北上渡黄河后，他至武家墩又一次阅视高家堰堤工，乘船至德州登岸回京。这是乾隆最后一次阅视河工。
当时河臣请将高家堰堤工中的三堡、六堡等低矮砖堤加高，乾隆认为石工比砖工经久耐用，指示地方官不必吝惜帑金，仍修筑石工。在徐州附近，他命令嵇璜、萨载等会同勘察两岸石堤，凡不足十七层的一律加高至十七层，建成了非常坚实壮观的河防工程。乾隆视察河防后由水路北归，从德州登陆路，于五月初九日回圆明园。
第六次南巡从1784年（乾隆四十九年）正月二十一日开始。前五次南巡时，乾隆曾谕令将江苏、安徽、浙江等省军流以下人犯各予减等发落，这次南巡时因天旱祈雨，减刑的地区除苏、浙、皖三省外，又增加直隶、山东两省。减省刑法，“用播德音，以符宽大”，也是乾隆南巡时安定社会秩序，收买民心，维系满、汉联合的一种办法。乾隆到山东时至岱庙行礼、谒少昊陵奠酒、祭祀周公庙、临孔庙瞻礼、去孔林祭酒。渡黄河后沿运河南下至浙江石门县，乘马度城后，乘轻舟最后一次去海宁阅视海塘，又至尖山观潮，然后回到杭州。当时，《四库全书》已经编纂完成，乾隆以“江浙为人文渊薮”，命将缮写的六部《四库全书》中的三部，分别藏于扬州大观堂之文汇阁、镇江金山寺之文宗阁、杭州西湖孤山之文澜阁，以“嘉惠士林”。为了让这一部我国历史上空前规模的大丛书能够充分发挥作用，他告诫地方官员对这些书不必过于珍护，使读书稽古之士“无由得窥美富”、“千箱万帙徒为插架之供，无裨观摩之实”，并规定这三部“四库全书”在分藏文汇、文宗、文澜之阁后，“如有愿读中秘书者，许其陆续领出，广为传写”。
这次南巡，乾隆同样非常注意满汉之间的联合，四库全书馆副总裁王杰丁母忧回籍，专赴觐见。七十多岁高龄的乾隆高兴地说：“汝来甚好，君臣久别，知尔应念我，”造成君臣之间的父子般亲切气氛。乾隆在杭州时，为了振兴武备，又一次检阅了福州水师。
当这位老皇帝结束了他的最后一次巡行回程北上时，在杭州非常感慨地对诸皇子和军机大臣说：“我皇祖（康熙）临御六十一年，六巡江浙，深仁厚泽，浃髓沦肌，臣民爱戴思慕，出于至诚。朕缵绪以来，敬绍前谟，亦六度南巡，凡筹办河工海塘事宜，无一不仰承彝训。”要求军机大臣等对他自己南巡的措施以及“诸臣及仆役之如何守法，地方大小官吏之如何奉公，民人之如何瞻觐亲切”，进行评论，“一有不如此，未可言南巡”。这里，除去颂扬之词外，乾隆表明了南巡是承续了康熙的前例的。乾降回程时再一次去江宁，最后一次亲自祭奠了明太祖陵，沿运河北上至德州登陆，从陆路于四月二十三日回圆明园。
乾隆六次南巡，从其主要方面来说是积极的、应予肯定的。
在政治上，经过康熙，雍正年间加强中央集权、巩固国家统一的斗争，在乾隆时期，统一的多民族的封建国家已发展到一个新的阶段。但是，即使是在被史家称之为封建盛世的乾隆时代，某些少数民族的上层反动集团发动的叛乱活动仍然连续不断，英、俄等殖民主义侵略势力长期在我国边疆制造分裂活动，某些外国封建统治者公然入侵我国的领土。巩固国家的统一，维护各民族的联合和团结，捍卫祖国领土主权的完整，仍然是乾隆面临的重要任务。乾隆南巡期间采取的一切优容汉族官僚士绅，选拔优秀的汉族人才，蠲免地方租赋和减省地方刑罚，奖励年寿很高的汉族人民，祭奠历代汉族名人和皇帝祠墓，祭奠孔庙、孟庙、岱庙、周公庙、大禹庙等汉族几千年来崇拜和尊敬的神庙，等等，都是为了从政治上、思想上联合和团结汉族地主阶级，争取汉族人民对清政权的支持。
乾隆的主观目的当然是为了巩固清政府的统治，但是，在客观上这些措施对于巩固统一的多民族封建国家，保证我国当时的强盛和安宁都是必要的。在经济上，乾隆继承了康熙治政务实的传统，在六次南巡中，五次亲自阅视河工，四次亲自阅视海塘，对这两项直接关系到封建国家的巩固和人民生命财产安全的大工程能亲自踏勘考查，对有意见分歧的工程技术问题不匆忙决断，而能认真听取地方人士的意见，作出不少考虑周详，比较正确的治理决策，纠正地方官员中那种浮夸不实、崇尚空谈的作风，特别是当他年过七十以后的最后两次南巡中，还分别巡视了河工和海塘，对过去工程中未曾解决的善后问题作了考虑周详的决定。
如果我们摒弃民族的偏见，坚持用实事求是的科学态度来评价历史人物，应该承认和肯定乾隆在南巡中那种一贯治政务实、勤于政事的可贵之处和对当时社会经济发展所起的进步作用。在思想文化上，乾隆在南巡中极力提倡和宣传汉族的思想文化，优容和奖励汉族的著名学者，选拔对治政具有卓见的优秀人才，对当时我国政治和思想文化的发展也是有利的。因此，乾隆南巡是清代中期历史上一件值得一书的大事，我们应该承认和肯定它对当时我国统一的多民族的封建国家进一步巩固和发展所起的积极作用。
但是，乾隆南巡也有很多消极面。首先，虽然乾隆一再谕令官员南巡时要“力戒粉饰增华”，“所有行营供顿悉出内帑，丝毫不以扰民且更特赐公项俾通融协济，不许苛索于民”，“凡属虚文浮费，概宜尽力摒除，兵丁以及随从人等皆著该管大臣各严加约束，经行所至，不得稍有滋扰”，“一应供顿，俱令动支公项”。第二次南巡时，又要求：“朕时巡江浙，已屡降旨，令该督抚等毋事浮靡，务实简朴，并饬禁一切商捐陋习。”但是其随从和地方官员对这些上谕视若罔闻，一味铺张增华，惟求逢迎献媚；而乾隆对此实际上也并非严行禁止，造成了国库帑金的大量浪费，滋长了官吏的营私舞弊之风，给人民带来了很大的骚扰。
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