曾国藩办湘军最大的难题莫过于军饷了，数万人马，天天都要吃饭，常言道“兵马未动，粮草先行”，可是湘军却得不到国家的正当供饷，况且曾国藩规定的军饷标准还很高。
初办湘军之时，招募军队无饷可供。曾专派郭嵩焘回籍筹借军饷，又赖衡州知府借给他10万两准备修城墙的钱，后来打了湘潭第一次胜仗，10万借款才由湖南藩库报销。
当时，武汉形势吃紧，朝廷连番下旨让他自湖南出援武汉，他迟迟未动。其中原因主要是皇帝命他率兵千里迢迢，援救湖北，而且一路征战，竟未提军饷自何而出。没有军饷如何出征？他让人各处求助，恳求商绅捐资，犹如泥牛入海，毫无消息。
恰在此时，有个在籍户部候补员外郎杨江要求捐助。曾国藩闻讯自然高兴，但杨江提出个条件，让曾国藩代他上奏皇帝，准许为其祖父在原籍衡阳建乡贤祠。曾国藩是了解其中原委的；杨江的祖父杨键是湖北巡抚，道光二十五年(1845年)病死。死后其家属便活动地方官入奏道光，请求建乡贤祠。而有人反映，杨键官声很坏，有严重的贪污、受贿行为。道光帝闻奏，不仅未允其入祠，且把上奏请入祠的地方官臭骂了一顿。这件事闹得轰动京城，曾国藩时任职詹事府，熟知此事，曾为杨家而不耻。如今，为了军饷问题，要亲自出面为一个贪官申请入乡贤祠，一是不合儒家道德规范，再是要冒风险，弄不好自己要背上恶名。可是，为了军饷所逼，曾国藩竟同意为杨键写了奏折。
奏折封送之后，杨江当即捐助两万白银，还说等皇帝批复后再捐5万两。杨江带头捐款，其他官绅也不能旁观，一下子捐了10万余两。这点钱虽不多，但总算解了燃眉之急。
谁知湘军初战不利，在“东征”的途中吃了败仗，退回长沙。吃败仗是个打击，长沙官绅齐骂曾国藩无用，使他抬不起头，而雪上加霜的是，咸丰帝看了曾国藩请杨键入乡贤祠的奏折，下旨申斥他，还降了他两级官衔。
咸丰四年八月(1854年10月)，湘军侥幸攻克武昌，占领武汉三镇。曾国藩以为该是喘口气的时候了，他上奏咸丰，要求巩固湖北，徐图东进。其中理由之一，是好好解决一下湘军的供给，待到兵精粮足之时，再东下长沙，好好与太平军打几仗。但是，咸丰不管这一套，逼令他立即东进。当时新占武汉，正是得胜之师，在武汉总算凑备了“东征”的军饷，接着取得田家镇大捷。咸丰再令他继续东进，攻九江，取南京。
田家镇一战，虽然取得不小的胜利，但湘军损失很大。曾国藩要为战死的官兵发恤银、为有功的官兵发赏银，加上战争消耗，从武汉带来的银子花得精光。马上又要“东征”，军饷又成了大问题。他向咸丰帝请求发饷，咸丰下旨让陕西巡抚王庆云解银14万两，江西巡抚陈启迈解银8万两。然而，曾国藩等了许久也不见银子汇到，甚至连个回音都没有。
就在这时，郭嵩焘提出江北大营在扬州仙女庙抽厘金助军饷的事，请求曾国藩也仿效办理，在军过之处向商贾抽厘，以助湘军作战。当时曾国藩不知抽厘的办法，郭嵩焘说：“江北大营也缺军饷，有左都御史雷以到扬州助军，想出了一个筹饷的办法：仿照汉朝算缗之法，对商贾征厘税，值百抽一，称作‘厘金’，居然顺利抽得大量银两，解决了江北大营的军饷。”
到底湘军办不办厘金？曾国藩令大家充分发表意见。刘蓉说，听说苏北办的厘金，到处设关，关卡林立；处处抽厘，各为百金抽一，连续勒抽，往往抽之过半，弄得商民怨声载道。湖南、湖北、江西连年征战，百姓已被敲骨吸髓，若再强抽厘金，就没有活路了。
但郭嵩焘认为苏北办理不善，是混进了坏人，我们可以作为借鉴，认真办理。
其他人意见不一致，但用饷急迫，对抽厘之事坚决反对的却不多。曾国藩见众人的意见趋于一致了，便让郭嵩焘去湖南与骆秉章商量，利用“东征局”的名誉，先在长江、湘潭、益阳、岳州、常德、衡州6处试行。若是可行，就认真实行，颗颗铜子都要有交待，莫对不起三湘父老；若不可行，立即停止。
湖南的厘金尚未办妥，江西战场便发生所料不及的大战。九江攻不下来，湖口打了大败仗，江外水师全部瓦解，湘军受到了前所未有的巨大损失。随后，太平军攻占了江西大部分地区，曾国藩遇到了太大的困难！水师要重建，陆师要大幅度调整，还要随时准备与石达开打大仗。曾国藩最发愁的还是军饷，还是银子！他没有办法得到，只得向江西巡抚陈启迈伸手要，尽管前次碰了壁，但曾国藩认为，前次是在湖北，这次是在江西，完全是为江西的失地与太平军作战，谅他陈启迈不会置之不理。可曾国藩想错了，陈启迈不仅分文不给，还大造其谣，他在江西官员中散布：曾国藩的湘军打仗发了财，湘乡、平江、新宁肥的流油，只要家里出个湘勇，全家都不要做事，银子花不完。湘乡的田地没有买的，都买到外省外县去了，皇帝的银子运到了曾国藩家，皇帝都没钱了，我们哪得钱给他。曾国藩听了这些谣言十分气恼。
正在曾国藩又气又急之时，江西万载县举人彭寿颐向他建议，在江西筹银有办法：一是劝捐，目前在籍刑部侍郎黄赞汤黄大人在籍守制，极赞扬湘军的抗敌义举和曾大人您的行为，他若出面劝捐，一定奏效。自己也可以去好友之处，以大人之德，向同乡、同窗们募捐。再是可以在江西就地设厘局，抽厘助饷。
曾国藩赞扬彭寿颐的行为，募捐之事立即去办，抽厘之事容再商量。
经过活动，果然先得了一笔银子。黄赞汤出面大力张罗，在乡绅之中很快募得白银10万两，彭寿颐竟也募来3万两，这真是雪中送炭。
设厘局之事，经过商量也搞了起来。曾国藩让彭寿颐负责，在南康设总局，在各县设了十几个关卡，出手便抽得数千厘金，曾国藩甚是高兴，以为这下子军饷有指望了。
然而好景不长，曾国藩设厘局用了彭寿颐，彭是江西地方人，江西巡抚陈启迈以为这是越权用人；江西地面不归曾国藩管辖，他有何权在这里设厘局抽厘金？于是，陈启迈煽动地方，与曾国藩对抗。不久，湘军的厘局在抽厘时，查到了地方官走私鸦片，厘局扣了地方官的走私船，地方官又向陈启迈告状，双方便闹了起来。可陈启迈不问曲直，批令地方官封了曾国藩的厘局，还把彭寿颐捆绑入狱。事情闹得非要曾国藩出面不可了，曾国藩率刘蓉等幕僚，到出事地点调查，查出了地方官私卖鸦片的确证。在忍无可忍之下，向咸丰上奏参了自己的同乡同年陈启迈。参奏的内容也是他调查来的，如陈启迈曾为已革职总兵赵如春冒功请赏，曾为奉旨正法的守备吴锡光虚报过战功。这两条是地方官常干的事；地方大吏，明明打了败仗可以说打了胜仗，逃将可以说成功臣。只要不出大娄子，即使皇帝知道了也不会怎么样。曾国藩还告陈启迈并不认真安排战守，丢了江西的8府54州县。又告他阻挠破坏湘军作战，捆绑逮捕办团有功举人彭寿颐，纵容地方官私运鸦片。
曾国藩的奏折上达后，其中丢了江西大部分土地给太平军一节打动了咸丰帝，他本来就恼恨太平军在江西搅得心神不安，怪罪陈启迈没有守住江西。因而准了曾国藩的弹劾，一下子把陈启迈罢了官。
