太平天国革命被镇压了，而黄淮地区的捻军势力转大，一跃而成为抗清的主力。“朝廷震悼”，起用两江总督曾国藩为钦差大臣，节制豫、直、鲁三省军务，北上征捻。
一、奉命“剿捻”
曾国藩一面裁军，另一方面他也不会忘记办理善后，恢复被太平天国革命冲乱了的苏皖两省封建统治秩序。
他认为，“清查田亩，为善后第一要务”，通令各地设立清查田亩局，“分别清查，各还业主”，恢复封建土地所有制，那些被太平军赶跑了的地主豪绅遂卷土重来；“编查保甲，最为目前急务”，各地设立“编查保甲局”，由地主士绅主持其事，恢复保甲制度，加强对人民的统治，镇压人民的反抗斗争；举行乡试，笼络知识分子，刊发“四书”、“五经”，修建江宁学宫，将人们的思想行为重新纳入合“礼”——封建纲常伦理的规范。此外，还修神庙、采访忠义、检埋骸骨、洗除“贼”字、禁着“贼”装、挑浚河并、整理桥道、清查公产、修复书院义塾，安辑流亡等，忙得不亦乐乎。凡被太平天国破坏了的，国藩都要复旧、重建，就连秦淮河畔的灯船妓院，也复如往昔。可是，还未等应办之事办就，捻军烈焰大炽，终于又把国藩推向攻捻前线。
1863年3月，太平天国沃王大汉盟主张乐行捻军在皖北被僧格林沁所部清军击败，雉河集(涡阳)根据地失守，张乐行罹难。梁王张宗禹、鲁王仟化邦(任柱)率捻军走豫西，发展势力，这样就与西北太平军遥相呼应。还在安庆失守后，英王陈玉成奏请天王封赖文光为遵王、陈得才为扶王、梁成富为启王、蓝成春为祜王，远征西北，“广招兵马，早复皖省”，这便是西北太平军的由来。1864年春，天京危急，西北太平军自陕南“还师东征”，图解京师重围。捻军来会师，合兵数十万，集结鄂豫皖边界地区，遭到湖广总督官文的鄂军、河南巡抚张之万的豫军、安徽巡抚乔松年的皖军以及僧格林沁蒙古马队的堵击拦截，被牵制在鄂东地区不得东下。7月19日，天京陷落，噩耗传来，西北太平军、捻军军心大乱，士气低落，本应撤回西北，以图再举，但仍绝望地突围东进。朝廷命令曾国藩出马了。1864年11月6日“上谕”说：“现在江宁已臻底平，军务业经蒇事，即着曾国藩酌带所部前赴皖、鄂交界督兵剿贼，务期迅速前进，勿少延缓！”以李鸿章暂署两江总督，筹办抚缉地方一切事宜，“曾国藩俟李鸿章到后，即行交代起程。”(《全集·奏稿》)
曾国藩突然奉到剿捻上谕，一时不知所措，一则本人对捻军并没有多少认识，二则自己准备解兵引退，三则僧格林沁、官文均是满洲贵族权臣，恐难于合作。但朝廷之命，岂敢违抗？国藩左思右想，遂于11月20日上了《遵旨复奏驰赴皖鄂交界督兵剿贼缘由并陈下悃折》(《全集·奏稿》)，说：
一、“湘勇多剿发匪(太平军)，少遇捻匪，不若添调淮勇，熟于颍(州)、寿(州)之程途，兼悉捻匪之伎俩，湘淮各军三路并进，更资得力。”暗示朝廷，与其让国藩督师，还不如用李鸿章率淮军剿捻。
二、1854年国藩亲自督战，屡次败挫，以后十年，从未亲临前敌，自知亲临指挥打仗并非所长，不得不自藏其短，使诸将充分施展才能，“此次臣若自赴楚界，未必有益”，委婉地表达了自己不愿受命之意。
三、“与僧格林沁、官文同驻蕲、黄，四百里之内，以钦差三人萃于一隅，恐启贼匪轻视将帅之心。”其意是说，与满人合作，事权不一，呼应不灵，成事不足，反会败事。
国藩答应派刘连捷湘军直入黄州，听候官文调遣，至于本人“交卸督篆，起程日期”，则“续行具奏”，等待朝廷发落。
折上之后，国藩心中忐忑不安。他在家书中说：“不堪再任军务，趁此解去兵权，虽经手之事太多，二年之内尚不能清结回籍，然苟能不办军务，就此体面下场，斯为万幸。”(《全集·家书》)他以淮代湘的良苦用心朝廷能否体谅？他想解去兵权朝廷能不能同意？他不免诚惶诚恐。
但不久，战争形势发生了变化。11月7日，扶王陈得才率太平军与僧格林沁在安徽霍山黑石渡展开决战，太平军大败，祜王蓝成春殉难，天将马融和、范立川率数万(一说7万)之众投降，主帅扶王陈得才见大势已去，服药自尽。西北太平军从此不复存在。捻军也作战不利。“发逆剿洗净尽，皖省一律肃清，是楚皖近日军情，较之半月以前大不相同”，僧格林沁在战场上取得暂时优势。清廷即令曾国藩“即可无庸前赴安庆，亦无须交卸督篆，仍驻扎金陵，妥筹调度。”(《全集·奏稿》)国藩接奉“上谕”，总算松了一口气。
历史喜欢捉弄人，曾国藩越想解兵权、不欲征捻，而捻军偏偏强大起来，一跃成为太平天国革命失败后全国民众抗清的主力。
鄂东之战后，捻军虽然受挫，但仍有数万之众，实力犹存，西北太平军“残匪仅数千”，在遵王赖文光的率领下，“投入捻中”(王定安：《求阙斋弟子记》)打起捻军的旗号。两军合并后，即在豫南地区进行整顿。捻军最凶恶的敌人是僧格林沁的内蒙古骑兵，以步对骑，难以制胜，因此决定“易步为骑”(捻军本来就多骑)，以骑对骑。在作战方法上，将捻军的流动作战的战略战术大加发展。这种战略战术具有高度的灵活性、机动性，倏而分数十股，使官军彼此不能分顾；倏而合数万众，使官军仓猝不及支持；倏而遁窜数百里外，使官军跟寻无踪；倏而盘旋百十里中，使官军怀疑莫测。运用这种作战方法，既能保存自己，又可寻机歼敌。整编后的捻军，面貌一新，开始了新的战斗历程。
1864年底，捻军用流动战术连败僧格林沁，打得这位王爷“名望顿尽”。僧格林沁恼羞成怒，继续穷追捻军，捻军就继续用流动战术来对付他。
在捻军的“流动战术”中，有一种“打圈”战术，最为有名，民谣唱道：
捻子打圆圈，
官兵瞎胡撵；
官兵想歇腿，
捻子围跟前；
捻子举起刀，
官兵把爷喊，
千饶命，万饶命，
饶俺回去杀州官。
这首民谣，以朴实生动的语言描述了“打圈”战术的妙用。
“打圈”战术是捻军流动作战、“以走制敌”的战略思想的高度运用和体现，是捻军在实战过程中，根据自己多骑的特点，以及利于战马驰骋的黄淮平原有利地势而创造的一种新的战术。它采用疾驰狂奔、数日不歇的大规模流动方式，以如蚁旋磨、忽左忽右的“打圆圈”的方法，使追击捻军的官军自然疲劳。然后，以步骑联合的包抄战术，一步夹一骑为团阵滚进，马怒人欢，使追敌陷围不得出，从而达到全歼追敌的目的。捻军运用这一招，为僧格林沁设计了一个“圈”套。
