长沙整军后，曾国藩信心十足，准备向新败的太平军西征军发动攻击。西征军曾天养部闻湘潭大败，恐湘军乘机进攻被太平军占领的沿江诸城，乃由宜昌东进，经澧州、安福，收集湘潭溃军。林绍璋败后，经靖港、岳州，亦收罗残军，向西进的曾天养靠拢。行至常德，闻曾天养已东进来援，遂留驻常德。不久，两军会合，一起转回岳州，高垒深壕，准备与湘军决战。
曾国藩闻知太平军在岳州加强了防务，先命塔齐布7000人马迅速赶至岳州城下，让罗泽南、周凤山率军为后援。咸丰四年六月三十日(1854年7月24日)，两军会战，太平军失利，连夜弃岳州退守城陵矶。
城陵矶是长江通洞庭的一个极险要的军事要塞，易守难攻。太平军占领城陵矶，湘军几攻未下。七月十六日(8月9日)，湘军水师褚汝航、夏銮、清军登州镇总兵陈辉龙、游击沙镇邦等飞舟顺水乘风攻至城陵矶，江风呼啸，清军水师突入太平军的防守圈内。太平军奋勇冲杀，湘军水师指挥失灵，进退两难，被动挨打。结果，湘军惨败，褚汝航、陈辉龙、沙镇邦、夏銮4人皆被打死，水师丧失大半，战船数十只或沉或降。后队杨载福赶来，水师已溃不能战，只得退回岳州。
七月十八日(8月11日)，湘军陆师塔齐布进攻城陵矶，曾天养率军抵抗，两军展开前所未有的恶战。塔齐布与曾天养都是两军中的善战拔尖人物，他们指挥的军队都不怕死，两军殊死冲杀，各不相让。恶战之中，曾天养与塔齐布突然相遇，他拍马挺枪与之交战，塔齐布毫不示弱，二人马去枪还，犹如古战场上的两员猛将，杀得两边兵将直了眼。
曾天养在太平军中，威名赫赫，他是广西壮族人，参军时已五十余岁，骁勇异常，屡战皆捷，被誉为“飞将军”。所部称“虎头军”，因功封为秋官正丞相，为太平军西征军主要将领。西征以来，率兵攻克江西南昌、丰城、瑞州、饶州、乐平、景德，安徽东流、建德、集贤、桐城、舒城，在庐州击毙江忠源；转战湖北，克黄州，破吴文镕部，又连克汉口、汉阳，取孝感、云梦、德安、随州、安陆、宜昌；继援湖南，克澧州、常德。曾天养有勇有谋，虽年已六十，但每战必身先士卒，武艺精湛，无人能敌。
然而，城陵矶之战，遇上塔齐布，也算碰上了强敌。塔齐布是湘军第一员猛将，善于骑战，精于马术，他是满洲镶黄旗人，依然保持着入关时那种剽悍的气质。
二人激战多时不分胜败。曾天养怒睁豹眼，越战越勇，突然一矛刺中塔齐布战马，一个颠扑，塔齐布几乎摔下马来。塔之亲兵在同一瞬间，从曾天养背后猛刺一枪，曾天养猛一回马，其坐骑即被刺中，马蹶人倒，被塔齐布挺矛刺中，壮烈牺牲。
曾天养的牺牲，是太平天国的重大损失，西征军闻知皆痛哭失声，为之“茹斋六日”，洪秀全追封他为烈王。城陵矶主将牺牲，顿失斗志，只好败退武昌。
城陵矶战后，曾国藩指挥水陆并进。水师连陷嘉鱼、金口，湘军将士扬眉吐气，逢阵皆露立船头，不披甲胄，不避枪弹，一路杀来，直达武昌城南数十里下泊。陆师从岳州出发，经蒲圻、咸宁、山坡、纸坊，直达洪山一带。
水师达金口时，曾国藩召集众将，议攻城之策。罗泽南提出，陆路分兵两路，一路攻洪山；一路攻花园。他说，花园的太平军有精兵两万，设有三座大营，若攻其洪山，花园太平军必起而援助，罗泽南自任前锋，先攻花园，余兵扼堵洪山，协其攻克花园，武昌即成为孤城。曾国藩同意了他的计划。
咸丰四年八月二十一日(1854年10月12日)，罗泽南挥军进攻花园，太平军凭借临时搭起的木城，架炮轰击，罗军伏地前进，待攻至木城前，太平军竟溃乱而逃。罗军乘势夺取了数十条大船，连续攻克了三座大营，两万太平军几乎不战而溃，第二天，继攻鲶鱼套，经过小战，也轻易取得。花园太平军溃败，塔齐布率军攻洪山，洪山守军坚决抵抗。得知花园溃败，此路太平军知不能守，也纷纷退避。塔齐布下令攻击，太平军多跳湖奔逃，降者千余，洪山亦克。
湘军兵临武昌城下。
太平军武昌守将为黄再兴、石凤魁、韦以德等人，或则文员，或则国宗，皆不习战事。当曾天养牺牲，湘军水陆北上达金口时，国宗韦以德首先逃离武昌。太平军在武昌城的守卫部队尚有千余战船，陆师万人以上。但黄、石等人无指挥之才，官兵也悲观失望，在太平军失陷花园、洪山的第二天夜里，便弃城逃走。长江上游最重要的重镇武汉，就这样轻易地丢给了湘军。
石凤魁等人是在少量守护部队的保护下私逃的，汉水里的大批船只、数千水军及城里的守卫部队皆未得到撤退的消息。天一亮时，湘军攻城，城里的守将早已逃跑，守军大乱。湘军登上城墙，打开城门，一捅而入。
凶猛的湘军逢人便杀，太平军尸横满街，血水成河。被禁闭在汉水里的船队遭到湘军的猛烈射击，或被射杀，或被赶入水中淹死，水师受到毁灭性打击。
曾国藩于当日在诸将官的拥护下进入文昌门，见到这湖广第一名城已为自己收复，心里感慨万端。
武昌被攻占的第七天，湖广总督杨霈向咸丰报捷。又过了6天，曾国藩才详细地向咸丰奏报了湘军进攻花园、洪山及攻克武昌的战况。
咸丰闻报，高兴得比曾国藩还要厉害。他简直不敢相信曾国藩一个文员，率领编练不足一年的湘军，竟把武汉攻克，收复两湖大部失地。看过奏报，立即下旨，任命曾国藩为湖北巡抚。他兴高采烈地向大臣们说：“不意曾国藩一书生，乃能建此奇功！”还在谕旨中表示：“获此大胜，殊非意料所及。朕惟兢业自持，叩天速赦民劫也。”
随后，又下旨封赏湘军将领。胡林翼升为湖北按察使，罗泽南为浙江宁绍台道，彭玉麟为广东惠潮嘉道，杨载福擢常德协副将，鲍超升为参将，李元度、李续宾、郭嵩焘、刘蓉、陈士杰等人都有升迁。
