季驯看清河工全无掣肘之虞，居正也看清惟有季驯才是治河之人，所以拟旨：“治河事宜，既经河、漕诸臣会议停当，著他实行。各该经委分任官员，如有玩愒推诿、虚费财力者，不时拿问参治。”季驯得到这一重保障，八月间弹劾淮安水利道河南佥事杨化隆，淮安府通判王宏化治河无状，上谕杨化隆、王宏化“都著革职，送吏部拟处，毋得概拟复职以致轻纵。”（《明神宗实录》）在这些处分后面，看出居正对于季驯的大力支持。但异议还是不断地发生。季驯主张塞崔镇决口，御史林碧潭提议崔镇不当塞；季驯主张筑遥堤，林御史提议遥堤不当筑。异议在居正面前提出了。倘使居正是一个河工专家，也许他可以给一个解决，但是他不是专家，而且工部尚书李幼滋也不是。居正无法，只能把两条提议间接和季驯提出，希望得一个解决。他说：
夫避下而趋虚者，水之性也。闻河身已高，势若建瓴，今欲以数丈之堤束之，万一有蚁穴之漏，数寸之瑕，一处溃决，则数百里之堤，皆属无用，所谓攻瑕则坚者瑕矣，此其可虑者一也。异时河强淮弱，故淮避而溢于高、宝，决于黄浦。自崔镇决后，河势少杀，淮乃得以安流，高家堰乃可修筑。今老河之议既寝，崔镇又欲议塞，将恐河势复强，直冲淮口，天妃闸以南，复有横决之患，而高堰亦终不可保，此其可虑者二也。……不肖有此二端，不得于心，谨此奉闻，幸虚心详议见教，果皆无足虑，言者云云，皆无足采，则坚执前议可也。若将来之患，未可逆睹，捐此八十万之费，而无益于利害之数，则及今亦宜慎图之。如嫌于自变其说，但密以见教，俟台谏建言可也。遄望留神以便措画。（书牍十《答河道巡抚潘印川计淮黄开塞策》）
居正这一封书，完全是商榷的语气，但是季驯看得很清楚，他认为崔镇决口必须塞，遥堤必当筑。他在条陈六事里，曾经说过：“窃惟河水旁决则正流自微，水势既微则沙淤自积，民生昏垫，运道梗阻，皆由此也。”他又说：“照得堤以防决，堤弗筑则决不已，故堤欲坚，坚则可守而水不能攻，堤欲远，远则有容而水不能溢。累年事筑堤者，既无真土，类多卑薄，已非制矣，且夹河束水，窄狭尤甚，是速之使决耳。”季驯对于河工的经验多了。嘉靖四十四年，隆庆四年，他曾经两次总理河道，现在是第三次了。他感激居正再给他一个机会，让他把自己底经验和学识报答国家，但是他也认定自己底主张，没有修正底余地。接到居正去信以后，他重新再说一番。这一来果然把居正折服了。居正说：
前奉书，以河事请问，辱翰示，条析事理，明白洞悉，鄙心乃无所惑。然筹画固贵预定，兴作当有次第，今俟潦落之时，且急筑高堰以拯淮、扬之溺，徐观淮流入海之势，乃议塞崔镇。至于萧县以北，上流之工，又当俟河、淮安流，乃可举事。盖此大事，不独措理经费之难，且兴动大众，频年不解，其中亦有隐忧，元季之事，可为大鉴。今之进言者，喜生事而无远图，又每持此以归咎庙堂坐视民患，不为拯救，不知当轴者之苦心深虑也。百凡幸惟慎重审处，以副鄙愿。（同卷答潘印川）
林碧潭底提议推翻了，居正一切听从季驯的主张。后人称居正为偏执，倘使认识居正对于河工的处理，也许不至认为偏执吧！经过这一度论定以后，季驯对于工事，著著进展，万历七年秋后，大功完成，季驯致函居正，推功当轴。居正复书道：
