下午两点，恩铭巡抚死亡，两江总督端方接连不断的发来电报询问情况，最初的两封电报发给安徽巡抚恩铭，得知恩铭受重伤已奄奄一息时，端方将电报改发给布政使冯熙，冯熙在《浙案纪略》中记载的职务是番司，但在《徐锡麟安庆起义清方档案》中是布政使。两天后的7月8日，上午电报抬头还是布政使冯熙，下午抬头就变为“安徽巡抚冯熙”，这清楚地表明从此时起冯熙继恩鸣之后已被提升为巡抚。也就是说，直到6日下午，冯熙还是代替恩鸣在收拾残局，担任巡抚后，如果再不能尽快将起义镇压下去，恐怕就要遭到总督训斥了。
清军接到进攻军械所的命令后，依然按兵不动，无奈冯熙决定使用悬赏金，清末军队的道德观念由此可见一斑。最初悬赏三千银元，军队不动，赏金随后涨到了七千银元。徐锡麟见军械所内兵器库的枪支、大炮等不能使用，便命令陈伯平去在安庆城外待命的同道请求增援，按照计划应有一部分练兵在城外埋伏。但是，军械所已被清军重重包围，城门紧闭，陈根本出不去，只好返回向徐报告说无法突围。无奈之下徐锡麟只得督促学生们拼死战斗。从正午打到下午四点，双方僵持不下，但学生们从早晨到下午一口水也没喝到，一粒米也没吃到，体力消耗极大，陈被猛烈的子弹击中当场死亡，马宗汉向徐锡麟喊道：“起事既然不成，不如炸掉军械所和清军同归于尽吧。”听了此话后，徐锡麟说：“我们起义是希望杀掉满人，如果不分青红皂白炸掉军械所，安庆全市也都会被烧毁。”
还未炸掉军械所，清军已然破墙而入，在激烈的枪战中清军三人死亡，数十人负伤。学生中死亡一人，数人受伤。清军惊慌地退了出去，他们没想到军械所的抵抗这样顽强。冯熙焦虑不堪，反复督促部队再次发动进攻，但是，清军对此置若罔闻。在当时的制度下，军人战死后得不到足够的抚恤金 ，士兵根本不愿意去拼命，看到这个情景，冯熙只好提高悬赏金额说：“谁捉住徐锡麟赏大洋一万元，”重赏之下士兵们终于鼓起勇气，他们捣毁军械所的一处围墙冲了进来。意外的是军械所内不见人影，只有徐锡麟扔掉的军帽和军装，官兵猜测他们已乔装逃跑了，于是，仔细搜查，终于在第三兵器库发现了起义军首领徐锡麟。
“静静地坐在昏暗的仓库的角落里，听着敌兵的脚步声越来越近，徐锡麟到底在想什么呢。”
武田泰淳在《秋风秋雨愁煞人》一书将这一血腥场面描写得比较平静，但是，从现在被展览在大通师范学堂中的“徐锡麟的血衣”看，衣服被刀砍得支离破碎，由此可以想像出在清军的乱刀之下，徐锡麟浑身血迹斑斑、精疲力竭的样子，这种样子的壮烈牺牲的场面才符合徐锡麟坚强的性格，也是他所向往的死法吧。紧接着马宗汉也被逮捕了。冯熙立刻给上司端方总督去电报告说“逮住徐匪”。接着，徐锡麟被带到按查使署，恩鸣的幕友张次山、番司冯熙和毓朗一起审讯，毓朗命令徐锡麟跪下，徐瞪着他说：“你神气什么，再坚持一会我就能杀了你。”张次山和冯熙询问时，徐大声怒喝，“抗对不屈”，二人束手无策，反倒是徐举起戴着手铐的双手，指着毓朗嘲笑说：“便宜尔，被尔逃脱。”徐的表情就像是魔鬼附体一样凄厉可怕，看得毓朗不禁浑身颤抖。
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