其次提出了士兵的来源，他希望政府给予考虑。
由于边兵、京兵战斗力不强，所以要进行招募。一般的募兵都是无业游民，管理严了，就逃跑，不利于管理。他提出最好按照义务募兵的方式。由地方官分别招募当地农民。一来便于管理教育；二来可以防止逃跑。招募的兵最初可以分散在地方上训练，等到有了成效后，再调到靠近北京的地方，集中训练，然后把这些军队分配到九边去，（明朝在东起鸭绿江，西到嘉峪关好几千里的长城线上，设置辽东、蓟州、宣府、大同、太原、榆林、宁夏、固原、甘肃九个军事重镇，合称九边。）以练九边之兵，九边之兵必成劲旅。如果把这支军队和京营军队混编，京营军队也可以成为劲旅。为使更好、更快地把兵练好，他建议把久经战斗考验的浙江兵调一万人来，作为骨干，以带动新兵。
军队所需的巨额粮饷，他建议从练兵的省份拨发，这样既可免去军中缺粮之患，又可免去途中周转费用。
军中所需的各种器械，也不必一一仰仗于工部，可令各省份分别制造。如广东善制藤牌，就做藤牌；福建刀好就造刀；浙江鸟铳精良则造鸟铳；战车、百子铳则就近由山东、山西、河南等省制造。造成后押送到各营地。如果不合用，就责成有关人员照价赔偿。
最后，他还希望朝廷授权负责募兵、练兵的地方官，让他们放手去做，非有大过，别人不能随便指摘或任意阻挠。当赏者赏，当罚者罚。
这些建议，绝不是泛泛之谈。如果能够实现，边关防务会有很大起色的。而政府内部许多保守的官员对这个南方官充满敌意，对他议论不休，纷纷进谗言。
结果戚继光被任命为神机营副将，管理京营的军兵。
这对于立志改变北方局势的戚继光来说，无疑是壮志未酬，他心情自然苦恼。
为实现自己练兵防边的主张，为引起朝廷大员的注意，戚继光一有机会就向人宣传、呼吁。为此，他还特地写了一篇《请兵辩论》的文章。在这篇文章里，他再一次强调练兵十万的重要意义，以及车、骑、步三军配合作战的新战术思想。兵部读了这篇文章，感叹戚继光是个有远见卓识的军事将领，由于建议涉及面太大，最终不了了之。
1568年夏，由于新任蓟辽保定总督谭纶的竭力推荐，明政府下令任命戚继光总管蓟州、昌平、辽东、保定军务，管制四镇，其权力和总督相当，自总兵官以下均受其指挥。
戚继光虽然摆脱了神机营的职务，可是他的一些建议仍然无法立即实行，加上蓟州等地防务松弛，边将不听调度，这给他的工作带来极大的困难。摆在戚继光眼前的任务是相当艰巨的，需要极大的勇气和毅力才能克服重重困难。
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