自1864年11月至1865年5月，捻军牵着僧格林沁这头“牛”，经邓州—南召—鲁山—尉氏—临颍—郾城—西平—遂平—汝宁—正阳—信阳—扶沟—睢城—曹州—城武—金乡—济宁—汶上—东平—宁阳—兖州—曲阜—邹县—滕县—峄县—郯城—赣榆—海州—沭阳—邳县—峄县—滕县—邹县—济宁—郓城—濮阳—范阳等地，往返打圈。僧格林沁数十日不离鞍马，两手疲顿不堪，不能提举缰索，只好用布带束腕系在肩上，以驭战马。捻军“知僧军疲，益狂奔”。僧格林沁“三旬之间，回旋奔逐不下三四千里”，实在追不动时，“解鞍小憩道左，饮火酒两巨觥，辄上马逐贼”。见此情景，朝廷担心起来，连连发出警告，要“僧亲王择平原地休养士马，且戒勿轻临前敌”(王定安：《求阙斋弟子记》)。但僧格林沁再也听不进去了。1865年5月18日，他终于被捻军“牵”入山东曹州高楼寨(一说葭密寨)，包围聚歼，僧军几乎全军覆没，刚愎自用的僧格林沁亲王被捻童张皮绠杀死。
僧格林沁，博尔济吉特氏，1825年袭封蒙古科尔沁札萨克多罗郡王。因击败北伐太平军有功，晋封为博多勒噶台亲王。第二次鸦片战争中，抗击过英法联军。《北京条约》签订后，奉命统辖山东、河南军务，并直隶、山西四省督抚提镇各统兵大员均归节制。他所统率的蒙古马队，是清廷的王牌师，也是朝廷用以对抗湘军、压抑曾国藩的有力后盾，但万万没有料到，清廷所倚赖的“长城”崩塌了，“两宫震悼”，辍朝三日，慈禧太后情出无奈，只好考虑让声威素著、老于戎事的曾国藩督师剿捻了。1865年(同治四年)5月23日，“上谕”命钦差大臣协办大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩，着即前赴山东一带督兵剿捻。两江总督着李鸿章暂行署理，江苏巡抚着刘郇膏暂行护理。同时命直隶总督刘长佑扼守大名，三口通商大臣崇厚统洋枪队驻防景州，堵捻北趋。5月25日，再命曾国藩赶紧赴援，保卫京畿。
曾国藩奉到上谕，又一次陷入窘境：湘军精锐裁汰殆尽，兵力单薄，如何剿捻？且捻军利于马队，以步对骑，如何能制胜？但圣旨难违，他只好故技重演，采取“拖”的办法，6月2日上了一个《遵旨赴山东剿贼并万难迅速缘由折》(《全集·奏稿》)，说“朝廷责臣讨贼，至切且速，即山东官民，亦望臣星速北上。臣踌躇再四，有万难迅速者数端”
一是兵力不足。金陵仅湘军3000人，作为护卫亲兵。淮军虽称劲旅，但仅刘铭传、周盛波两军归曾国藩调遣，人数尚少，不敷分拨。不得已，拟“另募徐州勇丁”，非三四个月难以成军。
二是战马缺少。捻军战马极多，此次僧格林沁蒙古马队溃散，又为所得，马逾万匹，驰骋平原，其锋甚锐。如剿捻而没有马队相佐助，“将不战自靡”，因此打算在徐州添练马队，派人前赴古北口一带采买战马千余匹，一来一往，最快也要三个月，加上训练，也要两个月时间。
三是扼捻北上，“惟黄河天险最为可恃。防河之策，自为目前第一要义”，而江南船只，于黄河水性不合，要防河，就需要采办木料，招募水勇，兴办黄河水师，工程浩大，没有四五个月的工夫难以就绪。
四是国藩所部每日行军，支帐埋锅造饭，不向州县索米供应，日行仅40里或更少。李鸿章的淮军也是如此。步步稳妥，则行军迟钝。僧格林沁剿捻，一年以来，周历湖北、安徽、河南、江苏、山东五省，若他人接办捻军，断不能兼顾五省。不仅不能兼顾湖北，就是苏皖豫鲁四省也不能处处兼顾，只能择要设守，其余责成四省巡抚，各分汛地。国藩此言显而易见：朝廷既没给剿捻实权，他即便北上，也只能局限在一定地区进攻捻军，“不能遍顾各省”，不担负攻捻的全部责任。
最后，国藩说：“方今贤帅(僧格林沁)新陨，剧寇方张，山东之望援，急于星火，而臣策战事，乃在半年以后。北路之最重莫如畿辅，而臣策直隶乃须另筹防兵。此皆骇人听闻之言，殆不免于物议纷腾，交章责备。”要是师出无功，也请朝廷不要见怪。
同日，国藩又追加了一个《请另简知兵大员督办北路军务片》，说自己精力疲惫，不能够再担负重任，近来衰态更增，说话20句左右，舌尖就麻木蹇涩，不能再说，只有恳求皇上恩准，挑选知兵大员督办军务，国藩愿以闲散人员在营效力，鞠躬尽瘁。有意不再执掌兵符。
国藩折片刚发出去，就奉到5月28日“上谕”，命钦差大臣协办大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩赴山东一带督师剿捻，所有直隶、山东、河南三省旗、绿各营及地方文武员弁，均着归曾国藩节制调遣。如该地方文武有不遵调度者，即由该大臣指名严参。同日又命国藩统带亲军小队，轻骑就道，兼程北上。
朝廷要国藩督师剿捻，当然也就不能不给予实权，否则，不仅曾国藩不干，而且事权不一，呼应不灵，于大局不利。可是，曾国藩接到节制三省的“上谕”，依然忧心忡忡，担心什么？他在家书中说：“若贼不渡黄(河)，剿办尚不甚难，一渡黄，则手脚忙乱，万目悬望，万口讥议，余实应接不暇，难乎其免于大戾矣。”(《全集·家书》)他怕剿捻无功，招致身败名裂之祸。国藩再三思维，6月6日，上了一个《谨陈筹办情形并请收回成命折》，说自己精力衰颓，公事废弛，心神不定，无故惊怖云云，“不敢拜此宠命”，要求皇上收回节制三省的任命。但朝廷不准，“上谕”说：“曾国藩恳辞节制三省之命，具见谦抑为怀，不自满假。惟东、豫之军，自僧格林沁战殁后，军无统辖，号令不一，最为兵家大忌。该大臣更事既多，成效夙著，若非节制直、东、豫三省，恐呼应未能灵通，勿再固辞。”(《全集·奏稿》)国藩无可奈何，只好硬着头皮北上征捻。
6月18日，曾国藩由金陵启行，取道运河，北上督师。6月30日抵清江浦，再辞节制三省之命，朝廷仍不允。7月14日由清江浦溯淮西上，21日抵达攻捻前线——安徽临淮。
此次挂帅征捻，可供国藩指挥的军队有这样几种：
第一种是湘军，这是曾国藩自己的武装。国藩在金陵搜罗了9000多人攻捻，但多不愿北征，最后带了3000人作为护卫亲兵。黄翼升的淮扬水师(湘军水师的一部分)进入淮河，后又调鲍超等军，加起来也有2万人。
