康熙五十年，江南科场案被公开揭发后，发生了督抚之间相互攻击的事件。江苏巡抚张伯行疏参两江总督噶礼与考官共同作弊，揽卖举人，胁索银两。噶礼又疏劾张伯行挟嫌诬陷，监毙人命。加上审理的人偏袒噶礼，使问题呈现复杂状态。康熙命令苏州织造李煦调查密奏审案实情、江南群众反映、噶礼张伯行动态等。康熙据此力排众议，果断处理此案。康熙认为“欲知天下事理”，靠密折胜于微服私访。
康熙帝重视考察官吏主要内容是奖廉和惩贪。他坚持奖廉与惩贪并举。
康熙帝坚持以廉洁官吏的事迹激励规劝百官，澄清吏治，以使潜移默化，改掉贪风。清官需要发现和扶植，康熙一生发现、培养、奖励清官始终不渝。得到康熙帝褒奖的第一位清官是直隶巡抚于成龙。于成龙是山西永宁人，顺治十八年任广西罗城知县，这时已四十五岁。康熙六年他升任四川合州知州，康熙八年升湖广黄州府同知；十三年二月擢任武昌知府，后调任黄州府知府。吴三桂叛军盘踞湖南时，煽动湖北数县响应。叛军号称十万，逼趋黄州。这时清朝援军全部赴湖南，黄州十分危急，有人主张退保麻城。于成龙认为黄州是七郡咽喉之地，“弃之则荆岳瓦解”，誓死不去，集乡兵数千人，亲自冒着石头飞箭，率众拼杀，剿抚兼施，瓦解贼众，费时二十四天，“以乡民数千，破贼数万、不费公家丝粟”，平定了黄州，从而打通了平叛战争后方转饷要道，有力支援了荆州大军。他后来连任江防道员、福建按察使、布政使。
康熙十九年迁直隶巡抚时已六十四岁。上任之后，是非分明，支持廉洁官吏，劾奏贪婪县令。康熙得知于成龙的事迹，于二十五年二月初五日在懋勤殿亲自见，表彰说：“尔为当今清官第一，殊属难得。”勉励他“始终一节”，赏赐白金、良马、御制诗等，嘉奖其廉洁贤能。同年年底，提升为江南江西总督。于成龙感激皇帝知遇之恩，到江南更加勤奋。江南官吏知于成龙好微行私访，每遇白髯伟岸者，便互相转告，循规蹈矩。然而秉公亦能招怨，竟有人挟仇谗害，以致部议令其休致，但是康熙帝特诏留任。二十三年四月十八日，于成龙病逝。将军、部院等大僚察看其遗物，“惟笥中绨袍一袭，床头盐豉数器而已”。康熙闻讯，感慨非常，称之为“天下廉吏第一”，加赠太子太保，予谥清端，御书“高行清粹”祠额及楹联赐之。
奖励清官，意在倡导百官效法。二十七年四月，康熙授满洲镶黄旗人吏部侍郎傅拉塔为两江总督，临行叮嘱他：“尔此去当洁己行事。前任江南总督数人无过于成龙者，尔如其所行可矣。”傅拉塔遵旨上任后，不负皇帝所望，清正廉洁。三十三年闰五月傅拉塔卒于任所。康熙看到遗疏，以痛惜的心情对大学士等说：“江南江西总督居官善者，自于成龙之后，惟傅拉塔一人。”康熙破例派人赴江宁致祭，赠太子太保，谥清端，授予骑都尉世职，令其子承袭。四十四年，康熙第五次南巡，经雨花台，赐御书“两江遗爱”匾额，令悬于傅拉塔祠堂。
继于成龙任直隶巡抚的满洲镶黄旗人格尔古德，继傅拉塔任两江总督的汉军镶黄人范承勋，以及江苏巡抚张伯行、闽浙总督王骘等，也都是著名的清官。
康熙还发现和培养了张鹏翮、彭鹏、郭琇、陈瑸等廉洁的官吏。
康熙宣传清官，鼓励官吏们争当清官，是对广大官员的鞭策和期望。然而实际上清官不仅数量少，其活动、作用均受局限，不可能改变当时官民对立的基本状况。所以，还必须惩治贪官。
康熙亲政初期，整饬内外官吏，着重清除辅臣的影响。八年五月擒拿鳌拜之后，以鳌拜辅政时“荐劾不公”为由，特诏举行察典，对在京三品以上部院满汉堂官及在外的督抚等官“详加甄别”。至九月，经皇帝批准，革职、降级、休致在京满汉官员共83人，此外，还将十余名总督巡抚革职、休致或随旗行走。
平定“三逆”叛乱之后，重点处理侵蚀兵饷及入官财物等重大贪污案件。侍郎宜昌阿被派往广东查看尚之信家产，同广东巡抚金儁侵蚀兵饷及入官财物，收受尚之信商人沈上达的贿赂共89万余两，他怕沈上达事后告发，将其谋害灭口。事发后，经半年多审理，于二十三年五月十八日结案，宜昌阿、金儁等拟斩，道员王永祚拟绞，俱监候秋后处决。奉差审理此案的刑部侍郎禅塔海，因未审出谋害沈上达之事被革职。另一重大案件是蔡毓荣贪污逆产案。蔡毓荣在攻克云南省城昆明时，将吴三桂应入官之家财人口侵吞归己，并大量馈送其他大臣、官员等。康熙令将蔡毓荣及其儿子蔡琳革职拿问，详加严审，务将情弊尽行察出。
康熙于三十六年歼灭噶尔丹之后，察吏安民重点在于反对横征暴敛，激变百姓。亲征过程中，康熙两次西巡，远抵宁夏，周览山陕沿边形势，咨询民间疾苦，发现“所在兵民筑土屋以为居，耕沙碛以为业，生聚之计甚属艰难”；而官员们，“文则加征无艺，武则侵扣月饷”，山西一小省，科派竟达百万。康熙气愤地质问说，如此科派，“民何以堪”？因此，在三十五年底，趁山西巡抚温保丁忧暂时离职之机，将内阁学士倭伦升补，并传谕：毋效温保所为。翌年闰三月十六日又以年龄衰老，不能胜任为由，将陕西巡抚党爱、按察使纳垒解任。
康熙三十六年，山西蒲州府发生民变，百姓逃入山中，康熙急忙派人招抚。同时于五月十二日将山西百姓极为痛恨的原巡抚温保及布政使甘度革职，严拿赴京，交与刑部治罪。并对大学士等说：“今噶尔丹已平，天下无事，惟以察吏安民为要务朕恨贪污之吏，更过于噶尔丹。”到七月二十三日，又将甘肃巡抚郭洪革职交刑部，问拟枷责，命发黑龙江当差。
这样，康熙在短短半年时间，将山西、陕西、甘肃三地巡抚及部分布政使、按察使予以撤换，以惩私派，安定民生。这三地的督抚藩臬全部是由满人担任的，如此大批处置满洲高级官员，表明了康熙帝察吏安民的决心之大。
继蒲州民变之后，三十六年、三十七年两年间，广东、云南、山西、直隶等地，又相继发生民变多起。
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