时，堂堂大清天子，竟然如同汉献帝。这使嘉庆皇帝对和珅更是恨之入骨。但是，为了不致引起太上皇的疑忌，以保住自己的皇帝宝座，他也不得不逆来顺受，大行韬晦之计。甚至还利用一切机会对和珅百般巴结，“遇有奏纯庙（乾隆）者，托其代言”，并时常对众扬言，自己是倚和相治理天下。这样，在此期间，嘉庆皇帝名曰皇帝，而实际上不但不是皇帝，而且连儿皇帝都够不上，只能算是个“孙”皇帝，而在和珅看来，嘉庆皇帝才不过中平，对自己又是如此服服帖帖；而自己无论就势或是就资格而言，充当嘉庆皇帝的“定策国老”则绰绰有余。因而，各种行动也愈加跋扈，在政治上弄权和在经济上贪黩都发展到了肆无忌惮的地步。嘉庆二年，首席军机大臣阿桂病故，和珅升任首席军机大臣。利用乾隆皇帝年老昏聩之际，和珅继续在中央各部院衙门以及地方各直省安插大批和人，继续经营自己的小山头；与此同时，又擅改成章，下令各部院衙门和各直省督抚将专门上给皇帝的奏折抄录两份，正本上奏皇帝，副本先行呈送军机处。
这一新规定的推行，使得和珅能够极为迅速地掌握全国各地实际情况和广大官员的思想动向，并能够较为准确地提出处理意见。因而在三年训政期间，乾隆皇帝对他愈加信任，委派给他的职务也越来越多。嘉庆二年时，受乾隆皇帝之命，和珅于管理吏部事务之外又兼管刑部；不久，又以军费开支需要熟手管理，令他兼管户部。至此，除首席军机大臣外，和珅兼任之职务几乎遍及行政、文化、军事和京师治安等方面；嘉庆三年时，白莲教起义领袖王三槐被擒，乾隆皇帝论功行赏，又将其晋爵为公。
在政治权势不断扩张的同时，和珅在经济上肆行贪黩也更加不择手段。举凡官吏任命、朝廷蠲赈、河工奏销、盐政、税务，甚至各地进贡和军费开支，都成了他榨取财富的渊薮和方式。嘉庆三年，和珅之妻病死。借此机会，和珅又向各地官员大肆勒索。其中仅是两淮盐政征瑞一人，和珅张口就要40万两。这样，三年训政时期，和珅的财富直线上升。利用这些财富，和珅大肆挥霍，家中所建多宝阁，恰似乾隆皇帝修建的宁寿宫，其中花园点缀，更在圆明园中的蓬莱岛、瑶台之上。为了安排后事，他还在蓟州预修坟茔，居然仿效皇帝陵墓，设置享殿，开置隧道，以致附近居民将之称为“和陵”，因为和珅权势显赫，各级官员竞相趋奉，惟恐落后。
一直到乾隆皇帝去世之时，京师步兵统领衙门及巡捕五营所管步甲兵丁为其营建宅第者尚有一千余人。在他革职下狱后，一些外地官员因为消息不灵，还在继续致送银两。其中山东巡抚伊江阿，举止更为荒唐可笑。乾隆皇帝去世后，他竟致函和珅，“劝其节哀办事”，简直是把和珅当作了乾隆皇帝的接班人。然而，就在和珅权势达到顶点之际，一场身首异处的奇祸正慢慢向他逼近。乾隆皇帝去世不过半月，这个一度权欲熏天的权臣突然变成了乾隆皇帝的殉葬品。
嘉庆四年正月初三，乾隆皇帝刚刚去世，为了剪除这股政治上的异己势力，嘉庆皇帝已开始了诛除和珅的准备工作。当日，降旨令安徽巡抚火速来京。
在此同时，以办理丧事为由，“褫和珅军机大臣、九门提督等衔，仍命与福长安等昼夜守直殡殿，不得任自出入”，实际上将他处于半囚禁状态。次日，嘉庆皇帝颁发谕旨，以整顿剿捕白莲教军务为名义，对和珅以“上皇近臣”身份侵吞军糈、上下包庇、掩败为胜、共同欺骗乾隆皇帝的罪行进行了不点名的批评。
初五，又下诏求言。在嘉庆皇帝的策动下，御史广兴、郑葆鸿、给事中广泰、王念孙等立即上疏，弹劾和珅。
在一切准备活动大致就绪之后，正月初八，嘉庆皇帝下令将和珅及其同党户部尚书福长安二人一起革职下狱，并派员查抄其全部家产。与此同时，则以成亲王永瑆、前任大学士董诰、兵部尚书庆桂等为军机大臣，对军机处进行了一次大改组。对于和珅原先推行的奏折副本先行呈送军机处的规定也明令取缔。初九以后，连续颁布多道谕旨，对和珅罪状进行揭露。十八日，勒令和珅自尽，福长安被处以斩监候。树倒猢狲散，和珅倒台，他的同党苏凌阿、李光云、吴省兰、吴省钦、李潢等，或者勒令休政，驱逐回籍；或者降革职务。专制朝政达20年之久的和珅一党顷刻烟消云散，嘉庆皇帝掌握了全部大权。
诛除和珅之后，有鉴长期以来的朝政废弛、吏治腐败以及由此导致的白莲教起义的熊熊烈火，已经严重危及到清朝政府的统治，为了摆脱困境，嘉庆皇帝连行颁发多道谕旨，把和珅当作替罪羊，将乾隆长期以来的一切败政连同白莲教起义的原因都一股脑儿推到和珅身上。他说：“百姓幸际昌期，安土乐业，若非迫于万不得已，焉肯不顾身家，铤而走险？总缘亲民之吏，不能奉宣朝廷德意。多方婪索，竭其脂膏，因而激变。然州县之所以剥削小民者，不尽自肥己橐，大半趋奉上司；而督抚大吏之所以勒索属员者，不尽安心贪黩，无非交结和珅。是层层剥削，皆为和珅一人；而无穷之苦累，则我百姓当之。”“现在大势已去，纲纪肃清，下情无不上达，从来命将出师，只有征讨不庭，断无用兵诛戮良民之理。”因此，他下令对白莲教起义军大行政治招降，临阵投降或潜行散去者，尽皆释回乡里，“俾安生业”。即使如此，嘉庆皇帝亲政以后，仍又历时6年，耗银上亿，才将这次遍及七省的起义镇压下去。由于长期以来的倒行逆施，国家元气大伤，积重难返，不但国家财政危机日益严重，各地人民反抗斗争也此起彼伏，嘉庆皇帝所憧憬的“康乾盛世”，再也不能在嘉庆期内延续下去了。
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