新王朝的筹建，头绪繁多。李善长、刘基、宋濂等人虽然博洽坟籍，但对国家的朝纲制度等尚无经验，熟悉元代典章制度的张昶因心系元廷而被诛。因此，新王朝的建立主要是规仿古制完成的。刘基躬亲较多的主要有以下诸事。
营建新都。集庆（今江苏南京市）龙蟠虎踞，繁华形胜，为六朝古都。
朱元璋在攻克太平时，陶安就建议先攻取集庆，"抚形胜以临四方"。②其后冯胜、叶兑先后建议定都集庆。至正十六年（1356）月攻克集庆后，改为应天府，应天便成了朱元璋统治的中心。至正二十四（1360 又在此即吴王位，置中书省、建百官，应天便初具了都城规模。旧城西北直达江岸，东至北下门，距钟山尚有一段距离。但传说中金陵王气出自钟山，朱元璋期望自己及子孙们永沾王气，于是，至正二十六年（1366）八月，拓建应天城"命刘基等卜地定作新宫于钟山之阳。"①十二月，"命有司营建宫社，立宫室。"② 吴元年（1367）九月，新宫落成。为朱元璋次年正月即皇帝位创造了必要的条件。值得提及的是，朱元璋令刘基卜地建城，是刘基博洽多识，精通堪舆，明代皇宫都城的建筑自然凝聚着刘基的智慧，但附会于刘基的神话逸闻，代① ［明］王世贞：《弇州山人续稿》卷八十五《文部·浙三大功臣传》："诸大典制，封赏册封，皆基与左丞相李善长、学士宋濂计定。"① 《明史》卷一百二123355、4 十八《章溢传》。
② 《明史》卷一百三十六《陶安传》。
① 《明太祖实录》卷二十一。
② 《明太祖实录》卷二十一。
有出现，《剪烛丛编》、《烧饼歌》中都有所谓刘基筑城相地的谶纬言行，均不足凭信，本书第十三章将专门论及。
制定律历。法律制度关系到国家兴衰，生民否泰。就法律而言，因定律失当而误国者屡见不鲜，秦代二世而终，重要的原因是推行严刑峻法。秦二世甚至以"杀人众者为忠臣"。元代失国，明初识士普遍以为是法度驰纵所致。朱元璋有鉴于此，谨慎定律。明代法律制定经历了一个漫长的阶段："草创于吴元年，更定于洪武六年，整齐于二十二年，至三十年始颁示天下。"③刘基参与了吴元年的草创。当时以左丞相李善长为总裁官，参知政事杨宪、傅、御史中丞刘基、翰林学士陶安等人为议律官。朱元璋又专门召台宪官刘基、章溢、周祯等人商论法律，认为纪纲法度为治国之本，而振纪纲、明法度由御史台主司其职，百司庶职都取法于台宪。因此，明朝法律的制定由中书省、御史台共同完成。刘基是关键人物之一。
《大明律》是一部凌越前古，启迪后代的重要法律文献。杨鸿烈推赞道：《大明律》比较唐代的《永徽津》更为复杂，又新设许多篇目，虽说条数减少，而内容俱极精密，很有科学的律学的楷模，后来的《大清律》，也都是大部分沿袭这部更定的《大明律》，可以见得这书实在算得中国法系最成熟时期的难得产物。①当然刘基等人在吴元年（1367）编纂的明代律令与最后更定的《大明律》尚有很大的区别（详见《明史·刑法志》、《续文献通考》等）。而且具体内容也难以确考，②但刘基等人的草创之功，并不可没。
至正二十五年（1365），朱元璋即吴王位不久，便设置太史监，以刘基为太史令。吴元年（1367）改监为院，洪武元年（1368）改为司天监，洪武三年（1370）最终定为钦天监。太史令职在察天文、定历数、占候、推步之事。吴元年（1367）十一月，由刘基、高翼厘定成《戊申大统历》。该历依循于《授时历》，体现了不牵台律吕、卦爻，惟求合天的正确思想，因此，终明一代，虽屡有修定，但并未改宪。当然，由于年久数盈，渐差天度，交食往往不能应验，《大统历》的不足也是显见的。直到明末崇祯年间，徐光启随利玛窦采用西洋历法，写成《历书》，明代才有详密的历法。但未及颁行，明代国祚已尽，因此，《大统历》是西洋历法传入中国前传统历法的最后延续。
