康熙为了政治上的需要，不得不废斥太子。但废了太子之后，又很难过，愤恨、失望、惋惜、怜爱，多种心情交织在一起，一连6天“未尝安寝”，对诸臣谈起“涕泣不已”。
九月十六日，康熙回到北京，当天召诸王、贝勒等副都统以上大臣、九卿、詹事、科道官员等于午门内，宣谕拘留太子允礽。康熙亲自撰文，于十八日告祭天地、太庙、社稷。将被废皇太子幽禁咸安宫，二十四日颁诏天下。
废太子一事使康熙悲愤交加，心力交瘁。事后，他简直是哀求皇子们说：在同一天里发生皇十八子死和废皇太子两件事，心伤不已，你们仰体朕心，不要再生事。但是皇子们并未让他如愿。
允礽被废，太子空缺，诸皇子立即为争储位更加积极活动起来。首当其冲的是皇长子允褆。他错误地估计了形势，认为康熙立嫡不成，势必立长，但康熙对他的野心已有所察觉。九月四日宣布拘禁允礽的同时，明确声明：允褆秉性躁急、愚顽，不可立为皇太子。允褆见自己夺储无望，意欲推荐与自己关系密切的皇八子，并利令智昏，为了根除障碍，竟奏请杀掉允礽，并说相面人张德明相皇八子允禩的面，后必大贵。康熙在告天祭文中申明，不再立储，使诸皇子断其争夺念头。接着一再在诸皇子面前批评允褆的问题，并追查出张德明相面且有谋杀太子的企图，后来又查审，发现允褆用巫术镇魇允礽，并阴谋暗害亲兄弟。
其母惠妃也向康熙奏称允褆不孝，请置正法，康熙不忍杀亲生儿子，令革其王爵，终身严加幽禁。
皇长子失势，皇八子允禩势力大增，反皇太子势力聚集在允禩门下。允禩精明能干，在朝中有威望，党羽多，声势大，允礽被废后很有希望当太子。但康熙从相面等事情上发现他野心勃勃，“党羽早相要结”，后决定“将允禩镇拿，交与议政处审理”，不久革去贝勒爵。
储位空缺，诸子纷争愈演愈烈，使康熙认识到有必要把这个缺位补上，以堵塞诸子争储之路。其目标仍然是允礽。在调查处理允褆、允禩问题的过程中，康熙发现废太子时允礽的罪名原多不实。反之，倒是允褆等人要陷害以致谋害允礽。相比之下，允褆最狠毒，允禩最危险，允礽无大罪。
康熙四十八年（1707）三月初九日，康熙以复立皇太子允礽，遣官告祭天地、宗庙、社稷。次日分别将皇三子、皇四子、皇五子晋封亲王，七子、十一子晋封郡王，九子、十二子、十四子俱封为贝子。
康熙试图以此促进太子与诸皇子之间的团结。
复立太子二年半之后，康熙第二次废太子允礽。
其原因仍然是过去的问题，是皇帝与储君、皇太子与皇子之间争夺权位矛盾尖锐化的结果。康熙复立允礽为太子有以观后效的意思。但随着太子复立，太子党也复聚。后来，皇帝与储君之间的矛盾又发展到不可调和的地步，康熙决定再废太子。五十一年（1712）九月三十日，康熙巡视塞外回京当天就向诸皇子宣布：“皇太子允礽自复立以来，狂疾未除，大失人心，祖宗弘业断不可托付此人，朕已奏闻皇太后，著将允礽拘执看守。”十月初一，以御笔书向诸王、贝勒、大臣等宣谕重新废黜允礽的理由。十一月十六日，将废太子事遣官告祭天地、太庙、社稷。
康熙第二次废皇太子，圣体亦曾“少有违和”，但比较冷静，不像前次那样痛苦和愤懑，因为他总结历史经验发现，立太子就难免有矛盾，不立太子可能更好。
康熙再废太子后，已不欲再立储君，因而对眼睛盯着储位的皇子和保举皇子的大臣均极为反感。但诸皇子竞争仍未停息。尤其是皇八子允禩，得知太子再度被废的消息，得意忘形，结聚党羽，加紧活动，大有储君非他莫属之势。康熙对他深恶痛绝，批评也最严厉。
由于立储的失败，给康熙的晚年带来无限烦恼和忧伤。他日夜不安，费心劳神，“不能宽怀瞬息”，四十七年冬一场大病之后，他身体就很衰弱。他从五十六年十一月起，再次大病70余日，健康状况每况愈下。康熙六十一年（1722）十月二十一日，康熙去南苑行围。大学士、九卿等上疏：明年万寿七旬大庆，应详议庆贺典礼。康熙一如既往，不准为他铺张，未批准。十一月七日，患病，自南苑回到畅春园。
因为生病，命皇四子胤禛代行十五日南郊的大祀礼。
十日、十一日、十二日一连三天，皇四子胤禛遣护卫、太监等到畅春园请安，均传谕“朕体稍愈”。十三日丑时，病情恶化，命从斋所召皇四子胤禛速归。接着召皇三子、皇七子、皇八子、皇九子、皇十子、皇十二子、皇十三子、理藩院尚书隆科多到御榻前，面谕皇四子胤禛继承皇位。戌刻，崩于寝宫。康熙帝因病结束了他轰轰烈烈的一生。
关于康熙的死因，当时社会上传说：康熙原拟传位于皇十四子允禵，皇上身体不好时，皇四子胤禛“进一碗人参汤，不知何如，圣祖皇帝就崩了驾”，胤禛就登了位。说是雍正帝将其父毒死，这种说法因未见有确凿可信的史料根据，不可信。从康熙帝的健康状况和雍正谋皇位的特点看，我们相信康熙确是因病而死。
雍正皇帝继承父业，有所成就，作为康熙的继承人是当之无愧的。
康熙去世后，他的子孙后代、忠实臣仆，把他作为圣人无止境地赞美、讴歌。康熙六十一年（1722）十一月十四日，也就是康熙死后第二天，雍正上尊谥：合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝。庙号：圣祖。
康熙在中国历代帝王中，是一位比较开明的人才。
他在统一国家、捍卫主权、发展生产、提倡文化等方面都做出了重要贡献，是中华民族一位杰出的人物。
【注：关于康熙帝诸位皇子的名字，据史载，雍正即位前称“胤×”；雍正称帝后，因为避讳，统改为“允×”。为求得前后文统一，不致使读者模糊，在本文中均称“允×”，未做详细区分。】
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