第二种是淮军，这是攻捻的主力。曾国藩裁湘留淮，意在借助淮军“以济湘勇之穷”，所以攻捻不得不依恃淮军，这就是刘铭传、周盛波、张树声、潘鼎新等部25万人，后又陆续增调张树珊、李昭庆等军，总数达到6万人。淮出于湘。但淮军的领袖是李鸿章，而不是曾国藩，虽然李鸿章把指挥权交给了曾国藩，但国藩却不能像指挥湘军那样灵活，毕竟隔了一层关系。而且淮军的私兵性质较湘军有过之而无不及。表面上看来“湘淮一家”，实际上李鸿章并不是十分情愿地把淮军交给曾国藩指挥，时常加以遥控。更何况，慈禧太后为了压制曾国藩，采取扶植李鸿章、左宗棠的政策来分化、瓦解湘系集团的势力，李鸿章也不想在曾国藩脚下盘旋，而思自立门户。当曾国藩第一次奉到攻捻命令时，朝廷即命李鸿章署理江督，时距攻克金陵不到四个月，国藩幕僚赵烈文为此发出了“殊咄咄可怪”的惊呼。国藩本人也“意殊寥落”，虽很快收回成命，但扬李抑曾是显而易见的。有朝廷扶植，李鸿章再不肯事事听命于国藩。所以，当国藩准备北上，要求李鸿章把“淮军特出之将”刘铭传所部铭军交他指挥时，鸿章则以“省三(刘铭传，字省三)虽奉严旨敦迫，必须留置左右，以备先驱”为辞加以拒绝(《李文忠公全集·朋僚函稿》)，后经国藩反复磋商和朝廷“严迫”，才把刘铭传推上攻捻第一线。所以，国藩所统率的淮军，不可能如指使臂——征调自如了。
第三种是各省的地方军，如皖军、豫军、东军。这些军队，多由地方地主武装团练基础上产生，巡抚负有指挥之权。各省各自为政，各存畛域之见，一般不愿出境作战。对这些地方军队，国藩要想让他们俯首帖耳听从指挥，并不是一件容易的事情。
第四种是洋枪队。直隶总督刘长佑和三口通商大臣崇厚负责防守黄河北岸，祟厚所率领的1200名洋枪队，就是英国人贝格和日斯训练出来的。这支军队远处黄河北岸，曾国藩也不便指挥调遣。
上述几种军队，充满着矛盾，有地方军与正规军的矛盾，地方军与地方军的矛盾，黄河北岸军和南岸军的矛盾，湘系与淮系的矛盾，错综复杂。当曾国藩接到督师剿捻的命令，还没有踏上征途时，就发生了直隶提督刘铭传与浙江处州镇总兵陈国瑞相互残杀之案。陈国瑞，湖北人，太平军叛徒，僧格林沁的部将，是一个典型的无赖，最喜争功械斗，在皖北时，就与郭宝昌、英翰的皖军厮杀过。6月7日，刘铭传军抵山东济宁，6月12日首战捻军于长沟，取得胜利。陈国瑞率军后至，既恶淮军先入长沟，又见淮军将士所携洋枪精利，就想争功夺洋枪，亲率亲兵500人突入长沟，见淮军勇丁即杀。刘铭传闻变，率部与战，全歼陈国瑞亲兵，把陈国瑞软禁起来。“强寇在门，内乱又作”，这使曾国藩感到“殊深焦灼”。所有这些，预示国藩的攻捻生涯，很难一帆风顺。
二、攻捻方略
任柱、赖文光部捻军在山东受挫后，即回驰皖北，与张宗禹部汇合，围攻雉河集，以期夺回皖北根据地。曾国藩亟调刘铭传等驰援。7月24日，刘铭传、周盛波等援军齐至。铭传由石弓山、龙山，盛波沿涡河两岸推进，“纵横扫荡，所向无前”，战至次日，捻军渐渐不敌，弃雉河集而去，两路入河南，张宗禹部经柘城、商丘、太康进入豫西南，在南阳、卢氏及湖北襄阳等地往返游击；任柱、赖文光由太和、沈邱、陈州西趋，走西华、临颍、郾城，复折往东南，趋西平、上蔡等地。
7月21日，曾国藩抵达临淮后，即着手部署他的攻捻方略。
曾国藩长期与太平军作战，对捻军知之不多，“此次北征，初不知捻匪伎俩何如”，正道出他对“捻患”认识的浅薄。但捻军与太平军有过一段相当密切的关系，在镇压太平军过程中，对一度与之胶合一起的捻军当然不可能充耳不闻。事实上，作为经世实学家，他对捻军也表现出一定程度的关注。1859年11月20日他在上奏中称：“自古办窃号之贼与办流贼不同，办流贼法当预防，以待其至，坚守以挫其锐；办窃号之贼，法当剪除枝叶，并捣老巢。今之洪秀全踞金陵，陈玉成踞安庆，窃号之贼也……龚(德树)、张(乐行)捻股之分合无定，流贼之象也。”(《全集·奏稿》)这里，他已经看出捻军势成“流贼”之象，并据此提出了“预防”之方。
正如国藩所料，捻军采用的是一种“流动”作战的战略战术。僧格林沁对这种战法认识不足，“贼流与之俱流”，一味穷追不舍，甚或“一日夜三百余里”。曾国藩断言，“此于兵法，必蹶上将军”(《清史稿·曾国藩传》)。不可一世的科尔沁亲王果然被捻军消灭了。
既然追飞逐走难以奏功，那么“预防”便顺理成章地成了曾国藩清除“捻患”的主导思想。于是，他开出了第一副处治之方——重点设防。
1865年6月2日，即他接到北上命令后的第七天，上了一纸奏章，说捻军已成流寇，飘忽靡常，应“各练有定之兵，乃可制无定之贼”，提出以徐州为老营，在山东兖州、沂州、曹州、济宁，河南归德、陈州，江苏淮安、徐州、海州，安徽庐州、凤阳、颍州、泗州所谓“历年捻匪出没最熟之区”的十三府州之地置防对策。但不久捻军并力围攻皖北雉河集，他不得不前往安徽临淮督师，这样坐镇徐州及专力于十三府州之地的计划略加修改。6月14日他在上奏中称，现既由临淮进兵，将来安徽即以临淮为老营，江苏以徐州为老营，山东以济宁为老营，河南以周家口为老营，四路各驻大兵(其余十一府州驻扎少量军队)，多储粮草子药，为四省之重镇。一省有急，三省往援。这个“四镇”之局，便是曾国藩着力推行的“以逸待劳”，“以有定之兵，防无定之贼，变尾追为迎击，制贼不流”(黄佩兰：《涡阳县志·兵事》)的重点设防方略。曾国藩抵达临淮后，即檄调淮系刘铭传、潘鼎新、张树声、周盛波各军，湘系刘松山、张诗日各部，分驻四镇，到9月底，四路定局。
捻军两路入豫，任、赖一路进入陈州，活动在国藩划定的战略区内，国藩派刘铭传等部堵击。9月23日，曾国藩自临淮移营徐州，就近指挥。而张宗禹一路已入豫西，朝廷命国藩派兵追击。国藩料定“万难追及”，仍坚持他的重点设防方略。他在给朝廷的奏折中说，捻军已成流寇行径，若捻流而官兵跟着追赶，则节节尾追，步步落后，终年奔波，有损无益。因此，坚持初议，于捻军必经之途驻扎重兵，如刘铭传驻周家口，捻军回窜扶沟、鄢陵，即自周家口迎头痛击；张树声等驻徐州，捻军回窜永城、萧县、砀山，即自徐州迎击；捻军趋蒙城、宿州，则刘松山等自临淮迎头拦击；捻军至曹州、单县，则潘鼎新自济宁截击，变尾追之局为拦头之师，以有定之兵制无定之捻，军务可望渐有起色。国藩还说：“皇上如以臣议为可采，则于臣驻兵四处之外，请旨敕下湖北、河南督抚，于豫之巩、洛、宛、邓，楚之随、枣、黄、麻，各驻劲兵一支，与诸将坚约，重在拦头迎剿，不重在贼退尾追，似亦制胜之策。”(《全集·奏稿》)不仅坚持，还要朝廷推广他的重点设防、以“点”带“面”的攻捻方略。