然而，去了陈启迈，来了文俊，曾国藩在江西的军饷问题仍未解决。为了军饷，使他的一军全军覆没；为了军饷，文俊害死了湘军大将毕金科。以后的日子，仍靠“讨饭”维持。多亏黄赞汤一人先后为湘军筹捐百余万两，刘于淳、甘晋等士绅也极力帮他筹措，才勉强维持住，使湘军没被困垮而已。
正在曾国藩极度困难和苦恼之时，突然接到其父曾麟书于咸丰七年二月四日(1857年2月27日)去世的讣告。闻此噩耗，曾国藩反而感到是摆脱困境的天赐良机，立即向咸丰帝陈报丁忧，并要求开缺守制。他不等谕旨允准，便与弟弟曾国华自江西奔丧返乡。在陈情奏折中，除以孝道为由，坚决要求开缺外，还说此时返乡守制并不影响大局，因为自咸丰六年(1856年)秋，太平军内部发生内讧，使整个战局发生了逆转。在江西方画，湘军逐步夺回了被太平军占领的广大地区。武汉也被胡林翼和李续宾攻克，湖北绿林军和李续宾湘军联合东下，长江上游沿江城镇又被夺了回来，大军来到江西，与曾国藩湘军一部又包围了九江，江西的吉安、瑞州等要地虽还在太平军手中，但也都被湘军包围了。所以，曾国藩说，此时返乡，把军队交待给部下，同自己未离去是一回事。
曾国藩到家多日才收到从江西转来的皇帝的批复：只准他3个月假，不允开缺。3个月假满之前，咸丰下旨命他立即返回江西军营。曾国藩再次上奏，要求给假3年，在这个奏折中，他向咸丰表白了不愿再回军营的理由。他说：自古带兵者从未有他的困难大，领兵打仗却没有军权，自己“虽居兵部堂官之位，而事权反不如提镇”。湘军虽负担了两湖、江西的抗敌重任，但却没被国家和地方承认，领兵人员都没得到武官的实缺，自己要为湘军将领申请个奖赏，必得地方官同意，由地方官上奏。还说：湘军无军饷，行军作战，奖功恤死，都得向地方官讨钱，而地方掌握了政权与财权，视湘军为累赘，打击、排挤、陷害者有之，就是无人给军饷。又说：自己担起了出省作战的命令，并无出省作战的资格，地方官也没接到皇帝给的接待湘军的旨意，军中连个正式印信都没有，湘军在别的省客位虚悬，处处受刁难。他明确表示：在江西带兵，不给个巡抚实职或钦差头衔是无法维持下去的。如果还像前几年那样，就让江西巡抚和提督、将军去带兵作战好了，他不会再回去了，就让他留在家里尽孝道好了。
咸丰看了曾国藩的奏折，见他直接伸手向皇帝要实权，考虑再三，最后认为太平军的势力一天天衰落下去，不一定非要曾国藩才能打赢太平军；让曾国藩又有军权，又有督抚大权也太危险。遂顺水推舟，批准让他在籍守制3年的请求。这样，曾国藩便离开了湘军，开始了乡居的生活。
曾国藩自咸丰七年二月二十九日奔丧至家，至八年六月初七日再度出山由湘乡动身赴浙江，先后家居一年半时间。
这一年半时间，名曰“乡居”，实则是曾国藩一生思想、为人处世巨大转折的时刻，就像练武功的“坐关”、佛道的“坐禅”一样。曾国藩经乡居之后，为人处世简直判若两人。
首先，如前文所述，他是遭受了极大的折辱，很不情愿地乡居的。所以，回到家里心情十分苦闷，怨天尤人。他不明白，自己出于对清政府的一片忠心，“打掉牙活血吞”，在战场上拼命，但是结果却处处碰壁，连皇帝都不买他的账，甚至根本就不信任他，“卸磨杀驴吃”，现在磨还没推完，就要杀驴。多少人看他的笑话！他越想越气，“心殊忧郁”。忧郁无处发泄，整日生闷气，动辄骂人。他数着江西的一帮文武骂，骂够了就找几个弟弟的茬吆喝。曾国荃等人开始还劝他，后来劝不了只好不理他，再过些日子就返回了战场。弟弟们走了，他又开始骂几个弟媳妇。什么话都骂得出来，语言粗俗，根本不像个道学家了，弟媳们也都躲着他。头一年夏天，儿媳(曾纪泽之妻)难产死掉了，两个月后，曾国荃的妻子熊氏又临产，怕是被儿媳的魂缠住了也难产，于是闹着请神汉进府做道场。曾国藩知道了大骂一顿，骂她们装神弄鬼，骂得道场做不了。
曾国藩不被皇帝信任，吃了极大一颗软钉子回到家里。但不少朋友认为他是言不由衷，是背叛前誓，前线正吃紧，跑回家待着，是要挟皇帝。于是，有的批评，有的规劝，还有的干脆大骂他。骂得最凶的是左宗棠，骂他是假仁假义假道学，在湖南抚衙里拍着桌子骂，骂他临阵脱逃，自私无能；骂他不该伸手要官，要不来就躲回家。左宗棠一骂，长沙的大小官都附和着骂。骂得蛰居荷叶塘的曾国藩饭难下咽，夜不成寐，从此“得不寐之疾”。当时他深恨左宗棠，认为别人可以骂他，左宗棠不该骂，他们是同门同道，相互也看得起，尤其在与太平军对抗，捍卫儒家道统方面，他应该是知己的。如今我曾国藩被上下整到这步田地，你左宗棠不同情，反而带头怒骂，太不懂事了！所以，他又开始在家里咒骂左宗棠。
盛夏袭击了湘中，火热的南风像从巨大的火炉中喷射而出，午夜之后，仍有令人心焦的蝉鸣，蝈蝈也无休无止地叫着，好像有意和彻夜不眠的曾国藩过不去。他时而躺在床上，时而在室内外踱来踱去，辗转反侧，反复而痛苦地回忆、检查自己的前半生。自入仕途，以孔孟入世救世，对自身的修养严厉酷冷，一丝不苟；对社会抱有“以天下为己任”的坚定胸怀。持身严谨，奋发向上，关心国事，留心民情，因而赢得君王信任和同僚的尊崇，10年京官春风得意。正是抱有这种信念，以一文官而白手建军、治军，5年来一身正气，两袖清风，出生入死。但是，为什么皇上反而不信任？为什么上至枢垣，下至府县，都那么嫉恨自己？
为了解决这些问题，他又日夜苦读，重阅《左传》、《史记》、《汉书》、《资治通鉴》，希望能从这些书里找到解决问题的决窍。然而，这些书他已读得烂熟了，重新翻读，只能找到自己过去的思维印迹，并未发现新东西。
据说在百思不得其解之时，曾国藩曾想要走入空门。然而，深厚的儒家根基使他终于拔不动尘世间的双腿。但因为他遁入佛门，使他认真阅读了以前看过，但并不相信的《道德经》、《南华经》等老庄的著述。这些书名为出世之学，但曾国藩重读，却为他的立身处世指点了迷津。你看：同样为人处世，孔孟主张直率、诚实，而申韩(申不害、韩非)等法家却主张以强碰强，硬对硬，老庄则主张以柔克刚、以弱胜强，“天下之至柔，驰骋天下之至坚”，“江河所以为百谷之王者，以其善下”。下反而是王，弱反而能强，柔则是至刚。把老子的言论对比自己过去的行事，他发觉自己处处直截了当，用的是儒家的至诚和法家的强权，表面上痛快干脆，似乎是强者，结果处处碰壁，实质上是失败，是弱者。到头来弄得上上下下处处是敌人，前前后后处处是障碍。过去也知道“大方无隅”、“大象无形”、“大巧若拙”，但一直没有真懂，所以自己的行事恰好是有隅之方，有形之象，似巧实拙，真正的大方、大象、大巧是无形无象、鬼斧神凿的。“大柔非柔，至刚无刚”，太妙了！读到这里、想到这里，曾国藩如同从黑夜里一下子走上了光明世界，豁然开朗。
自此之后，曾国藩行动做事，由前时的方正，变为后来的圆通。他自己承认，“昔年自负本领甚大，可屈可伸，可行可藏，又每见人家不是。自从丁巳、戊午大悔大悟之后，乃知自己全无本领，凡事都见得人家几分是处，故自戊午至今9年，与40岁前迥不相同”。曾国藩这里把家居的两年自称为“大悔大悟”之年，他自认为前后行事“迥不相同”了。
