洪武八年（1357），病笃卧床，朱元璋见其再无堪虞之处，特敕归老桑梓，并作《御赐归老青田诏书》，虽然其中也肯定了刘基帷幄运筹，"谒朕③ 《明史》卷一百二十八《刘基传》。
④ 《明史》卷一百二十八《刘基传》。
① 对此孟森先生有精当分析："谈洋王气之谗，正以公有术数之长，而动帝听。公之料事奇中，自由正大之学问所举成之识力，于阴阳风角何预？使果有秘木，何以谈洋奏请设官，不能预防其讦？"（《明清史讲义》，中华书局1981 年版上册第64 页）。
① 《文集》卷十三。
② 《明史》卷一百二十七《汪广洋传》。
③ 《明史》卷一百二十八《刘基传》。
④ 《送宋仲珩还金华序》，《文集》卷五。
陈情，百无不当。至如用征四方，摧坚抚顺，尔亦助焉"的襄助建业之功，但一改"老先生"而直呼其"尔刘基"，并以"君子绝交，恶言不出；忠臣去国，不洁其名"的古语开篇。言辞之中，早期的恭敬语气荡然无存，而带有明显的峻厉冷漠的色彩。"谈洋"之变的猜忌，并未冰释，云：何期祸生于有隙？是使不安。若明从宪章，则轻重有不可恕；若论相从之始，则国有八议。故不夺其名，而夺其禄，此国之大体也。然若愚蠢之徒，必不克己，将谓己是而国非。卿善为忠者，所以不辩而趋朝。一则释他人之余论，况亲君之心甚切，此可谓不洁其名者欤？恶言不出者欤？①对于夺禄的惩处，不但没有纠妄，如果再欲申诉，便是"谓己是而国非"的"愚蠢之徒"。虽然垂暮之年得归乡里，算是承蒙皇上的恩泽了，但是带着这样的诏书自然有一种莫名的苦涩和凄惶。不过，刘基已无暇顾及这一切了，诀别了友朋故旧，驰驿归里。
洪武八年（1375），朱元璋对勋臣苛刑重惩已经逐渐开始。昔日的朝中权要动辄被加以鞭答捶楚、远滴边陲，乃至抄家问斩，株连蔓引，殃及九族。朱元璋的猜忌所及，几乎使无人得免。即如"未尝讦人过"②的慊慊君子宋濂，朱元璋也不放过。一次宋濂与宾客宴饮，朱元璋则暗中派人侦视，次日朱元璋又专门问宋濂是否饮酒、坐客为谁、馔菜种类等席间详情，宋濂一一据实条答，这才作罢。③洪武八年三月，曾受到朱元璋"功超群将，智迈雄师"的嘉祐，曾任中书省右丞、中书平章政事的廖永忠，也因"僭用龙凤诸不法事"①，被朱元璋处以极刑。不久，更大规模的杀戮就要开始。
朱元璋滥杀勋臣史所仅见。洪武初年，刘基尚能直谏于廷上，马皇后婉劝于宫中。②但自从求雨失验、"谈洋"之祸，刘基已规谏无效。洪武十五年（1382）马皇后病卒，空印案、李文忠、徐达被毒致死便相继发生。
刘基归里一月后即逝世。死因众说纷坛，堪称疑案。其中的关键在于胡惟庸派医生为刘基诊治服药一事。对此，刘基病卒前自己就有所警觉，并禀白朱元璋。《行状》载：正月，胡丞相以医来视疾，饮其药一服，有物积腹中如拳石。公遂白于上，上亦未之省也，自是疾遂笃。
直至洪武十二年（1379）十二月，御史中丞涂节状告左丞相胡惟庸及御史大夫陈宁等谋反，一并道出了胡惟庸使医毒杀刘基一事。对此《明太祖实录》卷一二八、一二九，《明史》卷一百二十七《汪广洋传》都有记载。而"涂节本为惟庸谋主，见事不成，始上变告。"③涂节当是知晓详情的关键人物。
另一位可能知情的是当时任左御史大夫的汪广洋。但在受朱元璋责询时，汪广洋否认了此事，朱元璋因"颇闻基言病时丞相胡惟庸挟医往候，因① 载《诚意伯文集》卷一。
② 《明史》卷一百二十八《宋濂传》。
③ 详见《明史》卷一百二十八《宋濂传》。
① 《明史》卷一百二十九《廖永忠传》。