国藩的重点设防，能否收到清除“捻患”的奇效，不仅朝廷表示怀疑，刘铭传也颇不以为然。10月1日，他在给李鸿章的信中说：“屡阅爵相(曾国藩)奏疏，坚持驻兵徐州、临淮，铭传窃以为非。若以前定十二(十三)府之议，则爵相可驻徐州，若论眼前地势贼情，爵相拟带六世叔同树、盛两军驻扎归德，湘勇拟驻亳州，琴轩拟驻曹州，三处相离不足五百里，声势相连，贼断不敢越境东犯，即东犯亦易合击。传军可为专剿之师，以马队追踪击贼，步队遥为控制，不使攻破圩寨，日久或可饥散。现贼马较前更多，我军必得强健马队三千，方可立平此寇”，要李鸿章“务祈转请爵相，万勿以运道之艰，初议难改，划疆自守，不求有功”，并说“铭传深受吾师(李鸿章)及爵相之知，故不避苛责，渎烦上听，非为自谋建树耳。”(江世荣：《捻军史料丛刊》第3集)刘铭传此函是有深意的：一是认为曾国藩的重点设防方略太过刻板；二是刘铭传宁可为“专剿之师”，不愿株守周家口坐等捻军自投罗网；三是攻捻必须有一支强健的马队。尽管刘铭传并不赞同曾国藩的攻捻方略，但“向不梗令”，还是勉力与捻军作战，10月1日，败捻军于沈邱，旋再败之于阜阳，9日又败之于河南睢州。任柱、赖文光见势不妙，遂又由考城驰入山东，往返于曹县、定陶、郓城、菏泽等地。曾国藩唯恐捻军进入山东半岛“完善之区”，急命驻守济宁的潘鼎新淮军扼守运河，副都统色尔固善的马队、张树珊的淮军跟踪追击，刘铭传仍驻周家口，周盛波进驻归德，以防捻军南下。从江南调来总兵杨鼎勋、郭松林等部进驻宿迁、徐州，以备后援。朝廷对国藩的布防感到满意，但对进入豫西的张宗禹部却忧心如焚，认为该路捻军“不西趋秦境，必北扰晋疆”，陕西与河南毗连，路路可通，山西虽有黄河之隔，但霜降水落，抢渡不难，“该省素称完富，且为畿辅屏蔽，稍有疏失，关系匪轻”。曾国藩在徐州调度，正当吃紧，对豫西鞭长莫及。有鉴于此，10月25日，朝廷准备命李鸿章督带杨鼎勋等军驰赴豫西进攻张宗禹捻军，兼顾山、陕门户，命漕运总督吴棠署理两江总督、李宗羲署理漕运总督、丁日昌署理江苏巡抚。曾国藩奉“上谕”，“愧悚难名”，李鸿章督师攻捻倒没什么，关键是，李督师豫西，必然从东路将淮军调走，他的攻捻方略土崩瓦解不说，他凭什么攻捻！于是11月7日上《奉旨复陈近日军情及江督漕督苏抚事宜折》，建议朝廷暂勿令李鸿章赴豫。朝廷允其所请，“旨罢前议”。
当曾国藩与朝廷讨价还价之时，任柱、赖文光捻军乘虚蹈隙，突由山东折入江苏丰县、沛县、砀山一带，11月3日破辛家集，徐州戒严。11月21日，捻军被张树声、潘鼎新击败于丰县，23日即由丰县经山东鱼台、金乡、单县西进河南，26日又败于河南睢州，29日在扶沟为刘铭传所败，走许州，与张宗禹捻军会合，流动于襄县、叶县、舞阳一带。一连打了几次胜仗，曾国藩大喜，以为他的重点设防之策收到了奇效。他在给朝廷的奏报中说，捻军徐州小挫，丰县、睢州、扶沟大败，皆由拦头要截。周世澄在《淮军平捻记》中对此更是大加张扬，说自设四镇而汛防有定，“贼之流走者处处投触罗网，遂不能逞其故智”；从前各军剿捻皆以追奔为能事，自四镇之设，变尾追之局为拦头之师，以有定之兵制无定之捻，办捻之局自此“始渐有纲纪”。但是，这种“重迎剿，不重尾追”的办法，仍不能致善以“乘虚蹈隙”的捻军于死地。照曾国藩的话说，“该逆狡诈多端，飘忽异常，从不肯与堂堂之阵约期鏖战，必伺官军势孤力竭之时出不意以困我……该逆死党极多，行走甚速，乘虚蹈隙，是其惯技”(《全集·奏稿》)，很难对付。曾国藩已经意识到了这一点，时人亦然。御使刘毓楠在《奏陈河南军情贼势请饬邻省督抚合兵会剿折》就评论说，捻军飘忽无常，转瞬驰骋数百里，与太平军占据城池、盘踞固守情形迥不相同，曾国藩设兵四镇，欲待其至迎击围剿，唯其往往避兵而行，未必肯向重兵屯扎处所自投罗网。河南的尹耕云致书曾国藩，也有所论列，说临淮离周家口数百里，周家口离徐州数百里，徐州离济宁也有数百里，骑兵之力不出百里，步兵之力不出十里，过此则如入无人之境。如捻军避兵而行，抵隙乘虚，无论驻扎之老营株守无益，即游弋之劲骑也将奔命不遑。这些议论，揆诸捻军战争的特点，毫无疑问言中了重点设防的漏洞。曾国藩也觉察到了这一漏洞。因此，这年12月，便腾出刘铭传一军作为游击之师，另札李昭庆所办游击之师驰赴前线，两处游兵(后又增加鲍超、刘松山、刘秉璋三军为“游击”)略仿僧格林沁之法，与捻军纵横追逐，以补重兵株守之漏。尽管如此，所办游击之师，难与僧格林沁蒙古劲骑同日而语。四镇、游兵，与实现清除“捻患”的目的相去甚远。
如果说重点设防旨在“遏流”，为相对意义的“战”，那么曾国藩在实施重点设防的同时开出的查圩之方则意在“清源”，为相对意义的“守”。照曾国藩的话说，即“于四处设立重兵，以遏其流；又拟查办民圩，以清其源”，“设立重兵，以为战，又令乡村设立圩寨，以为守……各县皆有圩寨，则无掳人掳粮之患。”(王定安：《求阙斋弟子记》)战与守，遏流与清源，相辅相成，成为曾国藩清除“捻患”的法宝。
圩，又称寨、围、坞、堡，总称“圩寨”。据历史资料记载：“自道光之季，吏习于恬熙，皖豫间盗大起，豪猾大姓辄筑寨自固，谓之圩，圩大者千余家。”(孙衣言：《逊学斋续文钞》第4卷)可知圩寨至迟出现于道光之际。
圩寨是社会动荡的产物。捻军起义后，黄淮地区就开始了大规模的村庄圩寨化的过程。所谓村庄圩寨化，简单地说，就是小村并大村，实行坚壁清野，村外环筑围墙，围环以壕，吊桥通内外，犹如碉堡，这是圩寨的一般形式。捻军起义期间，黄淮地区出现四种类型的圩寨：第一种是所谓的“贼圩”，也就是捻军的圩寨，官书上常以“圩寨林立，不可数计”形容捻军圩寨之多。在相当长的一段时间里，具体地说从1857年到1863年这段时间，捻军就是利用圩寨来保存自己，对抗清军的，这种战争形态，在捻军军事史上被称为“圩寨战术”。第二种是地方割据势力苗沛霖集团的圩寨，史称“苗圩”。圩寨是苗沛霖割据的基础，1860年建立“天顺”王国时，由他控制的圩寨就有数千，地跨安徽、河南两省。第三种是所谓的“民圩”，也就是地主士绅为进行乡村防御、对抗捻军而修筑的圩寨，这种圩寨，黄淮地区到处都有。第四种是首鼠两端的圩寨。这类圩寨，有的既不抗清，也不抗捻，清军来了，插上清军的旗号，捻军来了，马上换上捻字旗号；有的既抗清又抗捻，谁也别想染指。这类圩寨，完全是为了自保，所以是处于“中间”状态的圩寨。各类圩寨，结构尽管不尽相同，但都非常注意对圩寨的经营，“加砖增堞，坚如城郭”(黄佩兰：《涡阳县志·兵事》)。所以，圩寨完全可以称为“城郭村落”。1863年，张乐行前期捻军覆没、苗沛霖被铲除后，捻圩、苗圩被夷为平地，朝廷又谕令曾国藩督饬地方文武夷毁其他圩寨，因有悖于坚壁清野之议，没有实行，这就为曾国藩推行查圩政策创造了条件。