曾国藩大彻大悟后的巨大改变，使他的朋友都有所感觉，胡林翼就说他“无复刚方之气”。出山之前，他对清廷上下的官场习气很是反感，“与官场落落不合，几至到处荆榛”。而再次出山之后“改弦易辙，稍觉相安”。其中原因人多不知，只在他的至亲密友中私下告知他自己学问思想方面的变迁，行为处世方面的变化，曾国藩个人对自己的“大彻大悟”既是痛苦的，又是满得意的。苦在被迫放弃了自己前半生的信仰与行为；得意在毕竟发现了做人处世的“真正”秘诀——“大柔非柔，至刚无刚”。
曾国藩家居的一年多时间里，战争形势发生了巨大变化。他离开江西时，太平军与湘军正在相持苦战，九江、吉安、瑞州等城尚在太平军手中。但是，由于太平军的内讧，石达开先是离开湖北战场，后又于咸丰七年五月(1857年5月)底分裂革命队伍，率太平军精锐出走，湖北、江西的兵力大部分跟随石达开而去。湘军乘机攻陷九江、瑞州、抚州、湖口、临江，湖北方面的武昌等城也再度为湘军攻陷。湘军控制了两湖、江西的绝大部分地区，开始向安徽方面进攻。
由于湘军作战有功，其将领们一个个升官晋爵，今非昔比。到咸丰八年(1858年)，胡林翼加太子少保，杨载福官拜提督，李续宾也官至巡抚，赏穿黄马褂。其他将领，也都得到相应的官衔。然而，在籍守制的湘军统帅曾国藩仍然是原来的侍郎官衔。这两年他虽信奉老庄，但相比之下也太悬殊了，心里不免激愤不平。他给曾国荃写信说：“愿吾弟兢兢业业，日慎一日，到底不懈，则不特为兄补救前非，亦可为吾父增光泉壤。”还说，湘军官员都“大有长进，几于一日千里，独余素有微抱，此次殊乏长进”。他亲手创建的湘军，在镇压太平天国的战争中立下殊勋，将领们升官扬名，他自己却在关键时离开了战场，自然也就失去了立功扬名，光宗耀祖的大好机会，如果战争马上结束，自己也就太吃亏了。
想到这里，曾国藩后悔非要回家守制。他曾想给咸丰帝上书，要求马上返回战场，但碍着面子，毕竟拿不起写折的笔。
但是，湘军在曾国藩家居的一二年内，虽然顺利地取得了不小的胜利，实则是由于太平军上层领导的内讧提供的大好机会。而湘军毕竟是曾国藩亲手创建，湘军将领都是曾国藩亲手培植，曾国藩是湘军统帅。他虽然家居一二年，湘军将领与他仍然联系密切，仍起到遥制作用。在作战中，别的人很难统一指挥，他的作用绝无人可以代替。因此，由曾国藩保奏而升任湖北巡抚的胡林翼，时刻想着让曾国藩出山。
咸丰八年(1858年)，石达开率20万大军出走，由江西的饶州、广信转入浙江，攻占了浙江的常山、江山等地，对衢州发起攻击。胡林翼于咸丰八年三月二十九日(1858年5月12日)上奏，请求起复曾国藩带湘军进援浙江；湖南巡抚骆秉章也于五月二十五日(7月5日)上奏。咸丰帝看到形势又紧张起来，遂于五月二十一日(7月1日)即在骆秉章出奏之前发布了起复曾国藩，令其率兵援浙的命令。
曾国藩六月三日(7月13日)接旨，再不提任何条件，于六月初七日(7月17日)便离开荷叶塘，赶赴战场，再度出山率领湘军作战。
二次出山之后的曾国藩变得更加迅猛，很快，曾国藩又在长沙一带招募了一支一万五千多人的人马。然后，曾国藩赶到武昌，与湖广总督官文、湖北巡抚胡林翼等会商追击石达开事宜。又率部队顺流而下，进入江西境内，图谋从赣南绕道进入浙江，全力追击石达开部。
重新出山之后，一个新的曾国藩出现了。当年那个稍显刚愎而呆板的曾国藩不见了，现在的曾国藩，是阅尽千帆，始终能保持坚韧之心的曾国藩，是一个既有原则性，又具灵活性的政治家。当曾国藩重新落座时，就像一个棋手大睡三天，重新端坐在旧日的棋局前。如果说原来的曾国藩是一只刺猬的话，那么，重新出山的曾国藩就更像是一只狐狸，或者说，他变得同时具有刺猬和狐狸的品质——既坚韧有力，又狡猾无比。曾国藩一改往日稳重迟缓的风格，落子飞快，一方面他仍能顽强地将对手拖入泥淖，另一方面，他又能跳将出来，谋划着在适当的时机，竭尽全力丢出自己的胜负手。值得一提的是，在内心的窗口豁然打开之后，那种相关联的幽默感也在曾国藩身上充分体现了。原先紧张而阴鸷的曾国藩开始气定神闲、举重若轻了，他频繁地跟部下谈笑风生，经常说一些笑话，把部属们逗得前仰后合，而他却一直端坐着，捻着胡须，悠然地看着他们，就像看着一群淘气的孩子。曾国藩很少开那种凝重无比的会议，他经常是利用吃饭时间，把将领召集过来，让厨师烧几个好菜，然后，又上一壶好茶，轻轻松松地，就把很多问题解决了。当曾国藩以一种轻松而幽默的方式来对待眼前一切时，他突然发现，战局就如同游戏一样，已变得一目了然。
当然，此刻的曾国藩在骨子里仍是一如既往的忧郁。一个新的问题摆在他面前——在离开这支部队十五个月之后，曾国藩突然发现，这支湘军的变化是那么大，几乎已不是当年的那支湘军了。湘军的军纪变得更糟糕，当年自己为这支部队所制订的很多规章和约束，早就被他们置之脑后。每当湘军夺取一个城镇，随之而来的，即使不是滥杀，也总是在掠夺。枯燥的战争夺走了士兵们最后的一点人性，当年那些老实巴交的庄稼人，此刻已变为名副其实的职业刽子手。这样的变化不仅仅是指那些普通的土兵，甚至，那些饱读诗书的湘军将领，也变得焦躁而冷酷。他们不仅仅对士兵疏于教诲，有的，还睁一只眼闭一只眼对于士兵的荼毒给予支持。而且，士兵的成分也变得越来越复杂，原先曾国藩倡导到偏僻山区招兵买马的初衷，早已被他们颠覆，为了省心省力，那些将领们只是在城区附近随意招兵买马。这样，湘军的组成人员鱼龙混杂，社会上那些无法自食其力的地痞流氓小混混，全都充斥到湘军当中。这些，都让曾国藩很无奈。曾国藩刚回湘军遇到的一件事就是：曾国荃的一支部队在江西吉安附近打了胜仗之后，随意屠杀和掠夺，当地的百姓叫苦连天。消息传到曾国藩这里，曾国藩大为光火，一气之下，将这支两千多人的部队全部解散回老家。曾国藩才不要这样的部队呢，如此失去人性的部队，又有什么益处呢？曾国藩感到困惑的一件事就是，如果很长时间陷入战争泥淖的话，那些麻木不仁的士兵们会不会因此丧失人性？
曾国藩出山之时，清军正取得战场上的节节胜利。在此之前，湘军李续宾部攻克九江，太平军林启容部一万五千人战死。九江的争夺，是长江沿岸的关键，经历这一场胜利后，湘军大受鼓舞，上上下下普遍轻敌。1858年11月，正当曾国藩全力追击石达开部的时候，噩耗传来，刚刚在九江取得大捷的湘军李续宾部六千多人，被太平天国李秀成、陈玉成联手在庐州三河镇全歼，李续宾和他的亲家，也即曾国藩的弟弟曾国华战死。