正当大家兴高采烈，喜庆荣升之时，又一道上谕弄得众人晕头转向。在收到授曾国藩署理湖北巡抚的第七天，曾国藩跪听的又一个上谕是：“曾国藩著赏给兵部侍郎衔，办理军务。毋庸署理湖北巡抚。陶恩培着补授湖北巡抚，未到任之前，湖北巡抚着杨霈兼署。曾国藩、塔齐布立即整师东下，不得延误。”咸丰帝还在曾国藩的奏折上批道：“朕料汝必辞，又念及整师东下，署抚空有其名，故已降旨令汝毋庸署理湖北巡抚，赏给兵部侍郎衔。”还怪曾国藩的奏折不署加封的官衔(即署湖北巡抚衔)，故说是“违旨之罪甚大，著严行申饬。”
上谕改变了初衷，收回署理湖北巡抚的旨意。曾国藩本来就是侍郎，上谕又说“赏给”，纯是空头人情，曾国藩的官职丁点未动，还落得个“严行申饬”。更让曾国藩恼怒的是，署理湖广总督杨霈未有寸功，却因武昌收复而实授总督，一直与曾国藩作对、反对编练湘军的原湖南按察使、新授江苏布政使陶恩培竟实授了湖北巡抚之职。
是何原因？上谕解释，因曾国藩立即要率师东下，“署抚空有其名”。然而，当时清军、湘军中的授衔，哪个不是“空有其名”呢？所以，还是令人费解。究其原因，咸丰帝是在遵奉大清祖训，即不肯把地方督抚大权交给手握兵权的汉人控制。此后，曾国藩率军艰苦奋斗，仗越打越大，声名越来越高，清政府对他也越来越不放心。使他在若干年内，处于客军虚悬之地；以后虽授以地方大员之位，仍是不断发生龃龉，对他游移不定，甚或加以打击，使曾国藩左右为难，进退维谷，甚是尴尬。
曾国藩攻取武昌后向咸丰皇帝奏报了下一步的作战计划，即采取稳扎稳打、步步为营的推进方略，先经营湖北，再以两湖为基地，进取江西、安徽，步步逼向太平天国的大本营南京。眼前需要休整部队、补充兵员、调集粮饷，作好再度战斗准备。曾国藩提出，太平军的主要兵力部署于长江两岸，实力并未根本丧失，湘军虽取得武昌城，若全军东下，失去后方供应，必然陷入困境，造成难以估计的后果。但是，咸丰皇帝却拒绝接受曾国藩的正确意见，下旨令湘军立即东下，曾国藩不敢违旨，只得提兵东下，果然陷入了军事困境，几乎全军覆没。只是在东进的第一仗——田家镇一战再次取得胜利。
当武昌失守消息传至天京(即南京)，使太平天国领导人洪秀全、杨秀清等甚为震动，送下令锁拿黄再兴、石凤魁，押回天京。令燕王秦日纲前往田家镇布防，迎击湘军的东进。
秦日纲率领3万人马西上，行至湖北蕲州，召集各地的军队和自武昌败退的军队。不久，石祥祯、韦俊、林绍璋、石镇仑、周国虞等部皆到达蕲州。武昌败退的军队，也陆续到达万余人。秦日纲在蕲州召开军事会议，商量战守事宜。大家都认为，湘军占武昌，势必东进，犯天京。但湘军水陆充其量不过3万人，而且连连战斗，未得休整；太平军目前集于蕲州者已过5万人；从蕲州至武穴，关隘甚多，充分加以利用，正是歼灭湘军的大好时机。
韦俊、周国虞等进一步提出：蕲州、武穴之间有一险镇名曰田家镇，位于长江北岸，隔江相对的是半壁山。此处江流湍急，地势险要，在此布置人马，是歼击湘军的好去处。最后，秦日纲决定让检点陈玉成率军驻守蕲州，其他诸军全部驻守田家镇，准备在此全歼湘军。
正如太平军诸将所分析的那样，田家镇的确是武昌以东的军事重镇。该镇是一个有5000人口的大集镇，商贾繁盛。对岸的半壁山，孤峰雄立在大江南岸。山下一条大道，通往瑞昌；山南麓有一条发源于幕阜山，流经通山、兴国的富水，在此注入长江。入江之处是富池镇，下走30里，便是武穴。咸丰三年一月(1853年2月)，太平军在此大败两江总督陆建瀛，如今主客易位，太平军要在此阻击湘军。
秦日纲率领4万人马赶至田家镇，侦察之后分兵两处。秦日纲、石祥祯率两万人马驻守田家镇，韦俊、石镇仑、周国虞等率两万人马守卫半壁山。
韦俊等来至半壁山，对防守进行了精心安排。韦俊、周国虞等将领皆非泛泛之辈，韦俊是北王韦昌辉之弟，又名韦志俊、韦十二，年方28岁。太平军起义初，随兄起义。他虽是国宗，但学问、见识都很高，打起仗来也颇英勇、果敢。自起义以来，参加了许多次恶战，表现突出，战功卓著。湘军成军后，与之进行了几次战斗，知湘军非绿营军可比；曾国藩等将领也非一般清朝官吏，对他们不能掉以轻心。这次作战，他是半壁山两万兵马的主将。他让石镇仑率军8000人至半壁山脚安营，林绍璋率5000人驻守富池镇，周国虞率6000水军扼守江面，自己率其余兵马扎营半山腰，总领半壁山战场。他向部队下了死命令：掐死湘军水陆去路，绝不许后退。
韦俊、周国虞等还怕挡不住湘军水师，提出可在江面上设一道拦江铁锁，以阻湘军的战船。他们也知当年东吴阻挡晋军、后晋阻挡后汉，都用过铁锁挡江之法。然而，铁锁如何架法？为什么当年吴、晋的铁锁又未锁住大江？唐代大诗人刘禹锡《西塞山怀古》，悼念当年吴国在田家镇的上游黄石设拦江铁锁，还是被晋国大将王浚打破，落得“千寻铁锁沉江底，一片降幡出石头”。最后大家认为，战守之具全在运用，没置拦江铁锁，用以阻挡湘军水师，绝不会出现“金陵王气黯然收”的那种下场。
太平军里有的是铁匠、木匠，周国虞等人找他们来一同商量。大家七嘴八舌做出了决定：做成6根大铁锁，南拴半壁山，北系田家镇，横截大江江面。锁下每隔10丈安一只大船，首尾以大锚固定，铁锁也固定在船上。每隔3只大船再设一个大木排，承受铁锁的压力。按此计议，周国虞布置铁匠打锁、木工造排，10天以后半壁山6道拦江大锁造成，像6根玉带，捆住了滔滔大江。
北岸田家镇的布防与南岸半壁山大体一致。