还在北上征捻途中，曾国藩发布《剿捻告示》，说，本大臣奉命督师，赴徐州一带攻捻，议战，则责成官军，议守，仍需整理圩寨，为此晓谕安徽、河南、江苏各圩练董知悉，随时前来徐州，本大臣亲问各路情形，面谕修圩、挖壕、防守各事宜，云云。这个《剿捻告示》就是国藩推行“查圩”政策的先声。
曾国藩抵达临淮后，立即实施“查圩”。
查圩要点，曾国藩在7月21日发布的布告(《全集·诗文》)中列举了四条：
1坚壁清野。捻军骚扰多年，凡苏、皖、鲁、豫四省捻军必经州县，人人皆知修筑圩寨，自相保卫，但恐岁久人贫，渐渐松懈，现要大加整顿，墙子要高，壕沟要深，这是坚壁。同时，人丁及牲畜、米粮、柴草，一一搬入圩内，“贼来全无可掳，此清野也”。如捻军围攻圩寨，国藩立即派兵救援，近或三日五日，远的十日半月一定赶到，决不食言。如不能坚守半月，是该圩之过，如半月救兵不到，就是国藩的过错。各圩要操练壮丁，自保身家，决不调圩练助剿，也不派圩董支应杂差。
2分别良莠。曾国藩认为，“分别良莠为正本清源之道，关系甚重”，因此，命令地方绅耆在捻军活动地区进行户口清查，凡“有捻之州县，一体清查”，其中安徽蒙城、毫州、宿州及河南永城是捻军的老巢，限三个月清查完毕。负责查圩的官员督同圩长，挨户清查，造具清册，“倡首为乱及甘心从逆者，为莠民册，全未从匪者，为良民册。偶从与胁从者，为自新良民，亦编入良民册内。入莠民册者，在外则到处追剿，在籍则擒拿正法。入良民册者，五家具保结于圩长，有事则五家连坐；圩长具保结于州县，有事则圩长连坐”。希图以这种办法切断捻军与人民的联系。
3发给执照。各圩管事之人，有的称“圩主”，有的称“寨主”，“主”字不可妄称，现一律改称“圩长”。每圩设圩长一人，副圩长二三人，最多不能超过四人。圩长由各圩大众共同推选，上报州县，州县核查确实上报国藩处。正圩长由曾国藩发给执照，盖关防章；副圩长由州县发给证明，用印信章，“收执为凭”。圩内有阳顺官兵，阴从捻军者，圩长捆缚送官正法。“匪”圩而诬叛“良”圩，吓逼邻圩者，各圩共同禀究。送“匪”最多者，奏明请奖；匿“匪”不报者，将圩长革去究惩。平日不废农务，临警守圩有功者，奏明优奖。圩长苛敛财物，不服人心者，准圩众公禀查明革换。
4询访英贤。曾国藩在所颁布的布告中说：“淮徐一路，自古多奇杰之士，山左、中州，亦为伟人所萃。方今兵革不息，岂无奇才崛起？无人礼之，则弃于草泽饥寒贱隶之中，有人求之，则足为国家干城腹心之用。本部堂久历行间，求贤若渴，如有救时之策，出众之技，均准来营自行早明，察酌录用；即不收用者，亦必优给途费。如有以邻境之匪名单来告者赏银三十两；如有以巨捻藏匿之踪迹来告者，赏银四十两；如有荐举贤才者，除赏银外，酌予保奖。”“藉一方之人才，平一方之寇乱”，这是曾国藩网罗“英贤”的目的所在，也是其人才思想的具体表现。
在曾国藩看来，清查圩寨捻首，杀一捻即“除一害”，清一圩即少一患，这是治捻的根本，临阵擒斩百人不如清圩时斩数人来得得当。因此，在捻军活动地区，特别是在捻军起义的发祥地皖北一带，力行搜查之法。查圩一方开出不久，他便派知府桂中行、朱名璨赴蒙城，同知李炳涛、知县薛元炳赴亳州，知州张云吉、游击吴靖基赴宿州，直隶州尹沛霖、游击翁开甲赴阜阳，会同地方绅土，监督“查圩”政策的施行。这一政策的推行，确给捻军造成很大危害，不少留在皖北坚持抗清的捻军将土或捻军的同情者、支持者惨遭杀害，在《曾国藩全集·批牍》中就有“委查亳州圩务李丞炳涛禀查获迭叛捻首刘二能等五名汛明正法由”、“委办宿州查圩事务张牧云吉禀拿获捻目高继周等讯明正法由”、“委办蒙城圩务桂令中行禀查获莠民李全信等九名讯明正法由”等之类的批牍，在《查办蒙亳宿阜民圩擒斩著名积捻折》中，开列了120名被“正法”的著名“积捻”，这在一定程度上割断了捻军与人民的联系。更为严重的是，它使捻军生活资料接济发生困难，“匪徒野无所掳，寇氛缘此渐息”(王枚：《睢州志》第2卷《寨工》)。
然而，查圩与重点设防一样难达“药”到“患”除之效。以查圩根本之点坚壁清野为例，曾追随僧格林沁及山东巡抚阎敬铭、丁宝桢并为之出谋划策的潘骏文就发了一通议论，说：“欲使贼无所得食，寝以饥疲，则不外坚壁清野之策……见诸施行而未遽收戡定之效者，则非斯策之不效，而所以用斯策之未尽善也。何也？圩寨之御贼可暂而不可久。使兵不时至，则罄其所有悉投凶焰，况乎饵贼以求安，不能尽咎小民之接济矣。”(潘骏文：《潘方伯遗稿》第5卷)一方面仍有人民的支持，一方面“饵贼求安”的畏祸心理也使得一些“民圩”给捻军以接济，这种情况在当时非常普遍。这就使捻军在接济困难的情况下不至于枵腹荷戈。此外，“清野”受着季节时令的约制，“严冬之野可清，而夏秋之野不可清”，捻军照旧可以生存。曾国藩“急切无制贼之良法，中怀时复闷闷”(李榕：《十三峰书屋文集》第4卷)。
重点设防不灵，查圩之法虽有“消患于未形”的功能，但既难于立见成效，又难以如愿施行。这使曾国藩感到“难操胜算”，要取得攻捻战争的胜利，看来还得另寻“制寇之方”。
当曾国藩办游击之师变更战略部署时，捻军跳出他的战略设防区，分路攻入湖北。1866年(同治五年)1月18日，湘军成大吉部在鄂东麻城宋埠闹饷哗变，“勾通捻匪”任柱、赖文光入鄂，里应外合，大败成大吉，烧了他的军营，成大吉“仅以身免”，逃往滠口，23日捻军攻陷黄陂。与此同时，张宗禹部由邓州、新野进入湖北襄阳(不久折入河南)。2月18日，任、赖捻军在黄冈大败清军，阵斩总兵梁洪胜等多人。鄂势甚危，武汉震动，朝廷大怒，将湖北巡抚郑敦谨革职，调曾国荃为湖北巡抚。国荃居乡一年多，“终不能退藏避事”，此次出山，也只好“置祸福毁誉于度外，坦然做去”。曾国藩也挺高兴，他在给国荃信中说：“余办捻事，正苦鄂中血脉不能贯通，今得弟抚鄂，则三江两湖均可合为一家，联为一气。论公论私，均属大有裨益。”(《全集·家书》)
捻军在湖北连打两次胜仗，湖广总督官文急忙请兵救援。曾国藩命总兵喻俊明等率水师驰赴武汉，檄调刘铭传自周家口驰赴光山、固始，径援湖北。刘铭传提兵转战而前，3月14日，亲督道员刘盛藻，提督唐殿魁，总兵刘维桢、黄桂兰，洋将毕乃尔(penell)攻克黄陂城，任柱、赖文光败走麻城，转趋豫境。