曾国藩五雷轰顶。李续宾是曾国藩非常欣赏的儒将，一直对自己忠心耿耿；曾国华是曾国藩的三弟，虽然自小起过继给叔父，但一直跟曾国藩、曾国潢、曾国荃、曾国葆在一起长大。在曾家，曾国藩排行老二，上有一姐，下有三妹四弟，因最小的妹妹早夭，实际上曾家兄弟姐妹共有八人。曾国藩兄弟五人感情是很深的，二弟曾国潢字澄侯，在族中兄弟中排行居四，称为老四；三弟曾国华字温甫，小时候过继给了曾麟书的三弟曾骥云，在族中大排行居六，称老六；四弟曾国荃字沅甫，在族中大排行居九，称老九；五弟曾国葆字季洪，后改名曾贞幹，字事恒，称季弟。这几个弟弟分别小曾国藩九岁、十一岁、十三岁、十七岁。“长兄为父”，曾国藩在他们面前，的确有这样的感觉。曾国华读书不太用功，科举不顺，但对于兄长，却一直很敬重。当年曾国藩在江西被围困时，正是曾国华奉父亲曾麟书之命，孤身一人到湖北胡林翼处搬了五千救兵，冒着大雨，连续攻下咸宁、蒲圻、崇阳、通城四县，之后又攻克新昌、上高等地，直达瑞州城外，帮助曾国藩缓解了危机。其时正是盛夏，一路行军打仗，曾国华透支了心力和体力，到了瑞州之后，一病不起。稍好之后，曾国华赶到南昌，兄弟相见，悲喜交加。在曾国藩看来，曾国华性情粗躁，缺乏心机，很容易犯错让对手抓住破绽，不太适合打仗，所以曾国藩多次劝阻他回老家。这一回，果真验证了曾国藩的判断。
让曾国藩感到更伤心的是，探子向他报告说：三河战斗结束后，尸横遍野，堆积如山，一开始，连曾国华的尸体都找不到。很多天后，才在如山般的尸体中，找到一具无头尸，只是从衣甲打扮上看，估计是曾国华。谁也不知道那些太平军是如何处置曾国华首级的。曾国藩伤心欲绝，这么多年与太平军的战斗中，曾国藩得到了很多，但他失去的，要比得到的远远多得多。曾国藩整整流了一天一夜的眼泪，悲恸之中，曾国藩提笔写下了一首《哀词》，最后几句是：
骨不可收，魂不可招。峥嵘废垒，雪渍风飘。
生也何雄，死也何苦。我实负弟，茹恨终古！
曾国藩还为曾国华的葬礼题写了一副挽联：
归去来兮，夜月楼台花萼影；
行不得也，楚天风雨鹧鸪声。
鹧鸪声中，曾国藩在大帐中为曾国华招幡还魂。夜幕降临之后，曾国藩圆睁着一双猩红的眼睛，在黑暗中苦苦地酝酿复仇计划。
1861年，曾国藩满五十岁，从1854年出山作战开始，屈指一数，与太平军的战争已经到了第七年。这么多年的戎马生涯，曾国藩发现，自己改变得太多了。有时候，曾国藩照镜子，就像看见陌生人一样。这个人已不是一个气宇轩昂的读书人了，他开始变得衰老，变得臃肿，变得皮肤松弛，牙齿松动，行动迟缓。这些，只是外部的变化。在内部，有一些东西已然冷若冰霜，变得更加冷酷和坚韧了。当然，有一种惊人的洞察力出现了——曾国藩往往一瞥之中，就能断定事情的来龙去脉和前因后果。这是一种惊人的能力，也是一种特别的智慧。曾国藩已变成这样一个人——他可以拥有足够的耐心和坚韧，去等待别人的失误，等待别人力衰势竭，而一旦对手稍稍有点走神，或者一时控制不住，露出一些破绽，曾国藩便会像潜伏的眼镜蛇一样，一跃而起，死死地咬住对方的死穴。
现在，曾国藩全身心地投入到这场战争中去了。这个一直不好色、不赌博、不酗酒、不喜欢挥霍、不爱户外运动，只喜欢读书和下棋的传统书生，将自己的全部心力都用于军事的筹划和搏击之中。战争就是智力和暴力的对垒，曾国藩就像一头重新出山的狼一样，一方面变得更加凶猛，另外一方面变得更加阴险狡猾。他疯狂地撕咬着别人，同时进行的，还有自己与自己的战争。
战争一如既往地惨烈。这样的惨烈，在更多的时候，对人心也是越来越大的考验。曾国藩致书曾国荃说：既已带兵，自以杀贼为志，何必以多杀人为悔？在某种程度上，可以说，曾国藩已放弃了原来的带兵理想。现在，他只想赢得这场战争的胜利，不惜代价，也不惜妥协。战局转入中盘之后，像罗泽南和李续宾那样的儒将兼“道德完人”已陆续丧生，营一级的将领中，读书人已越来越少了，曾国藩不得不开始放弃他一开始只起用读书人为将的初衷，开始大规模地启用那些文盲和半文盲的猛将。他太需要胜利了，至于军纪以及战争过程中的屠杀和掠夺，曾国藩已顾不得了。新提拔上来的大部分将领只能勉强认识几个字，但他们打仗勇敢不怕死，能攻城拔寨。曾国藩起用鲍超和朱洪章就是一个信号——鲍超曾是湖南黑社会组织“哥老会”的头目，他大字不识，只会写自己的名字，但他打起仗来剽悍无比；朱洪章也是如此，几乎没读什么书，行伍出身，是一个杀人不眨眼的家伙。
到了1859年之后，湘军与太平军进入了全面交锋阶段。1859年冬，江南大营的清军对金陵的包围趋紧，进攻猛烈，金陵险象环生。太平天国忠王李秀成像一个救火队员一样，风驰电掣地从浦口赶回金陵。这个烧炭工出身、身经百战的将领向洪秀全建议集中兵力全力歼灭江南大营，以消除金陵的心腹之患。商议的结果，是照搬了当年“围魏救赵”的方式——李秀成先虚张声势全力进攻杭州，浙江巡抚罗遵殿文人出身，不擅布兵，下令兵士死守。各路救援的清军畏葸避战，进展缓慢，到达杭州附近后，见太平军势大，慌称道路不通，远遁躲避。李秀成一举攻下了杭州，浙江巡抚罗遵殿战死。听闻杭州被攻占，咸丰忧愤至极，下诏催促江南大营的和春、张国梁派兵去救。在这种情况下，江南大营慌了神，连忙调集主力赶赴浙江。李秀成知晓江南大营兵马调动的消息后，立即从杭州杀了一个“回马枪”，与陈玉成联手，兵分五路，直扑金陵城下。具体安排是：陈玉成自全椒南下渡江，经江宁镇杀向板桥；李秀成从溧阳、句容直杀向淳化镇、紫金山；李世贤自常州、金坊杀向金陵北门；杨辅清自高淳杀往秣陵关、雨花台；刘官芳自溧阳趋往高桥门。
1860年5月5日，李秀成、陈玉成的十万兵马突然出现在清军江南大营前，只有数万人的江南大营溃不成军，太平军一上午就歼灭清军一万余人。江南大营统帅和春、张国梁等败逃江苏丹阳。李秀成紧追不舍，指挥太平军全力攻克丹阳，击毙江南大营帮办张国梁。两江总督何桂清逃往上海；和春继续败逃到苏州城郊之后，又惊又怕，自缢身亡。李秀成一直追到上海城下。6月2日，李秀成又会合李世贤军攻占苏州，清江苏巡抚徐有壬战死。这一次太平军大获全胜，不仅顺利地解除了金陵之围，而且使东南局势发生了根本变化，清军经营了很多年的局面一下子逆转。
太平军攻打江南大营之时，曾国藩的湘军大营正驻扎在安徽宿松县，全力准备安庆战役。所部万余，分布在潜山、太湖、宿松一带；李续宾近一万人，也驻扎在桐城西南，掩护包围安庆的曾国荃部。小小的皖西，一下子聚集了这么多兵马，到处都是黑压压的一片，人喧马嘶，鸡犬不宁。江南大营被攻破的消息传来之时，曾国藩正和部下们在宿松罗家祠堂悼念战死的浙江巡抚罗遵殿。罗遵殿是安徽宿松人，也是胡林翼的好友，前一年，他先从湖北藩司的位置上调任福建巡抚，数月后，又调任浙江巡抚。没想到此番调动，竟遭此噩运。罗遵殿的灵堂一派肃杀气象，高高悬挂的挽联由曾国藩亲笔题写：“孤军断外援，差同许远城中事；万马迎忠骨，新自岳王坟畔来。”现在，江南大营二次被破的消息，无疑雪上加霜，在曾国藩看来，这样的错误完全不应该犯下，绿营是朝廷的正规军，无论是装备还是筹饷上，都远远超过湘军，更何况朝廷对于绿营一直很重视，要钱给钱，要人给人。这样的失败，明显是因为指挥失误、官兵怕死造成的。江南大营一破，太平军必定会重新集结人马，将主攻目标对准南京上游。这意味着湘军的压力会继续增大，湘军弟兄们会因此加倍牺牲。
