同时慈圣太后赐居正坐蟒、蟒衣各一袭、彩段八表里、银二百两，又颁慈谕：
皇帝大婚礼在迩，我当还本宫，不得如前时常常守著照管，恐皇帝不似前向学勤政，有累盛德，为此深虑。先生亲受先帝付托，有师保之责，比别不同。今特申谕交与先生，务要朝夕纳诲，以辅其德，用终先帝付托重义，庶社稷苍生，永有赖焉。先生其敬承之，故谕。（见奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
慈圣太后把监护的责任，完全移交居正。居正对于神宗，是担当国事的大臣，同时也是朝夕照管的监护人。直到神宗大婚以后，居正底双重职责，依然存在。奉到慈谕以后，居正疏称：
兹奉诰谕，以慈驾还宫，虑看管之少疏，恐圣德之有累，委臣以师保之责，勉臣以匡弼之忠，宠锡骈蕃，开谕恳切。臣捧读未竟，涕泗横流。念臣昔承先帝顾托之重，既矢以为国忘家，捐躯徇主矣，其在今日，敢不益掳忠荩，图报国恩。但内禁外廷，地势自隔；臣谟母训，听纳悬殊：尚冀我圣母念祖宗基业之重，天位保守之难，凡所以拥护圣躬，开导圣学者，尤望时加训迪，勿替夙恩；臣知皇上纯孝性成，必能仰承慈意，服膺罔懈也。至于进尽忠言，弼成圣政，则臣分义所宜自尽者，虽微慈谕，犹当思勉，况奉教督谆谆，敢不罄竭愚衷，对扬休命，臣诚不胜感激祈望之至。（奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
大婚典礼正在进行的时候，辽东巡抚张学颜底捷报到了。土蛮约同泰宁卫速把亥进犯辽东开原，大营扎在劈山，辽东总兵李成梁得到消息，随即出寨二百里，进捣劈山，斩敌四百三十，这便是所谓“劈山大捷”。捷报到了，神宗奏知慈圣皇太后，太后对神宗说：
“赖天地祖宗默祐，此时正尔行嘉礼之际，有此大捷，乃国家之庆，我心甚喜。元辅运筹庙谟，二辅同心协赞，才得建此奇功。我勉留张先生，这是明效。”
“圣母慈谕的是，’神宗恭敬地答复。（见《辽东大捷辞免加恩疏》。对话用原文。）
在大捷声中，神宗婚礼举行了，所娶的王皇后，后来谥为孝端皇后。大捷和大婚，对于辅臣，都有照例的赏赐，经过谦辞以后，居正两次各受银一百两，彩段六表里，对于升荫，仍坚辞未受。
现在是居正力援前疏，请求给假归家葬父的时候了，但是神宗还是不允，上谕说：
卿受遗先帝，辅朕冲年，殚忠宣劳，勋猷茂著。兹朕嘉礼初成，复奉圣母慈谕惓惓，以朕属卿，养德保躬，倚毗方切，岂可朝夕离朕左右？况前已遣司礼官营葬，今又何必亲行？宜遵先后谕旨，勉留匡弼，用安朕与圣母之心，乃为大忠至孝，所请不允。（见奏疏七《乞归葬疏》）
居正再行上疏，辞旨非常迫切，他说：
夫尽忠所以尽孝，而死者不可复生，臣岂不知今日之归，无益臣父之死；且重荷殊恩，特遣重臣，为之造葬，送终之礼，已为极至，臣今虽去，亦复何加，但区区乌鸟私情，唯欲一见父棺，送之归土，以了此一念耳。若此念不遂，虽强留于此，而心怀蕴结，形神愈病，必不能专志一虑，以图国家之事；公义私情，岂不两失之乎？比得家信，言臣父葬期，择于四月十六日，如蒙圣慈垂怜，早赐俞允，给臣数月之假，俟尊上两宫圣母徽号礼成，即星驰回籍，一视窀穸，因而省问臣母，以慰衰颜。傥荷圣母与皇上洪庇，臣母幸而康健无病，臣即扶侍同来。臣私念既遂，志意获纾，自此以后，当一心一虑，服勤终身，死无所憾。是今虽暂旷于数月，而后乃毕力于终身，皇上亦何惜此数月之假，而不以作臣终身之忠乎？此臣之所以叩心泣血，呼天乞怜，而不能自已者也。若谓臣畏流俗之非议，忘顾托之重任，孤负国恩，欲求解脱，则九庙神灵，鉴臣之罪，必加诛殛，人亦将不食其余矣。（奏疏七《再乞归葬疏》）
这次神宗准奏了，但是因为不能远离居正，所以限期回京，上谕说：
朕勉留卿，原为社稷大计，倚毗深至。览卿此奏，情词益迫，朕不忍固违，暂准回籍襄事。还写敕差文、武官各一员护送，葬毕，就著前差太监魏朝，敦趣上道，奉卿母同来，限五月中旬到京。往回都着驰驿。该省抚、按官仍将在籍起身日期，作速差人奏报。（见前疏）
三月初，仁圣皇太后加尊号仁圣贞懿皇太后，（《明史·后妃传》作贞懿，《张文忠公全集》作懿安。）慈圣皇太后加尊号慈圣宣文皇太后。事情都停当了。居正想起回去以后，阁中只剩吕调阳、张四维两人，诚恐闻见有限，办事不易，随即疏请简用阁臣。奉御批：“卿等推堪是任的来看。”据说居正自念高拱和自己不和，殷士儋在宫内有奥援，都不敢推，最后决定推荐徐阶。居正已经发信给徐阶了，后来想起徐阶还朝以后，官阶和科第都在自己之上，自己葬毕回京，只有把首辅奉让；所以还把这个计划打销。（《明史·张居正传》、《明纪》卷四十。据王世贞《首辅传》张居正遣人布腹心于阶，阶诸子且信之，似为徐阶诸子之大言，居正未必有信。）揣测之词，不甚可信。居正想起在万历三年八月请求增补阁员的时候，除张四维以外，曾经陪推马自强、申时行二人，因此再行上疏，内称“今臣等公同评品，堪任是职，似亦无逾于二臣者，敢仍以二臣推上，伏乞圣明，再加审酌。”神宗随即批准，马自强以礼部尚书兼文渊阁大学士，申时行升吏部左侍郎，兼东阁大学士。“俱着随元辅等在内阁办事。”万历六年的内阁，人才充实了，但是其实还只是居正一人。
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