至正二十七年（1367）底，张士诚被消灭后，方国珍也兵败投降，北伐大军已平定山东，统一全国的大业即将完成，吴王的称号已不能适应迅速扩大的疆域、日益众多的臣民了，朱元璋由王而帝的一切准备工作已全部就绪，新王朝已呼之欲出。 1368 年，刘基择定风和日丽的正月初四这一天，朱元璋先在南郊告祀天地，举行了隆重的即位仪式，在奉天殿接受文武百官的朝贺。定有天下之号曰明，建元洪武。中国历史上一个新的统一的王朝形成了。明王朝建立后，朱元璋采取了一系列措施加强中央集权统治。刘基辅翊襄赞，屡有建树。
复兴科举。朱元璋在明王朝建立之前就广揽俊彦贤士。在即吴王位时，便敕令中书省选民间二十五岁以上资性明敏，有学识才干者辟赴中书，与练③ 《明史》卷九十三《刑法一》。
① 杨鸿烈：《中国法律发达史》，商务印书馆1930 年版，第746 页。
② 日本有延亨四年（清乾隆十二年）大藏永绥所校刊本《明令》二册。"但底本不知何据？《四库提要》亦未提及。"（详见浅进虎夫《支那法典编纂史》）。
达政事但精力既衰的年老者参用。建元洪武后，朱元璋对荐举求才的方式尤其偏爱，因此山林岩穴、草茅穷居之士都得以自达于上，由布衣而登大僚者不可胜数，这确实是不拘一格罗致人才的途径，但这主要是明初人才匮乏时的应急之举，洎洪武十七（1384）年复行科举，至建文、永乐之后则科举日重、荐举日轻。但学校、科目、荐举、铨选配合进行的培养、选拔，使用人才的方式，在明初便已形成。而开科取土，刘基赞画尤多。洪武三年（1370），朱元璋与刘基共同议定对唐、宋的试士方式稍事损益，以四书五经命题试士。但由于当时缺员甚多，令各行省连试三年，举人都免试赴京听选，并且以年少俊异为要，忽视了践履能力。明初的科举失误与朱元璋求才心切，急于擢进年少的心情有关。就明初科考的内容来看，还是兼顾考核致用能力的。当时，初场试经义二道，《四书》义一道；二场，论一道；三场，策一道。尤其是中式后十日，还专试骑、射、书、算、律五事。因此，刘基参与制定的科考程式是要求录用通经致用的士子，但在其后颁行的科举定式中，除武科还有骑、射之外，专试五事被取消。明代科举最终走向穷途，与贿买钻营、怀挟倩代、顶名冒籍等科场弊窦有关，而取消五项专试则直接导致了科考脱离了实际、脱离了社会。当然，不可否认的是，刘基参与议定的八股制义方式严重束缚了士子们的创造精神。
首倡军卫。明王朝建立后，北元尚未被完全消灭，因此，明初的西北边防仍然很紧。刘基参照唐代府兵制度，议建卫所兵制，使军籍世袭，兵农结合。此举在明初百废待兴，生产衰敝之时，兵源、粮晌得到了可靠的保证。这一兵制，成为终明一朝最主要的军事制度。卫所制的统军方式对于建立巩固的中央集权起到了重大作用。
