第一项措施是“深浚河底”。康熙帝总结黄河具有两大缺点：“底高、湾多，以致各处受险。”他对随从诸臣说：“治河上策惟以深浚河身为要。（治河）
诸臣并无言及此者。诚能深浚河底，则洪泽湖水直达黄河，七州县无泛滥之患，民间田产自然涸出。不治其源，徒治下流，终无益也。”
如何才能深浚河底？康熙帝详细寻访得知，“河直则溜自急，溜急则沙自刷而河自深”。因而建议“宜于清口西，数曲湾处试行浚直。如直浚有益，渐将上流曲处，岁加直浚”。
第二条措施是修改清口。康熙帝发现，除黄淮水位高低不等之外，二河交汇之口过于径直，也是引起黄水倒灌的原因之一。因而主张：“宜将黄河南岸近淮之堤，更向东长二三里，筑令坚固，淮水近河之堤亦向东湾曲拓筑，使之斜行会流，则黄河之水不至倒灌入淮。”
第三项措施是拆毁拦黄坝。
第四项措施是引水归江。
康熙不仅吸收靳辅的治河思想与经验，而且有所补充和发展。靳辅重视筑堤束水攻沙，康熙在此基础上采用了浚直河道急溜刷沙法。靳辅“但顾上河，不顾下河”，为了护堤保运，大量利用减水坝，以致下河七州县人民经常被淹；康熙是既顾上河，又顾下河，尽量少用减水坝或将其改成滚水坝，千方百计减轻和防止下河灾情。至于改修清口，“导河稍北”，也是康熙的创举。
康熙的这些好措施，于成龙因病加重未能认真落实。三十九年（1700）三月，于龙成病故，康熙将江南江西总督张鹏翮调任河道总督，从此河工进入一个新阶段。
张鹏翮遵照皇帝的谕旨，上任后首先视察黄河入海口。他刚过云梯关，即看到“栏黄坝巍然如山，中间一线，涓涓细流”，心想：“下流不畅，无怪乎上流之溃决也”，皇帝命拆除拦黄坝确实有道理。即于四月二十一日动工，将栏黄坝尽行拆去，“挑挖深通，悉与黄河八十三丈之水面相符；亟堵马家港（引河），使水势不致旁泄，尽由正河而行”。至五月初九完工开放，水势畅流，冲刷淤沙，旬日之间，深至三丈，变及百丈有余，“滔滔入海，沛然莫御”。康熙批准张鹏翮奏请，赐名“大通口”，并高兴地告诉大学士等：“观此，则河工大可望也。”这项工程有利于后世。乾隆三十三年（1768）《南巡盛典》的作者称赞说：“自从海口深通，迄今安澜永庆。”
随后，张鹏翮按皇帝指授的方略，对其他工程相继兴工。在康熙的主持和支持下，到四十年（1701）十二月，各工程先后完成。张鹏翮上疏告捷：“治河事宜，蒙皇上指授，疏通海口，水有归路，黄河刷深；坚筑高家堰，广辟清口，乃得引淮畅流；。”
康熙多年的理想得以实现，心中十分高兴。十月初十，他总结治河成功的经验，主要有两条：一条是皇帝重视，将治河当成“国家大事”，亲自调查研究，分出轻重缓急，心中有数，并肯投入大量人力、物力；另一条是选任称职的总河。“于成龙不遵朕旨，致无成功”，“张鹏翮遵奉朕言，一一告竣”。“曩时黄水泛涨，或与岸平，或漫溢四出；今黄河深通，河岸距水面丈余，纵遇大涨亦可无虞矣”。因此，命吏、工二部议叙河官，加总河张鹏翮太子太保。
由于康熙的积极治理河道，在他当政的六十余年中取得了很大成绩，并为以后雍正、乾隆两代的兴修水利打下了良好的基础。
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