中行上疏的第二天，居正另外一个门生，隆庆五年进士，现任翰林院检讨赵用贤上疏：
臣窃怪居正能以君臣之义效忠于数年，不能以父子之情少尽于一日，臣又窃怪居正之勋望积以数年，而陛下忽败之一旦！莫若如先朝杨溥、李贤故事，听其暂还守制，刻期赴阙，庶父子音容乖睽阻绝于十有九年者，得区区稍伸其痛于临穴凭棺之一痛也。国家设台谏以司法纪，任纠绳，乃今哓哓为辅臣请留，背公议而徇私情，蔑至性而创异论，臣愚窃惧士气之日靡，国事之日淆也。
用贤上疏的第二天，刑部员外郎艾穆，主事沈思孝又联名上疏了。中行、用贤上疏请令居正奔丧归葬，事毕回朝；艾穆、思孝则请令居正回籍守制。他们说：
陛下之留居正也，动曰为社稷故。夫社稷所重，莫如纲常，而元辅大臣者，纲常之表也。纲常不顾，何社稷之能安？且事偶一为之者，例也，而万世不易者，先王之制也。今弃先王之制而从近代之例，如之何其可也？居正今以例留，腆颜就例矣，异时国家有大庆贺，大祭祀，为元辅者欲避则害君臣之义，欲出则伤父子之亲，臣不知陛下何以处居正，居正又何以自处也。徐庶以母故辞于昭烈曰，“臣方寸乱矣。”居正独非人子而方寸不乱耶？位极人臣，反不修匹夫常节，何以对天下后世？臣闻古圣帝明王劝人以孝矣，未闻从而夺之也；为人臣者移孝以事君矣，未闻为所夺也。以礼义廉耻风天下犹恐不足，顾乃夺之，使天下为人子者皆忘三年之爱于其父，常纪坠矣。异时即欲以法度整齐之，何可得耶？陛下诚眷居正，当爱之以德，使奔丧终制以全大节，则纲常植而朝廷正，朝廷正而百官万民莫不一于正，灾变无不可弭矣。
北京御史、给事中请留居正的奏疏来了，南京御史、给事中请留的奏疏来了，南京尚书潘晟也上疏请留了，偏偏居正底门生和刑部两个属官上疏请令奔丧，甚至请令守制。这是为的什么？是反动的势力，还是另外有什么阴谋？居正正在痛恨和愤慨。外边的风声愈来愈紧张了。从严嵩时代起，凡是攻击辅臣的，常得廷杖的处分，高拱时代不是也准备廷杖言官吗？一切都在人们底记忆中。居正在七七以内，本来没有入阁办事，他在出处方面，原有周旋的余地，神宗要留居正，便不能不给居正满意。杖、杖、杖，惟有廷杖才是满足居正的办法。然而廷杖是怎样一种处分呢？受刑未毕，随即死在廷中的故事，大家也还记得。血腥又荡漾起来。
礼部尚书马自强晋谒居正，居正匍匐在孝帏里面。自强极力为中行等解释，他说这一群少年人，固然是年少气盛，冒昧无知，但是他们只是为的国家，并不是有意攻击首辅；他说皇上盛怒之下，惟有居正上疏，为他们营救，才可免去一场大祸。自强真有些黯然了。
“居丧之中，管不了外面的事，请马尚书原谅罢，”居正匍匐着回答。
翰林院的官员们一齐上疏救援了。侍讲赵志皋、张位、于慎行、张一桂、田一俊、李长春，修撰习孔教、沈懋学都具名，但是这一次上疏，只是石沈大海，一点影响也没有。眼看吴中行等四个都要受刑了。他们焦急的了不得。新科状元沈懋学想起居正底儿子嗣修，他写信给嗣修，请他和居正说情，一连去了三封信，但是嗣修不敢向居正说。懋学惶急了，他知道李幼滋和居正接近，幼滋不是提倡讲学的吗？和他谈一些纲常之道，一定可以生效，因此懋学又去信了。幼滋底答复只是这几句：“若所言，宋人腐语，赵氏所以不竞也。张公不奔丧，与揖让、征诛，并得圣贤中道，竖儒安足知之！”居正最初请求守制，现在简直是有意不奔丧，从被动成为主动，甚至认为圣贤中道。幼滋这一番言论，更引起一般人底不满。
