宋元以来，理学家们在世界万物的本原问题方面都反对佛、道的空、无之论，二程的"天即理"、朱熹的理为"本"、气为"具"等诸说中的"理"，虽然具有观念性的特征，但并不是虚空，而是实有其理。张载所谓"太虚无形，气之本体"①的"太虚"，也不是无，而是"气"散时清明无杂的境界。
但是，在理与气的关系上，各家的回答并不一致。张载主张以气为本，理仅是气化运动的规律；二程、朱熹等人则以理为本，"理"是"形而上者"，是事物之"所以然者"，是最高本体。刘基哲学本体论、宇宙观方面兼综和会众说，呈现出矛盾间出的情形。
首先，理气矛盾曰：天之质茫茫然气也，而理为其心，浑浑然为善也。善不能自行，载于气以行，气生物而淫于物，于是乎有邪焉，非天之所欲也。人也者，天之子也，假于气以生之，则亦以理为其心。气之邪也，而理为其所胜，于是乎有恶人焉，非天之欲生之也。②又曰：夫天下莫大于理，莫强于义也。①刘基认为"理"为"气"之心，这种生成模式与朱熹的思想颇相似。朱熹认为"理"必须依"气"而"造作"，依"气"而"安顿"，"气"是"理"的"挂搭处"、"理与气本无先后可言"。②但是，朱熹之"理"具有鲜明的本体色彩。曰："理也者，形而上之道也，生物之本也。气也者，形而下之器也，生物之具也。"③而刘基对于"理"难得一论，偶尔论及，或与"义"并提，或强调其"浑浑然为善"的特征，主要突出其伦理含义，以说明"不汩元气"本身具有善性，仅是因为"淫于物"而为邪的。因此，"理"主要局限于是非品骘，阐论善恶因由，与人性伦、道德论联系在一起。
同时，在二程，朱熹等人的思想体系中，理是"放之则弥**，卷之则① 详见容肇祖：《刘基的哲学思想及其社会政治观点》，《哲学研究》1963。3.；王范之：《刘基的唯心主义自然观--与容肇祖先生商榷》，《光明日报》1962。5.4；容肇祖：《论刘基的哲学思想--答王范之先生》，《光明日报》1962.7。6；王范之：《刘基是素朴唯物主义者吗？》，《江海学刊》1963.6。① ［宋］张载：《正蒙·太和篇》，《张载集》，中华书局1978 年版。① 《春秋明经·蔡侯郑伯会于邓公及戎盟于唐公至自唐》，《文集》卷十九。② 《朱子语类》卷一，四库全书本。
③ 朱熹：《答黄道夫一》，《晦庵先生朱文公文集》卷五十八，四部丛刊本。退藏于密。"④弥满天地，涵盖天地，其大无外，其小无内的最高哲学范畴，是其思想体系的核心。而刘基虽然也有"天下莫大于理"，"理为其心"之论，但"理"的涵义十分抽象，使用频率很低，且"理"是寂然不动的，并不直接具有生化万物的功能，最为活跃且具有生化万物功能的是"元气"、"气"。"气生物"而善之"理"却不能自行，必须"载于气以行"。运动、生化的是气而非理。
有时，刘基还偶尔拈出一个与理相似而稍有不同的"道"来。曰：圣人之道，包天地、括万物，一体而毫分焉，莫非道也。故天之大也，分而为日月，为星、为云、为雨、为雪、为霜、为露，莫非天也，而后形其形焉。地之广也，结而为山，融而为川，生而为草，为木、为石、为玉、为金银铜铁、为五谷，莫非地也，而后各形其形焉，故见其形不见其出之原，非知道也。①与"理"、"气"生成万物稍有不同的是"道"与"万物"是"一体而毫分"的分殊关系，显然，这具有华严宗"理事无碍"、"一多相摄"、"理一分殊"的意味。
而"气"作为中国古代重要的哲学范畴，经历了一个发展演变的过程，其基本含义是构成天地万物的元素或始基物质。但由于气在一定的哲学思想体系中地位不同，形成了各家各派学术思想的理论差异。王充以"气"为宇宙的本原，指出"天地合气，万物自生。"②董仲舒虽然认为气为阴阳，列为五行，而构成宇宙万物，但"气"是从属于有意志的"天"，从属于"天"这个精神性的宇宙本体。刘基也论"气"，曰：夫神也者，妙万物而无形，形则物矣。是故有形而有质者，有形而无质者，有暂者，有久者，莫非气所为也。气形而神焉，形灭而神复气。人、物、鬼、神，或常或变，其归一也。①林林总总的万事万物，莫非气之所为，气秉具一定的形态便神异而有灵知，形态消散后又复归为气。气是形成万物的基本元素。如他认为"雷"也是"气"之所为：或曰："雷有神焉，有诸？"日："人日有之"。曰："然则雷，神所为，而非气矣。"曰："否"。雷与神皆气之所为。气也者，无所不能为也，忽而形，倏而声，为雷为神，或有或无，不可测知，人见其忽而形也，而谓之神。②雷电击人自古就是神学理论家宣扬其理论的实证之一。刘基也以"气"对其作了近似科学的诠释，驱除了笼罩于其上的神秘灵光：雷者，天气之郁而激而发也。阳气团于阴，必迫，迫极而进，迸而声，为雷光、为电，犹火之出炮也。而物之当之者，柔必穿，刚必碎，非天之主以此物击人，而人之死者适逢也。不然，雷所震者大率多于木石，岂木石亦有罪而震以威之耶？①他继承了王充、范缜等人的思辨传统，认为"雷与神皆气之所为"，雷电等自然现象的形成是因为"天以气为质，气失其平则变。"②这些理论都代④ ［宋］朱熹：《中庸章句》，五经四书本。
