这年，鲁迅18岁，把原名樟寿改为树人。这一年，正是1898年（清光绪二十四年，戊戌年）。
自从1840年，封建中国的大门便随着英、法、美等国的坚船利炮向外国侵略者敞开和加大。清政府的“天朝”迷梦被打破，那些腐朽昏庸的上层人物，面对外国侵略者的淫威，丧失了往日的威风，只好与“强盗”们狼狈为奸，甚至为虎作伥，欺压国民，侵占土地，掳掠财富，构成了一幅畸形的半封建半殖民地的近代中国的图画。1894年，清政府在甲午中日海战中惨败，次年订立《马关条约》。割地赔款，丧权辱国，在鲁迅的心里烙上了深深的悲痛。18岁的鲁迅来到南京，与其说是给他个人找生路，不如说是给中华民族找生路。民族危机、社会危机给鲁迅以强烈的刺激，使他的心思不能不从个人出路与中华民族的出路在生活实践中取得统一。
鲁迅来到南京的这一年，正是戊戌变法运动猛烈高涨之时。变法运动的代表人物是康有为、梁启超、谭嗣同，他们是从封建地方阶级中分化出来的，具有变化维新思想的改良主义者。他们关心国家的命运和民族的命运，要想改革腐朽的不适合“世界潮流”的旧制度，建立一套新办法、新制度。但这种改良主义是主张君主立宪的，很不彻底，并不能拯救民族危机，但是，在当时这种主张却有它的很大的进步意义。在它的影响下，兴建了很多新学堂，进步的文化思潮在这里得到传播，新的报刊和书籍陆续出版。正是在这个时候，鲁迅进入江南水师学堂。
江南水师学堂的一切设备和措施，都令人觉得它不过是封建主义的躯体，这躯体被一层资产阶级改良主义的外衣包裹着。一进仪凤门，就可以看见这学校里有二十来丈高的旗杆。这旗杆很有意思，如果有人爬上杆顶，就可以看见狮子山和莫愁湖；危险性也没有，因为下面张着网，跌下来也摔不厉害。此外，特别引人注目的就是那些高烟囱了。在学堂的后面有个被填平了的地方，因为淹死过两个年幼的学生，所以在鲁迅到来之前，池子已被填平了，而且还造了一座小关帝庙加以镇压，而每年阴历七月十五日，还有一群和尚被学堂当局请来放焰口，这就使得鲁迅不久就觉得这学堂充斥着乌烟瘴气。
学堂里的功课，一星期中有四整天是读英文，一整天读汉文，一整天做汉文。鲁迅学习很刻苦，而生活也过得十分不容易。这里虽说是公费，吃饭、制服、住宿、书籍都是由学堂供给，但是，给学生的津贴却是很少的。这些津贴是买不了什么像样的东西的，而鲁迅自己又没有钱，到了冬天，他只好穿着夹裤过冬。
而南京的冬天又十分寒冷，他就养成了吃辣椒取暖的习惯，进而成了嗜好，因此他的胃功能受到了不小的损害。
渐渐地，鲁迅对江南水师学堂不满情绪日增，第二年就改入江南陆师学堂附设的铁路矿务学堂去学开矿了。在路矿学堂里，情况有些改变。在水师学堂学的是英文，在这里却学德文，另外还要学算学、物理学、金石矿物学和物理学。因为这些是以前没有学过的，所以，鲁迅感到非常新鲜。在这里，鲁迅还自学了有关生理学的《全体新论》和《化学卫生论》等书，这使他回想到父亲的病并开始认识到庸医骗人的可恨。
鲁迅来到路矿学堂的第二年，校长换成了一个坐在马车上时要看《时务报》的“新党”。有一次考汉文，新校长出了一个题目——“华盛顿论”。这可难煞了汉文教员，不禁紧张兮兮地求教他的学生们：“华盛顿是什么东西呀？”
由于看新书的风气日益流行，鲁迅就有了接触进步思潮的机会。引起他莫大兴趣的一本书是《天演论》，是英国生物学家赫胥黎的著作，宣传的是达尔文的进化论思想，是由我国著名维新派代表人严复于1896年翻译过来的。书中物竞天择的新思想使鲁迅再也不能平静下去。它使鲁迅联想到中国受外国人欺凌的现实，使鲁迅认识到，如果中国再按照以往陈旧的方式生活，在目前这个竞争激烈的世界上是无法再生存下去的。要想脱离这个残酷的现实，必须坚决地把那些腐朽的不合时宜的东西抛弃掉，必须奋起直追，抓住那些合时宜的，对国家对民族有用的东西，并且决不向外来侵略者投降。惟其如此，中国才有希望。当时，作为一个年轻的爱国者，鲁迅接受了达尔文进化论的思想，在后来的反帝反封建的斗争中，他经常使用这个武器，直到后来他接受了更新的、更科学的马克思列宁主义的思想武器。
鲁迅在路矿学堂里一直学到1902年，算是从那儿毕业了。但是，他又面临了新的问题，如他自己所说：“毕业，自然是大家都盼望的，但一到毕业，却又有些爽然若失。爬了几次桅杆，不消说不配做半个水兵，听了几年讲，下了几回矿洞，就能掘出金银铜铁锡来么？实在连自己也茫无把握，爬上天空二十丈和钻下地面二十丈，结果还是一无所能。”鲁迅又面临一次选择，该到哪里去呢？当时的中国，维新浪潮已经低落下去，清政府里的顽固派继续向侵略者投降。1900年，八国联军攻下北京城，1901年签定了城下之盟——《辛丑和约》。对内，清政府却采取高压的政策，镇压义和团运动，即使对于那些温和的改良主义者，也要请他们去上断头台。国内真是一片黑暗，这对于寻求科学和维新真理的鲁迅来说，到国外去，倒是一条较为适合的路。
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