近来朝政愈觉清泰，宫闱之内，蔼然如春，肃然如冬。主上锐意学问，隆寒不辍，造膝谘访，史不殚书。（同卷《与河道万巡抚沦河漕兼及时政》）
隆庆六年十二月，居正进《历代帝鉴图说》，自称：
谨自尧舜以来，有天下之君，撮其善可为法者八十一事，恶可为戒者三十六事。……每一事前，各绘为一图，后录传记本文，而为之直解，附于其后，分为二册，以辨淑慝。（奏疏三《进帝鉴图说疏》）
这是一种绘图立说的故事书，对于不满十岁的皇帝，不能不认为富有教育意义的著作。神宗在文华殿看到居正捧着这两册故事书，快活得站起来，忙教左右把《图说》揭开，居正从旁指点讲解。一次讲到汉文帝劳军细柳的故事，居正说：“皇上应当留意武备。祖宗以武功定天下，如今承平日久，武备日弛，不可不及早讲求。”神宗听到，只是一连地称“是”。居正把自己整饬武备、抵御外侮的主张，完全提出。
还有一次关于居正进讲的事实，在万历四年二月二十九日。这一年神宗十四岁。神宗早些时在习字的时候，进讲官写好太祖底《大宝箴》作为影格，居正看见便说：
“这一篇文章和君德治道，都很关切。皇上不仅是摹写，还要能背诵；不仅是背诵，还要能讲解。”
随后居正进《大宝箴注解》一篇。二十九日神宗在文华殿，召居正到御座面前，自己站起来，高高地举起《大宝箴》交给居正。居正站着，神宗把全文高声背诵一遍。背诵以后，居正再行讲解，关于《大宝箴》引用的故事，神宗全明白。最后讲到“纵心乎湛然之域”一句：
“这不过说人应当虚心处事，”神宗说。
居正拱起两手称贺说：“正是虚心两字，可以解释这一条的意义。人心所以不虚的原故，全是因为私意底混杂。水是最清的，混了泥沙以后，水便不清；镜是最明的，蒙上灰尘以后，镜便不明。皇上只要涵养此心，除去私欲，和明镜、止水一样，自然好恶刑赏，无不公平，万事都办好了。”（奏疏十一《送起居馆讲大宝箴记事》）
居正对于神宗，正和一位尊严的小学教师一样，利用一切的机会，要把自己底学生，领上理想的境界。他看到小学生正在一步步地跟着自己迈进，心里感觉到无限的喜悦。然而他忘去学生只是一个人，是人便有人底无限的光精，同样也有人底必然的缺陷。何况神宗是世宗底孙子，穆宗和李太后底儿子，在他底血管里，正动荡着倨傲，颓废，和那委曲迁就，伺机图逞的血液！
神宗在讲官们底教导中，逐日成长了，但是小学教师底眼光里，只看到一个驯伏听话的学生。一次神宗朗诵论语的时候，失于检点地竟把“色勃如也”读作“色背如也”。在旁站着的居正厉声说，“应当读作‘勃’字。”这一下神宗真有些“勃如”，但是居正没有看到。
性质倔强的人，遇到压迫的时候，常会感到非常的烦闷，成人如此，小孩子也如此。有时小孩子受到父母和师长底压迫以后，便对弟妹发作一番；再不然，看到小狗、小猫，也得踢一脚，这是方向的移转，发作还是发作。神宗对于居正，真是恭敬到万分，慈圣太后要他这样，他能不恭敬吗？还有司礼监冯保呢！这是管理宫内一切事务的人，慈圣太后都听他底话，自己更得听话了，神宗称他“大伴”，连名字都不便提，正和只称居正为“先生”一样。小小的心灵，对于“大伴”已是非常地悚敬，何况在文华殿的时候，连“大伴”也肃然地站在那里，自己能不用心听话吗？居正讲到国家大事，“大伴”又那样耳提面命地道，“‘先生’是先帝托孤的忠臣，‘先生’说的话，皇上要得仔细听啊！”于是居正面上，又蒙上一重特有的庄严，神宗驯服得和小羊一样。