咸丰四年九月十三日(1854年11月3日)，湘军水陆从武汉出发，分兵3路东进。湖北军在固原提督桂明的率领下，沿江北岸推进，为第一路；湘军水师顺流而下为第二路；湘军陆师沿南岸前进为第三路。湘军陆师离开武汉后又分为两支：塔齐布一军经武昌县进攻大冶，罗泽南一军经金牛堡进攻兴国，两地取胜后，合军进攻半壁山。
曾国藩亲自指挥水师沿江东下，经葛店、黄州，于第三天到达道土洑。接到前军探马报告：前站是蕲州，有太平军陈玉成守卫，水陆号称万人，主要是陆师，仅少量水师。湘军前锋塔齐布现达金牛镇，听候进军命令。
曾国藩与彭玉麟、杨载福、刘蓉、郭嵩焘等研究之后，下令塔齐布与罗泽南分别进攻大冶和兴国，引诱陈玉成援救，水师趁机冲过蕲州。
塔、罗两军接到战令，立即向大冶和兴国发动进攻。陈玉成果然亲率4000人马援救兴国与大冶，而塔、罗兵进神速，不待陈玉成赶到，已分别攻下两地，合军向半壁山前进。
曾国藩知陈玉成率兵援救兴国与大冶而去，先是企图一举攻下蕲州城，结果进攻几次皆未成功，遂改变策略，采取越寨攻敌之策，舍弃蕲州而不攻，顺流直驶田家镇。杨载福的先锋营首先到达田家镇，猛然看到江面上有黑黝黝的6根大铁锁拦在江面上，铁锁后面布置着太平军的水师。杨载福明知铁锁难过，急令后撤，太平军水师大炮齐轰，几条战船被打伤，许多湘军士兵落入江中。
曾国藩也无过锁之策。他发出命令，先让陆师进攻半壁山，或能夺得半壁山，从岸上除掉铁锁，水军开炮，为陆军助战。
罗、塔两军依令分别攻打半壁山和富池阵。太平军依险顽强抵抗，湘军先有武昌之胜，打起仗来也格外勇敢。经一天激战，双方死伤很重，罗军方攻下山脚的营盘，太平军退回山上。塔军经两天激战，攻下富池镇。第二天，秦日纲、韦俊亲自指挥，反攻湘军，血战竟日，太平军大败，退回对面的田家镇，半壁山战斗结束，这天是十月初七日(11月26日)。
这时，湘军水师也部署了破坏江上铁索的计划。彭玉麟、杨载福指挥战船，集中火力轰击太平军的江面水师，同时轰击铁锁下的船只和木排。在强大火力的掩护下，湘军驶出一队船只，分别驶至铁锁之下，以巨锅盛满油脂，置于船上，将大铁锁烧红，用巨斧砍断。
太平军见湘军欲断铁锁，水陆两军同时出战，拼命阻挡。战斗在江面和两岸同时进行，异常激烈。烧锁的湘军船只多次被炮火击中，巨锅里的沸油烧着了战船，另一只燃油的战船再冲上去，继续烧锁。
此时，占领半壁山的湘军，利用山上大炮轰击江面上的太平军水师。
十月十三日(12月2日)，拦江铁锁被焚断，湘军水师攻过田家镇，沿江焚烧太平军的战船，被毁达4500余只，长江江面，一片火海。太平军西征的战船不下万艘，经湘潭、岳州、武汉、田家镇几战，九江以上的战船荡然无存，水师大体瓦解。
田家镇一战，太平军水陆大败，伤亡巨大。于十月十三日(2月3日)退向黄梅。十四日(4日)，蕲州守军也败退广济。湘军陆师尾追至黄梅与广济之间的双城驿，两军再次交锋，太平军再败，退向九江。
湘军在田家镇战役中虽然取得胜利，但伤亡也很重。战后，曾国藩集中部队在田家镇休整，向咸丰报捷，为部下讨封赏，为阵亡官兵请恤。曾国藩深知优恤死者，可以激励生者，在田家镇建立“昭忠祠堂”，供奉哨官以上的军官，牺牲勇丁，也都刻碑纪念。八个纪念石碑密密麻麻地写满了牺牲者的姓名。祠堂落成，曾国藩率全体军官，向死者亡灵行祭；曾国藩为死者亲题挽联：“巨石咽江声，长鸣今古英雄恨；崇祠彰战绩，永奠湖湘子弟魂。”左右燃起纸香，曾国藩诵读祭文，先是呜咽，再是泣涕，最后竟放声大哭。他充满感情地哭诉：“自军兴以来，从未有此次丧师之惨者！”湘军水陆全体将官皆为之感泣落泪。
田家镇失利的消息传到天京，杨秀清急令在皖南作战的翼王石达开、在江西饶州的冬官正丞相罗大纲星夜轻骑赴援。
石达开是威震敌胆的太平军名将，文武兼备。他闻田家镇失利，立即率5000劲旅，日夜兼程，赶赴增援，成为太平军西征军的主帅。
罗大纲也是太平天国著名骁将，手工工人出身，10年前就是广西天地会首领之一，长期进行反清武装斗争。太平天国起义时，率天地会加入起义队伍，从广西到南京的征战中，一直是先锋营指挥官，率军首先攻入永安州、全州、岳州等城镇，功劳卓著。定都之后，与吴如孝一军联合攻占镇江。太平天国西征，命为主将之一，率军转战皖南、江西一带。他的部队敢打敢拼、军纪严明，在太平军中威信极高。这次赴援，率领万余精锐赶往前线。
当他们在九江会师时，黄梅已失守，大批太平军正在溃败后撤。湘军仍在溃军之后穷追。罗大纲首先率军拦住溃军，在孔垅驿一带与追兵激战，阻住了湘军的攻势。而后退军九江、湖口两城。
湘军陆师随后追杀，于咸丰四年十一月十五日(1855年1月3日)攻占小池口，十一月二十一日(1月9日)渡长江，二十五日(13日)扎营九江大东门外的四里坡。湘军水师也顺流攻到九江之侧的江面上，与陆师合围九江城。湖广清军副将王国才率领4000人马驻扎黄梅，按察使胡林翼率军2000人由咸宁东出瑞州，进攻九江之背。诸军合在一起约26000余人，统归曾国藩指挥。
守卫九江的将领也是太平天国著名骁将林启荣，他三十余岁，是金田起义的老兄弟，在东王杨秀清的直属部队先锋营。作战英勇顽强，勇冠三军。西征开始，他也是杨秀清亲点的主将之一。
石达开一进九江城，即招集罗大纲、林启荣等诸将研究如何对付湘军的攻击。林启荣占领九江已两年，他对九江的防卫很有信心，提出太平军合军5万人，对付远道而来的湘军两万多人，可采取以守为攻，以逸待劳的办法。待湘军兵疲师老，可合军歼之，不可立即决战。石达开同意林启荣以守为攻的战略，但他强调要守中有攻，不断利用机会，打击来犯的骄兵骄将。石达开命令：林启荣以守九江城为主，罗大纲守卫湖口西岸的梅花洲，自己守湖口城，三军互为犄角，配合作战。
