7月，去东北参观农事试验场、学校、铁道，俄国人办的糖厂等，历时半月。9、10月间，去武汉，租办的武昌大维纱布厂开机，决定该厂办事人的权限职责。10月10日，武昌起义爆发。10月14日，从武汉至江宁，见驻防将军铁良，动员铁良奏请清廷“速颁行宪法之谕”。11月13日，在上海教育总会召开组织临时议会。11月17日，报载张謇被派为江苏宣慰使。12月4日，剪去辫发。
1912年（民国元年壬子）1月1日，孙中山在南京就任临时大总统，宣告中华民国成立。1月2日，被新政府推为实业部总长。1月3日，与孙中山在南京谈论政事。1月6日，与孙中山、黄兴提出，汉冶萍钢铁厂不可与日本人合资。因孙、黄无法解决经费，决定同日本人签约，张謇辞实业总长，返通。夏，规建南通医院、残废院、盲哑学校。9月，抵京，会见章太炎于贤良寺。11月，中华民国国务院电许张謇辞江苏两淮盐政总理职。
1913年（民国二年癸丑）春，规划设立南通气象台及纺织学校、公园；出银元八百建常乐女子小学。
9月，创办的南通幼稚园保姆传习所开学。10月16日，抵京，出任北洋内阁工商、农林部部长。12月，被任命为全国水利局总裁。
1914年（民国三年甲寅）春，离京南行，同荷兰工程师贝龙猛等人复勘淮河，历时一个月后回京。
7月，主持农商部颁布商人通例实施细则和公司条例施行细则，以及商业注册规则、公司注册规则；通知各省农林机关办理观测事务。9月，主持制订公司法、狩猎法、商会法。10月，南下勘视淮灾后回到南通。
12月底，美国政府派植棉专家欧洛德来通，调查引种美棉的情况。
1915年（民国四年乙卯）2月，为南通教育、慈善须设基本产而向政府“请地十五万”，得袁世凯批准。3月，率部员查勘山东、安徽林牧试验场；参加江苏河海工科学校开学典礼。5月，辞农商部长一职。8月，请假南归。12月，袁世凯授意参政院拥戴其恢复帝制，时张謇仍请假在家，后电告政事堂，再请辞水利局总裁之职，获许。之后，张謇致力于地方实业、教育事业。
1916年（民国五年丙辰）春节，因侄儿念祖犯法，给海门县王知事讯，请令警察所将念祖押送于海门习艺所。3月，创办的南通残废院开始收养残废人49名。6月，至上海，被推为中国银行股东联合会会长。9月，创办的南通乙中农校开学。11月23日，为蔡锷（松坡）作挽联：“国民赖公有人格，英贤无命亦天心。”
1917年（民国六年丁巳）春，组织南通农校开露天棉作展览会，四千余农民前去观看。11月16日，为常乐高等小学学生演说。
1918年（民国七年戊午）12月25日，应邀去上海参加“主张国际税法平等会”成立大会。大年三十，回常乐扶海宅，为颐生酿造厂写厂联：“有秫足供彭泽酿，如荣能表洞庭春。”
1919年（民国八年己未）4月，去青龙港视定闸地。5月，因出席巴黎和会的英、美、法三国首脑擅自决定由日本继承德国在山东所占的一切权利，张謇致电总统，请让出席巴黎和会的中国专使不签约。
7月，决定创办大生三厂，地址选在常乐南八里许，破土动工。9月，创办的工商补习学校和交通警察养成所先后开学。11月，筹建南通蚕桑讲习所。
1920年（民国九年庚申）春，为盐业事去扬州，盐城；至东台，规视母里师范校地。
1921年（民国十年辛酉）4月，创办的淮海银行海门分行开业。秋，因风雨水涨，赴扬会韩国钧勘河，会同高邮、宝应、江阴、盐城、泰兴、兴化、东台等七县协调防洪。12月，作东台之行，治王家港，泄积潦。由小海至海滩施工处，小海数百乡民执香夹道而立。
1922年（民国十一年壬戌）夏，至吕四，视察新闸落成。10月，政府给张謇授勋。
1923年（民国十二年癸亥）春，根据日记，自订年谱。依然参加各实业董事会。立秋，至海门，为溥善堂开会。
1924年（民国十三年甲子）春，在上海参加港务会议和中国银行、交通银行会议。
1925年（民国十四年乙丑）3月12日，孙中山在北京逝世。3月底，在南通公共体育场，开会追悼孙中山先生。夏，海门西二区保坍会开会，不顾年迈，仍去天星镇会所与会。
1926年（民国十五年丙寅）春，去通海垦牧公司巡视。初夏，通海官绅会勘县界，至老洪港。8月初，因病卧床不起。8月24日，逝世于南通濠南别墅，遗体安葬于南通城南郊，北枕城垣，南面长江。
墓地系生前选定，并嘱不铭不志。
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