捻军全军入豫，曾国藩准备实施刘铭传创议的“防河”方略了。
还在上年，刘铭传在豫攻捻时，就鉴于河南地势平坦，无险可扼，是以捻军纵横往来、毫无忌惮等情，向曾国藩提出了扼守沙河、贾鲁河的攻捻方略，而曾国藩则以“兵力未齐”为辞，没有答应。但攻捻战争的实践证明了曾国藩的重点设防漏洞百出，并不能制捻军于死地，而刘铭传、李昭庆等游击之师，其马队实力远不及僧格林沁的蒙古骑兵，加之1866年3月后捻军由鄂境全军折回，迫使曾国藩不能不重新考虑刘铭传的“防河”创议。
所谓“防河”，即东以运河为防线，西以沙河、贾鲁河为防线，沿河岸构筑长墙、壁垒，派兵驻守，阻截捻军进入山东半岛、江苏和豫西、湖北，并在这个范围内将捻军圈而聚歼。
1866年3月17日，任、赖捻军由麻城折回河南，经光山、陈州、项城、沈邱、中牟、兰封、考城进入山东，张宗禹捻军自河南遂平、舞阳、禹州、新郑、兰封进入山东定陶，4月20日败潘鼎新、李昭庆所部淮军于郓城，进至寿张、范县，4月29日与任、赖捻军在开州汇合，势将渡运。曾国藩见此情景，将“防河”提上了日程。4月4日，国藩自徐州抵山东济宁州驻营，5月16日给朝廷上了一个奏折，说“臣以东北则畿辅为天下之根本，东南则江苏为臣军之根本，屡经奏明注重东路。既以东路为重，不得不借运河衣带之水以为流寇阻截之界。惟河浅且窄，汛长千有余里，防不胜防。臣拟会阎敬铭等大加修浚，增堤置栅。”(《全集·奏稿》)提出在运河设防的建议。20日，国藩即偕同山东巡抚阎敬铭巡查运河，并责成阎敬铭克期布置河防。22日，国藩、阎敬铭与直隶总督刘长佑在申家口会晤，商定分段扼守运河：潘鼎新等防守济宁到苏鲁之交的韩庄段，杨鼎勋守韩庄以南，东军守济宁到黄河段。在黄河防线上，范县豆腐店以西至东明、长垣由直隶军防守，豆腐店以东的张秋、东阿一带由东军防守。布置初定，6月1日，国藩回驻济宁老营。
7月，捻军在山东受阻，由鲁西而豫、而皖，徘徊于怀远、凤台、睢州一带，“捻匪各股回窜豫、皖两省，中原平旷之地，四通八达，若不择地设防，此剿彼窜，终不能大加惩创”。于是，曾国藩接受刘铭传沙河置防建议，于沙河、贾鲁河布置河防，分段设守。沙河地段：从周家口到槐店由刘铭传部防守；从槐店到正阳关由安徽巡抚乔松年派皖军设守；正阳关以下即系淮河，由曾国藩派水师与皖军会防。贾鲁河地段：从周家口到朱仙镇由潘鼎新、张树珊部防守；自朱仙镇以北70里至黄河南岸，没有河流，由河南巡抚李鹤年派兵挖壕防守。各分汛地，层层布置。这样，就形成了一个跨皖、豫、鲁三省的三角形防线，曾国藩的治捻方略由此由“点”演变而为“线”。他在给朝廷的奏折中声称，“防河之举，办成则有大利”，“不能办成，或有损于大局，臣愿独当其咎”（《全集·奏稿》)，似乎稳操胜券。
事实上，河防方略的施行，确给捻军带来切肤之痛。捻军是“以走致敌”、“以走自活”，根据多骑的特点及有利地势大规模地流动，以保存实力，抗击清军。这种“以走致敌”战略战术尽管使曾国藩“心惊胆寒”，但在没有根据地为依托的情况下，存在着一个致命的弱点，即张宗禹所说“不怕打而怕围”。如果说曾国藩的“点”无大损于善乘虚蹈隙的捻军，那么如环之“线”则可以将其圈在一个相对狭小的区域内，使之处处触网，失其所长，“来无去路，马难驰骋”。这对捻军来说，无疑是一个致命的威胁。不打破这种格局，捻军确有被曾国藩聚歼的可能。
三、“我是打捻无功之人”
1866年7月至9月，捻军数次力图冲破曾国藩的河防，均未能成功。曾国藩看来也有破釜沉舟之心，8月25日他赶到临淮驻营，9月6日自临淮登舟西上，经蒙城、涡阳、亳州，17日拖着病体到了河南周家口，坐镇指挥。可是，国藩驻营周家口没几天，9月24日，张宗禹部与任柱、牛洛红、赖文光部于河南中牟会师，在开封附近的芦花冈击溃豫军，乘夜突破沙河——贾鲁河防线，进入山东水套地区。功败垂成，曾国藩“闻信之余，实深焦愤”。经此打击，国藩身体有些不支，“心气甚亏，偶一用心，辄复出汗不止，夜眠则盗汗浃体；旧患耳鸣已久，日则渐至重听”，心力交瘁，感到剿捻实在剿不下去，“不得不广求资助，冀以免于大戾”。求谁“资助”？不外乎门生李鸿章、老弟曾国荃了。10月1日，国藩奏请朝廷令李鸿章携带两江总督关防驻扎徐州，与山东巡抚会办东路剿捻军务；湖北巡抚曾国荃移驻襄阳，与河南巡抚会办西路剿捻军务，自己居中，与豫抚、皖抚商办攻捻，联络一气，呼吸相通。
沙河——贾鲁河防线被撕裂，曾国藩于心不甘，他在给朝廷的奏折中，承认“防守沙河、贾鲁河，至系策之至拙者，非不知之。无奈马队远不如贼……不得已，乃出于防河之下策”，但他又说，“若贼再回窜，仍当扼防沙、贾两河”(《全集·奏稿》)，仍然抱守防河之策。
冲破沙、贾防线后，捻军进逼运河防线，“百计图渡”，企图突破运河防线，到海岱富庶之地饱食休息。10月8日捻军由城武猛攻运河堤墙，未果，又在城武、郓城、菏泽、曹县、东明等处连连受挫，不得不折回豫境。23日，在许州分为东西两部，相为犄角。11月，张宗禹率西捻军冲破清军的阻截，穿越秦岭进入陕西；任柱、赖文光率东捻军谋于曹县抢渡运河，失败，复折而西向，再次突破沙河——贾鲁河防线，进入湖北。这样曾国藩的河防政策宣告破产。
河防政策破产，曾国藩声名重创。自上年奉命剿捻以来，至今已有一年零五个月，不仅“毫无成效”，而且使捻军“势益蔓延”，朝廷再也无法忍受，下诏严加斥责：“大局糜烂至此，不知该督何颜以对朝廷！”御史朱镇、卢土杰、朱笃学、穆缉香、阿凌阿等纷纷上疏，弹劾国藩“办理不善”、“督师无功”、“骄妄”，要朝廷“量加谴责”。谤议盈路，舆论大哗，曾国藩又惭又惧又羞又恼，只好考虑自行退出“剿捻”舞台。11月26日，曾国藩上奏朝廷，以剿捻无效，病难速痊，请开协办大学士两江总督缺，并请另简钦差大臣，接办军务，注销一等侯爵袭职，自以道员身份，留营效力。攻捻大局糜烂如此，不屑说，朝廷也要换马。同日，“上谕”命李鸿章代替曾国藩署钦差大臣，湘、淮各军均归节制。当然，朝廷也不会让曾国藩下不了台，12月7日，命曾国藩回两江总督任。既不堪为星使，又岂可为江督？如此灰溜溜退出，实在太难堪，上疏朝廷，请求不回江督本任，朝廷反复开导他“回两江本任，办理饷需军火，源源筹解，俾李鸿章得离江境，统兵追剿。则筹饷与剿匪之功均为国家倚重，正不必以开缺赴营，始足为朝廷宣力也”，希望他仍“遵前旨，将军务交与李鸿章接办”，但他一再请求开缺。他在给儿子曾纪泽的信中说：“余决计此后不复作官，亦不作回籍安逸之想，但在营中照料杂事，维系军心。不居大位享大名，或可免于大祸大谤。若小小凶咎，则亦听之而已。”(《全集·家书》)
