嘉靖三十七年，戊午，崇端王翊〔钅爵〕袭封，居正奉命到汝宁册封崇王。汝宁去江陵不远，居正便道回家，这是他最后一次看到他底父亲。万历六年三月居正上《再乞归葬疏》：“痛念先臣生臣兄弟三人，爱臣尤笃。自违晨夕十有九年，一旦讣闻，遂成永诀。”其言指此。在他回家的时间，依然免不了辽王宪㸅底纠缠。《种莲子戊午稿序》，是一篇奉命的文章。序言“今年秋，以使归谒王，王手诗三册曰，‘此近稿也。’不佞受而读之”，可证。“种莲子”是辽王宪㸅底别号。
就在这一年，严嵩和徐阶底斗争，逐渐具体了。嘉靖三十七年三月，刑科给事中吴时来、刑部主事张翀和董传策同日上疏，弹劾严嵩。时来疏称：
顷陛下赫然震怒，逮治偾事边臣，人心莫不欣快。边臣群軍朘军实，馈执政，罪也。执政受其馈，朋奸罔上，独得无罪哉！嵩辅政二十年，文武迁除，悉出其手，潜令子世蕃出入禁所，批答章奏，世蕃因招权示威，颐指公卿，奴视将帅，筐篚苞苴，辐辏山积。犹无餍足，用所亲万寀为文选郎，方祥为职方郎，每行一事，推一官，必先秉命世蕃而后奏请。陛下但知议出部臣，岂知皆嵩父子私意哉！他不具论，如赵文华、王汝孝、张经、蔡克廉，以及杨顺、吴嘉会辈，或祈免死，或祈迁官，皆剥民膏以营私利，虚官帑以塞权门。陛下已洞见其一二。言官如给事中袁洪、张璒，御史万民英，亦尝屡及之。顾多旁指微讽，无直攻嵩父子者。臣窃谓除恶务本，今边事不振，由于军困，军困由官邪，官邪由执政之好货，若不去嵩父子，陛下虽宵旰忧劳，边事终不可为也。（用《明史卷二一〇吴时来传》节录本）
张翀疏称：“臣每过长安街，见嵩门下，无非边镇使人，未见其父，先馈其子，未见其子，先馈家人。家人严年，富已逾数十万，嵩家可知。私藏充溢，半属军储，边卒冻馁，不谋朝夕，而祖宗二百年豢养之军，尽耗弱矣。边防既隳，边储既虚，使人才足供陛下用，犹不足忧也。自嵩辅政，藐蔑名器，私营囊橐，世蕃以驵侩资，倚父虎狼之势，招权罔利，兽攫鸟钞，无耻之徒，络绎奔走，靡然从风，有如狂易，而祖宗二百年培养之人才尽败坏矣。”传策疏中，更列举严嵩坏边防、鬻官爵、蠹国用、党罪人、骚驿传、坏人才六罪。三人同日上疏，同样着重边防，很容易引起严嵩底猜疑。
严嵩看见吴时来、张翀，都是徐阶底门生，董传策是徐阶底同乡，认定有人主使。便一力在世宗面前挑拨。世宗不听，后来时来遣戍横州，张翀遣戍都匀，传策遣戍南宁，比杨继盛底惨祸，显然不同。徐阶底地位，已经逐渐提高了，对于他们，隐隐地成为保障。以后穆宗即位，徐阶当权的时候，三人都起复原官。
嘉靖三十八年五月，徐阶晋吏部尚书。这是一个崇衔，因为实缺的吏部尚书还有吴鹏。三十九年徐阶再从少傅晋太子太师，就在这一年，居正从翰林院编修，升右春坊右中允，管国子监司业事。
翰林院编修正七品，右中允正六品，在官阶上进了一品。明代有左春坊、右春坊，管太子奏请、启笺及讲读之事，长官为春坊大学士，其次则有庶子、谕德、中允、翊善，司直郎等官。但是后来都成为翰林官升转的虚衔，没有一定的职务。所以居正实际的职务，只是国子监司业。明代南北两京都有国子监，是当时的国立大学，但是因为只有两个国子监，所以比现在的国立大学，地位更加隆重。国子监底长官是祭酒，其次是司业，就是国立大学校长和副校长。在居正当司业的时候，国子监祭酒是高拱。徐阶、高拱、张居正，是嘉靖末年直到隆庆六年政治界的三个主要人物。
高拱新郑人，字肃卿，又号中元。嘉靖二十年进士。曾为裕王侍讲九年，和裕王的关系很深。世宗自庄敬太子死后，不立太子，裕王便是实际的太子。东宫宫僚，照例是大学士的候补人，所以严嵩、徐阶当政的时候，对于高拱，都是非常地器重，以后高拱升国子监祭酒，便是他们底主张。高拱和居正在国子监同事的时候，他们互相了解，都看到日后两人在政治界的地位。
嘉靖四十年春，俺答自河西踏冰人寇，七月犯宣府，九月犯居庸关。十一月俺答底侄儿吉能犯宁夏，进逼固原。十二月他底弟弟把都儿犯辽东盖州。这一年鞑靼底攻势虽不特别紧张，但是范围很广泛，正面的北方以外，东北和西北都受到他们底蹂躏。敬修《文忠公行实》，特别提到“四十年犯蓟”的记载。这一年鞑靼底进攻，给与居正一个新的刺激，大致他和敬修父子间常时谈到，后来便留下这个记载。
四十年十一月，西苑大火，世宗因为所住的永寿宫被毁，只得暂住玉熙殿。他看到地方又窄又小，和严嵩、徐阶计较。严嵩劝世宗仍还大内，不料触动了世宗无限的伤感。十九年以前，嘉靖二十一年十月底夜间，世宗宿在曹端妃宫里的时候，宫婢杨金英定谋，几乎把世宗勒死，幸亏方皇后来了，才把世宗救活。那时他在惊惶底中间，话都说不出来。方皇后传圣旨，把杨金英、曹端妃都杀了。杨金英的死不说了，世宗眼看端妃被杀，连申辩底机会也役有。端妃底冤枉，世宗是明白的，但是却怨不得救命的皇后。一个温馨的好梦，剩得血腥的回忆。从此以后，他不再回宫了，西苑是他底世界。“啊，严嵩，”世宗想，“大内是回不得的了！”在世宗沉吟底当中，徐阶早看到神态底不安。
“那倒不必，”徐阶说，“最近重盖奉天殿、华盖殿、谨身殿，所余的材料很多，交给工部尚书雷礼，用不到很久，尽可重盖一座。”
“就这样罢，”世宗高兴地说，一边加派徐阶底儿子徐璠为工部主事，负责督工。
嘉靖四十一年的春天，万寿宫盖好了，世宗住进以后，很得意，升徐阶为少师，兼食尚书俸，徐路也升太常少卿。从此严嵩底势力，逐渐地低落；徐阶底势力，便逐渐底高涨。
就在这年，御史邹应龙给严嵩一个严重的打击。初夏是多雨的时节，一个阴雨蒙蒙的日期，应龙在内监家里躲雨。淅淅的雨声在窗外打个不住，应龙和内监说：“近来内里有些什么事咧？”
内监当然知道的。但是说，“啊，说不得，说不得！”
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