正如石达开等人估计的那样，湘军连战连胜，尤其是武昌、田家镇之战后，太平军节节败退，势如溃堤，更平增了湘军的轻敌思想。湘军水陆攻至九江城下，曾国藩在座船上召开会议，研究进攻方案。他对九江的地形及林启荣、石达开的军势能力是有一定了解的。会上他提出，九江北枕大江，南控鄱阳湖，周围山水纵横，形势险要，各要地皆有“长毛”水陆把守。林启荣在此经营两年，绝非泛泛之城可比。现在又有翼王石达开坐镇，据说此人文武兼备，是“粤匪”中的顶尖人物，非寻常草寇可比。
但是，塔、罗、彭、杨等人皆认为绿营军与“长毛”作战，不是失败于敌人多么厉害，而是败在自己的腐败无能。自与湘军作战以来，未见“长毛”有多么厉害。所以，都摩拳擦掌，打算一鼓作气，攻下九江。于是决定塔齐布、罗泽南、鲍超、李续宾、彭玉麟、杨载福、李孟群等各领水陆大队，分兵攻打九江的四门，一举攻克。
然而，当四路人马向九江城前进时，却不见城上有太平军一兵一卒。当湘军挨近城边，“则旗举炮发，环城数千堞，旗帜皆立如林”。太平军凭借林启荣两年来修建的堡垒和配置的火力，怀着满腔复仇的怒火，向湘军猛烈轰击，杀得湘军人仰马翻，卷旗逃命。塔、罗等将企图制止湘勇败退，但看到城上火力甚猛，白白伤亡人马，只得带着溃兵回至营地。
曾国藩、罗泽南、彭玉麟等人与石达开、林启荣经过这次交战，方知石、林确非泛泛之将，知硬拼硬打不能奏效，乃另谋善策。他们决定先在九江上游的竹林店休整，之后由塔齐布率军继续攻城，牵制九江兵力，由罗泽南率军绕过九江，攻取湖口，彭玉麟与胡林翼合力进攻梅家洲。如此分兵攻击，使太平军穷于应付，若有一处得胜，则可打开一个突破门。
石达开与罗大纲等立于九江城头，见湘军退走，几天不再进攻，料定曾国藩必然另有所图，遂命各军密切注意。他估计湘军攻不下九江，将会转攻其他要地，便亲率小股部队，到上游各要处查看防卫情况。先乘夜至九江下游50里的湖口视察，接着又到了对面江心的梅家洲。
视察之后，便命令罗大纲率领l万人马开赴梅家洲，并立即在洲上筑垒架炮，封锁江面，准备迎击湘军的水师进攻。让林启荣加强九江城防，坚守城垒，不要出城作战，利用枪炮火器打击攻城的湘军。自己亲率1万陆师和数百战船，赶赴湖口。
太平军分兵防守布置完毕，湘军分兵攻击的计划也开始实施。他们没有料到，九江城里的石达开与罗大纲已经在湖口和梅家洲张网等着捕鱼了。罗泽南求胜心切，催兵赶至湖口，湖口县城一片寂静。湘军贸然冲向城厢，大军到了护城壕畔时，城头上万枪齐发，打得湘军像秋风扫落叶，一片片倒下，余者伏地还击，战斗不到半个时辰，便不支溃退下来。罗泽南心急如焚，催马督军再战，石达开命令大开城门，出动两支人马，迎击罗部。湘军自出师以来，第一次碰上太平军如此猛烈的进攻，一触即溃，退至江边。
进攻梅家洲的彭玉麟水师，也陷入了罗大纲布置的火力网中。洲头有战船架炮拦击，洲上是数百门大炮封锁，湘军水师一下子被打得队形散乱，船翻人亡。自率军以来，彭玉麟没打过败仗，这次梅家洲的失败却是极惨。他的水师前进不能，后退又遭洲尾巨炮的堵击，首尾难顾，进退两难。经过左冲右突，丢下大批船只武器，付出很大代价，才突出封锁，逃离战场。
攻击九江城的塔齐布一军自然更是无能为力了，只能丢下大量尸体，无功而退。
石达开打击了湘军的锐气之后，进而谋划破敌良策。他向众将分析：我们以险阻击湘军，已收成效，但要想破敌，就得出击，而打出城池与曾妖硬拼并无把握。湘军水师强大，我军战船数量不多，装备也远逊于彼。欲破湘军，必先败其水师；而破其水师，只能智取。
诸将向石达开询问智取之计。石达开说，曾妖头的水师船只有长龙、快蟹、舢板三种，长龙与快蟹都是大船，行动缓慢，不利于前锋战斗，而利于指挥、运兵、运械；舢板行动轻捷，利于战斗。二者相互配合，取长补短，相得益彰，过去的几仗，皆仗大小船只的配合而取胜。今天我们用计让二者分开，使其分则两败，才是破敌良策。
诸将又问如何方能使之大小战船分开。石达开说，用计之事，我来布置。但自此之后，九江、湖口、梅家洲各军只许坚守，湘军来攻，一概置之不理，听我用计安排。
曾国藩几番进攻，皆遭挫败。休整了两日，不见敌军动静。于是，再令各路出击。诸军因有前番的教训，只是远远地开枪开炮，不敢再涉险境。即使如此，九江等城，亦不见太平军的任何反映，连冷枪也不打一发。各路军马折腾了两天，疲惫地返回营地。入夜正要休息，湘军水师的宿营江面，突然枪炮齐鸣，并有无数小船冲入江中，把火箭、火球射向湘军水师船上。湘军水师欲战无从战，欲睡无法睡。连续几夜，弄得湘军惊恐不安，将帅们心焦气躁。
石达开见时机成熟，便开始用计。
咸丰四年十二月十二日(1855年1月29日)，一串40余只的太平军船队突然出现在江面上，这个情况被湘军斥候看在眼里，报告给曾国藩。曾国藩立即与诸将商量对策，按照常规，湘军水师远胜太平军水师多倍，他们不敢出动40余船在长江上行动，既然行动，必有原因，曾国藩本应小心对付。但逢湘军既骄又躁之时，也不做深入推想，反正明明是石达开的船队，出来了就得打。曾国藩也认为再无攻敌良策，不能失此机会，便命萧捷三等率舢板120余只攻击太平军船队。