12月29日李鸿章在徐州接任钦差大臣，不久，1867年(同治六年)2月15日授为湖广总督，督办剿捻，长兄李瀚章调为江苏巡抚，署理湖广总督。朝廷不准曾国藩在营“照料杂事”，仍着回两江总督任，筹办剿捻军饷。曾国藩只好从命，3月21日自徐州南下，回驻金陵，沿途呢呢喃喃：“我是打捻无功之人”(刘声木：《苌楚斋随笔·四笔》第4卷)
捻军继打败了僧格林沁之后又重挫曾国藩，这不能不承认捻军战法的高明，不能不承认捻军斗志顽强，也不能不承认民众抗清的威力。
曾国藩是绞杀太平军的元凶，声威远播，朝野上下无与匹比，但捻军却把他打得名声扫地。曾国藩攻捻失败，当然有他失败的原因，他一直没有一支堪与捻军抗衡的骑兵，这是事实，他用对付太平天国那种结硬寨打呆仗的办法搬来对付捻军，当然不行。但曾国藩的攻捻方略，不论是1866年5月以前的“点”(重点设防)、“面”(查圩)交叉，还是以后的以“线”(防河)为主，都寓有“以有定防无定”、寓战于防的战略指导思想，都在一定程度上给捻军带来了危害，特别是河防方略，更切中捻军要害，可是曾国藩还是没有取得攻捻战争的胜利，这里面也与统治集团的内部矛盾有莫大的关系。
先看曾国藩与李鸿章之间的矛盾。曾国藩挂帅征捻，李鸿章署两江总督负责前敌军饷。但李鸿章“言饷缺不得增兵，事事干涉”(刘声木：《异辞录》第1卷)，有意拆曾国藩的台，难怪国藩埋怨说，李鸿章没有竭力筹饷，1865年仅发到8月，1866年仅发5个月的饷，“士卒已微有怨言”。这还不算，李鸿章对他苦心经营的淮军始终不舍得放手，时时施加遥控，处处给曾国藩出难题。当曾国藩派李鸿章之弟李昭庆的“幼军”为“游击之师”，李深恐乃弟重蹈僧格林沁的覆辙，极力反对，要求曾国藩将“幼军”改作“防济之师”，曾国藩寸步不让，板起面孔教训他：“君家昆仲开府，中外环目相视，必须有一人常在前敌，担惊受苦，乃足以稍服远近之心。”(王定安：《求阙斋弟子记》)李鸿章心中不满，又无处发泄，当然就用压饷来报复他。当曾国藩力行“防河”之策时，李鸿章又是极力反对，“力争不可”，还说什么“古有万里长城，今有万里长墙，不意秦始皇于千余年后遇公等为知音”云云(刘声木：《异辞录》第1卷)，极尽讽刺挖苦之能事。“防河”之策出自淮系刘铭传，曾国藩生怕刘铭传被李鸿章摇动，赶紧写信给刘铭传，说无论何等风波、何等浮议，国藩一力承担，不与建议者相干。曾国藩又以铭传首划此策，即令其与潘鼎新、张树珊部淮军会防，“力任其难”，扼守朱仙镇以下400余里。李鸿章则以铭传驰驱转战，尤形劳惫，加以阻挠，要求曾国藩予以“休息”，唆使刘铭传“告假回籍”，这使曾国藩大为恼火，致书李鸿章云：“目下淮勇各军既归敝处统辖，阁下当一切付之不管，则号令一而驱使较灵。以后鄙人于淮军，除遣撤营头，必先商左右外，其余或进或止，或分或合，或保或参，或添募或休息、假归，皆敝处径自主持。”(王定安：《求阙斋弟子记》)骂归骂，李鸿章对淮军决不撒手。国藩当初敢于抱定“与贼(捻军)相终始”之志，主要在于有淮军作锋镝，但对淮军指挥调度不灵，迫使他中途退出“剿捻”舞台，对国藩来说，最使他伤心者莫过于此了，悔不该过早裁遣湘军，弄得他无兵可用，事到如今，三叹“聚九州之铁，不能铸此大错”。
李鸿章是曾国藩的得意门生，裁湘留淮无非用来镇压捻军。但朝廷扬李抑曾，李鸿章立意自立门户，急着取代曾国藩。1865年11月4日，他就致书曾国藩，“商代”督师剿捻，要国藩回驻金陵。1866年4月30日，曾国藩答复李鸿章说，再等几个月，如攻捻没有起色，“当奏请其北征剿捻”。曾国藩没有食言，只不过让他负责“东路剿捻”军务，自己倒没退下来。曾国藩攻捻失败下台，李鸿章“亟于任事”，竟派人向曾国藩硬要钦差大臣关防，气得曾国藩“怒病交加”，连朝廷也引为“私忧”，再三抚慰，才把曾国藩送回两江总督原任。师生之间，明争暗斗，虽然没有闹到决裂的地步，但紧紧捆住了曾国藩的手脚，使他放不开手去自由地指挥攻捻战争。这是国藩打捻失败的重要原因。淮系集团得势，湘系集团失势，这也是一个关键。
曾李关系如此，曾国藩与地方的关系更是难以协调，他的攻捻方略就始终没能够得到地方将吏的支持，“主防主剿，意见难于遽同”，受到层层阻挠。如对其四镇之设，“山东、河南民士习见僧王(僧格林沁)战事者，皆怪曾国藩以督师大臣安居徐州，谤议盈路”(王恺运：《湘军志》)，不与合作。对其防河之策，诸将则纷纷推诿，均愿游击，不愿防河。因防河者兴工之时，荷锸负土十分辛苦，不比游击者半行半住，稍觉安逸；防河者工竣之后；又要保守汛地，厥责甚重，不像游击者易于报功，难于见过，“故勇丁愿行路不愿挑土，将领愿做活事不愿做笨事”(《全集·批牍》)。这一点，河南方面表现得十分突出，“河南文官之议，均谓贼衰，宜于速剿，不必为防河之谋……几乎众口一词”，连巡抚李鹤年也“惑于众论”(王定安：《求阙斋弟子记》)，与曾国藩立异。当曾国藩令其督饬地方文武挑沟挖壕，派兵设防时，他却行动迟缓，消极对抗，“自朱仙镇以北至黄河南岸七十里，豫军未能认真兴办”，也“不肯以全力扼守”(《全集·书信》)，从而给捻军留下了突破口，捻军数次从河南冲破沙河——贾鲁河防线，原因正在于此。地方官吏的不支持、不合作，实为曾国藩攻捻失败的要因。
在攻捻期间，曾国藩也遇到许多干扰，处理“湖田案”就让他费了不少神，束缚了他的手脚，这也是他攻捻失败不可忽视的原因。这里先梳理一下“湖田案”的来龙去脉。
湖田案，也称“湖团案”，是苏北铜山、沛县土著与山东曹州流民因湖田纠纷而起的冲突事件。湖田滨于微山、昭阳两湖西岸，南迄铜山，北跨鱼台，绵延200余里，宽数十里，大部分在铜山、沛县境内。
1851年(咸丰元年)，对铜、沛农民来说是一场劫难，就在这一年，黄河在丰工下游决口，铜、沛等地正当其冲，于是两湖漫溢，合微山、昭阳之湖地，铜山、沛县、鱼台之民田，汇为巨浸，一片汪洋。铜、沛农民不得不踏上黄泥路，流离迁徙，渡江南下，以为从此“故乡永成泽国，不复顾恋矣”。
