康亲王见信虽然很愤怒，但因武力征剿条件还不具备，只好于同年秋又派泉州知府张仲举、兴化知府卞永誉等再次去厦门谈判，重申康熙八年的条件。这次及其后的和谈，清廷为集中力量消灭吴三桂，宁愿再次让步，以换取沿海地区的和平与安宁，但郑经又得寸进尺提出新的要求，清朝当然不能同意。
康熙注意招抚郑经下属官兵民众的思想，被新任福建总督姚启圣所认真贯彻，招抚工作很有成效，连台湾来使傅为霖也被争取，努力在郑经内部联络内应。
在整个平叛战争期间，清朝和郑经先后进行过五次和谈。清方不断让步，除世守台湾、岁时纳贡、通商贸易外，还承认郑方可以“如朝鲜故事”，“不剃发，不易服”，郑方的要求完全得到了满足。假如郑氏不生枝节，东南沿海的和平本来可以立即实现，台湾由郑氏自主的局面也可继续维持。但是，郑经利用当时似乎有利于自己的局势，经常提一些过分的要求和条件，因此，仍未达成协议。
康熙帝见招抚郑氏没有进展，便积极进行武力攻取台湾的准备。他于十八年（1679）正月，恢复福建水师。同年四月擢用湖广岳州水师总兵官万正色为福建水师提督，统辖全闽水师营务，以专职掌。后来，随着“三藩”问题基本解决，吴三桂指日可灭，进取台湾已提到康熙帝的日程上。这时的康熙皇帝已经比较老练成熟，绝不贸然从事，而是积极准备，捕捉有利战机，再决定进取。
康熙二十年（1681）四月，福建都督姚启圣先后接到台湾傅为霖、廖康方密禀，郑经已经于二十年正月二十八病故，其长子监国郑克（臧土）也于三十日被绞死，年仅十二岁的次子郑克爽即延平王位。
傅为霖在密信中指出：“主幼国虚，内乱必萌，内外交并，无不立溃，时乎时乎不可失也。”廖康方在信中要求：“贼势内乱，机宜可乘，速恳发兵，救民于水火。”
姚启圣于五月十九日上疏要求：“会合水陆官兵，审机乘便直捣巢穴。”康熙于六月初七日与大学士等会议后，当即发布谕旨：“郑经既优冥诛，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。”这时对郑的剿抚并用实际上是“剿”占主导地位。这是康熙帝决定武力进取台湾所发布的进军令。
康熙帝对台湾策略的转变，在朝廷高级官员中引起不同的反响。水师提督万正色上奏：“台湾断不可取”。朝廷高级官员中不少人以海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全为理由，反对武力进剿台湾。支持以武力进剿台湾的有内阁学士李光地、福建总督姚启圣、福建巡抚吴兴祚等人。
正确的决策需要有贤能的官员来执行。在康熙任命万正色担任福建水师提督前后，姚启圣曾一再上疏保举施琅担任此职，但因施琅有长子施齐、族侄施亥在郑方任职，而遭朝廷疑忌，所以迟迟未能任用。后来姚启圣多方反复查核，证实施齐、施亥因为想擒郑经献厦门以报清朝，事情败露被处死，两家73口同时遇难。清廷从而解除了对施琅的怀疑。康熙于二十年七月二十八日任命施琅“仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建万正色改为陆路提督”。反对武力征剿的大臣们不同意任用施琅，“以为不可遣，去必叛”。康熙帝则坚信：施琅不去，“台湾断不能定”，毅然力排众议，作出正确抉择，表现了超人的胆略。
施琅于康熙二十年（1681）十月初六日抵福建厦门巡视海事。他记取康熙三四年间进军台湾失利的教训，为防止督、抚、提等官之间的彼此掣肘，极为重视专征大权，当月上疏皇上“督抚均有封疆重寄，臣职领水师，征剿事宜，理当独任。”后来，经施琅再次争取，康熙帝考虑到前方官员的意见分歧确实对出兵不利，便毅然授予施琅专征大权，其他官员做保障工作。
康熙二十年（1681）九月初一日，台湾郑氏得知康熙帝召见施琅，令其出任福建水师提督的消息，便立即开始备战，派武平侯刘国轩率重兵出守澎湖。
澎湖虽为台湾的门户，但郑氏原来对澎湖设防一向不很重视。自从十月破获傅为霖密通姚启圣之案，见其往来密书有“澎湖无备，可速督兵前来，一鼓可得”之句，并探得施琅战略重点也在于专征澎湖，这才对澎湖设防引起了重视。刘国轩到澎湖精心营造防务。
康熙二十二年（1683）六月上旬，施琅接到康熙帝的进军命令，将大队舟师齐集铜山。十一日，随征诸官誓师；十三日，祭江。十四日早七时，施琅统领官兵211万余人，各类战船230余艘从铜山向澎湖进发。
六月十六日，施琅指挥舟师齐集澎湖。刘国轩也亲自督战。清军的舟师在前进时，遇到了大风，施琅的船受到敌舰包围，但临危不惧，身先士卒，在面部右侧被敌炮余焰烧伤的情况下，仍坚持指挥战斗，击退了敌人的包围。
清军初战失利，主帅及先锋险遭不幸。为了稳定军心，赢得最后胜利，施琅从十七日起进行了为期5天的整顿。二十二日，经过充分准备，清、郑双方进入了规模空前的澎湖决战。施琅吸取教训，为避免再次被敌军包围，重新部署了兵力，下令兵分三路：一路向东，取鸡笼屿、四角山为奇兵夹攻敌人；一路向西，直指牛心湾为疑兵牵制敌军；另一路主力大军，由施琅亲自指挥，率大鸟船56艘居中，分为八队，每队七只，各作三叠，为主攻队伍，直取敌人的指挥部；又以80艘船只，分为两股，留作后援。战斗从早上七时持续到下午四时，战斗异常激烈，“炮火矢石交攻，有如雨点，烟焰蔽天，咫尺莫辨”。
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