吊唁之后，曾国藩会同胡林翼等湘军高级将领在宿松召开了一次会议。这是一次具有非凡意义的会议。曾国藩和众将领在分析了军事形势之后，坚信战争的最终胜利一定属于湘军。而且，绿营一败，朝廷肯定会重用汉臣，形势将会有根本性的转机。在此之前，湘军在长江中游取得了一系列的胜利后，虽然受到朝廷的重用，但湘军毕竟是“体制外的军队”，始终没有纳入最可依赖的圈子。曾国藩知道朝廷的真实想法，那就是：让湘军在长江中游与太平军鏖战拼消耗，而让绿营在金陵地区集结，这样，硬仗由湘军来打，胜利果实则由绿营来摘取。但朝廷没有料到的是，民兵部队湘军越打越强，逐渐占了优势；正规军绿营却屡战屡败，不堪一击。江南、江北大营连续被攻破，特别是这一次江南大营惨败，朝廷肯定会调整有关政策——半月以后，湘军大营收到消息，对于江南大营被破事件，咸丰非常愤怒，下旨将逃到上海的何桂清革职逮问；军机大臣彭蕴章革职。听到这样的消息，曾国藩稍感愉快一些，何桂清一直跟曾国藩不和，彭蕴章更是一个嫉贤妒能的小人。这些人不在台上，对曾国藩当然是好事。
1860年6月李秀成攻克苏州，形势对于清廷变得越来越不利，朝廷不得不打曾国藩和湘军这张牌了——一个好消息传来——6月8日，朝廷着曾国藩署理两江总督，令统率所部兵勇，取道皖南，恢复东南。8月上旬，朝廷实授曾国藩为两江总督，并命为钦差大臣督办江南军务，所有大江南北水陆各军均归节制；又将杨岳斌、彭玉麟统率的湘军水师拨归曾国藩节制调遣。
接到上谕的那一刻，曾国藩长吁一口气，终于感到扬眉吐气了。曾国藩得到的，不仅仅只是官位，更重要的，还是承认。从一开始组建湘军起，曾国藩就一直在不信任甚至打压中度过。或许朝廷清楚地知道，曾国藩之所以挺身而出，只是为了维护汉民族数千年的文化道统，对于满族的朝廷，并不是油然于心。曾国藩感到欣慰的是，朝廷此番决定，对湘军各方的情形有利，尤其是那些抗战的兄弟们，会因此有些名分，对于今后的前程，也会有利一些。身处两江总督的位置，曾国藩担心的一点是，太平军在苏南一带势头正旺，力量倍增，此时让他督办江南军务，压力是可想而知的。在家信当中，曾国藩流露出自己的情绪：担当此重任，深感害怕，最担心的是跟前任一样，遭受失败，让自己的家人蒙羞。这样的事，真不知是祸还是福，只有自己辛勤地做事吧，以报效朝廷。
有一个小插曲，足以说明曾国藩的做人准则——曾国藩接到上谕后，幕僚提醒说，在任命过程中，新上任的军机大臣肃顺起到非常大的作用，是因为肃顺的举荐，咸丰才下决心让曾国藩担当两江总督的。建议曾国藩给肃顺写一封感谢信，这样对曾国藩以后的升迁也有好处。曾国藩考虑一番后，没有写这封信，他觉得自己担任两江总督是朝廷的任命，不是哪一个人的原因，如果硬要归功某一个人的话，就把是非搞颠倒了。曾国藩只是给皇上上了一个折子，以谢龙恩。等到咸丰去世，慈禧联合慈安以及咸丰的两个弟弟发动宫廷政变，杀掉肃顺之后，在肃顺家找到一个密封的大箱子，里面装的都是全国各地的命官给肃顺的效忠信，几乎所有人的都有，唯独没有曾国藩的。这一下，也让慈禧对曾国藩有了一个很好的认识，确认曾国藩是忠于朝廷的大臣，也敢用曾国藩了。一次阴差阳错的经历，足以说明曾国藩的处事原则和处事方法。
应该说，曾国藩就任两江总督，不仅仅是曾国藩个人的转折点，也是战争的一个转折点，甚至可以说，是中国近代史上的一个关键点。正是满族君主政体和汉族上层分子中的领袖人物融为一体所造就的强大保守联盟，才使得这个腐朽的王朝苟延到二十世纪。同时传来的好消息是：朝廷同意了曾国藩的请求，在全国推广厘金制度。这一件事，让曾国藩非常高兴。这样，湘军的军事供给就有了很大的保障，最起码，会比以前的状况改善很多。晚清的厘金制度，是1853年帮办江北大营的刑部侍郎雷以创议的，其办法是，在盐、土药、洋药以及百货中征收百分之一的厘金，用于地方库银，这一部分，主要作为地方政府承担的军饷。1856年，曾国藩曾与湖南巡抚骆秉章达成协议：湖南的大部分厘金被指定作湘军经费之用。曾国藩重新出山之后，曾经力争为整个江西的厘金另外开辟一个不受省布政使控制的特别官署，这样，便绕开正式的财政机构，将这一部分钱财直接用于湘军的供给上。但这个渠道一直通行不畅。现在，朝廷正式同意了这一项措施，这意味着从此之后，湘军军费有了重要保证。曾国藩如释重负，自己这么多年牵扯精力最多的，就是湘军的供给。
1860年7月3日，滂沱大雨中，曾国藩按照朝廷的旨意，从宿松开往皖南。28日，到达徽州祁门县。祁门是安徽最南部的一个县，跟江西景德镇交界，是南京和南昌之间的必经之地，地理位置非常重要，也是湘军和太平军的重要粮道。曾国藩把自己的大营设在县城敦仁里弄堂的洪家大院里，这座大屋建于清代中期，原为一洪姓大茶商的私宅，坐北朝南，由承恩堂、养心斋、承泽堂、思补斋四部分组成，房房相连，屋屋相通，是驻扎军队的理想之地。曾国藩在洪家大屋巡视了一番后，决定将行辕设置在后花厅之中。然后吩咐笔墨伺候，亲自撰写了一副对联，让人贴在柱子上：
虽贤哲难免过差，原诸君谠论忠言，常攻吾短；
凡堂属略同师弟，使僚友行修名立，乃尽我心。
每到一个地方，曾国藩往往都会亲自撰写楹联。在楹联中，往往能看出那一段时间曾国藩在想些什么，努力避免什么。祁门洪家大屋的楹联显示，到祁门时，曾国藩的心情不错。
在祁门的那段时间，曾国藩主要是部署防务，查视营垒，巡视岭防，督战徽城。白天繁忙的军务停歇下来之后，每天晚上，曾国藩就要一个人在堂前凝神屏息端坐一会，这样，就可以让白天的喧嚣和烦躁如尘埃般慢慢落下，内心的涟漪也如微风掠过后的湖面一样，重新归于平静。曾国藩喜欢在这样的静谧中，汲取神秘的力量。然后，曾国藩会继续抖擞精神，处理大量的来往公文。有时候，在公文处理的闲暇，曾国藩会认认真真地写一些私人信件，这些信件就像候鸟一样，顺着蛛网般的驿道飞向四面八方，当它们飞回来的时候，又带来了各地的消息。写信，是曾国藩多年养成的习惯了，既是曾国藩的安慰，也是他情绪的通风口。当曾国藩提笔写信的时候，他就不再是一个大臣，不是一个杀人机器，一个暴徒；他只是一个父亲，一个兄长，一个朋友。曾国藩写信对象最多的，就是几个兄弟，还有儿子曾纪泽和曾纪鸿。在曾国藩看来，自己的几个兄弟，国潢生性疏阔，国荃豪爽任侠，至于曾国华和曾贞斡(国葆)，曾国藩一直担心他们“气太清”，气太清，就容易单薄，所以每次曾国藩都要嘱咐他们多读书，只有深厚的思想和扎实的学问，才能弥补气质的轻薄。当然，曾氏兄弟在通信当中，有很多家长里短的私事。在曾国藩看来，家事与国事，同样重要，疏忽不得。咸丰九年底，曾国藩写信给曾国荃，安排他回老家全权主持兄弟之间的分家。曾国荃回了老家荷叶塘一趟，把兄长的意思向大家转达了。这次分家，几个兄弟互相谦让，姿态都非常高。在宿松驻扎的曾国藩收到了妻子从老家来的信，告知他分家的情况：