萧捷三又气又急，想冲上敌船消除连日的躁气，命令湘勇快速追赶。太平军的船队都是轻便小船，见湘军大队来攻，也拼命前驶。双方你逃我赶，比赛速度，转眼划至湖口。眼看就要追上，萧捷三正准备命令前锋开炮，只见太平军船队向右一转，一齐向鄱阳湖驶去。萧捷三仗着自己的船多，不假思索，也指挥水师进了鄱阳湖。谁知湖口外连长江、内接鄱阳湖，是500里湖水的进出口，口子极窄，如同一个大肚口袋的袋口。
双方船队进入鄱阳湖后，太平军立即封住湖口水卡，修上工事，安装大炮，将其死死地锁在湖内。从此，湘军水师被肢解为外江和内湖两部分。留在长江水面的全是长龙和快蟹大船，失去快船的护卫，完全陷入被动挨打的境地。
曾国藩等到傍晚不见萧捷三的消息，正在焦急，突然有大队太平军船只向湘军水师攻来。湘军的大船离开了舢板，犹如鹰隼失去了翅膀，在敌船的进攻中，只能笨拙地移动。太平军轻便的小船在湘军的大船夹缝中，穿梭般划来划去，投出串串火把、火球，不一时便烧毁湘军大号船9只、中号船30余只。曾国藩，彭玉麟仗着大船炮火猛烈，打得太平军快船无法靠近，才免遭灭顶之灾。
太平军船队胜利撤走后，曾国藩急忙调回在武穴养病的杨载福，又调回罗泽南、胡林翼各部，集中力量，再攻九江。就在罗泽南回九江的当天夜里，即咸丰四年十二月二十五日(1855年2月1日)夜间，太平军对停靠在靖港内的湘军水师发动了更大规模的进攻。石达开命数十只小船满载各种火器进入江内，钻入湘军船队中间放火延烧。时人有笔记记载当时的战况说：
其日，长沙惴惴居贼中，人自以为必败。国藩集谋攻守，皆曰入城坐困，宜亲督战。或议先靖港夺寇屯；或曰靖港败，还城下，死地矣，宜悉兵攻湘潭。不利，保衡州，即(使)省城陷，可再振也。水师十营官皆至，推彭玉麟决所嚮，定湘潭。五营先发，约明日国藩率五营继之。夜半，长沙乡团来请师曰：“靖港寇屯中数百人，不虞(防备)我，可驱而走也。团丁特欲借旗鼓以威贼，已作浮桥济师，机不可失。”闻者皆踊跃。国藩亦忧湘潭久踞，思牵(制)之，改令攻靖港。庚午(四月二日)，平旦至，水急风利，炮船径逼寇屯，寇炮发，船退不得上，缆而行。寇出小队斫缆者，水师遂大乱。陆军至者合团丁攻寇。寇出，团丁遽反奔，官军亦退，争浮桥，桥以门扉、床板(搭成)，人多桥坏，死者百余人。国藩仗剑督退者，立令旗岸上曰：“过旗者斩。”士皆绕从旗旁过，遂大奔。
眼见自己编练的湘勇如此不中用，曾国藩一时激愤，竟欲投水自尽，被悄悄跟随其后的章寿麟发现救起。章寿麟，字价人，湖南长沙人，时在曾国藩幕府。后曾任安徽补用知府，即补直隶知州。光绪二年秋，章氏还乡，舟次靖港，望铜官山，感怀旧事，作《铜官感旧图》，记叙此事曰：
咸丰四年，贼由武昌上犯岳州，官军御之羊楼司，失利，(太平军)遂乘胜逼长沙。四月，贼据靖港，而别贼陷宁乡、湘潭。湘潭，荆南都会，军实所资。时公(即曾国藩)方被命治军于湘，乃命水陆诸将复湘潭而自率留守军击靖港贼，战于铜官渚，师败，公投水。先是，予与今方伯陈公(即陈士杰)、廉访李公(即李元度)筞：公败必死。因潜随公出，居公舟尾而公不知。至是，掖公登小舟逸而免。公怒予曰：子何来？予曰：师无然，湘潭捷矣，来所以报公也。已而湘潭果大捷，靖港贼遁去。公收余众，师复振。
另一当事人李元度(即上文所提及的李廉访，廉访，为清代按察使之别称)，所叙经过更为详尽：
靖港者，资水入湘之口，距会城(即省会长沙)六十里，为一都会地。有铜官山，六朝置铜官于此，因此称铜官渚者也。时贼帆遍布，游弋逼会城。文正(即曾国藩，文正为其谥号，用作尊称)愤甚，亲率留守之水陆营进剿。余亟止之曰：兵之精者，已调剿湘潭，早晚捷音必至。此间但宜坚守勿轻动，文正不许。余与陈公及价人并请从行，亦不许。濒行以遗疏稿暨遗嘱二千余言密授余曰：我死，子以遗疏上巡抚，乞代陈，遗嘱以授弟，挈营中军械辎重，船百余艘，子且善护之。四月朔，舟发。陈公固请从，峻拒之。余与陈公谋，令价人潜从于后舱备缓急，文正不知也。明日战，乡团勇先溃。陆军随之，所结浮梁断，溺毙二百有奇。水师中贼(埋)伏亦溃，贼艘直犯帅舟，矢可及也。文正愤极投水，将没顶矣，材官傔力挽。文正大骂，须髯翕张。众不敢违，将释手矣。价人自后舱突出，力援以上。文正瞠视曰：尔胡在此？价人曰：湘潭大捷，某来走告，盖权辞以慰公也。乃挟登渔艇。南风作，逆流不得上。赖刘君国斌力挽以免。明午抵长沙。文正衣湿衣，蓬首跣足，劝之食，不食，乃移居城南妙高峰。再草遗嘱处分后事，将以异日自栽。迟明，捷报至，官军报湘潭燔贼船数千，殄灭无遗种，靖港贼亦遁。文正笑曰：死生盖有命哉！乃重整水陆军，未十年，牛蒇大勋。
从李元度叙述的情况看，曾国藩之所以投水，是因为太平军直逼其座舟，他担心被俘受辱而试图自尽。但从事先便将遗疏与遗嘱交待给李看，则曾国藩早有不成功便成仁的思想准备。四月十二日，湖南巡抚骆秉章领衔会奏湘潭水陆会战大捷时，强调了靖港失利的气候因素，为他做了开脱。但羞耻心极强、责任心极重的曾国藩不肯，又单独上了一份请罪折，并附有遗折，仍打算以死谢罪，请罪折从主观上找败因。将失利归咎为自己求胜心切，处置乖谬，具体表现为三点：一、纪纲不密，维系不固，以致溃散；二、轻进求胜，对事出意外的退败没有准备；三、明知水勇训练不足，陆勇临阵经验不足，贸然出战，责任在自己心存侥幸。为此，他实行一贯的精兵原则，毅然裁撤了靖港的溃勇，只保留了在湘潭经受住战火考验的水师五营、陆师三营与驻守平江的湘勇，总计四千余人，比出征时精简了一半以上。请罪折最后称：“微臣自憾虚有讨贼之志，毫无用兵之才，孤愤有余，智略不足，仰累圣主知人之明，请旨将臣交部从重治罪，以示大公。”并请求朝廷另派大臣统帅湘军，而自己在朝廷派人接手之前，仍当竭尽血诚，一力经理。若船只修复，水勇训练足恃后，“臣必迅速驶赴下游，不敢株守片刻。”
