清军的布阵战术大显神威。这次战斗战果辉煌，共计烧毁、击沉郑军大炮船、火鸟船等各类船150只，缴获鸟船等各类船35只，烧杀敌将军、提督、总兵、副将等高级将领47员，游击以下一般将领300余员，焚杀及溺死敌兵计112万余人。郑氏主力几乎全军覆没。刘国轩见力不能支，率残部乘船北向吼门逃回台湾。防守娘妈宫炮城的郑氏将军杨德等，见孤岛无援，便卸甲弃戈，出海请降。施琅又遣人持令箭分别招抚各岛屿的官兵，令其剃发，造报名册。共招降官员165人，士兵4853名，因此，澎湖等36岛屿皆被攻克。清军方面连日海战，水陆军兵牺牲329名，负伤1800余名。
施琅于六月二十六日上疏报捷。闰六月十八日，康熙接到施琅奏疏非常高兴，立即召学士将这一喜讯告知八旗诸王大臣、侍卫各官。二十九日降旨嘉奖。
澎湖激战，全歼郑军主力，为和平解决台湾问题奠定了基础。郑克爽见已势穷力竭，于六七月间遣使到施琅军前求和。康熙帝及时发布谕旨，通过姚启圣、施琅转达给郑克爽，希望其认清局势，“审图顺逆，善计保全”，率众来归。如果这样，康熙保证“从前抗违之罪，尽行赦免”，而且要“从优叙录，加恩安插，务令得所”。康熙帝谕旨，打消了郑氏的疑虑。
施琅于八月十一日率官兵从澎湖前往台湾受降。
郑克爽闻讯，于十三日差礼官郑斌，暨父老彩旗鼓乐，坐小船出鹿耳门迎接，引渡进港；并亲率刘国轩、冯锡范等重要文武官员并番民，列队恭迎王师，然后会见于天妃宫。十八日，郑克爽等剃发，施琅当众宣读皇帝赦诏。郑克爽等遥向北京叩头谢恩。从此，台湾回归祖国怀抱，与大陆重新统一。
捷报陆续传到北京，康熙帝精神异常振奋。他接到施琅所上《恭报台湾就抚疏》，正值中秋佳节，因而以《中秋日闻海上捷音》为题，赋诗庆贺。诗中写道：
万里扶桑早挂弓，水犀军指岛门空。
来庭光为修文德，柔远初非黩武功。
牙帐受降秋色外，羽林奏报月明中。
海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。
康熙二十三年（1684）十二月，郑克爽等奉旨晋京，康熙肯定郑克爽等“纳土归诚”之功，授郑克爽公衔，授刘国轩、冯锡范伯衔，俱隶属上三旗汉军，并命户部分别“拨给房屋田地”。其他投诚武职1600多人，文职400多人，兵4万余人，也都得到妥善安置。
台湾统一于清朝之后，诸大臣对台湾的弃守问题又发生意见分歧。有人以“台湾孤悬海外”为由，主张“迁其人，弃其地”，而专守澎湖，放弃台湾。借口怕发生新的分裂割据局面，企图将台湾拱手奉给荷兰。康熙帝果断作出决定，同意施琅的建议，在台湾设台湾府和台湾、凤山、诸罗等三县，隶属于福建省。
在清政府统一管辖下，在台湾驻兵8000，澎湖驻兵2000，以巩固对台湾的统治。
政治上的统一为台湾的经济开发提供了必要的条件。统一之初，台湾地多人少，康熙采纳兴化总兵吴英的建议，在驻台士兵中试行屯戍法，“半为镇守，半为屯田”。屯田者，每兵给田三十亩，耕牛一头，教以耕种，农闲操练，使“兵有恒产，饷可省半”。
后来，福建沿海之民大量流入台湾，垦殖土地。伴随土地的开发，台湾粮食产量逐年增长，“不但本郡足食，并可资赡内地”。同时推动了甘蔗种植和制糖业的发展。台湾统一于清朝之后，其文化教育事业也比郑氏统治时有了进一步发展。统一后，迎来了台湾发展的新时期。
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