内有分家分关一纸稿。大分金、玉二号，系先考与叔父离轩所分。小分福、禄、寿、喜四号，系余与澄、沅、季洪兄弟四人分，配合停匀，公私咸得欢心，沅弟之所经营也。
兄弟几个中，曾国藩最偏爱的，就是九弟曾国荃了，花费心血也最多。曾国藩最担心国荃的急躁脾气，几乎每次给曾国荃写信，都要告诫他不要冒进，要稳扎稳打，步步为营。对于大他十三岁的家兄，曾国荃当然非常尊敬，曾国荃统领“吉”字营时，曾在军营中手书一联，挂于帐中：
打仗不慌不忙，先求稳当，次求变化；
办事无声无息，既要精到，又要简捷。
曾国藩还写过一首《忆弟诗》送给曾国荃，这诗曾在湘军中广为流传：
无端绕室思茫茫，明月当天万瓦霜。
可恨良宵空兀坐，遥怜诸弟在何方？
纷纷书帙谁能展，艳艳灯花有底忙？
出户独吟聊妄想，孤云断处是家乡。
每一次写信，曾国藩总是不厌其烦，细致无比。读曾国藩的信函，可以感觉到的是，无论什么时候，曾国藩的气脉都非常顺畅，仿佛这些信函不是写自剑拔弩张的军中大帐，而是置身于恬静安宁的乡野古舍。当然，在家书中，曾国藩也流露出他的迷茫和痛苦，告知家人一些棘手的事情，比如他身患癣疮所遭遇的折磨——这种皮肤病自曾国藩三十岁时感染后，一直没能见好，曾国藩整天感到瘙痒，尤其是到了夜晚，更是奇痒难耐，无法入睡。曾国藩每到一地，就遍寻名医，但几乎所有中医对这种奇怪的皮肤病都束手无策。在信中，曾国藩经常向他的亲人们叙述自己患病的痛苦和无奈，排遣郁闷，也寻找慰藉。曾国藩就是这样心无旁骛地写着家信。家信对于曾国藩来说，就像是每天必需的修身功课，让曾国藩在肃杀冰冷的战争岁月里，感受到来自老家的温暖，也让他冶炼安详凝重的静气。
进军皖南，是朝廷的旨意，刚刚就任两江总督的曾国藩自然不好违背。因为江南大营溃败，金陵附近清军势力不再，朝廷想让曾国藩领军东援，继续给金陵施压。曾国藩也知道孤军深入的危险，移师祁门，在很大程度上，曾国藩只想做一个姿势给朝廷看。此次屯兵祁门，也是跟胡林翼商量过的。之所以把大营选择在祁门，主要出于多重考虑，一是湘军的钱粮供给大都来自江西，驻军祁门，可以保证江西的安全，确保饷源的供给；二是根据事态发展的情况，可以随时从皖南东进浙江，攻克杭州、湖州，在南部，对金陵形成包围；三是可以兼顾安庆那边的战局，如果时机不成熟，就掉头回安庆城下。在曾国藩心目中，真正重要的，不是迅速进驻浙江，杀到金陵城下，而是步步为营，把长江沿岸的各个城市，逐一收复，稳扎稳打，然后由西向东推进，直逼金陵城下。在曾国藩看来，安庆的位置太重要了，它就像是太平天国长江沿岸的一个桥头堡，如果这个桥头堡占领了，大势就会逆转，胜利的天平也就会倾斜。曾国藩率领人马到达祁门之后，太平天国立即有了激烈反应，调集了李世贤部和李秀成部，全力堵截湘军的进攻路线。这样，一直以来富庶宁静的皖南，不可避免地成为双方厮杀的战场。那段时间里，大大小小发生在皖南的战役，竟达百余次之多。由此可见战争的频繁和惨烈。
徽州的战斗差一点让曾国藩身败名裂。这个时候，曾国藩的主力部队一部分在安庆城下，一部分在江西境内，战线拉得过长。一万多人进入徽州后，一下子掉入太平军的包围圈中。当时，在皖南的东北面，由太平军李秀成据守；在南面，则是太平军李世贤部；在西北，太平军英王陈玉成的大军一直在长江沿岸，总兵力在五万左右。置身这样的局面，无疑岌岌可危。湘军在徽州的崇山峻岭中一再受阻，通向浙江的道路无法打开。这当中，最严酷的战争是徽州府的失陷。1860年10月，太平军两路夹击，一路从北到南，从宁国方向杀向祁门；另一路则由南至北，从景德镇方向杀来。从宁国方向杀来的太平军连续攻克旌德、绩溪，兵临徽州府城下。曾国藩下令徽州府的将领李元度坚守不出，李元度违背命令，轻易出城，结果被打得大败。徽州府失守，李元度无脸见曾国藩，南下逃走。曾国藩勃然大怒，要将李元度军法治罪，李鸿章等一帮幕僚苦苦相劝。为此，曾国藩还跟李鸿章翻了脸，致使李鸿章后来出走南昌。
危机之时，一件意想不到的事情发生了——第二次鸦片战争爆发，英法联军侵犯天津、北京，击败僧格林沁的军队。咸丰只好带着皇妃、皇太子及亲信大臣肃顺、载垣、端华等逃往热河承德避暑山庄。十万火急中，咸丰降旨，要曾国藩速派鲍超率精兵数千拱卫京师。接到诏书，曾国藩和胡林翼一下子慌了神，此时此刻的曾国藩正是泥菩萨过江自身难保，正指望鲍超军从江西赶往皖南救援，如果鲍超军此时转赴京城，皖南的战局将彻底崩溃。如果不派部队进京，曾国藩又会背上一个“抗旨”罪名，同样也承担不起。情急之下，曾国藩赶忙召集幕僚商议，李鸿章的一个建议解了燃眉之急，那就是采取“拖”的方式——派人送信给朝廷，堂皇地建议：鲍超人地生疏，断不能去，是否由曾国藩和胡林翼二人中酌派一人进京，这一招，明显的是给朝廷出难题，因为朝廷最忌讳手握重兵的“节度使”进京。这样，朝廷当然不同意，还会下诏来调人。这样，信在路上一来一往，就会占用很长时间——也就达到了争取时间、调集人马的作用。这一招果然有效——不久，京城的事态得到了有效缓解，曾国藩接到朝廷新旨：清廷与八国联军已议和，鲍超军不用北上。
一个危机躲过去了，另一个危险接踵而至。1860年12月，太平天国忠王李秀成部由羊栈岭进山，攻克黟县，距祁门湘军大营仅有六十里。此时此刻，祁门已是一座空城，除了大营内的一些亲兵之外，其他湘军全距祁门很远，曾国藩想调集部队回援已不可能。曾国藩长叹一声，准备原地等死。那天晚上，曾国藩努力克制自己的情绪，将亲兵全打发到内室之外，一个人在灯下安静地写自己的遗嘱，让人连夜送往湖南老家。天亮之时，一个好消息传来，湘军鲍超部和张运兰部昼夜行军，赶到祁门附近，全力抵挡李秀成部的进攻。由于李秀成不知道曾国藩的大本营在祁门，没有全力进军祁门，部队退出了羊栈岭，绕道进了浙江。