② 刘辰：《国初事迹》："太祖早晚于西楼上决事，皇后潜听之。如闻上怒，候上回宫，询问'今官处何事？怒何人？'不以轻重直言谏曰：'上位已有五子，正好积德，不可纵怒杀人，致使冤枉。活人性命，乃子孙之福，国亦久。'太祖从后言，决事一从《律》"。
③ 《明太祖实录》卷一百二十八。
饮以毒药"而"责广洋欺罔不能效忠。"①结果，汪广洋因此及曲庇朱文正、不告发杨宪奸状等罪名被诛，胡惟庸、陈宁、涂节也于次年正月问斩。
因此，刘基的死因，在当事人被斩之前，便尚未能成定谳，盖有三种可能：第一种，虽然是胡惟庸挟医毒杀，但主使者为朱元璋。黄云眉《明史考证》第四册第1118 页载：《行状》言，"公遂自由于上，上亦未之省也。"惟庸之视疾，既出太祖诏，何以基告服药后之病况于太祖，而太祖不之省？然则《实录》"上以基病久，不疑基死。"之语，殆有意为太祖脱干系欤？"第二种，胡惟庸挟医毒杀而死。此说最为常见。徐愚谷《明名臣言行录》、李贽《续藏书》、尹守衡《明史窃》、王鸿绪《明史稿传》、钱谦益《列朝诗集小传》等均持此说。如徐愚谷《明名臣言行录》卷三：惟庸阳为修好，挟医往候，饮以毒药。又三月寝剧，给驿舟护归。②第三种，寿终正寝。郝兆矩《增订刘伯温年谱》云：愚以基是正常病死，理由：刘基长期体弱多病，四十岁上便"齿脱头童"，年未六十眼已花，肝肺都有病，赴京引咎后，心情抑压，身体更差，当时苟延残喘而已。朱元璋乃聪敏人，即使对基有疑忌，又何必在行将就木、不与朝政者身上暗下毒手？若为做戒他人，则"明正典刑"、公开"赐死"又何患无词？故基乃"寿终正寝"。①值得注意的是，朱元璋在洪武二十三年（1390）与刘基次子刘璟的谈话中也曾数次提及刘基的死因：刘伯温是个好秀才，吃胡陈蛊了，那胡家吃我杀得光光的了。
你父亲吃胡家下了蛊药，哥也吃他害了。
??后来胡家结党，他吃他下了蛊，只见一日来和我说："上位，臣如今肚内一块硬结怛谅着不好。"我着人送他回去，家里死了。②我们认为刘基殂落之谜已有数百年之久，不易稽实，以上诸说都有一定的道理，但相对而言，第二说似乎更为令人信服。这除了其有诸多历史史料的记载、涂节的明确状告而另外两说多为识者根据情势的推测而外，从当时朝廷的政治情势来看，胡惟庸炙手可热，竟至"生杀黜陟不奏而行"①，四方奔竟之徒多趋其门下，文武群臣多附丽应和，但徐达和刘基对其奸邪行为嫉恶很深，成为其擅权自恣的重要障碍，他们都受到了胡惟庸的构陷。胡惟庸曾诱使徐达的阁侍以为已用。对刘基，在"谈阳"事件中，虽被夺禄，但名爵尚在，刘玻又获敕归里，以胡惟庸凶狡自肆的性格，很可能不会就此罢休，如果使用慢性蛊毒，以当时的科学水平，是无从查实的。
临终之前，他对朱元璋以重典驭下的情势已深有洞悉，而留下了"修德省刑"的最后规谏，但是，这一建议没有被朱元璋采纳，朝中再无谠言直谏的荩臣了，洪武朝廷一片瘖然。
洪武八年（1375）四月十六日，在朱元璋的冷遇，在胡惟庸等人的构陷残毒之下，带着凄楚的心境离开了人间。所幸的是，尚能全身永寂于括苍乡井，共话儿孙、抉别乡邻，这在明初的文武勋旧中已是十分难得的了。
六月，葬于南田石圃山麓的夏山之上（今南田区西湖乡西陵村），墓冢① 《明太祖实录》卷一百二十八《汪广洋传》。
① 中州古籍出版社1990 年版。
① 《明太祖实录》卷一百二十九。
至今尚存。明正德九年（1514）加赠为太师，谥文成。
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