康熙帝对督抚与部院堂官营求结纳，分树门户，处理政务放弃原则的弊端深恶痛绝。如山西巡抚穆尔赛，贪酷至极，罪恶昭著。当康熙向大学士、九卿等询问此人为官称职与否，满族大学士勒德洪等，竟不据实陈奏，企图包庇。康熙帝震怒，将勒德洪等各降两级，满族九卿科尔坤等各降三级，穆尔赛拟绞、监候秋后处决。康熙还发现，“河工诸臣，一有冲决，但思获利，迟至数年，徒费钱粮，河上毫无裨益”，他认为问题的根子在工部。他亲自主持，经数年清查，终于查实了工部从尚书、侍郎以至分司官员，组成了一个大贪污集团。他分别给予惩处。康熙也从中进一步看到了察治部院大员的重要性。他对满尚书、侍郎等说：“天下之民所倚依为生者守令也。守令之贤否系于藩（布政使）臬（按察史），藩臬之贤否系于督抚，督抚又视乎部院大臣而行。部院大臣所行果正，则外自督抚而下，至于守令，自为良吏矣。”
所以康熙于四十二年正月，第四次南巡途经济南，参观趵突泉，书写匾额“源清流洁”四字。他将“源清流洁”的思想用于吏治，把严格约束和考察高级官员作为吏治之第一要务是英明的。因为高级官吏身居要职，直接影响下级官吏，或带出一批清廉贤吏，或养成一群庸劣、枉法之徒。他们还左右重大朝政，包括财政、人事、决策、立法等，决定着国家能否按正确制度行事，可谓事关重大。
康熙帝十分重视察吏，并形成自己的一套方法与制度。康熙通过职能部门考察官员，仍使用明代的办法：京察、大计和军政等。京察就是考核京官，六年一次；大计是考察外官，三年一次；军政是考察武官，五年一次。到时由在京衙门三品以上堂官，地方督抚及提督、总兵自陈功过，吏部、都察院开列事实具奏候旨。其下属官员分别由京堂、督抚、提督填注考核评语，选册开送吏部、都察院。上述被考核官员，凡清廉自守者被荐举任用，贪酷不谨慎者给予论劾，然后分别按级升赏、降革。康熙在利用这些旧制时不墨守成规，于大计、军政之外，另行“两年举劾”制度，由军政长官举劾属下功过，分别奖惩。因为京察间隔时间太长，康熙就传谕各衙门堂官，对属下随时甄别、指参，以示劝惩。另外，康熙还主要通过亲察与密奏，考核奖惩官员。
亲察，即皇帝亲自接触官员进行考察。在京各部院衙门官员中，“有虚糜俸禄懒惰不上衙者，有老疾孱弱不能任事者”，有逃避苦差装假称病者，正在学习中的庶吉士，也遽回本籍，至三年考核将近又来考试。针对这些情况，康熙提出建立注册考核制度，规定部院官员因病因事不上衙门者，均需注册，“以凭分别勤惰”。通过注册，康熙帝掌握了官员的出勤情况。五十三年二月，翰林等官告假者达三分之二，康熙据此决定：“翰林院修撰、编修、检讨、庶吉士、教习进士，并科道官员，有告病回籍者，悉令休致”，解职回家。
总督、巡抚及各省其他文武大吏离京赴任前，向皇帝陛辞，康熙有针对性地同他们研讨问题，提出要求，做初步的考察。如二十四年二月十三日，漕运总督徐旭龄陛辞，研究了禁陋规、节约不必要的开支、整理官吏队伍等问题。康熙知道徐旭龄任山东巡抚居官清慎，鉴于前任漕运总督俱不称职，所以将他升任此职，对他说：“源洁则流清。尔为大吏，务正己率属，官吏自不为奸。”徐旭龄感激皇帝知遇之恩，提出一套禁陋规、节省支出的计划。康熙表示赞成和支持。康熙还同即将赴任的广东提督许贞研究缉捕广东盗贼问题。许贞报告了自己缉捕盗贼的方案，康熙听了十分满意。地方官赴任之后，康熙仍不时召回接见，对地方情形和兵民生计问题当面咨询。
康熙帝还通过亲阅题疏考察官员。如原任偏沅巡抚韩世琦，奉命采办楠木，借口四川酉阳土产楠木合适，请令四川督抚办理；等将其改任四川巡抚时，又奏称酉阳楠木因路途遥远不便察看，请求行文湖广督抚就近察看。康熙帝从中看出他“前后题疏，参差不合”，令吏部严加议处，将其革职。康熙帝亲阅刑部秋审重囚档案，发现九卿“阅视数月，其字句错误处并未看出一二”；刑部刊此档案“先不详审，殊属不合”。此类文书关系人命，康熙认为一字一句的错误均不能容忍，所以令都察院“严察议处”。另外，凡专务逢迎、以谬言相奏、冗长浮泛之类的奏章，康熙帝都要一一指出，令其改正。
康熙帝出巡时，都要亲自考察官员。他执政期间，曾南巡苏州、杭州，东巡盛京（沈阳）、吉林，西巡宁夏、山陕，北巡塞外蒙古，他还经常巡视北京周围地方，每次出巡各有视河、谒陵、狩猎等具体目的，但每次都把周览民情、察访吏治作为一贯的任务。八年二月，康熙帝巡行北京附近，发现通州知州欧阳世逢、州同李正杰，庸劣无才，副将唐文耀不娴武事，将他们俱行革职，并追究直隶督抚不早行参奏的责任。
二十三年十一月，康熙第一次南巡，驻江苏宿迁，发现漕运总督邵甘问题严重，将其撤职，令随旗行走。
二十八年正月初八至三月十九日，康熙帝第二次南巡，返京第二天，便根据所掌握的情况，任免了一批高级官吏。出巡察吏与察访民情相结合，往往能访得实情，康熙帝曾深有体会地说：“凡居官贤否，惟舆论不爽。
果其贤也，问之于民，民自极口颂之；如其不贤，问之于民，民必含糊应之。官之贤否，于此立辨。”
康熙还通过亲信密奏考察官员。康熙帝为了掌握真实情况，把密折视为特别耳目，亲自审批。他认为密奏有约束官吏的作用：“诸王文武大臣等，知有密折，莫测其所言何事，自然各加警惧修省矣”。有些通过其他途径难以查清的问题，经密奏得以弄清楚。
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