胜败者兵家之常事，况且与湘潭大捷相比，靖港的失利只能算是小败。曾国藩只是一丁忧在籍的侍郎，并非有守土之责的封疆大吏，打了败仗，大不了降级革职，何至于以死谢罪呢？究其原因，不外乎三点。一是失望。一年多来苦心孤诣，试图练成一支百战艰难、视死如归的劲旅，不想一战即溃，对他是个沉重的精神打击。二是愧恨。自己不能在籍守制，已是不孝；不懂军事，却“辄以讨贼自任”，接受力所不能及的使命，致使丧师辱国，“上负圣主重任之意，下负两湖士民水火倒悬之望”。三是愤懑。靖港之战，曾国藩带赴出战的水陆军仅一千八百余人，战败后溃散约一半，且有天气因素，算不上大败亏输。但这一败，省城平时有积怨于他的官绅们却一哄而起，群起而攻之。曾国藩晚年曾忆及当年在湖南之困境。
起义之初，群疑众谤。左季高以吾劝陶少云(即左宗棠之婿)家捐赀缓颊未允，以至仇隙，骆吁门(即骆秉章，字吁门)从而和之。泊舟郭外，骆拜客至临舟，而惜跬步不见过。藩司陶庆培(后任鄂抚殉难)、臬司徐有壬以吾有靖港之挫，遽详骆抚请参奏。黄昌岐及吾部下之人出入城门，恒被谯诃，甚至有挞逐者。
自己尽全力于公事，不惜得罪人，但偶有挫败，却“为通省官绅所鄙夷”，群起攻讦唾骂之，一愤。他之所以不回省城，而是驻于城外的妙高峰，十有八九是激于此愤。老父竹亭公已经65岁，不仅支持他墨绖从戎，而且“日日以家书勉臣尽心王事，无以身家为念。凡贮备干粮，制造军械，臣父亦亲自经理，今臣曾未出境，自取覆败，尤大负臣父荩忠之责”。打了败仗，无颜于父老，二愤。“臣自去岁以来，日夜以讨贼为心。曾书檄文一道，刊刻张贴。今事无一成，贻笑天下；而臣之心，虽死不甘。”三愤。
曾国藩是位儒者，而儒者心中必有道德之自律，所谓“行己有耻”是也。其私淑之宗师顾亭林亦云：“人之不廉而至于悖礼犯义，其原皆生于无耻也。故士大夫之无耻，是渭国耻。”上述之失望、愧恨与愤懑，交织纠结而成一种强烈的、挥之不去的羞耻感。“公言古人用兵，先明功罪赏罚，今时事艰难，吾以义声倡导乡人，诸君从我于危亡之地，非有所利也，故于法亦有所难施。”曾国藩不忍处置部下，但战败的责任仍得有人来负，故在得知湘潭大捷的消息后，他仍不能释怀，在上折请罪的同时，草拟了两道遗折，打算一同发往北京，以死谢罪。
那么为何他又没死成呢？据左宗棠说，是曾麟书的来信救了他。四月五日，湘军大胜、克复湘潭的消息传到长沙，当日早晨，左宗棠出城去看曾国藩，并送交曾父的家信。其信中说：
其晨，余(左氏自称)缒城出，省公舟中，(公)则气息仅属，所著军襦沾染泥沙，痕迹犹在。责公事尚可为，速死非义。公嗔目不语，但索口书所存炮械、火药、丸弹、军械之数，嘱余代为检点而已。时太公(指曾父)在家，寓书长沙，饬公有云：吾儿此出，以杀贼报国，非直(只)为桑梓也。兵事时有利钝，出湖南境而战死，是皆死所(意谓；死在哪里都是死得其所)；若死于湖南，吾不哭尔也。闻者肃然起敬，而亦见公平素自处之诚。后此沿江而下，破贼所据坚城巨垒，克复金陵，大捷不喜，偶挫不忧，皆此志也。
父亲责之以大义，作为孝子的曾国藩不能不听从。而接到湘潭大获全胜的奏报，咸丰则大喜过望。自与太平军作战以来，清军还从没有打过一次歼敌两万的胜仗，整日处在忧危之中的皇帝，想必精神一振。见到曾氏自请处分，把靖港之败看很那么严重，咸丰觉得他未免书呆子气，便在上谕中挖苦道：“此奏太不明白，岂已昏聩耶？汝罪固大，总须听朕处分。岂有自定一拿问之罪，殊觉可笑！想汝是时心操如悬旌，漫无定见也。”捷报由巡抚骆秉章领衔，曾国藩与湖南提督鲍起豹会衔，可皇帝心里清楚，打了胜仗的塔齐布，是曾国藩极力举荐的将领；获胜的水师也是曾国藩一手编练而成，没有曾国藩打底，便不可能有这场大捷。骆秉章、鲍起豹，不过是因人成事而已。尤其是鲍起豹，本为一省最高军事长官，却总蹲在省城，从未见到其出城作战，咸丰早就对他起了疑心。经过一番查问了解后，皇帝此番赏罚分明，对曾国藩“加恩免其治罪，即行革职，仍赶紧督勇剿贼，戴罪自效”。这个处分很轻，湘军仍由曾国藩负责，只要以后打几次胜仗，很容易官复原职。而鲍起豹“自贼蹿湖南以来，并未带兵出省，叠次奏报军务，仅止列衔会奏。提督有统辖全省官兵之责，似此株守无能，实属大负委任。鲍起豹著即革职，所有湖南提督印务，即著塔齐布暂行署理”。鲍氏是实实在在的革职，被他一直视为眼中钉的部下所取代。
靖港之战使湘军元气大伤，尤其是水师几乎溃不成军。要想继续与太平军作战，必须重整旗鼓。
水师是湘军的命脉，在长江流域作战，攻克南京，扑灭太平军，没有强大的水师根本是梦想。所以，曾国藩首先要重振水师。外江水师已被派往援救武汉，留在鄱阳湖内的120多只快船处境十分困难，曾国藩先要救活湖内水师。他专程跑到南昌，求助于江西巡抚陈启迈，请求为湖内水师增造长龙大船30号，就地招募水勇、供给饷械。然后又为重整江上水师努力奔走，他上奏咸丰，请他下旨地方，让湖南省为他添造战船，招募水勇。自己派员到湖北新堤、湖南岳州大力修造战船。到咸丰五年四月(1855年5月)，湖南的新船百余号首先造好，运至金口；九汀江面上损坏的战船亦告修复。6月，杨载福在岳州也造成大批战船，开赴金口。其规模较原来的大船队伍还要整齐，力量也大得多。
