居正的时代，国库底主要收人是田赋，惟有对田赋有把握，才谈到整理财政，才谈到富国。隆庆五年已经有过征赋不及八分，有司停俸的诏令。（《明史》卷—二七《萧彦传》）神宗登极以后，下诏：隆庆元年以前的积欠，一概豁免，隆庆四年以前的积欠，免三征七。（《明史》卷二二九傅应祯传》）换一句讲，便是隆庆五年以后的积欠，一概追缴，同时还得追缴以前三年的七成积欠。考成法实行以后，规定征赋不足额的，巡抚和巡按御史听纠，府、州、县官听调。事态确实有些严重了。从书生底立场看，一切只觉得操切，但是除了整理田赋以外，在当时的环境之下，有什么方法可以增加国库收入，弥补岁入、岁出底巨大的差额？
元年，户部尚书王国光奏称：
国初天下州县存留夏税、秋粮，可一千二百万石，其时议主宽大，岁用外计赢银百万有余。使有司岁征无缺，则州县积贮自丰，水旱盗贼，不能为灾患。今一遘兵荒，辄留京储，发内帑。由有司视存留甚缓，苟事催科，则谓扰民，弊遂至此。请行天下抚、按官，督所司具报出入存留逋负之数，臣部得通融会计，以其余济边：有司催征不力者，悉以新令从事。（《明史》卷二二五《王国光传》）
这是一个整理地方财政的计划。王国光主张由地方当局整理田赋收入，除去规定截留作为地方经费者以外，一概呈报中央，再由户部统筹，作为国防的经费。这一个计划底提出、批准和实行，当然都有居正在内。经过嘉靖、隆庆两朝虚耗以后，从神宗登位起，直至万历十年，国家称为富庶，（《明史》卷—二二《张学颜传》）不能不认为居正底大功。
万历元年，六部的人事发生了两次变动。九月间吏部尚书杨博因病致仕，不久逝世。杨博底去位，当然是一个很大的损失。
居正说过：
自余登朝，则见故少师太宰杨公，心窃向慕之，公亦与余为忘年之契。公在本兵久，又遍历诸镇，躬履戎行，练习兵事。余每从公问今中国所以制御夷狄之策，及九塞险易，将士能否，公悉为余道所以，如指诸掌。故自余在政府，所措画兵事，盖得之公为多。（文集五《吏部尚书襄毅杨公墓志铭》）
杨博逝世以后，延推吏部尚书，候补人第一名、左都御史葛守礼，第二名、工部尚书朱衡，第三名、南京工部尚书张瀚。守礼资望最好，朱衡在河工方面，成绩最著，但是居正认定张瀚清贞简靖，独用张瀚。本来第三名称为陪推，照例是用不到的。因此张瀚对于居正，真是感激，在人才进退的方面，不免受内阁底影响。
礼部尚书陆树声因为对于内阁感到不愉快，请求致仕，居正托树声底弟弟树德去挽留，但是树声去志坚决，只得由他去了。居正自己到树声家中，要他椎荐替人，树声推荐南京礼部侍郎万士和。十二月间，礼部尚书也换了人。
在边疆方面，最重要的变动是宣大总督底更换。宣大是当时最重要的地方，对付俺答封贡，王崇古尽了最大的努力，但是崇古需要休息了，居正提出方逢时。一次在文华殿上，神宗问道：
“宣大重镇，为什么要取回王总督？”
“朝廷用人，不宜把他底力量用尽。王崇古在宣大久了，应当休息一下，他日不妨再用，”居正说。
“谁可以代王崇古？”神宗又问。
“方逢时可代，”居正答。（参书牍五《与王鉴川言兢业边事》）
这样决定了王崇古入理京营戎政，方逢时补宣大总督的诏令。逢时本来是和崇古共事的，一切都很顺利。
北边的问题，暂时稳定了，但是广东、广西和四川还需要处分。处分的方法，第一便要使得地方负责官吏，感觉地位底稳定。居正和神宗也说起：
“现在南北督抚，皆臣亲自选用，能为国家尽忠任事之人。皇上宜加信任，不要听浮言，加以苛求，使他们无从展布。”
