这里在推许以外，便有一层期望。他期望冯保继续努力，永保令名。居正身后，他底儿子懋修收集居正遗著底时候说起：
懋修谨案先父之与冯司礼处也，亦宫府相关，不得不然，谢世之后，言者用为罪端。今观其于豫藏文，惓惓勉以令名，固非阿私贿结者。……可见先父当主少之时，于左右侍近，其调处之术，可谓深矣。不然，以先父之严毅，使左右不服其调处，亦将奈之何哉！苦心国事者，自当有推谅其衷者矣。
居正当国的时候，他要应付三个重要的人物，——李太后、冯保、神宗。从表面看，当然是十岁的神宗，最容易应付了，但是事实上这是最大的困难。居正身后发生种种的波折，完全因为这一方面的失败。
神宗这时只有十岁，无论高拱当时在内阁里怎样说的，“十岁太子”毕竟只是“十岁孩子”。但是神宗年龄虽小，已经开始明了政治；他知道他是主人，然而他也知道在他没有支配实际政治的时候，他还得受人支配，甚至对于他底支配者，还得博取应有的好感。在当国的十年之中，居正是首辅，是独裁者，是皇帝底师傅，实际上他是神宗底支配者；神宗当然时时感到博取居正好感的必要，但是同时他也知道他是居正底主人。他对于自己底地位，正感到一种不平，他甚至要希图报复；所以他对于居正的好感，因为自卑心理底缺陷，日后突变为对于居正的恶感。居正是一个精明不过的人，但是正因为神宗年纪太小，一切都被瞒过了。假如历史底重演可信，我们不妨说居正和明神宗的关系，很有一些与霍光和汉宣帝的关系类似，但是正因为重演不会是完全的重演，所以还有许许多多的不同。
穆宗和他底父亲世宗全不一样，但是神宗和他底祖父便有许多类似的地方。这是所谓“隔代遗传”。世宗十六岁即位，享国四十五年，神宗十岁即位，享国四十八年；世宗是一个全权的统治者，神宗亲政以后，也是如此；世宗自嘉靖二十年以后，不亲朝政，神宗中年以后，也是怠于国政。在这些方面，神宗正和他底祖父一样，然而他也是李太后底儿子。他从母亲那里所得的是谨慎小心，是胆怯，是恭顺，但是在政权到手的时候，他便知道怎样运用。他一步不肯退让，甚至因为满足自己的欲望，他可以打破惯例，给对方以不必要的难堪。母亲不是曾领导自己，在清晨的雨道上，走到嫡母皇后那里去请安吗？但是现在母亲和嫡母还不是同样的皇太后？这小小的心灵，正在遗传的本能以外，又加上一些习得的经验。
李太后对于神宗，正是一个最能干，最负责任的母亲。穆宗逝世以后，皇上所住的乾清宫，照理只能由皇帝住了。仁圣太后本来是住在别宫的，现在退居慈庆宫；但是慈圣太后因为神宗年幼的关系，仍旧陪着儿子住在乾清宫，直到神宗大婚为止。平时她督责儿子读书，在书没有读熟的时候，便罚在地下长跪。皇帝跪在地下，还象什么皇帝，但是这是太后底懿旨，所以他还是跪下了。在讲官们讲书以后，神宗回到宫中，李太后又得下令复讲，当然还得复讲。三、六、九这几天，是早朝的日期，天亮还远得很呢，一听到五更柝、柝的声音，李太后自己来了，把十岁的孩子，从睡梦朦胧中喊起，宫娥给洗过脸以后，便得赶紧坐上肩舆上朝。做皇帝真不是一份好差使，但是神宗也明白，“谁敢违背母亲底意旨呢”？
居正在神宗即位以后，随即请御日讲，他和吕调阳疏称：
臣等谬以菲陋，职叨辅弼，伏思培养君德，开导圣学，乃当今第一要务。臣居正又亲受先帝顾托，追惟凭几之言，亦惓惓以讲学亲贤为嘱，用敢冒昧上请。今一应大典礼，俱已次第修举，时值秋凉，简编可亲。（奏疏二《乞崇圣学以隆圣治疏》）
明代皇帝底教育，一种是经筵，一种是日讲。经筵是最隆重的，每月逢二的日期举行。照例盛暑和严寒的时候都停止经筵，用现代术语，就是放寒假、暑假。举行经筵的时候，勋臣、大学士、六部尚书、都御史、翰林学士等都要到齐，由翰林院春坊等官及国子监祭酒进讲经史。一切的典礼很隆重，不过皇帝不御经筵，自动放假的事，不是没有。但是神宗的最初十年，谈不到自动放假。由万历元年规定以后，每年春讲以二月十二日起，至五月初二日止；秋讲以八月十二日起，至十月初二日止，不必题请。简单说，就是上学期九讲，下学期九讲，都有固定的日期。
神宗底经筵，虽自万历元年二月起，但是隆庆六年八月间，日讲就开始了。日讲在文华殿举行，不用侍卫、侍仪、执事等官，只用讲读官、内阁学士待班。开始日讲的功课，居正给神宗规定如次：
一、伏睹皇上在东宫讲读，《大学》至传之五章，《尚书》至《尧典》之终篇。今各于每日接续讲读，先读《大学》十遍，次读《尚书》十遍，讲官各随即进讲毕，各退。
一、讲读毕，皇上进暖阁少憇，司礼监将备衙门章奏，进上御览，臣等退在西厢房伺候。皇上若有所谘问，乞即召臣等至御前，将本中事情，一一明白敷奏，庶皇上睿明日开，国家政务，久之自然练熟。
一、览本后，臣等率领正字官恭侍皇上，进字毕。若皇上不欲再进，暖阁少憇，臣等仍退至西厢房伺候。若皇上不进暖阁，臣等即率讲官再进午讲。（按正字官“掌缮写、装潢、诠其讹谬而调其音切”，见万历本《明会典》卷五十二）
一、近午初时，进讲《通鉴节要》，讲官务将前代兴亡事实，直解明白，讲毕各退，皇上还宫。
一、每日各官讲读毕，或圣心于书义有疑，乞即下问，臣等再用俗说讲解，务求明白。
一、每月三、六、九，视朝之日，暂免讲读。仍望皇上于宫中有暇，将讲读过经书，从容温习。或看字体法帖，随意写字一幅，不拘多少，工夫不致间断。
一、每日定以日出时，请皇上早膳毕，出御讲读；午膳毕，还宫。
一、查得先朝事例，非遇大寒大暑，不辍讲读。本日若遇风雨，传旨暂免。（奏疏二《拟日讲仪注疏》）
这是神宗底课程表。后来《通鉴节要》讲完，续讲《贞观政要》。
神宗这时还不足十岁，但是居然担负这样繁重的课程。他对于张居正，真是十分亲近和尊崇。在这一年，居正曾经屡次说到神宗和自己的关系：
所幸主上年虽幼冲，聪睿异常，又纯心见任，既专且笃，即成王之于周公，恐亦未能如是也。但自愧菲劣，不足以堪之。目前景象，似觉穆清，自今而往，惟当益积悃诚，恒存兢业，恪循轨辙，按辔徐行耳。（书牍四《答两广殷石汀》）
幸主上虽在冲年，已具大有为之度，近又日御便殿讲读，因而商榷政事，从容造膝，动息必咨，仆亦得以罄竭忠悃，知无不言，言无不信。（同卷《与王鉴川言虏王贡市》）
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