广东方面，主要的还是“治安”问题。中央力量加强，地方秩序良好，担负赋税的民众和田土，当然会逐渐增加，事情本来简单。北京、山东、河南，都是畿辅之地，除去建文年间，曾经发生一度的内战，以及长城一带，偶然遭受敌人底破坏以外，从开国以来，始终保持良好的秩序，现在的增加，当然与“治安”无关。那么这是怎样的呢？
北京、山东、河南都是辎辅，三处的田土，不断地被勋戚、权贵吸收了，一经集中以后，他们提出许多似是而非的理由，躲避纳税的义务。居正底政策，是要打击他们底特权，使他们对于国家，有同样的负担。阳武侯便是一个好例。成祖时代，薛禄从征有功封侯，传到万历年间，已是第七代了，除了公田以外，还有自置田土，是否应当纳税，这是一个问题。居正决然地说：
承询阳武优免事，查律、功臣家除拨赐公田外。但有田土，尽数报官，纳粮当差。是功臣田土，系钦赐者，粮且不纳，而况于差？锡之土田，恩数已渥，岂文武官论品优免者可比？若自置田土，自当与齐民一体办纳粮差，不在优免之数也。近据南直隶册开诸勋臣地土，除赐田外，其余尽数查出，不准优免，似与律意相合。幸惟尊裁。（书牍十三《答山东巡抚杨本庵》）
万历六年清丈，除云南、贵州因系新辟地方本应增加，及陕西、四川和南京所属八府、州所加无多，不待研讨外，其余河南、山东、广东三省，和北京所属八府，共增七十万顷，占去增加额的百分之八十九。居正从政令不易贯彻的广东，夺获担负国税的田土，这一点也许人还了解；但是他从勋贵盘据的畿辅，夺回担负国税的田土，便引起莫大的物议。他们不说他得罪勋贵，而说他掊克小民；正和他在沙汰生员的时候，一般人不说他整顿学政，而怀疑他得罪圣贤一样。孟子说：“为政不难，不得罪于巨室：巨室之所慕，一国慕之；一国之所慕，天下慕之。”在一般人民觉悟没有提高的时候，他们对于大地主阶级的危害，认识不够，甚至还会受到大地主阶级的利用。张居正主张清丈，和大地主阶级的利益，直接发生冲突，他在身后，招致不少的诋毁，也许这也是一个原因。但是居正说过，“得失毁誉关头若打不破，天下事无一可为者。”（书牍十二《答南学院李公》）居正对于一般的毁誉，根本不曾放在心上。
居正抱定“苟利社稷，死生以之”；这一次的清丈，无意中代表一个政治上的基本要求，——全国人民，对于国家的义务，要求公允的负担。但是事实上的成绩还是很小，畿辅的田土，比之弘治十五年，固然增加不少，但是比之洪武二十六年的清丈，北平五十八万二千余顷，山东七十二万四千余顷，河南一百四十四万九千余顷，其实只剩百分之六十七。其余的百分之三十三，依然在勋戚权贵手里，居正无如之何。二百年来积累的政治势力，在当时不是片时可以铲除的事物。
万历六年十二月，命纂宗藩事例。明朝的宗室滋生太繁，成为国家底大害。嘉靖四十四年，纂定《宗藩条例》，对于宗室，大加裁损，减少国家支出，当然是一种补偏救弊的方策。但是减削太甚，立法太严，出乎情理之外的条例，徒然增加执行的困难，于事实无所裨益。居正列举九条未妥的地方，他说：
夫令所以布信，数易则疑，法所以防奸，二、三则玩。现今该部处置宗藩事情，悉用此为准，因时救弊，似亦未为大害，但欲勒成简册，昭示将来，则必考求国体，审察人情，上不亏展亲睦族之仁，下不失酌盈剂虚之术，使情法允协，裒益适宜，乃足为经常可久之规，垂万世不刊之典。（奏疏八《请裁定宗藩事例疏》）
万历七年正月诏毁天下书院，自应天府已下，凡六十四处，明朝讲学的风气甚盛，上自达官贵人，下至诸生布衣，到处召集徒众，号称讲学。所讲的最初是圣经贤传，以后转到明心见性，这还是好的；有的成为一哄之市，书院讲学只增加号召徒众的机会；最下的甚至借此敛财，斯文扫地。居正在万历六年就说：“若今之谈学者，则利而已矣，乌足道哉？”（书牍十《答郑藩伯》）这里已经透露他鄙视讲学的意见。次年他又说起：
吾所恶者，恶紫之夺朱也，莠之乱苗也，郑声之乱雅也，作伪之乱学也。夫学乃吾人本分内事，不可须臾离者。言喜道学者妄也；言不喜者亦妄也；于中横计去取，言不宜有不喜道学者之名，又妄之妄也。以指喻指之非指，不若以非指喻指之非指也；以马喻马之非马，不若以非马喻马之非马也。言不宜不喜道学之为学，不若离是非，绝取舍，而直认本真之为学也。孔子自言，人不如己之好学。三千之徒，日闻其论说，而独以好学归之颜子。今不谷亦妄自称曰，凡今之人，不如正之实好学者矣。承教，敢直吐其愚，幸惟鉴亮。（书牍十一《答宪长周友山讲学》）
同卷居正又有《与友山论学书》自称“不谷生平，于学未有闻，惟是信心任真，求本元一念，则诚自信而不疑者。”居正论学，直认本真，这是在阳明学派的空气中所得的认识，但是居正不爱空谈，欲求实际。他说：“今人妄谓孤不喜讲学者，实为大诬。孤今所以上佐明主者，何有一语一事，背于尧、舜、周、孔之道？但孤所为，皆欲身体力行，以是虚谈者无容耳。”（书牍十《答宪长周友山明讲学》）在这个情形之下，居正对于讲学，当然只觉得空言无补，徒资叫嚣。万历七年罢天下书院，是从这一点出发的。
万历六、七年间，藏僧锁南坚错致书居正，居正答谢；在对藏交通上，是一件有兴趣的文件。此事的关节，却在俺答。万历六年，俺答纠合青把都一部，大队西行，当时盛传土蛮部下，同时出发，声势浩大。北边顿时感觉紧张。居正一面吩咐宣大总督吴兑劝导俺答，早日回巢，一面吩咐三边总督郜光先，甘肃巡抚侯东莱，妥为布置。俺答到了甘肃境外，遇到瓦刺部下，吃了一个败仗，但是依然直到青海，见过活佛。在这次遇面以后，俺答上书，请求中国代为建寺供佛，御赐名额；同时又代西藏僧人，请求补贡。“补贡”二宇，当然只是译文底好看，其实是请求增加对藏贸易额，俾西藏得到需要的资源。时间已经是万历七年了。居正底策略，是在可能的情形下面，酌量许可，但是决不给他要挟的机会。建寺供佛，是可以的，但是朝廷只能资助物料，谈不到代为兴建。居正对于鞑靼的控制，始终不曾疏忽。
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