双方代表经过长时间的往返交涉，中国代表坚决拒绝俄国代表的无理要求。同时，生活在尼布楚一带的各族人民，继续掀起英勇的抗俄斗争，使沙俄侵占的这一带地方“到处都出现动摇”，这使戈洛文手忙脚乱，惊恐万分，这也有效地促进了中俄双方谈判的进程。
康熙二十八年七月二十四日（1689年9月7日），中俄举行仪式，签订了《中俄尼布楚条约》。
尼布楚条约是中俄两国之间签订的第一个条约，共六项条款，包括了中俄东段边界的划分、越界人员的处理、中俄贸易等内容。其中明确规定，以格尔必齐河、外兴安岭、额尔古纳河为两国分界线。俄国撤出雅克萨及所有它在中国境内的军队和据点。外兴安岭与乌第河之间的地区，暂行存放，待议定。
《尼布楚条约》的缔结，使俄国取得了尼布楚周围及其以西原属于中国的领土，巩固了其在这一地区的殖民统治，并打开了与中国通商的门户，在以后的对华贸易中获取了重大利益。清政府在领土方面作了很大的让步，但收复了雅克萨等长期被俄霸占的领土，并以法律形式明确了中俄东部国界，结束战争，使东北边疆得以安定，这样就可以集中力量抗击准噶尔侵扰，进一步实现国家的统一。
《尼布楚条约》签订之后，康熙帝进一步建立和健全了管理机构，充实防卫力量，加强边界与边境管理，对《尼布楚条约》规定的边界线和黑龙江下游、乌苏里江以东广大边境地区进行了认真管理。根据条约规定，康熙帝令在额尔古纳河和格尔必齐河诸地建立了两国边界界碑，碑上用汉、俄、拉丁诸文镌刻了尼布楚条约的条款，作为标记，并定期派人巡视界碑情况。在黑龙江流域，额尔古纳河东岸及吉林的一些地方设立了许多哨所，负责巡逻，防止俄国人越境窜扰。此外，还实行了定期巡边制度。
康熙帝在抗俄、保卫与巩固东北边疆事业上的贡献，不仅博得当代人的称颂，而且流芳久远，受到后世的好评。日本人西本白川以旁观者的立场论及《尼布楚条约》，认为它是康熙独立自主外交政策的胜利，而且这种政策一直延续到170余年后的瑷珲条约签订前。因此，康熙保卫和巩固东北边疆，堪称是一项伟大的事业。同时，《尼布楚条约》是中国与外国签订的第一个平等条约。经国内外学者研究证明，该条约完全符合世界公认的国际法准则。
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