虽然皖南的形势得到了缓解，危机并没有解除。不久，太平军又先后兵分两路进军祁门，这一次，是太平天国主将陈玉成亲自率领人马。形势变得异常紧急：在北面，太平军攻到了离祁门二十里的地方；在南面，太平军李世贤部攻克景德镇，皖南镇总兵陈大富战死；在东面，李秀成部也从浙江境内掉转方向，再次向徽州发起攻击。曾国藩又一次陷入了包围之中。1861年4月，曾国藩由祁门赴休宁，调集徽州境内的各军进攻徽州府，以期打开通往浙江之路，徽州府的太平军乘夜出城偷袭，湘军大败溃散，太平军乘胜追击，将曾国藩围困在休宁。高度危机之时，曾国藩只好坐在大帐之中，再次给儿子纪泽、纪鸿写信。从这封信中，我们看不到慌乱，却能感受到事态的危急；还可以管窥曾国藩的真实思想——很明显，这已算是一封遗书了：
接到你们二月二十三日来信，知道家中兄弟五房都很平安，心中很安慰。我在初三日到达安徽休宁县，就听到景德镇失守的消息。初四日所写的家书，托你们九叔曾国荃寄回湖南老家，已经讲到此地的局势十分危急，恐怕难以支持下去。但还想到可以强攻徽州，如果得手，还是一条生路。初五日强攻徽州，强中营和湘前营在西门受到一次挫败；十二日再攻，未能引诱敌人出城一战；当夜二更天，敌人偷偷出城打劫营寨村庄，强中营和湘前营大败。目前的局势更加紧急，四面都被阻塞，外面的接济已断绝。经过这次大败，军心受到很大的震动。我所盼望的是左宗棠的军队可以打败景德镇和乐平的敌人，鲍超的军队能从江西湖口迅速来救援，事情或许可能有转机，不然的话，这里就不堪设想了。
我自从投入军事以来，即抱着一种临危受命的志向。丁巳和戊午那两年在家养病，常常怕自己突然在家中去世，违背我的初志，失信于天下人。后来起复再出山打仗，意志尤其坚定。这次即使遇到什么不测之祸，我也毫无牵恋的了。回想我自己，从小贫穷无知，现在能官至一品大员，年龄也已过五十，在外面也稍有点名声，又手握兵权，占据了高位，还有什么可遗憾的呢？只是我对古文和诗歌，都花了不少精力，苦苦地加以探索，但是没有好好地创作，在这方面施展才华，打开一条大路。我对古文的研究尤其有根源和依据，如果现在突然死了，那么我的一些心得，就永远无人领会了。我的书法用功较浅，但近年也深入了一些。这三方面一无所成，心中不免耿耿于怀。
至于行军打仗，本来不是我的专长。因为打仗要用奇兵，而我的性格太平易；打仗要欺骗对方，而我的性格太直，这怎么能对付兵势滔天的敌人？以前虽然有些胜利的捷报，那也是侥幸，并不是我应得的战果。你们兄弟长大之后，切切不可涉足于军队之间，这种事难以见功业，而且容易造下大孽，尤其会留给后代人非难的口实。我长久地在行军中生活，每天如同坐在针毡上一样。稍可安慰的是我没有辜负我最初的愿望，没有辜负我的学问，没有一刻忘掉仁政爱民的心愿。近来我的阅历更多，深深体会到带领军队的痛苦。你们都要一心一意地读书，将来不能从军，也不必出去做官。
我教育子弟有“不离八本”和“三致祥”的格言。这“八本”是：读古书要以字句解释为本，作诗文要以讲究声调为本，侍养父母要以得到他们的欢心为本，修养身心要以少恼怒为本，立身处世要以不乱讲话为本，治家要以不迟起床为本，做官要以不要钱为本，行军打仗要以不骚扰百姓为本。“三致祥”是：孝顺能带来吉祥，勤奋能带来吉祥，宽恕能带来吉祥。我的父亲竹亭公教育别人，专门讲一个孝字，所以他在少壮时期敬爱父母，晚年热爱儿女，都出于心中一片至诚，所以我为他写的墓志铭，就只说这一件事。我的祖父星冈公教训别人，则有八个字，还有“三不信”。八个字是：“考”(不忘祭祖先)、“宝”(与亲属邻里和睦相处)、“早”(早起)、“扫”(打扫庭院)、“书”(读书)、“蔬”(种蔬菜)、“鱼”(养鱼)、“猪”(养猪)。“三不信”是一不信和尚道士巫师，二不信土地庙神仙鬼怪，三不信医药。处在这个乱世之中，钱越少，就越能免除祸患；家中用度越俭省，就越能养福延年。你们兄弟将来奉养母亲生活，除了一个“劳”字和，一个“俭”字外，没有其他安身立命的办法。我在此军事极其危急之时将这两个字叮嘱你们一遍，此外也就没有什么遗训给你们了，你们可以将这点意思禀告给几位叔叔和母亲，不要忘掉。
遗书送出之后，曾国藩还与刚刚赶来为自己出谋划策的老友欧阳兆熊开玩笑：“死在一堆如何？”欧阳兆熊大笑着应允了。也算是曾国藩命不该绝，第二天，由南面包抄而来的太平军李世贤部在江西乐平与左宗棠大战后溃败，无奈只好撤兵浙江。徽州府的太平军听到这个消息后，信心顿失，也将人马北移，撤出了徽州。危机再次解除，曾国藩的心重新落回胸腔。此次绝处逢生，明显地暴露了太平军的命门，那就是，太平军的各路人马全是各自为战，缺乏配合和协作，关键时候，往往难以形成合力。这是典型的游寇习气。对于这样的对手，曾国藩的信心更足了。在此之后，湘军进行了大规模反扑，陆续收回徽州府所在地歙县以及黟县等地。一个大胆的计划在曾国藩胸中变得成熟，那就是利用围攻安庆的机会，大量歼灭太平军的有生力量，先从英王陈玉成下手。曾国藩开始将目光死死地盯在长江沿岸，精心设计一个巨大的陷阱，诱骗对手不顾一切地往里跳。
1861年5月5日，曾国藩留张运兰守祁门，将湘军大本营从祁门转移到长江边的东流。如果说曾国藩将大本营设在祁门是由于首鼠两端拿不定主意的话，那么，搬迁到安庆城对岸的东流，则表明铁心图谋安庆之役了。到了东流后不久，夏天到来了，白天的长江边上像个火炉一样，热浪灼人；但一到夜晚，习习江风中，又变得异常凉爽。置身长江边上，每到夜色降临，曾国藩就把自己关在大帐里，踱着步，像一头将要出击的孤狼一样，周密地思索战争的步骤。对于安庆战役，曾国藩总体上是这样考虑的：一是一定要攻下安庆，拿下金陵的桥头堡；二是围城打援，先围而不攻，一方面减少损失，另外一方面重点打击太平天国英王陈玉成的援兵。在曾国藩看来，二十来岁的太平天国英王陈玉成虽然打仗勇猛，但在谋略上远远不够。曾国藩想把陈玉成部队先拿下，给在三河之战中毙命的李续宾和曾国华报仇。
实际上从1860年秋天开始，湘军就已经将安庆城团团围住。围城的主力，正是曾国荃的“吉”字营。“吉”字营在安庆城的北、东、西三面挖了很多长壕深沟，又堆筑几个高高的土城，筑成牢固的防御工事，切断了城内太平军与外界的联系。安庆的守军共有两万余人，都是陈玉成的部下。自1853年太平天国翼王石达开西征攻下安庆后，考虑到安庆地理位置的重要，太平军一直派重兵守护。到了1860年，太平军已驻守八年之久。驻守期间，太平军将城墙筑高了五尺，又添筑子城一道，子城南自镇海门西起，先西北后东北绕一大圈后，止于北城墙。除此之外，太平军还另建了一座“耳”城，全力保卫安庆。这样，城内的太平军与城外的湘军形成了对峙局面，双方都构筑了铁桶般的防守阵势。
从1861年5月开始，曾国藩将他的全部精力用在安庆战役上。他的三角眼鹰隼一样死死地盯住安庆，没有什么能让他转移注意力。战争进行到中盘之时，这个一开始不会打仗的人，对于军事的驾驭和调度已明显熟稔了，甚至有了几分诸葛孔明的神韵，对于战局的控制和调度，已变得游刃有余。这时候，湘军已经形成了自己的战略方针，那就是，对待太平天国这样的对手，不能轻易打浪仗，要集中优势兵力，给对手以致命打击。