但是神宗常时感到异常的烦闷。十岁的时候，慈庆宫后房毁了，御史胡涍请放归后宫宫人，内称“唐高不君，则天为虐”。神宗大怒，要他明白回奏，经过居正再三解释，胡涍还得到斥逐为民，永不叙用的处分。十二岁的时候，内监张进醉酒放肆，言官交章弹劾，神宗勃然大怒，认为言臣干涉宫内琐事，完全是欺蔑皇上。（书牍六《与南台长》）十四岁的时候，看到奏疏中提到江洋大盗“缚王劫印”一句，神宗震怒非常，认为抚按处罚太轻。居正说：“盖主上恒以冲年，恶人之欺己，故以失事为可道，而以隐匿为深罪也。”（书牍八《答操江王少方》）居正看到神宗因为自己年幼，常时痛恨诸人之相欺，但是居正没有豫料到这和万历十年以后，神宗痛恨居正，是有同样的心理根据。
经过隆庆六年的政变，居正所得的是国家的重任，同时他还得应付慈圣太后、冯保和神宗，——这三位不能轻易应付的主人。
第八章 初步的建设（上）
愿以深心奉尘刹，不于自身求利益。
他对于政治的认识，是只有把握，没有放弃；只有前进，没有后退；只有牺牲，没有畏缩。现在是他底时代了。万历元年，他曾讲到这时的心理状态：
去年、当主少国疑之时，以藐然之躯，横当天下之变，比时唯知办此深心，不复计身为己有。（书牍五《答李中溪有道尊师》）
他认定嘉靖年间的废弛，和隆庆年间的混乱，一切的症结只是纪纲不振。所以他入手的方略便是整饬纪纲。明代掌握政权者底武器是京察，京察底大权在手，便可以澄清吏治，整肃官常。就在隆庆六年七月间，居正奏请举行京察，五品以下的由吏部、都察院会同考察，四品以上的责令自陈。京察终了，十六日神宗下诏戒谕群臣，这是居正底手笔：
朕以幼冲，获嗣丕基，夙夜兢兢，若临渊谷，所赖文武群臣，同心毕力，弼予寡昧，共底升平。乃自近岁以来，士习浇漓，官方刓缺，钻窥隙窦，巧为躐取之媒，鼓煽朋俦，公肆挤排之术，诋老成廉退为无用，谓谗佞便捷为有才。爱恶横生，恩仇交错，遂使朝廷威福之柄，徒为人臣酬报之资，四维几至于不振；九德何由而咸事。朕初承大统，深烛弊源，亟欲大事芟除，用以廓清氛浊，但念临御兹始，解泽方覃，铦锄或及于芝兰，密网恐惊乎鸾凤，是用去其太甚，薄示戒惩，余皆曲赐矜原，与之更始。《书》不云乎？“无偏无党，王道荡荡，无党无偏，王道平平。”朕方嘉与臣民，会归皇极之路，尔诸臣亦宜痛湔宿垢，共襄王道之成。自今以后，其尚精白乃心，恪恭乃职，毋怀私以罔上，毋持禄以养交，毋依阿淟涊以随时，毋噂沓翕訾以乱政。任辅粥者当协恭和衷，毋昵比于淫朋，以塞公正之路。典铨衡者当虚心鉴物，毋任情于好恶，以开邪枉之门。有官守者，或内或外，各宜分猷念以济艰难。有言责者，公是公非，各宜奋谠直以资听纳。大臣当崇养德望，有正色立朝之风；小臣当砥砺廉隅，有退食自公之节。庶几朝清政肃，道泰时康，用臻师师济济之休，归于荡荡平平之域；尔等亦皆垂功名于竹帛，绵禄荫于子孙，顾不美钦？若或沈溺故常，坚守旧辙，以朝廷为必可背，以法纪为必可干，则我祖宗宪典甚严，朕不敢赦。百尔有位，宜悉朕怀，钦哉故谕！（见奏疏二《戒谕群臣疏》）
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