在那些充满军国主义侵略思想的学生们看来，中国是弱国，中国人是低能儿，分数在60分以上，便不是自己的本领了。这对于当时身为弱国国民的鲁迅无疑是一个非常深刻的刺激。
不久，当鲁迅在这学校里求学的第二年，又发生了另一件事。这件事使鲁迅的思想引起了非常强烈的震撼，也从此改变了他一生的道路。如鲁迅自己所说的，他深深地感觉到学医并非一件最紧要的事。他认为，凡是愚弱的国民，即使体格如何健全，如何茁壮，也只能做毫无意义的示众的材料和看客，病死多少是不必以为不幸的。在当时，他认为第一主要的，是在改变人们的精神，而善于改变精神的是文艺。于是他想到要提倡文艺运动了。
事情是这样的：在这一学年，学校添教了细菌学。
教这一门课程，细菌的形状全是用电影来显示的，一段落已完，但还没有到下课的时间，便放映几段时事的片子。这时日俄战争刚刚结束，所映的大都是日本军国主义者宣传战胜俄国的情形。恰巧，在一部影片里，却有中国人夹杂在里边；据解说是：一个中国人给沙皇军队做侦探，被日军捕获，要抓去枪毙了，但围着看的却是一群中国人。这当然是污辱！这时，在讲堂里只有他一个人是中国人。“万岁！”除了鲁迅之外，所有的人们都拍掌欢呼起来。这种欢呼，是每看完一部片子都有的，但这时，在鲁迅听来，这呼声却特别刺耳。这以后，好几天，他都不能平静下来，不想吃饭，也不想睡觉，心中十分苦闷，真是茫然若有所失。有时他一个人跑到深山里放声唱歌，发泄心头的苦闷。有时一个人躺在草地上，苦苦地思索着：为什么一样是茁壮的体格，却显出麻木的神情？！围观着自己的同胞被杀，而竟无动于衷？！这一个刺激是极为深刻的。在后来，鲁迅曾多次把从这次得来的印象，作了某些艺术加工，写入自己的作品中。在小说《示众》里，有类似这样的场面，在《药》里有类似这样的场面，在《阿Q正传》里，也有类似这样的场面。自然，上述的一些场面和这里所提到的事实是完全不同的；鲁迅在创作上述几篇小说时，对于他的最初所获得的印象都作了一些改动，但是，他在刻划那些观众的麻木的神情时，在精神上却是有其相似之处的。
就在这一年的春假，当鲁迅从仙台回东京时，他就和他的朋友们商量要弃医从文的事。
“我要退学了。”鲁迅对许寿裳说。
“为什么？”许寿裳有点怀疑，“你不是学得正有兴趣么？为什么要中断？”
“是的，”鲁迅说，“我决计要学文艺了。中国的呆子，坏呆子，岂是医学所能治疗的么？”
到了第二年的终结，鲁迅终于去见藤野先生，告诉他说自己不想学医了，并且想离开仙台。藤野有些悲哀，似乎想说话，但没有说出来。
“我想去学生物学，先生教给我的学问，也还是有用的。”鲁迅看到藤野先生有些凄然，便说了一句安慰他的话。
“为医学而教的解剖学之类，怕于生物学没有什么大帮助。”藤野先生叹息说。
鲁迅离开仙台的前几天，藤野先生又把他找到家里去，交给他一张相片，在这相片后面，写着两个字：“惜别。”
对于这一位正直的善良的、诚心诚意把自己的科学知识传授给中国学生的藤野先生，鲁迅一直都怀着深厚的敬意。
1906年的夏天，鲁迅从仙台又回到了东京，从此开始了他的革命文学活动。
鲁迅从仙台回到东京，在东京的本乡区汤岛二丁目的一个叫“伏见馆”的公寓里，租屋住下。住了约半年多，他又搬到附近的东竹间的一家人家里去住，后又迁居到一家叫做“中越馆”的客店，在那里，一直住到1908年四月，又搬到另外一个地方去。
从当时的国内条件来看，开展革命文学活动是十分困难的。反动腐败的清政府的专制统治，使得人民完全生活在无权的状态下。落后的经济和文化迫使一些进步的革命的文学活动不得不在国外进行。而日本也就成为许多革命者站脚的地方，而当时的东京则成为他们的政治、文化中心。
在东京，鲁迅过了一段平静而无拘无束的生活。
早晨起得不早，洗漱之后，吃点心，看报纸，到了中午吃午饭。饭后，就有朋友来谈天，来他的寓所最熟的朋友是当时光复会的一些会员，其中包括副会长陶焕卿（成章）。陶是当时一个和下层群众保持密切联系的革命家，他经常穿一双草鞋，腰间勒条草绳，往来于浙东一带的农村里，一天跑八九十里，在会党中间进行秘密的反清活动。如果没有朋友来，鲁迅就去附近的书店走走，看是否有合适的书要买。夜里他才开始学习工作。他喜欢在煤油灯下看书，没有人知道他会看到什么时候。经常是其他同住的人们都睡熟了，他还没有睡。
1907年，清政府的封建统治秩序已经不稳，虽采取各种高压手段，但革命危机四伏，大有一触即发之势。
这年夏天的一个早晨，在东洋的一家日文报纸刊登了一则从中国拍来的电报，报道清政府的安徽巡抚恩铭被JoShikiRin刺杀了，刺客被当场捕获。这个震惊国内外的消息立刻在留学生中间传开了。而这“JoShikiRin”便是当时正做安徽候补道的革命党人徐锡麟。不久，与徐锡麟有着密切关系的女革命党人秋瑾在绍兴被杀，徐锡麟的两个学生陈佰平和马宗汉被杀的消息纷纷传来。并传说恩铭的亲兵将徐锡麟的心肝挖出炒食干净。由于愤怒，东京的留学生秘密开会，筹集了一些川资，派人回国去接徐锡麟的家属。
浙江省的留日学生还在东京开了同乡会，追悼革命烈士，并打电报到北京，痛斥清政府的惨无人道。鲁迅也积极参加了追悼会。而鲁迅则主张不是暗杀的手段，而是改造这沉默的国民的灵魂的、持久的、韧性的战斗，是用文艺来燃烧起这沉默的国民精神的火花。
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