“先生底话说得是，”神宗说，“先生公忠为国，所用的人那有不当的。”（参书牍六《答殷石汀言终功名答知遇》）
广东离北京太远，地方又太富庶了。中央鞭长莫及，吏治不能澄清，贪官愈多，民愤愈大。政治底不良，成为地方治安的大祸。嘉靖中年以后，和平、龙南一带，李文彪、谢允樟、赖清规，都称王，占据江西、广东交界的地方，但是政府因为受到倭寇底牵掣，始终无力应付，直到四十四年，才算稍为安定一下。隆庆年间，惠州蓝一清、赖元爵，潮州林道乾、林凤、诸良宝，琼州李茂都起事了，整个的社会，不能安定。居正曾经说过：“嘉、隆之间，广州处处皆盗，议者谓岭表非我版图矣。”（书牍十一《答两广刘凝斋言贼情军情民情》）形势真是非常的严重。隆庆五年八月，高拱和居正商定，调殷正茂总督两广军务，决定进兵。居正和正茂说起：“治乱国，用重典。广固乱国也，其势非用兵威以震荡之，奸宄不畏，良民无依。”（书牍四《答两广殷石汀计剿广寇》）以后募浙兵，发马价，一切都由正茂放手去做。居正当国以后，更和正茂说：
广事之坏，已非一日，今欲振之，必宽文法，假便宜乃可。近来议者纷纷，然朝廷既以阃外托公，任公自择便宜行之，期于地方安宁而已，虽弹章盈公车，终不为摇也。（书牍四《答两广殷总督》）
万历元年，潘季驯又和居正谈起，也是悬念广东的兵事。居正肯定地说：“广事近以属之殷司马，此君才略，足以办此，又假以便宜，兵食期一二年，当得荡定。”（书牍五《答潘总宪笠翁》）果然就在这一年中，将广东方面，逐步安定，只剩诸良宝、林凤未平，不幸广东军队，在进攻中，受到一些意外的挫折，居正和正茂再说：
诸良宝必死之寇，而各官乃易视之，其败固宜。一撮许残贼不能克，则诸山海逃伏之盗，必将乘势再起，将来广事，不可便谓无虞。大抵南贼，譬之蔓草，铲尽还生。从古以来经略南方者，皆未能以一举而收荡平之功，其势然也。今当申严将令，调益生兵，大事芟除，见贼即杀，勿复问其向背。诸文武将吏有不用命者，宜照敕书，悉以军法从事，斩首以徇。了此，则诸不逞之人，皆破胆而不敢旁睨矣。不惜一朝之费，而贻永世之安，惟公留意焉。（书牍五《与殷石汀经略广贼》）
统治者下了镇压的决心，正茂当然出力，万历元年四月，潮州一带的军事成功了，只有林风和部下出海，在福建、广东的海岸线活动，最后完成他在海外发展的使命。
在广西方面，当殷正茂由广西巡抚调任两广总督的时候，继任的是郭应聘。这时府江瑶也起了一次大动乱。府江是从桂林到苍梧的桂江，在阳朔到昭平三、四百里这一段，两岸都是瑶山。瑶人进攻永安州、荔浦县，掳去知州杨惟、都指挥胡潮。桂江交通中断，各县城门，白天都不敢开，形势严重极了。居正一面吩咐应聘调集大军，一面说；
两江寇盗，（广西有左江道右江道，故云两江）为患久矣，异时居官者，皆畏首事，莫敢发，故其患滋甚。今乘古田之余威，（今广西古化县。隆庆四年殷正茂、郭应聘平古田）用足下之妙算，歼此狐鼠，谅不为难。但炎荒瘴病之地，屯数万之众，役不宜淹久，贵在临机速断，沈谋遄发，先并力以破其一巢，则余贼自然破胆，次第可平。若以三万之饷，与之相持于钦、岑之间，使贼跧伏溪洞，以逸待劳，非计之得者也。兵机不敢遥制，特献其瞽见如此，惟高明采择焉。（书牍四《答两广郭华溪计剿广寇》）
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