到康熙十三年（1674）三月中旬，形势进一步恶化。耿精忠受吴三桂煽惑，占据福建反叛。因而浙江顿时紧张，温州府所属营兵降贼，黄岩总兵官所属太平营叛乱，平阳兵变，耿精忠悍将曾养性乘机北上，占领浙江南部。耿精忠与吴三桂约定合攻江西。康熙帝根据形势发展需要，及时加强江南各地的军事力量，防止吴、耿会师江西。
康熙十三年（1674）四月初，吴三桂放还朝廷使臣折尔肯、傅达礼，并带来“词语乖戾，妄行乞请”的奏章。不久，达赖喇嘛出面，建议朝廷“莫若裂土罢兵”。吴三桂要以平等身份与朝廷对话。康熙帝义无反顾，认为对背恩反叛之徒，或征剿或招降，必消灭为止，不能退让。为彻底粉碎吴三桂的幻想，康熙采纳诸王大臣建议，于四月十三日决定将吴三桂之子吴应熊、孙子吴世霖处绞。将吴应熊正法，确实起到了“以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以激励三军之心”的作用。最初吴三桂自恃已占半壁江山，儿子又是皇帝懿亲，朝廷必不杀以为之招抚，当闻知吴应熊被处决，吴三桂“惊悖气夺，遂底于亡”。
福建的形势直接影响到广东。驻守广东的平南王尚可喜，自吴三桂叛乱以来，一直忠于清朝，康熙晋封尚可喜为平南亲王，督抚提镇听其节制，文武官员听其选补。到康熙十五年（1676）初，广东形势亦恶化。尚可喜卧病，长子尚之信暂代理事，尚之信于二月二十一日，守其父府第，倡兵作乱，受吴三桂招讨大将军伪职，杀其父亲身旁得力谋士金光，夺其弟尚之孝的兵权。
康熙帝一直采取剿抚并用的政策。平叛战争伊始，康熙即有招抚敌人之意。康熙十三年十二月初四，陕西提督王辅臣因为绿营官兵的地位不受信任而反叛，康熙曾连降专敕招抚。尽管开始招抚未能奏效，后来还是采取“剿抚并用”的方法较快地稳定了西北局势。从此，康熙帝将“剿抚并用”策略迅速推广于各个战场，令对“叛变之人”，只要有“悔罪输诚之心”，皆可容纳。
继陕西之后，康熙将下一个剿抚重点定在福建。
他一向认为耿精忠与吴三桂不同，“必系一时无知，堕人狡计”，故将吴三桂在京的子孙正法，耿精忠诸弟照旧宽容，所属官兵亦未加罪。因此，早在耿精忠叛乱不久，康熙就遣工部郎中周襄绪偕耿精忠护卫陈嘉猷赴闽，传谕耿精忠。后来对其加强了军事进攻，仍不忘经常派人前往招抚。
康熙十五年（1676）八月，清军平闽大局已定，康熙为尽快解决福建问题，为广东作出榜样，谕康亲王：“以时势晓谕耿精忠早降，以副朕安辑民生至意。”九月，康亲王大军收复建宁（今福建建瓯）、延平（今福建南平）等府，耿精忠无力再战，派其子耿显祚赴延平迎康亲王军队抵福州。十月初四，耿精忠率文武官员出城相迎。康熙命耿精忠仍留靖南王爵，率领所属官兵随大军征剿海逆，“图功赎罪”。此后，福建、浙江各地叛军纷纷投诚，福建、浙江相继平定。
耿精忠降清后，尚之信也主动派人持密书至简亲王喇布军前请降。康熙于十二月九日降敕赦免其罪，令其“相机剿贼，立功自效”。同时命莽依图为镇南将军，领兵自赣州入广东受降。十六年（1677）
四月二十九日，莽依图兵抵韶州，尚之信于五月初四率省城文武官员及兵民剃发投降。康熙命尚之信袭封平南亲王，下属将领各复旧职。康熙十六年（1677）上半年，广东全部平定。
康熙十五年五月至十六年五月，是康熙剿抚并用政策取得重大胜利的一年。陕西、福建、广东叛乱相继顺利解决，对广西叛军的招抚工作也在加紧进行。
从此清廷从与敌相持状态转入反攻。
康熙十六年六月十六日，康熙敕谕各省王、贝勒、大将军、将军、总督、巡抚、提督等，部署在湖南、四川、云南、贵州等省全面推行“剿抚并行”的政策。
其中进一步具体申明招抚政策：“今特颁敕谕，概示招徕。凡在贼中文武官员兵民人等，悔罪归正，前事悉赦不问。仍照常加恩。或有擒杀贼首，提献军前，及以城池兵马来归者，仍论功优叙，尔等即宣布晓谕，以副朕宽仁矜全之意。”以后，每当战事进展到关键时刻，康熙帝都发布招降敕书，由专门从事招抚的人员掌管，随时发送。康熙帝能根据具体情况，灵活运用剿抚并用策略，表现了高度坚持原则的精神和求实态度。
康熙一向认为吴三桂是主要敌人，湖南是主要战场。他自平叛战争以来，一直把主要精力投入湖南战场。他在处置陕西紧急事变中，也始终在考虑湖南问题，拟定一项新的作战方案，即改正面进攻为迂回包围。他认为，吴三桂长期占据岳州（今湖南岳阳）、澧州（湖南澧县）等地，主要军粮来源于长沙、衡州，因而欲灭吴三桂，必攻长沙，断其饷道。因此，康熙于十四年正月二十九日命令岳乐“将江西要地速行整理，稍有就绪，即进取湖南”。康熙周密计划、严密部署主攻湖南，终于取得了湖南战场的主动权。
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