纠劾百司、整肃纪纲。吴元年（1367），朱元璋曾立三大府，"中书总政事，部督掌军旅，御史掌纠察。"①明初沿用吴王时旧制，洪武十三年（1380），罢设丞相，撤中书省，改归六部，皇帝自操权柄。十五年（1382），御史台也改为都察院，但职能并未改变，即"纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。"①不但负责剪除豪蠢、奏劾猥茸贪冒者，而且对政事得失、军民利病都直言无避。因此，明代御史台（都察院）责职尤为清要，"朝廷纪纲尽系此。"②吴元年（1367），刘基与章溢一起任御史中丞一职，汤和、邓愈为左右御史大夫。而汤和、邓愈是"以武臣而位处文职"③，汤和在任御史大夫的次日，即被敕命力征南将军佥大都督府事，统率江南诸军讨伐方国珍。因此，在明代建国前后，主要是刘基主司御史台事。明初整肃吏治，劾除贪囊，振纪纲，致太平，刘基的作用十分重要。
敷陈王道。多年的战争，虽然给蒙汉贵族、地主豪右以沉重的打击，但整个社会也经济衰竭、人口锐减、土地荒芜。如自古繁华的扬州，到龙凤三年（1357）被朱元璋部将攻克时，"城中居民仅余十人家"。④百姓久罹兵革、困苦不堪。朱元璋与刘基议定治国之策时，刘基曰，"生息之道，在于宽仁。"① 《明史》卷七十三《职官二》。
① 《明史》卷七十三《职官二》。
② 《明史》卷七十三《职官二》。
③ 《明太祖实录》卷二十六。
④ 《明太祖实录》卷五。
⑤朱元璋则对宽仁的生民之道提出了更具体的内容，提倡节用以富民之财，减少劳役以省民力，严惩贪暴之徒以保全百姓。为此，朱元璋采取了一系列措施以安定社会、组织生产，劭农垦辟。并诏谕有司，百姓有关水利的条陈要随即陈奏。后又分遣国子生等遍诣天下，督修水利。朱元璋力图以仁政得民心，取得了明显的效果，不久便"百姓充实，府藏衍溢"，这与刘基、宋溢等人长期以来敷陈王道有关。朱元璋的惠民政策，与刘基一贯的民本思想是一致的，因此，刘基说："以仁心行仁政，实在今日，天下之幸也。"①对朱元璋与民休息的政策十分赞同。
与民休息的治国思想往往集中体现为轻徭薄赋的经济措施。赋税是国家获取财富的主要途径。适当的赋税是国家戍边御敌、兴修水利的重要财力资源，但如果统治者奢靡不俭，势必使百姓不堪承受。明朝初立，刘基曾对朱元璋说过："处州青田县，山多田少。百姓多于山上垒石作田，耕种农事甚难。"②因此，在中丞章溢定处州税粮时，本应每亩加税五合，而朱元璋特命青田县不加，并说："令伯温乡里世世为美谈也。"③刘基自请为乡里减税，虽然做法稍嫌狭隘，但也体现了刘基因地定税，以求百姓堪负的思想。洪武期间的税制政策与这一思想也基本应合，注意到了"事产厚薄，以均适其力。"④又编成鱼鳞图册，根据原坂，坟衍、下湿、沃瘠、沙卤等不同类型论质定赋，以"浙西地膏腴，增其赋，亩加二倍。"⑤但是，除此之外，朱元璋还根据各地区在统一战争中政治态度的不同，制定不同的赋税标准，如"苏、松、嘉、湖，怒其为张士诚守，乃籍诸豪族及富民田以为官田，按私租簿为税额。"⑥私租远高于官定赋税，苏州一府的官粮岁额与浙江通省相埒，乃至十分取八，目的仅是"惩一时顽民。"直到永乐、宣德年间仍拘于旧制，苏州百姓贫困之极，不获少甦，严重阻滞了江南经济的发展，延缓了新的生产方式的产生进程。这种定税方式则完全是朱元璋个人的一大"发明"，与刘基等的宽政思想正相悖背。
总的看来，在明朝初建之时，朱元璋对刘基颇为倚重，青田免征五合税粮足资证明。洪武元年（1368），朱元璋在《御史中丞诰》中对刘基屡献嘉谟，"光佐丕图"的功业予以充分的嘉许和肯定。
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