布置战术之余，曾国藩安详地在大营之中开始了自己的菜农生涯。每天下午，他都要一身短打，扛着锄头进入自己的菜园，锄草、松土、浇肥。在给老家的儿子曾纪泽的信中，曾国藩对这一段时间的生活感到怡然自得：
吾现在营课勇夫种菜，每块土约三丈长，五尺宽，窄者四尺余宽，务使芸草及摘蔬之时，人足行两边沟内，不践菜土之内。沟宽一尺六寸，足容便桶。大小横直，有沟有浍，下雨则水有所归，不使积潦伤菜。四川菜园极大，沟浍终岁引水流，颇得古人井田遗法。吾乡一家园土有限，断无横沟，而直沟则不可少。吾乡老农，虽不甚精，犹颇认真，老圃则全不讲究。
当曾国藩如一个经验丰富的老农，津津有味地摸索种菜之经验和方法的时候，那段时间，在安庆附近数十公里的范围内，聚集了成千上万的湘军，他们正按照曾国藩的部署，张开了口袋阵，等着陈玉成带领太平军钻进来。对于曾国藩的围城打援之计，太平天国同样制定了针对性的措施：安排李秀成从长江南面、陈玉成从长江北边同时进军，夹攻武昌。武昌是湘军的大后方，也是湖北巡抚胡林翼的老巢，湖广总督所在地，战略位置极其重要。如果太平军围攻武昌，必定会让曾国藩分兵，这样，安庆之围也就迎刃而解了。
陈玉成不愧为太平军的急先锋。很快，陈玉成带领数万大军进驻安庆桐城附近，虚晃一枪后，转道皖西，连下英山、蕲水，攻占黄州，逼近武汉。陈玉成的西进，是曾国藩和胡林翼最为忌惮的，此刻湖北境内兵力空虚，几乎不堪一击。没有想到的是，陈玉成在黄州驻扎时，恰巧英国长江水师提督何伯巡视到了武汉江边，见陈玉成大兵屯集，便让参赞巴夏礼告诫陈玉成，如果陈玉成进攻武汉的活，英国商业利益将会受损，他们不会袖手旁观。这等于警告陈玉成不能进攻武汉。在这种情况下，陈玉成只好放弃对武汉的进攻，转向进攻鄂北的襄樊一带。这样的军事调动根本不足以吸引曾国藩西援。曾国藩和胡林翼得悉后大松了一口气，重新布置人马进攻安庆。一直到几个月后，陈玉成才掉转人马，回到安庆集贤关附近，开始在外围直接进攻围城的曾国荃部。
在长江以南，李秀成由浙江进入江西中部之后，迂回辗转，沿赣江北上，攻下吉安、瑞州。湘军九江守将吴坤修急忙派人向曾国藩告急，请求火速派兵救援。这时候曾国藩手中的机动部队只有鲍超一军。在这种情况下，曾国藩让鲍超军驻扎在九江与安庆之间的地方，伺机而动。关键时刻，李秀成优柔寡断的老毛病又犯了。曾国藩看透了李秀成的心思，料定他肯定会投鼠忌器，不敢进攻九江。素来小心谨慎的曾国藩一反常态，大胆地将鲍超军调至安庆城下增援。安庆的战局发生了根本性变化。陈玉成见鲍超援军将至，料定自己独力难解重围，只好留下刘仓琳等精锐一万二千人分守安庆城外的集贤关、菱湖等营垒，自己带五千人去接应来援被阻的洪仁歼、林绍璋、黄文金、杨辅清等部。陈玉成的离去，更给湘军可乘之机。曾国藩下令各部全力围歼刘仓琳，同时分割陈玉成等人的救援。陈玉成在与洪仁玕等会师后，无法突破湘军多隆阿的挂车河防线。这样，刘仓琳部太平军主力一万二千人全部被歼。这一结果，使得安庆攻防战基本定局。陈玉成率各路援军因为无法突破挂车河，只好绕道湖北境内驰援安庆。太平军大队人马从西部长途跋涉，好不容易到达安庆城下时，早已人困马乏，成了强弩之末。虽然陈玉成带领太平军全力发动进攻，想解安庆之围，但湘军兵强马壮，又早有准备，陈玉成几次进攻均告失利，手下大将程学启部还投降了湘军。这是一次全面交锋的战斗，湘军在太平军的内外夹击下，两边行动，一部分全力攻取安庆，另一部分全力抵御陈玉成在外围的救援。
那段时间，整个战局陷入了胶着状态。旌旗蔽日，尸横遍野。在战争面前，时间仿佛停滞，生命就像泡沫一样脆弱而短暂。在东流大营，前方的消息像走马灯似的传来，曾国藩心急如焚，食不下咽，整夜都无法合眼。曾国藩的皮肤病也因为内心的火急火燎，瘙痒得更厉害了。可以说，曾国藩每时每刻都面临精神崩溃的危险。这一场徒死的对抗完全是力拼消耗，在安庆，守城的太平军渐至弹尽粮绝；在城外，攻城的湘军也开始面临饥饿，他们供给的粮路同样被外围的太平军切断。时间一如既往地漫长阴晦，食物储备变得越来越少了，到军士手中的食物如同垃圾，能调动大家情绪的酒也没有了。白天在阵地周围遮天蔽日的，是如阴霾一样的乌鸦，它们喑哑地鸣叫，如同鬼魂一样在阵地上游荡。更让人觉得讨厌的，是战壕里出现了成群成群的老鼠，像集体发了疯似的，向所剩无几的食物发动攻击；夜晚之时，它们甚至把在沟壕里睡得像死猪一样的湘军军士的耳朵或者鼻子咬掉。湘军军士们不仅仅要跟太平军打仗，还要跟这些“强盗”作战，把它们赶到角落里，目的不仅仅是消灭它们，而且为了将其当作美食享用……阵地上所有能吃的东西都吃掉了，然后，吃捆绑帐篷的牛皮带，吃一切有绿色的植物……
1861年8月底，湘军由城外马山直抵北城门城墙根的地道终于挖通了，湘军用炸药将城墙下的地道塞得满满的。1861年9月5日，曾国荃下令点火，随着炸药“轰”的一声巨响，安庆北城墙被炸出一个豁口，太平军叛将程学启部率先呐喊着攻了进去。安庆的太平天国守军自叶芸来以下一万六千多人已饿得奄奄一息，失去了抵抗力，眼睁睁地看着湘军的大刀向自己头上砍来。此刻的陈玉成站在不远处的山头上，亲眼目睹了安庆城的失陷，长啸哀号，泪如雨下。然后，命令部队掉转方向，撤回庐州。在东流的曾国藩第一时间接到了战报，欣喜若狂。安庆战役是一个转折点，在抢占了这个战略高地之后，曾国藩清晰地知道，胜利已唾手可得了。
1861年9月25日，曾国藩渡江后进入了安庆。昔日的太平天国英王府被修缮了一番，恭候他的到来。进入这座文化古城，曾国藩感慨万千，这座昔日人气十足的市民城市，在经历了这场浩劫之后，一如阴曹地府似的阴森，大街小巷的每一个人都戾形鹤立。在湘军攻下这座城市之时，这里已经开始吃人肉了，人肉价五十文一两，割新死者肉也要四十文一两。城破之时，太平军的锅里，皆煮人手足，有的碗中还有人的手指。听着这样的消息，曾国藩脸色都变了。
战争就是这样残酷无比。曾国藩的所见所闻，只是很小的一部分。在他视线没有到达的广袤地区，平民百姓更是无比悲惨：千百万人流离失所；一些随身携带财宝的富人同他们为数不多的仆人在大路上被趁火打劫后勒死；一些断垣残壁在冒烟，瓦砾下压着无法确认的一家老小；一些被抓走的弱女子，或受蹂躏，或因为寒冷或遭遗弃而死去，有的无奈之下生下施暴者的孽种；不舍田地和家畜而被杀害的百姓的骸骨在大雨之中泛白，与死去的牲畜的骸骨混杂在一起……对这一切司空见惯之后，人们又开始修葺和重建，麻木又变得热情。人生和世界，就是这样周而复始，生生不息。
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