乾隆皇帝痛斥了达瓦齐叛国的罪行，但为了照顾民族关系，赦免了他的罪过，还封他为亲王，让他住在北京，受到最好的待遇。
乾隆帝在平定了达瓦齐的割据势力后，为了削弱准噶尔部的割据势力，把厄鲁特四部封为四汗，使各管所属。但是，阿睦尔撒纳自恃平叛有功，一心想当四部的总汗。乾隆未答应他的这种要求，但给了他特殊的恩宠，晋封他为双亲王，食双俸。他仍不满足，制造分裂的野心恶性膨胀起来。他不穿清朝官服，不用清朝官印，行文各部“以总汗自处”，积极准备叛乱。乾隆二十年（1755）九月，乾隆帝命他到避暑山庄入觐，想调虎离山，消患于未然。阿睦尔撒纳看出了朝廷的用意，在半路上逃回，公开打出了叛乱的旗号。
叛乱迅速扩大，驻守伊犁的班弟兵败被杀。乾隆二十二年（1757），乾隆帝命衮札布为定边将军，出北路；命兆惠为俨犁将军，出西路。清军长驱直入，锐不可挡。阿睦尔撒纳仓皇逃入俄国。后来，他因患天花病死，俄国把他的尸体送还给清廷。
南疆接着又发生了大小和卓木的叛乱。大小和卓木就是霍集占兄弟。叛乱迅速蔓延，乾隆帝派往南疆的使臣也被杀害。兆惠刚平定了天山北路，乾隆帝又命他立即率兵赴南疆平叛。兆惠率领的清军仅3000人，被霍集占率领的1万多叛军围困在黑水，包围历时3个月，叛军始终未能攻破。乾隆帝命驻守乌鲁木齐的将军富德赴南疆增援。霍集占在清军的内外夹攻下迅速土崩瓦解，霍集占兄弟也被当地部族所杀，这场叛乱最后被平息。
乾隆帝鉴于准噶尔部屡次发生叛乱，便于乾隆二十七年（1762）在惠远城设伊犁将军，总辖新疆南北两路事务，从而加强了中央政府对新疆的统治。
乾隆帝因为连年用兵胜利，心中十分高兴。乾隆二十六年（1761），他特命画工为各功臣画像，将画像挂在紫光阁中，供人观瞻。各大臣也都能以入紫光阁为荣。这也是乾隆皇帝鼓励臣下为国立功的一个措施。
平定准噶尔、回疆叛乱后不久，在维护国家统一方面，乾隆皇帝又干了一件有功于历史的漂亮事，这就是接受土尔扈特异域来归。
蒙古族土尔扈特部原是蒙古四部之一。17世纪20年代以前，该部一直居于准噶尔地区。明朝崇祯初年，该部因和邻近蒙古各部发生矛盾，在其首领和鄂尔勒克的率领下，离开近代居住的塔尔巴哈台一带地方，几经辗转以后，定居在伏尔加河下游一带。在旅居国外一个多世纪的时间里，面对异国殊俗，土尔扈特部人民无时无刻不在思念自己的祖国，他们不顾山险路长，一直和中央政府以及留于原居地的厄鲁特各部保持着密切的联系。与此同时，清朝中央政府也对远在异域的土尔扈特部落人民表示深切的关怀。康熙五十一年，康熙皇帝专派内阁侍读图里珅等前往伏尔加河下游，探望土尔扈特人民。
对于土尔扈特和清朝中央政府间的密切关系，沙俄当局极为不快，他们为了加强对土尔扈特部人民的控制，一方面通过改组土尔扈特部落会议（扎尔固），以限制土尔扈特汗的权力。一方面又实行宗教渗透，逼迫广大土尔扈特部人民改宗东正教。同时，沙俄还把广大土尔扈特丁壮作为炮灰，大量征调他们参军，去和瑞典、土耳其等国作战，“归来者十之一二”。对于沙俄当局的压迫，他们实在无法忍受，而清朝出兵平定准噶尔叛乱又使他们返回原居地成为可能。这样经过长期的准备，乾隆三十五年十一月，居住在伏尔加河南岸的17万土尔扈特人同时发动了反抗沙俄的大起义，彻底摆脱沙俄政府的控制，浩浩荡荡地走上了重返祖国的征程。在回国途中，他们击退了沙俄军队的追击，战胜了哈萨克、布鲁特等部的骚扰，克服了给养缺乏、疾疫流行等许多难以想象的困难，终于在次年六月进入中国境内，实现了他们长期以来要求返回祖国的愿望。
早在乾隆三十六年三月，乾隆皇帝即得知土尔扈特正在向中国边境转移的消息。由于在来归土尔扈特部众中，有在平定准噶尔叛乱时叛逃国外的舍楞、劳章扎布等人，一时之间，对于其入境意向，不少官员疑虑重重，“议论沸起”。他们一则怀疑土尔扈特前来投顺只是犯境借口，二来又惧怕收受“俄罗斯叛臣”会引起沙俄干涉。对此，乾隆皇帝经过通盘考虑，力排众议，决定对万里来归的土尔扈特部众予以热烈的欢迎。为了使土尔扈特来归人众了解自己的态度，当年六月初，大队土尔扈特部众刚刚进入中国境内，他即派得力大臣舒赫德前去迎接。在此同时，为了解除叛而复归的舍楞、劳章扎布等人的疑惧心情，他还专派使者至其驻地面传谕旨，表示“断不究其前罪，务与渥巴锡等一体加恩”。针对土尔扈特人众远道跋涉，各种生活用品奇缺的情况，根据乾隆皇帝“口给以食，人授之衣”的指示，大批清朝官员投入了赈济来归人众的具体工作。为了救急，乾隆皇帝除指令土尔扈特人众所至之地官员运用库存衣物、茶叶、布匹、粮食和官中牛羊之外，还专拨库帑20万两，于西北各地购置牛羊衣物，“驱往供馈”、“均匀分给”。
对于其投顺之后的耕牧地区，也作了妥善的处理。分别将之安置在科布多、珠勒都斯一带地方。在一切大致就绪之后，当年九月，乾隆皇帝在避暑山庄隆重地接见了前来入觐的土尔扈特首领渥巴锡一行，并将渥巴锡封为卓哩克图汗，其弟策佰克多尔济封为布延图亲王，舍楞封为弼里克图郡王。其他来归头目也都分别封为郡王、贝勒、贝子、辅国公、台吉等。这样，由于乾隆皇帝对土尔扈特来归态度积极，安置妥善，使得这些“新投之人，一致如归”，很快地安下心来和各族人民一起，共同开发、建设和保卫祖国的西北边疆。不到两年时间，土尔扈特居地“游牧安帖，田禾茂盛”，一片繁荣景象，乾隆皇帝的积极政策收到了极大的成功。
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