吴三桂军事上丧失主动权，形势一天不如一天，于康熙十七年（1678）三月，在衡州（今衡阳）匆匆称帝，聊以自慰，八月十七日病死，其孙子吴世璠继立。部下涣散，军心动摇。康熙利用这一大好时机调兵遣将，较快取得了湖南战场的彻底胜利。
湖南既定，康熙为进兵四川、云南、贵州重新部署了各路大军的力量，使各路大军进展顺利。到康熙十九年（1680），清军在康熙的统一部署下，分三路大军向云南合围，进行最后的歼敌战役。第一路由定远平寇大将军章泰率湖南大军，从平越（今贵州福泉）进兵贵阳，迫使吴世璠等龟缩云南，清兵尾追前进。第二路由征南大将军赖塔率广西之师进兵云南。
在曲靖（今云南曲靖）同第一路大军会师，后又分兵向昆明逼进。第三路由云贵总督赵良栋率军从四川向云南进兵。在进军途中将四川的叛军全部消灭，由四川进入云南，同其他两路大军会师于昆明城下。清军“围之数重”，四面逼城。赵良栋于康熙二十年（1681）十月二十二日夜，率领所部，亲自冒着敌军的飞箭和石头，破南坝，夺玉泉阁，近逼新桥。敌兵据桥死守。二十五日夜，赵良栋部队与敌进行了殊死战斗，终于夺桥追至三市街，贼兵人心大乱。这时，彰泰令各路大军全部攻城，在桂花市大败吴军。二十八日夜，逆首吴世璠、伪国公郭壮图及其儿子郭淙汾自杀。二十九日，伪将军缐緘等率众出城投降。
至此，历时八年的平叛战争胜利结束。康熙半夜接到捷报，心情激动，夜不能寐，挥笔写了一首《滇平》诗：
洱海昆池道路难，捷书夜半到长安。
未矜干羽三苗格，乍喜征输六诏宽。
天未远收金马隘，军中新解铁衣寒。
回思几载焦劳意，此日方同万国欢。
平叛战争结束后，康熙顺利地解决了其他二藩的撤藩问题，采取一系列措施荡涤三藩遗留下来的污泥浊水。将三藩所控制的地区，设立八旗兵驻防，同时将藩王的财产，全部入官，以充军饷。对三藩在各地推行的苛捐杂税“悉革除之”。还下令将吴三桂藩下官兵侵占的民田，“查出给还小民”。这些措施进一步加强了中国的统一，促进了社会经济的发展。
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