4年后，也就是1855年(咸丰五年)，黄河再度决口，这是黄河变迁史上的一件大事，从此，黄河有了自己的入海口。黄河改道北移，对铜、沛农民来说未尝不是一件值得庆幸的事。但对曹州府属的农民来说，却是一场灾难。黄河在兰仪决口，曹州府首当其冲，田庐漂没，居民奔散，郓城、嘉祥、钜野等县的难民，蜂拥到了徐州府属。其时，昔年铜、沛巨浸，已经半涸为淤地，于是他们相率寄居于此，垦荒为田，结棚为居，持器械以自卫，立团长以自雄。徐州道员王梦龄认为他们形迹可疑，下了逐客之令。继而来者日多，也无可如何。1857年(咸丰七年)，河道总督庚长派人丈量湖荒地，计有2000余顷，分上中下三等，设立湖田局，按质论价，招垦湖田，又在土著和客民交错的地方，筑起长堤，名为“大边”，“以清东民与土民之界限”。当时地方多故，捻军遍地开花。为了剿灭“发捻”，清廷号召团练乡勇保卫桑梓，垦种湖田的农民，得创立各团：唐团、北王、北赵、南王、南赵、于团、睢团、候团(后改成刁团)，均以首创之人姓氏为名，如唐团的首创者为唐守忠，故名。“湖团”之名由此而来。
湖淤地肥沃，频年岁丰，渐渐富饶起来。山东客民原以为可以安居乐业了，但不幸的事情发生了。原先逃难在外的铜、沛流民，纷纷还乡，当看到昔日巨浸变为良田，成了山东客民之产，心怀不平，遂起争讼，土著说客民霸占有主之田，客民则说所种之田全是湖荒地，相持累岁，屡酿巨案。1859年(咸丰九年)，侯团抢劫铜山郑家集，经徐州道派兵拿办，并将该团民驱逐出境，另行遴董招垦，辗转更置，成立刁团。1862年(同治元年)，又有山东客民在唐团边外占种沛地，设立新团，屡与沛民械斗。土客冲突日渐扩大化、复杂化，直到这个时候，官府仍未拿出得力可行的解决办法，终于导致1864年(同治三年)的流血事件。这年7月，新团以二人被杀，遂攻破刘庄寨，连毙数十命，民情汹汹。漕运总督吴棠饬派徐州镇道带兵剿办，平毁新团，擒斩达千人之多，退出团地，以解“沛民之愤”。但事情并没因此而得到解决。
土客构讼，已成不解之仇。沛人贡生张其浦、张士举，文生王献华等与刘庄事主刘际昌先后赴京，以新团一案，唐守忠主盟指使，情同叛逆，请将各旧团一概剿办各情，在都察院呈控。京城哗然。钦奉谕旨，交吴棠密速查办。旋经吴棠以唐守忠来团最早，声名显著，核查所控各词，毫无实据，且与原呈不符，不过欲将新旧各团一概驱逐而夺其成熟之田等语，奏复在案。而沛人纷纷构讼，仍复不休。田产纠纷，逐渐演化为政治性事件。清廷焦灼不安，只得让曾国藩亲自出马了。
1865年9月，曾国藩到徐州指挥攻捻，受命处理湖田争讼一案。铜沛绅民即赴曾国藩行辕控告湖团，呈词数十纸。曾国藩“以案情重大，实肇兵端，未敢遽为剖断”。实际上国藩对此并没有定见。这从他所上的奏折中可以看出：“(湖团)初至有领地之价，后来有输地之租，而讼者不问案牍之原委，必欲尽逐此数万人而后快。此又新团既剿以后，沛民健讼不顾其安之情形也。”对铜沛绅民构讼，颇不以为然。可是在另一折中，又说：“湖田一事，与剿捻大有关系。臣拟将通捻之团酌量惩办，其余数万人全数资遣回籍。现经两次派员前往山东郓城、钜野等处，察看该团民原籍尚足安插否？如可，则遣之东归，在沛县可免占产之讼，在徐州亦无招捻之窝，臣再将资遣事宜，专疏奏办，而臣之赴豫，则须稍迟；如其不可安插，臣亦不勉强驱遣，在徐、沛不无后患。而臣之赴豫可以稍速。”(《全集·奏稿》)即有将数万山东客民资遣回籍之意。两份奏折对照，可以看出曾国藩并未寻到解决湖田一案的适当办法。如果全数资遣，可能会激而生变，于攻捻大局不利，实际上已牵制曾国藩不能迅速赴豫督剿，何堪再由事态扩大！如果对铜沛之民的控告置若罔闻，又可能使土客冲突继续升级，同样有关剿捻大局。这使曾国藩举棋不定，左右为难。
但曾国藩毕竟老于世故，颇富政治经验，他从“通捻”这一点上受到了启发，终于找到解决问题的突破口。曾国藩在给朝廷的奏折中称，1865年11月1日，任柱、赖文光捻军由山东攻入江苏丰县、沛县，进逼徐州，远近探报，均称湖团“勾贼”，“南王团有人函约贼来，百口一词，虽反复研究，未得主名”，“刁团平日窝匪，与南王团相等”。除王、刁两团外，其余六团“或凭圩御贼，或圩破被害，遭贼焚掠杀戮，其情状历历在目，其为并未通贼亦属确有可据”(《全集·奏稿》)。湖团有没有“通贼”，曾国藩并没有十分把握，但他把焦点集中于“通贼”嫌疑最大的王、刁两团而不及其余，也许是他的高明之处。
那么，湖团有无“通捻”事情？据《铜沛湖田纪事始末》、《济宁直隶州续志》、《豫军纪略》等资料记载，确定无疑，而且还不止于王、刁两团。铜沛是捻军出入熟路，就是土著也不能说与捻军毫无瓜葛。但曾国藩为不致事态扩大，权衡利弊，决定采取“折中”办法来解决湖田一案，做到既能服铜沛之人心，又不尽逐湖田客民。于是，将对付捻军的“分别良莠”之策搬了出来。“不分土民、客民，但分孰良孰莠”，凡有田契而田被湖团所占要求清还者，是土著中的良民；无田契产业，只知敛钱构讼，激起众怒挑起祸端者，是土著中的莠民。平日安心耕作，如唐团抗拒捻军，受害极惨者，是客民中的良民；平日凌辱土著，如王团之“勾贼”、刁团之“容贼”，是客民中的莠民。良莠既分，曾国藩立即通行晓谕，勒限1866年3月1日(同治五年正月十五日)前将王、刁两团逐回山东本籍，派刘松山一军前往弹压。
王、刁两团被逐后，如何处理善后事宜，也是烦难之事，一旦处置失宜，同样会留下后患，这一点，曾国藩是颇为谨慎的。经再三思考，1866年3月24日上疏奏陈酌定善后事宜三条：酌给钱文以恤已逐之团，设立官长以安留住之团、拨还田亩以平土民之心。在这个《善后事宜三条》中，曾国藩既为“骂贼”而死的客民(唐守忠父子)树碑立传，又对激众构讼的土著文生(王献华等)褫革衣衿；既认定王、刁两团“通贼”，却拿一个在逃者尽法处治。驱逐王、刁两团，不外乎“拨还田亩以平土民之心”。应该说，曾国藩尽量做到“不偏不倚”。他在左右为难中寻找这种“折中”的办法，在当时不失为上策，正因为如此，他的办法得到清政府的首肯和支持，上谕“均照所请办理”。轰动全国，长达近10年之久的湖田纠纷案，总算是画上了句号。
曾国藩查办湖田案，从接案到结案，费时半年多，劳师费神，一定程度上束缚住了曾国藩的手脚，使之难以全力以赴指挥攻捻战争。曾国藩攻捻失败，去此不无关系。
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