比闻黄浦已塞，堤工渐竣，自南来者，皆极称工坚费省，数年沮洳，一旦膏壤，公之功不在禹下矣。仰睇南云，曷胜欣跃。追忆庀事之初，言者蜂起，妒功幸败者，旁摇阴煽，盖不啻筑室道谋而已。仰赖圣明英断，俯纳瞽言，一举而裁河道，使事权不分，再举而逮王、杨，使冥顽褫魄，三举而詘林道之妄言，仆异议之赤帜，使无稽之徒，无所关其说，然后公得以展其宏猷，底于成绩，皆主上明断，属任忠贤之所致也。公乃举而归之不谷之功，惶愧。（书牍十一《答河道潘印川论河道就功》）
季驯于河工告成以后，上疏神宗，这是一篇洋洋洒洒的大文，最后他说起：
臣等乃思欲疏下流，先固上源，欲遏旁支，先防正道，遂决意塞决以挽其趋，筑遥堤以防其决，筑减水坝以杀其势而保其堤。一岁之间，两河归正，沙刷水深，海口大辟，田庐尽复，流移归业，禾黍颇登，国计无阻，而民生亦有赖矣。盖筑塞似为阻水，而不知力不专则沙不刷，阻之者乃所以疏之也：合流者似为益水，而不知力不弘则沙不涤，益之者乃所以杀之也。旁溢则水散而浅，返正则水束而深：水行沙面，则见其高；水行河底，则见其卑；此既治之后，与未治之先，光景大相悬绝也。每岁修防不失，即此便为永图，借水攻沙，以水治水，臣等愚昧之见，如此而已。至于复闸坝，严启闭，疏浚扬河之浅，亦皆寻绎先臣陈瑄故业，原无奇谋秘策，骇人观听者。偶幸成功，殊非人力。实皆仰赖我皇上仁孝格天，中和建极，诚敬潜孚而祗灵助顺，恩威并运而黎献倾心；念转输乃足国之资，轸昏垫切儆予之虑，宵旰靡皇，丝纶屡饬：其始也，并河、漕以一事权，假便宜以任展布，故臣等得效刍荛之言；其既也，逮偷惰以警冥顽，折淆言以定国是，故臣等得尽胼胝之力：俯从改折之议，国计与民困咸纾，特颁赏赉之仁，臣工与夫役竞劝；致兹无兢之功，遂成一岁之内。今两河蒸黎，歌帝德而祝圣寿者，且洋溢乎寰宇矣，臣等何敢贪天功以为己力哉！
季驯上疏以后，工科给事中尹瑾奉命踏勘。万历八年二月，勘毕奏报，降旨加季驯太子太保，升工部尚书兼都察院左副都御史。季驯对于居正的感激，真是彻底，直到居正身后，全家被祸的时候，他还冒着神宗盛怒，上疏请求降恩有释，终于季驯也得到革职为民的处分。这是季驯党庇居正吗？不是。他认识，倘使在万历六、七年间，没有居正底支持，他便没有完成河工，报效国家的机会。
万历五年九月十三日，居正底父亲逝世，到万历七年十二月，已经二十七个月了。神宗询问吏部，居正何时服满；吏部复称扣至万历七年十二月二十四日期满。明代，亲丧守制二十七个月，自闻讣日起算，不计闰月。居正九月二十五日闻讣，所以扣至是日期满。十二月二十三日，神宗派文书官孙斌捧手谕到居正私宅，内称：
谕元辅张少师先生：在京守制，忠、孝两全，今当服满，朕心忻慰，特赐玉带一条、大红坐蟒、蟒衣各一袭、金执壶一把、金台盏一副，用示眷知。念五日早朝毕，候朕于平台召见，以后朝参经筵，俱照旧行，先生钦承之。（见奏疏九服阕谢降敕召见赐衣带金器疏》）
居正复疏中言：“臣敢不益摅丹悃，仰答隆施！倘筋力之未疲，远道宁忘于驱策；如发肤之可效，微生何爱于捐糜？”一切指明这是他那“以其身为荐蓐，使人寝处其上”的志愿。
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