1996年至2000年为第二阶段，把南沙建设成初具规模的海滨新城。这一阶段，南沙的开发建设全面铺开，东部将建成国际性港口新城区，西部为高新科技产业和现代化加工业区，北部为保税区，南部为行政文化和国际金融中心。到时，南沙以初具规模的海滨新城面貌跨入21世纪。
2001年至2005年为第三阶段，到时，东、西、南、北四部分的开发区建设进一步完善，南沙成为一座人口达36万、工业产值100亿元人民币的现代化海滨新城。
大家对如何开发、建设南沙，达成了共识：要高起点规划、高标准建设、高效能管理，可以一边开发、一边招商，做到一边建设、一边见成效，重点发展交通枢纽、港口贸易和工业加工、旅游服务等四大功能区域，加快开发建设步伐。
在交谈中，霍英东表示，在有生之年，一定竭尽所能，把南沙的开发建设搞好。
广州市的官员也表态：开发南沙，意义重大，市委、市政府会全力支持。
1992年初，广东省把南沙经济开发区列为全省在20世纪90年代深化改革和扩大开放的四个重点之一。
【虎门变通途】
只用1小时15分钟，双体水翼船就抵达南沙港。进入南沙开发区，就见到宽阔的公路上，有几排数百米长的汽车像几条舞动着的长龙，缓缓前往，等候过渡。
汽车轮渡服务，就是霍英东开发南沙的第一个大动作。
按照霍英东的设想，开发南沙第一步，就是要把南沙建成珠江三角洲的一个交通枢纽，缩短三角洲大部分地区至深圳、香港之间的路程。经过一番考证之后，霍英东决定在南沙和虎门建造汽车轮渡码头，开展汽车轮渡服务。
这是一个极富创意的想法，因为以往，珠江三角洲的江门、台山、开平、恩平、新会、珠海、中山、佛山等市县和深圳、香港之间的汽车来往，都要经过广州；但若在南沙和虎门之间开展汽车轮渡服务，两者之间的车程则将缩短40公里至120公里，从而形成珠江三角洲以及省港澳畅通无阻的交通网。
但是，这个想法一经提出，就遭到不少人的反对，他们所持的理由是：这几年，广东省已淘汰了轮渡，改建桥梁，怎么现在又走回头路搞起轮渡？霍英东认为，南沙至虎门之间的海上距离较长，建桥梁所花时间较长，所需资金庞大；另外，以前的渡轮简陋，容量小、速度慢，故而被淘汰是必然的，但若所使用的渡船容量大、速度快，则轮渡服务将大有可为。所以，他坚持己见，执意搞轮渡服务。
1989年4月，由霍英东牵头投资，香港有荣有限公司、李兆基的恒基兆业地产有限公司、粤海企业（集团）有限公司和番禺县，四方联合组成番禺虎门汽车渡轮有限公司，投资6700万人民币，开始筹建汽车轮渡码头。
同年8月8日，虎门汽车轮渡工程、两岸码头主体工程正式施工，霍英东出席了动工仪式。
10月11日，霍英东召集参与开发南沙的各公司董事长在香港举行联席会议，讨论如何加速南沙开发计划的实施。
1991年5月6日，中国内地首座双层桥式汽车轮渡码头——虎门大渡口正式通航。
这个渡口的西岸位于番禺县南沙镇的大虎山下，设有货柜车查检关卡，货物进、出查验手续快捷简便；东岸位于东莞市虎门的威远山下，两岸码头建有双层式升降吊桥控制塔，供汽车上落，这种控制塔在中国内地尚属首次使用。两岸的航程为15分钟。
渡口启用初期，有三艘双层渡轮投入服务，每艘可载32辆小汽车和20辆货车。渡口通航后，珠海、中山、江门、台山、开平、恩平、新会等市县的汽车去深圳，不必再绕道广州市，而可以直接经虎门渡海，缩短路程100公里左右，从番禺、顺德、佛山、南海等市县去深圳，绕虎门渡口，也可缩短路程40公里以上。由于路程大大缩短，运输费用大大降低，所以该渡口通航后，两岸各种汽车川流不息。
为了适应不断增加的车流量，霍英东后来又和各股东再斥资4200万元人民币，在东、西两岸扩建新泊位，再增加三艘汽车轮渡。
现在，汽车轮渡的日车流量超过13000辆次，年收入超过1亿港元，投进去的资金早已回收。
当然，霍英东投资兴建虎门轮渡，并不是为了从中赚那些轮渡收费；虎门轮渡的建成使用，具有多方面的战略意义。
这个渡口北距广州54公里，南距香港38海里，西南距澳门29海里。它的建成通航，大大缩短了珠江三角洲与港澳之间的距离，为三角洲和整个省港澳经济的发展，提供了一个很好的条件。
虎门轮渡服务，无疑是霍英东的一个妙想杰作。提起它，霍英东便显得兴致勃勃。他说：“这个轮渡很重要，若从这里经过的货车数量占总流量的40%估算，即是说，每天起码有2万吨的货物从珠江三角洲通过这个渡口给工厂，或将产品运到海外市场，这个无形的效益是很大的。”
虎门轮渡的通航可谓石破天惊之作：几乎是在一夜之间，省、港、澳三地不少人知道了南沙的存在，也恍然觉悟到这个名不见经传的烂滩涂之地，原来是一块“黄金宝地”。
看到每天有上万辆次汽车源源不断地把钱往霍英东的口袋里塞，一些投资者也想分一杯羹。近年热衷于在内地兴建桥梁的香港富商胡应湘可能是受此启发，在虎门轮渡开幕之后不久，就联合一些商人，投资兴建南沙至虎门海上大桥，以与他兴建的广深高速公路接轨。
虎门轮渡的成功通航，使一些当初对霍英东开发南沙持保留意见的人，也因此改变了方法，对他的眼光独到、高瞻远瞩，表示出由衷的钦佩。而霍英东也由此认识到，南沙不仅是沟通珠江两岸的通衢和沟通整个珠江三角洲、联结港澳的重要交通枢纽，而且应使南沙发挥出更大的作用。他把南沙建设成为一个“香港”式的小国际都市的意识更明确，信心也更足了。
继虎门轮渡之后，霍英东又投资兴建了南沙客运港，开展南沙至香港的客运服务。谈到南沙客运服务的未来发展，霍英东说：“南沙处于珠江口，航速不受内河河道狭窄、河浪冲击堤岸及影响其它船只的限制，快船离开南沙码头即可高速前进。随着客流量的增多，近年内可能每半个小时或更短时间开出一航班，使南沙至香港的客运服务经常化。另外，我们还准备开展夜航服务，船只晚上9时从南沙出发，旅客于10时多便可返抵香港。”
按照霍英东的设想，货运是南沙开发中必须站稳的一脚，另一只脚是客运。1994年初，南沙东发码头就已经完工，而南沙货运公司也于当年年中投入实际运营。几个2万吨级以上的深水码头也即将建成使用。
霍英东说：“香港的货运码头由于土地短缺而拥塞不堪，屯门青山公路车辆亦经常处于难以运转状态，实际已影响到货运业停顿不前，无法发展。在开始筹建南沙的时候，我们已考虑到利用南沙缓解香港货运码头的压力。如今，还能缓解深圳文锦渡和皇岗口岸以及广深高速公路的压力。沟通珠江三角洲以西同香港之间的货运，这样对珠江三角洲及香港的经济发展都非常有利。”
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