原来，这时国民党已“还都”南京，国共两党的谈判也由重庆移到南京。中共代表团南京办事处设在梅园新村17号，以周恩来为首的中共代表团就住在此地。中社部的决定，使潘汉年意识到，自己将要回到长年战斗过的地方，并且直接接受周恩来的亲自领导，这使潘汉年、董慧感到十分高兴。多年来，潘汉年打心眼里佩服周恩来，真心诚意地敬重他。自从进入中央特科后，潘汉年就在周恩来的帮助下学做情报工作；福建事变前后，潘汉年奉毛泽东、周恩来之命，与十九路军谈判，并出使闽省协调双方行动；长征前夕，潘汉年又受周恩来派遣，与何长工一道赴粤与陈济棠部密谈，为红军的长征缓解了南厢之围；长征途中，潘汉年这位红军总政治部宣传部部长，也在周恩来这位总政委的领导之下开展工作；此后在第二次国共合作的进程中，在艰苦卓绝的8年抗战中，潘汉年又在周恩来的直接或间接的领导下工作……在许多场合，在革命最需要的时候，周恩来总是慧眼识英雄、知人善任，把潘汉年放到重要的岗位上。眼下，内战一触即发，国统区正需要大力开展情报和统战工作，而能够全面负责这一工作的最佳人选，周恩来自然又想到了潘汉年。因此，当周得知潘汉年和董慧在北平待命时，便立即通知中社部，将潘调往南京。
接到中社部的通知，潘汉年与董慧同机从延安飞返北平后即转乘军调部飞机直飞南京。他们在梅园新村见到了周恩来、廖承志等人，相谈甚欢。不久，潘汉年根据周恩来的指示，先去上海与当时上海站的负责人华岗取得联系，等待分配具体的工作。到上海后，潘汉年就住在马斯南路（今思南路）107号“周公馆”。
马斯南路107号是一幢独立的三楼一底的花园洋房，这里原为中共代表团上海办事处的驻地。因为国民党当局为限制中共代表团的活动，不同意挂有正式名称的牌子，因此对外称为“周公馆”。
潘汉年到达上海时，已是1946年6月了。未过几天，周恩来也从南京赶来。鉴于局势已经相当严峻，国共谈判即将破裂，周恩来要求潘汉年以指导党的秘密工作为主，因此在与党的其他战线保持密切联系，以取得其支援和帮助之外，一般不进行公开活动。
任务已经相当明确了。虽然潘汉年在中社部没有一个明确的职务。但作为一个老党员，作为党的高级干部，他决不计较这些，相反，他倒像一个“不管部部长”，在情报、统战，乃至宣传等几条战线上同时开展了紧张的工作，并且取得了惊人的成绩。
在上海负责指导情报工作，这对潘汉年来说，真可谓驾轻就熟。此时，留在上海的情报关系原属潘部或与潘部有直接联系的有张唯一、刘人寿的情报点，这是潘汉年在太平洋战争爆发前亲自建立的。张转移到香港后，日常联络由刘人寿负责。具体指导在潘汉年离开华中局后先后由刘长胜、徐雪寒、于毅夫等负责，抗战胜利后改由上海地下党沙文汉负责。潘汉年返沪后，这一摊子又归潘直接指导。与此同时，潘汉年又先后与老的情报关系，如依托在军统“国际问题研究所”的徐明诚的情报点，刘少文、龚饮冰的情报系统，以及金仲华、李剑华、陈曼云和时在上海经营《时事新报》的胡鄂公、钱铁如（钱纳水）等取得了联系，并与有关情报人员专门研究讨论了目前的工作状况，总结了经验，部署了今后的工作。
由于潘汉年的到来，上海的情报工作此后就更加有声有色地开展了起来。他们利用在国民党军事部门、军统、中统、警察局、海运、空运等方面的各种关系，取得了大量重要情报。据刘人寿、何荦回忆，这些情报有：（1）1945年秋在美国支持下大量蒋军从大后方空运到沿海城市和东北的情报；（2）华中“剿总”战报、东北战役中海上军运情报；（3）国民党关于徐蚌会战的部署；（4）江防计划，江阴要塞、吴淞要塞、海军舰队驻地情报；（5）国民党国防部人事情报，联勤部组织系统、补给表，战斗序列、蒋军运输计划；（6）解放区大华贸易公司金柯秘密叛变的情报，军统、中统上海机构人士以及他们搜集的有关基层革命组织的情报，以及有关苏联在沪机构活动的情报；（7）1948年12月获悉蒋将下台，李宗仁将上台等等的情报。
在上海大约工作了近4个月后，1946年10月底，潘汉年奉命向香港转移。到香港后，潘汉年仍然把情报工作作为自己这个“不管部部长”的工作重点，并利用董慧的社会关系，有效地掩护自己的工作。同时，他又派简竹坚作为主要联络人员，为他沟通同各方面的联系。简时任香港健全中学的校长，该校由简家创建，她利用这样的家庭背景和这样的职业作掩护，开展秘密工作。不久，潘汉年又将张唯一、张建良等从上海调来香港，后又经夏衍介绍吸收了杜宣（桂苍凌）为情报干部，另由张建良介绍，先后吸收了邝鸿藻、杨建平为情报干部。这样，潘汉年就在香港组成了一个由他直接指挥的精悍的情报班子。为了扩大情报来源，潘汉年还通过地下组织在广州和澳门搜集各类情报。而香港及华南方面的所有情报，“都由张唯一汇总编写，由潘汉年审定签发，通过无线电波不断传送给中央情报部”。
历史已经证明，潘汉年在这一时期重返情报战线所进行的工作是卓有成效的，他的杰出贡献也已写入了史册。就在他被捕之后，1955年7月，他的战友李克农在给中央的报告中，对他这一时期的工作，仍然作了实事求是的说明：“从1946年到1949年潘汉年在上海、香港两地的情报组织的来往电报及从1949年缴获的蒋特档案看，这时期潘汉年所属上海、香港两地报告了有关蒋匪的军事调动、建军、向解放区派遣特务、蒋特电讯侦测情况、蒋美关系……等情报，现尚未查出可疑材料。”
在当时的政治形势下，在一片打倒的呼声中，能为潘汉年说上这么一些公道话，实属难能可贵，也从反面证实了潘汉年在这一时期开展情报工作的实绩。
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