这期间，江内水师也增加了战船、解决了供应和军饷。开赴湖口，攻击湖卡。7月，湖内水师统领萧捷三在湖口战死，曾国藩调彭玉麟从湖北赶往江西。彭玉麟此时正在湖南省亲，闻命启程，扮作商人穿越太平军控制的地区，步行数百里赶到江西南康府接任水师统领任。自此以后，湘军水师正式分为内湖水师和外江水师，分别由彭玉麟和杨载福统带，成了湘军水师的定制。
太平军为适应湘军的水战，便在九江设立船厂，制造战船。至咸丰六年三月(1856年5月)，制造战船数百条。曾国藩生怕太平军水师强大，命令杨载福侍机歼灭之。太平军水师难抵湘军外江水师的力量，避而不战。杨选300死士冲入太平军水师营中，把他们的船只全部烧毁，长江水域又全部为湘军水师控制，曾国藩的努力终于没有徒劳。
曾国藩恢复陆师的努力就不像整顿水师那么容易了。
湘军的陆师主要是塔齐布、罗泽南、李元度几部。塔部力量最强，增达万余人，罗泽南部约是塔部的一半。李元度的力量最弱，只有4营2000余人马，李是曾国藩的幕僚，一身文人习气，治军不严，训练无方，战斗力很差。所以，湘军陆师劲旅，主要是塔齐布、罗泽南两部。
湖口战后，咸丰帝仍逼令曾国藩围攻九江，曾国藩便集中塔、罗两部日夜进攻。岂料林启荣对九江的守卫十分坚忍，无论曾国藩如何攻打，九江仍坚如磐石，岿然不动。湘军士卒损伤惨重，一无进展。当此困难之时，罗泽南向曾国藩提出了放弃九江、争夺武汉的战略计划。他认为长江沿岸数城，武汉为首，九江只是腰部，只有占据武汉，控制其首，才是夺取长江流域的正确方案。坚持围攻九江，即使攻取，武汉在太平军之手，敌人顺流而下，终难坚守。
曾国藩认为罗泽南的提议是十分正确的，去年湘军攻下武汉，咸丰帝勒令他离武汉而攻下游九江等城，他给咸丰的奏折中也是这个意见。可惜咸丰帝不听他的主意，造成武汉丢失，进攻九江无功的被动局面。然而，实际上，他的湘军只有塔、罗两军，两军合起来尚攻不下九江，若罗泽南再离他而去了武汉，湘军的力量就更孤单了，所以曾国藩没有放罗泽南去武汉。但是，曾国藩反复考虑，罗泽南的战略计划的确重要，罗泽南又反复申请、说明，终于使曾国藩同意他率兵去武汉的请求。正在这时，塔齐布因久攻九江不下，劳累、忧愤于七月十八日(8月30日)呕血而死。曾国藩太伤心了！这是一个知恩图报，忠心追随他的一个一心一意为湘军建设建功立业的大将，他是湘军大将中唯一的满员，正可以作为满汉联合，以消除朝野猜忌的典型代表。如今，竟牺牲在战场上，等于湘军损折了一个通梁大柱，等于曾国藩折断了一条大腿。曾国藩怎能不伤心胆裂！他几天寝食俱废，在塔齐布的灵前饮泣不止。他为塔齐布写一挽联：“大勇却慈祥，论古略同曹武惠；至诚相许与，有章曾荐郭汾阳。”本来曾国藩建设湘军，自比郭子仪，匡复清朝，现在他把塔齐布比作郭子仪了。他向咸丰奏明塔齐布的功勋，咸丰亲旨悼念，照将军例赐恤，予谥忠武。
塔齐布死后，曾国藩把他的军队拨出1500人交罗泽南率领去了武汉。其余部队遵照塔齐布的遗嘱，交由周凤山指挥。此后，周凤山的部队成了湘军主力，仍继续围攻九江城。
罗泽南则于咸丰五年九月(1855年10月)从江西南昌府义宁州出发，连下通城、崇阳、蒲圻、咸宁，11月初攻抵武昌城下。罗泽南的援救武昌，使清政府在武昌的攻战形势发生了变化。太平军再次攻克武昌后，胡林翼被任命为湖北巡抚，这个职位曾授予曾国藩而又被咸丰收回，这次又授给胡林翼，胡也是汉人，说明咸丰帝在危急之时不得不放权了。
胡林翼见湘军主力罗泽南到来，自然如得救星。他主动与罗配合，从不以属下相待，军政事务皆与罗诚心相商。即使对罗的部将李续宾、李续宜兄弟也同样相敬如宾。罗军到达后，胡林翼把湖北绿营淘汰，以罗军为骨架，大量向湖南募军，按曾国藩湘军的军事制度进行编练，成为长江上游的一支极为强大的部队。
经过此番调整，湘军的实力更加雄厚了。水师力量的加强是明显的，陆师力量留在江西由曾国藩直接指挥的部队比原来减弱了一些，但罗泽南部开赴湖北，胡林翼以这支湘军为主体不断扩充，使这支部队的力量不亚于曾国藩亲自指挥的陆师。胡林翼原为曾国藩的部下，他的军队主力是曾国藩的部队，他与曾国藩关系密切，在“中兴名将”中地位与曾国藩相埒，被人称之为“曾胡”。他们的部队一在长江上游，一在长江中游，相互照应，互为犄角，成为太平军的两个死对头。在以后鄂、皖、赣、湘数省的作战中，曾、胡两军相应契合，是太平军的主要敌人和失败的主要原因。
自罗泽南率军赴鄂、塔齐布战死之后，曾国藩久攻九江不下，是他成军作战以后最困难的日子。王恺运的《湘军志》记载这一段情景时说：“其在江西时实悲苦，令人泣下。”曾国藩给咸丰帝上奏中有语：“闻春风之怒号，则寸心欲碎，见贼船之上驶，则绕屋彷徨”，“余昔久困彭蠡之内，盖几几不能自克”。但是，由于他的坚忍奋斗，居然扭转了困局。
他困难的一个方面是太平军在江西发动了猛烈攻势。
石达开留韦俊在武昌据守，与胡林翼、罗泽南周旋；林启荣在九江城扯住了周凤山的兵力；他自己则率兵联络江西的天地会，开展了凌厉的攻势。石达开于咸丰五年十一月(1855年12月)由湖北进攻江西，连克瑞州、临江、袁州，围攻吉安。曾国藩见状只得放弃围攻九江，急调周凤山回援江西。周部撤围九江，于咸丰五年十二月(1856年1月)攻占樟树镇、新淦。但是，到底是救吉安，还是守武昌，曾国藩举棋不定，石达开见来援湘军驻兵樟树镇而尚在犹豫，乃下令全力进攻吉安，于咸丰六年正月二十五日(1856年3月1日)将吉安攻陷。曾国藩此时驻于赣北南康府，闻吉安被攻破，令周凤山坚守樟树镇，认为此处西近瑞(州)、临(江)，东接抚(州)、建(昌)，为赣江沿岸重镇，省城南昌的咽喉。石达开兵破吉安，必然北犯省城，占领樟树镇，则可以逸待劳，堵击太平军。曾国藩为守樟树镇，还急令内湖水师彭玉麟率船队师出青岚湖，由武阳水过三江口，驶入赣江，南下樟树镇，与陆师配合，防守樟树镇。
