康熙打破了南方水稻双季以糯和粳连作的传统，实现了同种粳稻双季连作。御稻种深受欢迎，两年以后传播到江苏、浙江、安徽、江西等地。
康熙还摸索了在北方大面积种植水稻的经验。四十二年（1703），康熙在承德建避暑山庄，把御稻种移去，在庄内设大片水田，所收稻米“每岁避暑用之尚有赢余”。四十五年春（1706），直隶巡抚赵弘懈、天津总兵官蓝理再次奏请，并提出具体方案，康熙令蓝理先在天津试种水田，并对直隶开河引水诸事提出了具体意见。蓝理在天津开水田150顷，民称“蓝田”。此后，在北京西郊玉泉山种植水稻成功，后逐步推行，成为有名的“京西稻”。北方试种水稻成功并大面积推广于长城内外，此为康熙朝农业的创举。
害虫是农作物的大敌。康熙帝为防治虫灾，查阅文献，学习古人治蝗虫的办法，出巡时观察蝗蝻滋生情况，提出一系列切实可行的办法。他反对不扑打，听其自去的宿命论观点，强调依靠人力战胜虫灾。因此，令地方各级官员要防患于未然，消灭幼虫，冬天预掘蝗种，冬春之交及早耕耨田亩，用土压住蝗种，主张“去恶务绝其本”；一旦蝗虫出现，立即令地方官组织百姓扑打，直到消灭为止。康熙的重农思想和采取的有力措施，对农业的发展起到了促进作用。
在大力发展农业生产的同时，康熙帝还努力改进地丁银征收办法，尽一切可能地使赋役平均，以减轻人民负担，安定生活，发展生产。
过去人民负担过重，主要来自两个方面，一是国家索取太多；二是贪官污吏舞弊营私。对于前者，康熙主要以蠲免钱粮的方式来解决；后者，除澄清吏治外，还通过改进地丁银征收办法来均平赋役负担，防止不法官吏舞弊。
由于清代土地、人丁数字极为混乱，不便用降低每亩、每丁单位税额的办法来减轻赋役剥削，于是，蠲免钱粮成为康熙帝推行轻徭薄赋政策的主要措施。
据记载，康熙在位61年，先后在全国二十多个省区，蠲免税粮、丁银、逋赋达545次。这些蠲免措施大致可分为灾荒蠲免、逋欠蠲免及大规模普遍蠲免三类。
灾蠲是清朝赈灾措施的一个重要方面。凡地方遭遇风、火、水、旱、虫、雹、霜、雪、地震等自然灾害，除赈济外，还根据受灾程度分等蠲免田赋。顺治年间一般受灾“八分至十分者，免十之三；五分至七分者，免十之二；四分者，免十之一”。康熙年间进一步放宽。康熙四年（1665）三月，朝廷为防止地方官报灾迟误，或者先征后蠲，使蠲免有名无实，因而决定：“以后被灾州县，将本年钱粮，先暂行停征十分之三，候题明分数照例蠲免，庶小民得沾实惠”。这说明最低蠲免分数是十分之三，遇到重灾则全部蠲免。
蠲免逋欠是蠲免多年积欠的赋税。大规模普遍蠲免是在平定“三藩”之后着手进行的，其时国家政治经济状况刚刚好转，康熙帝便立即想到大规模普免钱粮。
康熙帝的蠲免政策得到普遍的赞美，但是他清楚地知道，问题并没有完全解决，其中丁银一项矛盾就很突出。到五十一年（1712）二月二十九日，康熙帝采取果断措施，宣布实行“滋生人丁永不加赋”
的制度，这样把全国丁银总额基本固定，从中央到地方都不得随意增加，使广大农民负担相对稳定，减少逃亡，有利于生产。
康熙帝是体察民情的皇帝，他对灾荒向来重视，把救灾视为“养民”之举。他牢记明朝末年官员匿灾不救，以致农民饥饿而造反的历史教训。他要求及时报告灾情，最痛恨地方官员匿灾不报，认为“自古弊端，匿灾为甚”。因此规定，凡报灾迟延者都要受到处罚。康熙三年，山西省太原、大同二府所属的五十州县等发生严重旱灾，督抚隐瞒灾情不报，照常迫逼。
如数征收钱粮，直到三十城居民“饥馑至极”，再也无法隐饰，才于四年二月奏请蠲免钱粮。康熙帝十分气愤，除派人采取紧急措施，用地方存贮的一切钱粮米谷赈济外，令吏部将该督抚“议处具奏”。此后因为隐瞒灾情不报而受罚的督抚屡见不鲜，甚至有的因此降五级调用。
每当发生灾荒，康熙帝都想方设法赈济。康熙三十年（1691）陕西西安、凤翔等地旱灾，地方官员未呈报，救不及时，致使大批灾民流离他乡。康熙深感忧虑，决定“大沛恩施”，蠲免其三十一年分额应征银米，并从山西拨银20万两，派人前去赈济。
接着，他又决定调拨宁夏仓粮15万石、襄阳仓粮10万石，送到潼关；从山西再拨银10万两，接济陕西军需民食。流落四方的饥民，均就地赈济，“令各得所”，然后将赈济过的流民人口数目造册题报。对于在这次灾荒中隐瞒灾情、防救不力的官员尽行革职。
次年四月，康熙为吸引流民回原籍，再次下令动支户部库银100万两，送到陕西供应军需和赈济饥民。
如此大力赈济，情况还未根本好转，康熙帝倍感焦虑，决定停止元旦筵宴，以表轸念陕西灾民至意。三十二年（1693）正月，应四川、陕西总督佛伦之请，将西安、凤翔二府额销盐引“暂减一半”。
康熙朝的战费等负担极其沉重，而赈灾和蠲免钱粮又是大规模、一贯的。其之所以能够这样，主要是因为生产逐步得到恢复和发展，社会财富大量增加，国库逐渐丰足。其次还由于康熙帝对财政管理方面有独到之处。开源与节流相辅相成，开源为主，但节流也不可忽视。康熙不惜花钱兴修水利、赈济灾荒，宁肯减少财政收入而大量蠲免钱粮。其经费用于事业如此慷慨，但在纯消费开支方面则提倡节俭，不尚浮华。
康熙一生亲自过问财政，凡是管理不善之处，立即谕令改进。康熙帝对宫中用费三令五申注意节俭。出巡时，不许为之修路；不得擅建行宫，滥建者令拆毁；不用华贵的车船；不许随从人员借机苛敛百姓；反对讲排场隆重迎送；不许官吏互赠礼品。中、后期，康熙功德昭著，上下大小官员多次要求上尊号，举行皇帝御极六十年庆贺大典，康熙一概断然拒绝。他首先考虑到这种活动将带来巨大浪费，而且他毫无兴趣，“素性不喜行庆贺礼”；登极六十年，仍惦念着西藏问题：“西陲用兵”事尚未竣，直隶、山东、河南、山西、陕西遇灾，“民多饥馁”，“正当君臣忧勤求治之时，何喜之有？”他对以个人享受为中心内容、劳民伤财的大兴土木之举不感兴趣。八年，康熙只有十六岁，太皇太后以乾清宫交泰殿栋梁朽坏，提出拆掉重建，作康熙宫。康熙不敢违背祖母之意，但指示工部，不求华丽，只重质朴坚固。中后期，受蠲免、赈济恩惠之地官民申请为他建亭立碑，他一概不准。
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