神宗得疏以后，一面派文书官太监孙斌，到居正私宅视疾，并赐鲜猪一口、鲜羊一腔、甜酱瓜、茄、白米二石、酒十瓶：一面又下圣旨，“宜慎加调摄，不妨兼理阁务，痊可即出，副朕眷怀。”所谓“不妨兼理阁务”，指在宅办公而言，居正这一次小病，固是如此，后来大病的时候，还是如此。直到居正昏沉的当中，他始终没有放弃政权。
居正病势稍退，皇上底手谕到了：
谕张少师：朕数日不见先生，闻调理将痊可，兹赐银八十两、蟒衣一袭，用示眷念，先生其钦承之。月初新凉，可进阁矣。（见奏疏十《谢圣谕存问并赐银两等物疏》）
居正复疏自言，“仰惟天光荐被，宸眷郅隆，非臣捐躯陨首，所能报答，亦非敝楮殚毫，所能宣谢，惟有镂之肺腑，传之子孙，期世为犬马，图效驱驰而已。”经过几天调摄以后，居正还没有销假，神宗再派文书官邱得用视疾，促其进见，又赐银八宝四十两、甜食、干点心各一盒。居正续假五、六日，又说：“臣养疴旅邸，倏已再旬，虽违远天颜，旷离官守，而犬马依恋之心，无时无刻，不在皇上左右。”（同卷《谢遣中使趣召并赐银八宝等物》）
居正对于神宗，固然在奏疏中，充满依恋的感情，但是居正委实愿意退休，五十七岁的人了，体力逐日衰耗，国事已经到了可以放手的阶段，为什么要恋位？居正也曾论到赵广汉、盖宽饶、韩延寿、杨恽这一群人底命运：
赵、盖、韩、杨之死，史以为汉宣寡恩，然四子实有取祸之道。盖坤道贵顺，文王有庇民之大德，有事君之小心，故日“为人臣，止于敬也。”四臣者，论其行能，可为绝异，而皆刚傲无礼，好气凌上，使人主积不能堪，杀身之祸，实其自取。以伯鲧之才，惟傲狠方命，虽舜之至德，亦不能容，况汉宣乎？易日：“坤道其顺乎。”承天而时行，毕志竭力，以济公家之事，而不敢有一毫矜己德上之心，顺也。险夷闲剧，惟上之命，而不敢有一毫拣择趋避之意，顺也。内有转移之巧，而外无匡救之名，顺也。怨讟任之于己，美名归之于上，顺也。功盖宇宙，而下节愈恭，顺也。身都宠极，而执卑自牧，顺也。然是道也，事明主易，事中主难；事长君易，事幼君难。（文集十一《杂著》）
居正《杂著》隐指时事的不止一篇，这是指的什么？是指他自己么？居正事君当然不是赵、盖、韩、杨底刚狠，但是居正威权震主，也不是赵、盖、韩、杨可以同日而语。赵、盖、韩、杨不过是态度底不逊，居正便是权势底冲突。坤道其顺，居正列举六端，相信自己已经做到，但是“事中主难”，“事幼君难”，居正对于自己底困难，又何尝不清楚？从万历八年起，他决定致仕，但是当时的环境，不容致仕。最痛心的，是造成这个环境的，只是居正自己。“人之生也，固若是芒乎！”以庄子·齐物论》）这才是人生底悲剧。
在书牍中，居正也留下几封信，透露他底心境：
贱体入夏即病，荏苒数月，殊觉委顿。今虽眠食稍复，然病根未除，缘弱质谫才，久负重任，筋力既竭，而鞭策不已，遂致颠蹶耳。顷欲借此乞骸，而主上先觉此意，频遣中使，荐赐宠问，又促令早出视事，使仆无所启齿。不得已，黾勉趋朝，拟俟来年皇储诞庆，当果此愿耳。（书牍十三《答司马王鉴川言抱恙勉留》）
贱体以劳致病，入夏至今，尚末全愈，乞归不得，益觉委顿，拟来岁皇储诞后，当决计乞骸，或得与公相从于衡湘烟水间也。（同卷《答耿楚侗》）
贱体近日，始觉稍愈。十年之间，昼作夜思，从少至今，所为食聚贮积者，日张施于外，遂成贫子。要欲及今齿发尚健，早弃人间事，从吾初服，非自爱幻躯，盖盈虚消息，天道固宜尔也。（同卷《答广西宪副吴道南》）
万历九年十月，居正历官一品，除去在京守制的日期，已经十二年，考满，照例自陈，请求解职。神宗诏令复职，随遣司礼监太监张诚恭颁手敕，赐银二百两、坐蟒、蟒衣各一袭、岁加禄米二百石。除此以外，神宗又著吏部、礼部，议拟恩例，在两部复疏以后，神宗传旨：
卿等说的是。元辅受先帝遗命，辅朕十年，精忠大功，冠于先后，兹实历一品，已及十五年，恩数委当优异，著支伯爵禄，加上柱国、太傅，兼官照旧，给与应得诰命，还写敕奖励，赐宴礼部，荫一子，与做尚宝司司丞，用见朕崇奖元勋至意。（见奏疏十一《考满谢恩命疏》）
居正奉命以后，上疏再辞，第二疏词更痛切，他说：
臣闾巷韦布之士耳，非有硕德鸿才，可以庶几古人之万一。幸逢英主在上，臣得以谫劣，佐下风，效启沃，十年之间，志同道合，言听计从，主德昭宣，圣化旁洽，伊尹之所愿见者，臣亲见之，其所愧耻者，臣幸无之，即千万世而下，颂我皇上圣德神功为尧舜之主，臣亦得以窃附于尧舜之佐矣。此之荣遇，虽万钟之亭，百朋之锡，岂足以拟之哉！故臣向者每被恩命，辄控辞而不已者，良以所庆幸者大，而爵禄非其所计也。乃若诏禄、诏爵，虽朝廷所以驭臣之典，亦宜稍加节制，而不至横溢，乃足为劝。三公穹阶，五等厚禄，上柱崇勋，在先朝名德，咸不敢当，乃一朝悉举而畀之于臣，所谓溢恩滥赏也。至于符节世赏，部宴大烹，臣前九年考满，皆已冒叨，兹又岂可重领？反复思惟，如坠渊谷，故不避烦渎，再控于君父之前。伏望圣慈，谅臣之衷，素无矫饰，矜其愚而俞允焉。碎首陨躯，不敢忘报。（奏疏十一《再辞恩命疏》）
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