不久，石达开果然率兵由吉安北上进攻樟树镇。周凤山指挥湘军据城大战，不敌而弃城逃走，二月十八日(3月24日)樟树镇为太平军占领。曾国藩闻讯，由南康动身去南昌城收拾溃兵。
石达开指挥太平军在江西奋勇作战，控制了整个江西的绝大部分地区，江西共计13府，被攻占8府54州县。曾国藩困守在南昌、南康两个狭小的地区，被太平军紧紧封锁，不仅文报不通，连家信都难以通达。秘密化装潜递者也多被抓拿，一时被捕杀者达100多人，湘军被太平军围困得“士饥将困，窘若拘囚”。
正在曾国藩岌岌可危之时，杨秀清忽调石达开去天京参加进攻江南大营的战斗，才使曾因藩在军事上稍稍松了一口气。便挣扎着恢复江西的军事实力，他把樟树镇等战役溃败的军队重新编排，凑成两支军队：一支约3500余人，由黄虎臣率领；一支仅千余人的队伍，由毕金科率领；又让江西粮道之子邓辅纶新募2000人马，与李元度合为一军。总计军队约有万余人，但战斗力却较差，尤其缺乏将才。便想把增援武汉的罗泽南调回，趁石达开离开江西的时机，夺回失地，挽回江西的危局。罗泽南接到曾国藩的告急信感到很为难，当时他正担任争夺武汉的军事主力，若撤离武汉，将前功尽弃。他决定加紧攻城，攻下武汉后立即回援江西。
结果，因求功心切，猛打猛冲，被太平军枪击头部，于三月初八日(4月12日)死在军营。死前，给曾国藩留遗信一纸，哀凄悲凉，追述办湘军南北转战之苦。进言让曾国藩重任彭玉麟、杨载福、王錱等人，尤其要起用左宗棠。并进一步介绍胡林翼的大度，一定要同他合为一军，方能定两湖大局。遗嘱自己死后，其部湘军由李继宾统带，等等。
曾国藩的求援信落到胡林翼手中，恰在此时，曾国华也带着曾麟书的请求让胡援助曾国藩。于是，胡林翼便分兵5000让曾国华统带，急驰江西。此时，骆秉章也派出刘长佑、萧启江5000人马由萍乡、万载入江西，增援曾国藩。曾国荃、王錱又各率数千人马驰援。这样一来，江西的湘军和绿营军一下子增到数万人。这些军队在江西四处进攻，先后占领瑞州、袁州、临江、安福等地，湘军在江西的形势好转了。
曾国藩在江西的困馁不止是军事，更大的苦处是清廷一直对他不放心，怕他的力量太大，尾大不掉。湖北巡抚之职宁给胡林翼，也不肯给他曾国藩，使他率兵三四载一直处于孤悬客处之地位，用兵、用人、用饷无处不难。因此，他常自比于东汉时的杨震，落得个可悲下场。
正因为清政府不肯向他放权，使他在江西最大的痛苦，是处处受到地方官的排挤和刁难。咸丰五年八月(1855年9月)，曾国藩丁忧服阕，补授了兵部右侍郎，仍没有钦差之衔，地方官仍是轻视他，他在江西用兵，军饷要江西地方出，地方官总认为他并非国家正规军，为湘军输饷认为是额外负担，不肯出饷。曾国藩军队缺饷，只能自己筹措，也受到地方官的抵制。他无能为力，只好向朋友求助，幸赖刘于淳、甘晋等人主持捐资，支持部分款项，惨淡度日。在籍刑部侍郎黄赞汤。曾捐助曾国藩80余万两，使曾国藩感激万端，终生念念不忘。
尤其令曾国藩气愤的是，江西巡抚陈启迈是他的同乡，又与曾国藩同做翰林官。湘军在江西作战，为陈守土，他应该同舟共济。但是，他却处处作对，不仅不合作，不输饷，连用地方一人也不许。例如：当时江西万载举人彭寿颐，在地方自办团练，对抗太平军。曾国藩欲调此人入湘军，陈启迈不仅没接受曾国藩的请求，还借口彭寿颐曾不受地方官约束，至衙门闹事，把他捕拿，投入监狱。
曾国藩甚为恼怒，将陈启迈的行事为人写成奏折，狠狠地向咸丰告了一状。咸丰对江西巡抚本来就不满意，因为江西一省疆土，被太平军几乎占光。如今曾国藩告他，便准其所奏，罢了陈启迈的官。
陈启迈虽去官，继任的文俊对曾国藩的排挤更甚。不仅不给供饷，还使他的一支湘军全军覆没，害死了他的一员猛将毕金科。
樟树镇败后，湘军一支由塔齐布的旧部毕金科率带。毕骁勇异常，率部与太平军作战，凶悍无比。但毕军饷奇缺，军队常饿着肚子打仗。咸丰五年(1855年)底，地方官得到江西巡抚文俊的授意，竟以军饷作诱饵，逼迫毕金科进攻景德镇。景德镇是赣、皖、浙三省交通枢纽，太平军有重兵把守，堡垒坚固。毕金科只有千余湘军，又饥又疲，但是为了得到饷糈，不得不冒险进攻。结果，反复苦斗，直至全军覆没，毕金科也丧命于景德镇城下。曾国藩对此事耿耿于怀，直到4年以后，曾国藩率部攻陷景德镇，在毕金科战死之处立碑纪念，亲为撰写碑文，痛悼当年牺牲的这员大将，同时揭露江西官员的排挤、嫉恨，碑文十分凄婉、动人。其中有：“内畏媚嫉，外逼强寇，进退靡依，忍尤丛诟”之句，说出了曾国藩在江西几年的困难处境。值此困难处境，曾国藩曾想要撒手不干了，他想：这到底是为什么？自己以一个回籍的文官，冲破重重阻碍创办湘军，在两湖、江西苦苦地战斗着，打赢了仗是别人的功劳，打败了仗“几乎通国不能相容。”自己为国苦战，要权无权，要粮无粮，处处受到排挤、打击，被逼自杀就好几次了。思前想后“遂致浩然不欲复问世事”。由于好友刘蓉等人的百般劝说，他才勉强坚持着。
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