淮军仓促成军，同湘军相比较，有不同的特点。
湘军初创之时，兵将均出自湖南，其组建原则是“选士人，领山农”。其将领主要是一些名利熏心而政治地位不高的地主阶级知识分子，“修身、齐家、治国、平天下”的传统人生信念在他们的头脑中根深蒂固，“忠君”思想极为浓厚。而曾国藩就是依靠程朱理学，以忠君报国的“真诚”、“血性”为精神支柱来统率湘军的。但淮军则不同，李鸿章虽身为翰林，但却鄙薄那些以科名相标榜的人，他重视的不是门第身世，而是才能韬略，所以淮军的将领只知道为李鸿章卖命出力，只知道“感恩图报”讲江湖义气。在淮军主要将领中，只有潘鼎新一人是举人出身，其余的如程学启是太平军降将，品德低下；刘铭传是贩卖私盐的头子，唯利是图观念相当浓厚，却不知多少忠君报国的大道理。
至于兵勇来说，湘军士兵一般是山村朴实无华的农人，他们易于接受传统思想的灌输。而淮军主要兵源来自于团勇和太平军降众，可谓“兼收并蓄”，杂凑而成。因此，淮军虽也有浓厚的地方乡土色彩，但较湘军为淡，且其将领不学者多，无共同的最高理想，惟以功名利禄是图，因而军纪与精神远逊于湘军。但是，湘淮“本系一家，淮出于湘，尤有水原木本之谊”，因而湘军和淮军有基本一致性。如营制饷章、编制训练以及武器装备上，淮军与湘军是一脉相承的。总之，淮军既是对湘军的继承和发展，又不是简单重复；淮军既与湘军有相同之处，又具有本身特点。这与淮军所处客观历史条件和环境有关，也是由它的统帅李鸿章的建军、治军思想决定的。
淮军既已组成，如何从安庆开拔到上海是一个棘手的问题。安庆、上海两地不仅相距遥远，而且间隔太平天国控制区，要突破太平军防线，千里跃进上海，其艰险程度可想而知。曾国藩原拟令李鸿章率军由陆路进军，后因上海绅商出银18万两，雇得洋商轮船7艘开到安庆，为顺应上海绅民之情，李鸿章与曾国藩经过商议，最后决定“由水路东下，直赴上海”。
1862年4月5日至6月上旬，李鸿章统率的淮军13营6500人分三批由安庆顺江而东，躲过太平军的监视，抵达上海。临别安庆前夕，曾国藩担心李鸿章因缺乏阅历而摆不正“练兵学战”与“吏治洋务”
的位置，因而他告诫李鸿章要把军事放在首位。在他看来，只有练就精兵，学会作战，才能站稳脚跟，飞黄腾达，否则将一事无成，甚至有丧失生命的危险。
他又针对李鸿章心高气盛、急躁、傲慢、任性的致命弱点，特以“深沉”二字相劝，其他好友也纷纷提出忠告。李续宜以“从容”二字规之，沈葆桢、李桓以“勿急”相戒。李鸿章深受教益，对于师友们的劝诫，“当奉为枕中秘”。
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