① 《医说赠马复初》，《文集》卷七。
② 王充：《论衡·自然》。
① 《雷说下》，《文集》卷七。
② 《雷说下》，《文集》卷七。
① 《雷说上》，《文集》卷七。
② 《天说下》，《文集》卷七。
表着当时自然哲学的最高水平。
关于气与天地的关系，刘基曰："有元气乃有天地，天地有坏，元气无息。"③"夫天，浑浑然气也，地包于其中，气行不息，地以之奠。"④"这种气化论及地包于之中的天道观，与 张载的理论都颇相似。但由于在理论的关系问题上没有能够将气一无论坚持到底，"理"的内涵与张载不同，张载论"理"时曰："天地之气，虽聚散，攻取百涂，然其为理也顺而不妄。"⑤"理"是指万物发展变化的趋向和特征，而刘基所论的理，则主要是凌驾于气之上，主宰着气的观念性的精神实体。因此，在理气关系方面，我们虽然可以窥见刘基的困惑，但最终还是难以摆脱唯心主义的归宿，这或许是因为自元仁宗延佑年间复兴科举，朱学被悬为令甲，刘基少年习举业得"濂洛心法"过深的缘故。
其次，人类起源的矛盾。
与哲学本体论相关的人类起源问题，一直是理性主义与宗教神学争论的焦点。在这方面，刘基也有互舛之论。曰：天以阴阳五行为人也，阴阳五行之精是为日月木人士金水之曜，七曜运乎上而万形成于下，人也者，天地之分体，而日月木火土金水之分气也。??夫气，母也，人，子也。①又曰：天以其气分而为物，人其一物也。②刘基的人类起源论与朱熹的理论也颇为相近。朱熹以"气化"论阐释人类起源，曰："天地之初，如何讨个人种。自是气蒸结成两个人，后方生许多万物。"③"气"是"生物之具"④，"五行阴阳七者滚合，便是生物底材料"。
⑤但朱熹的气化论并不妨碍"理"的至上性，曰："理也者，形而上之道也，生物之本也"⑥"理"才是生成万物的最终本原。刘基的人类起源论一方面具有与朱熹相类似的气--阴阳五行--万物（人）的生成模式，但另一方面又引出具有神学色彩的"天"来，"天"又是"众物之共父"①，这与朱熹形而上之"理"不一样，是万事万物的"共父"，刘基又一次滑入了有灵论的泥洹。这一失误与刘基接武董氏，相信道教的思想倾向有关。
再次，论"鬼"之有无。
如前所述，刘基相信道教，承认神的存在。关于"鬼"，刘基一方面曰："人死肉腐而为泥，枯骨存焉，是为髑髅，髑髅之无知，与瓦砾无异。"②③ 《天说下》，《文集》卷七。
④ 《郁离子·糜虎·天裂地动》，《文集》卷四。
⑤ ［宋］张载：《正蒙·大和篇》。
① 《赠徐仲远序》，《文集》卷五。
② 《郁离子·神仙》，《文集》卷四。
③ 《朱子语类》卷九十四。
④ 朱熹：《答黄道夫》，《晦庵先生未文公文集》卷五十八。
⑤ 《朱子语类》卷九十四。
⑥ 朱熹：《答黄道夫》，《晦庵先生朱文公文集》卷五十八。
① 《郁离子·神仙》，《文集》卷四。
② 《郁离子·鲁般·九尾狐》，《文集》卷二。
承认"人死而皆为鬼也，罔也。"③并且曰："若使有生而无死，则尽夭地之间不足以容人矣。故人不可以不死者势也，既死矣，而又皆为鬼，则尽天地之间不足以容鬼矣。"④但是，另一方面，刘基又曰："鬼神之所以神于人者，以其不常也。"⑤承认了鬼神的存在，并且为鬼的存在留下了这样的理论空隙："万一亦有魂离其魄而未遂散者，则亦暂焉而不能久也。"⑥即"鬼"的存在是不会长久的。显而易见，刘基论鬼直接继承了王充、范缜等人的思想，如王充曰：天地开辟，人皇以来，随寿而死，若中年夭亡，以亿万数计；今人之数，不若死者多。如人死辄为鬼，则道路之上，一步一鬼也；人且死见鬼，宜见数百千万，满堂盈廷（庭），填塞巷路，不宜徒见一两人也。①王充虽然对鬼的有无进行了全面而雄辨的考订，但最终还是留下了这样的问号："天道难知，鬼神暗昧"②。王充、范缜、刘基等人难以尽释鬼神之讹，重要原因之一是古圣昔贤们已有论在前。王充虽然有《问孔》、《刺孟》之作，但《论衡》提及孔子达620 次之多（据北京大学历史系《论衡注释》统计），而且称其为"道美"之"圣"③，因此，清代熊伯龙曰："《论衡》无一不宗孔子，即《幸偶》一篇，称舜者一，称孔子者九；至他篇之称孔子者，不可胜记。其宗孔子也明矣。"④另一位著名的思想家范缜对妄谈神鬼的斥责，主要是针对旧籍杂书中的载录。而对儒家经典中的迷信说教仅以神道设教来解释，称其为"圣人之教然也。"而儒家的开山祖师孔子便是"敬鬼神而远之"，承认了鬼神的存在。刘基自谓"学孔氏也"⑤，受儒学的影响远甚于王充、范缜，论究"鬼"之有无，态度暗昧便不足为怪了。
总之，在宇宙观与本体论方面自伐之说时常出现，与其理论兼综、承祧多元，而由于诸说原有的殊异，刘基融汇不够有关。
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