神宗得疏以后，传旨停铸。是月，居正上雝肃殿箴：
北极紫宫，惟皇宅中，身为民表，心与天通。斯须不和则乖戾起，斯须不敬则傲慢丛，念常生于所忽，祸乃发于无穷。是以圣人事心，天命是敕；钦厥止，日谨万几；处深宫，心周八极；不以嗜欲滑和，不以逸豫灭德。无作好，无作恶，蔼蔼熙熙，如春斯煦；无荒色，无荒禽，兢兢惕惕，如渊斯临。勿谓燕间，人莫与观？一喜一怒，作人燠寒。弦急者绝，器平者安，优优和衷，为君实难。勿谓宥密，人莫与弼？一动一言，恒为度律，危惧则存，骄泰则失，昭昭神明，相在尔室。在昔成周，宇内太和，由雝雝其在宫，友琴瑟而不颇。亦曰懿恭，小民怀保，由肃肃其在庙，克对扬于祖考。我皇睿哲，是谓智临，匪高明之不足，贵育德于静深。我皇抚运，是谓开泰，匪丰亨之丕臻，惧此心之或佚。乐以平其情，虽钟簴不设，而若闻希声，然后心和气和而天下平。礼以饬其志，虽升降未施，而若持重器，斯谓无逸乃逸而天下治。故曰，冲和者养威，淡泊者养禄，惕励者养安，优勤者养乐。以古为师，于何不仪？平平周道，惟皇建之。以心为鉴，于何不见？穆穆文王，惟皇所宪。朽索在手，勿谓无伤！覆车在睫，奈何弗防？和不可流，敬不可忘，慎终如始，万寿无疆。（文集二）
万历七年四五月间，发生两次封爵的问题：一次是皇亲王伟封永年伯，（《明史·外戚恩泽侯表》作万历五年封，误）一次是辽东总兵李成梁封宁远伯。王伟是王皇后底父亲，神宗底岳父。神宗大婚，授王伟都督同知，现在命文书官邱得用，口传圣旨，王伟著进封怕爵，吩咐内阁拟旨。神宗连正德二年，武宗岳父夏儒封爵，嘉靖二年，世宗岳父陈万言封爵的故事，都送来了。居正无从拒绝，他说：“但既有正德以后事例，王伟系中宫至亲，臣等不敢抗违。”但是他也指出：
臣等恭照圣祖定制，公、侯、伯爵非有军功，不得滥封。国初如魏、定两公；自以佐命元勋，连姻帝室，彭城、惠安，虽托籍戚里，然亦半有军功，昨上剖符，皆无容议。宣德中季，始有恩泽之封，宏治以来，遂为故事，然实非高皇帝之旧制也。（奏疏八《论外戚封爵疏》）
他又提到嘉靖八年，世宗曾诏各府、部衙门会议封拜事体的结果，彼时诸臣公疏：
祖宗之制，非军功不封。夫爵赏者天下之爵赏，人主所待以励世之具也。今使椒房之属，与有大勋劳之人，并享茅土，非所以昭有功，劝有德也。今除已封见任者，姑准终身外，此后凡皇亲、驸马，俱要查照祖宗旧制，不许夤缘请封。其有出自特恩，一时赏赉者，亦止照祖宗朝故事，量授指挥、千百户等官，以荣终身。敢有违例奏请，希图恩泽，妄引洪熙以后事例比乞者，听本部及科、道官，即时举劾，以为贪冒不知止足者之戒。（同前）
嘉靖八年奉旨批准。以后嘉靖、隆庆两朝外戚封爵，只能及身为止，不准世袭，便是嘉靖八年会议的结果。现在居正重新提出，对于王伟的封爵，给与应有的限制。直到居正身后，这个限制才行撤消。
但是居正对于边功，便是另外一个看法。万历六年三月长定堡之捷，固然是一幕闹剧，但是十二月东昌堡之捷，却是一个大胜。这一次泰宁部长速把亥、炒花、连同土蛮、黄台吉、暖兔拱兔、大小委正、卜儿亥、慌忽台等，带领三万余扬规武士向辽东东昌堡进攻，前锋一直打到耀州。辽东总兵李成梁一面吩咐诸将各守要害，一面带领兵马，出寨二百余里，直捣圜山，在这一个战役里，一共杀去九名官长，八百四十名武士，虏获一千二百匹战马；其余的鞑靼武士，一齐退却。东边的捷报到了，神宗告谢郊庙，在皇极门大会百官，宣布大捷。
居正得到捷报以后，和辽东巡抚周咏说起：
李帅用奇出擣，使贼狼狈而返，乃孙膑走大梁之计，比前长定之捷，杀降以要功者不侔矣。功懋懋赏，国家自有彝典，诸公运筹决胜，功岂容泯？少选，当请旨加恩，不敢蔽也。但李帅去年曾馈我以厚礼，虽当即谢却，然恐鳞翼或有差池，且不肖于渠，奖提爱护，意固不为不厚，然以为国家，非敢有所一毫市德望报之心也。渠诚以国士自待，唯当殚忠竭力，以报国家，即所以酬知己，不在礼文交际之间也。渠不知鄙意，以为有所疏外，会间幸一譬晓之，以安其心，坚其志。便中草草。（书牍十《答辽东周巡抚》）
万历七年，居正提议成梁封爵。他说，“成梁屡立战功，忠勇为一时冠，惟有封爵，才可以鼓励将士。”五月，成梁封宁远伯。成梁派家人到居正宅中送礼，居正坚决地拒绝，他说：“你底主人身经百战，封爵是他底本分；我受他底礼物，便是得罪太祖高皇帝在天之灵。”
七年七月，礼科左给事中顾九思，工科都给事中王道成请罢苏松及应天织造。本来织造是由皇帝派遣内监到江南一带主持的。他们颁发北京带来的样子，要民间如式织作，经费有一部分出于内库，也有一部分出于盐税；但是事实上经过几次周折以后，民间所得有限，皇宫派人定货，只成为意内的需索。恰恰这一年江南水灾，所以苏松督造的太监孙隆，更比应天督造的许坤，容易引起民众底怨苦。在两位给事中上疏，交给工部查复以后，神宗派文书官到内阁传谕道：
御用袍服紧急，若如部议取回内臣，改属抚、按有司，则织造不精，谁任其责？且见有钱粮，不必加派。先生每拟票来。
显然神宗拒绝召回内臣。第二天居正和张四维、申时行入宫，行礼以后，居正奏道：
“近日苏、松等处，水灾重大，据抚、按官奏报，及臣等所闻，百姓困苦流离，朝不谋夕，有群聚劫夺者。地方钱粮，委难措处。且自前年星变时，亲奉明旨停止织造，着孙隆回京。至今尚未完报，是诏令不信，而德泽不宣也。臣等谓宜从该部所请，以彰皇上敬天恤民至意。民惟邦本，愿少加圣心。”
“朕未尝不爱借百姓，但彼处织造，不久当完，远不过来春尔，”神宗疲赖地说。
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