廷杖底执行更加迫切了。翰林院掌院学士王锡爵约齐十几位翰林院同僚，拜访居正。居正托辞不见，眼看又成僵局。锡爵急了，一直奔到孝闱前面，他又向居正疏解了。他为吴中行等辩护，他请居正申救。
“圣怒太严重了，说不得，”居正说。
‘即是圣怒严重，”锡爵侃侃地说，“也是完全为的相公。”
居正伏着叩头道，“大众要我去，偏是皇上不许我走，我有什么办法？只要有一柄刀子，让我把自己杀了吧！”（见王世贞《首辅传》卷七。又《明史纪事本末》卷六十一云，居正屈膝于地，举手索刃，作刎颈状，曰：“尔杀我，尔杀我”。《明史稿·张居正传》云：居正至引刀作自刭状，以胁之。《明史·王锡爵传》言居正径入不顾。今按世贞与锡爵往还甚密，言较可信，其余则传闻之辞也。）
锡爵骇然地退出了。就这样决定吴中行等受杖的命运。十月二十二日行刑。中行、用贤各杖六十，杖毕，拖出长安门，再用门板抬出北京。中行已经气绝，幸亏中书舍人秦柱率领医士把他救活，大腿上的腐肉割下几十块。用贤是一个胖子，总算受得起，但是大腿上割下来的腐肉有手掌大，后来他底妻索性把这块肉风干，留给子孙，作为传家的教训。在他们两人逐出北京的时候，日讲官右庶子许文穆送给中行一只玉杯，上面镌着几行字：
斑斑者何卞生泪，英英者何蔺生气，追追琢琢永成器。
用贤所得的是一只犀角杯，上面也有几行字：
文羊一角，其理沈黝，不惜刻心，宁辞碎首？黄流在中，为君子寿。
艾穆、沈思孝所受的待遇更惨了。廷杖八十以后，手足加了镣梏，收监三日，再得到充军的处分，艾穆遣戍凉州，思孝遣戍神电卫。艾穆、平江人，在湖南、湖北没有分省以前，和居正算是同乡。居正痛切地说：“从前严分宜（严嵩，分宜人）当国的时候，没有同乡对他攻击，如今我比不上严分宜了。”他回想到门生和同乡都向自己攻击，真有些感慨系之。
气量宽宏的大臣，遇到这个局面，用不到愤激，更谈不上廷杖，争是非本来是很平常的，为什么要流血呢？但是明朝的政局，本来不是一个心平气和的局面，居正也不是一位气量宽宏的大臣。他总以为这样便可以压抑当时的舆论，偏偏中行等四人血流满地，气息仅属的形态只激起了一个志士底愤慨。这是万历五年新科进士，观政刑部的邹元标，后来嘉宗天启年间一位有名的大臣。元标看到廷杖以后，随即上疏：
陛下以居正有利社稷耶？居正才虽可为，学术则偏，志虽欲为，自用太甚。其设施乖张者：如州县入学，限以十五、六人，有司希指，更损其数，是进贤未广也；诸道决囚，亦有定额，所司惧罚，数必取盈，是断刑太滥也；大臣持禄苟容，小臣畏罪缄默，有今日陈言而明日获谴者，是言路未通也，黄河泛滥为灾，民有驾蒿为巢，啜水为餐者，而有司不以闻，是民隐未周也；其他用刻深之吏，沮豪杰之材，又不可枚数矣。伏读敕谕：“朕学尚未成，志尚未定，先生既去，前功尽隳。”陛下言及此，宗社无疆之福也。虽然，弼成圣学，辅翼圣志者，未可谓在廷无人也。且幸而居正丁艰，犹可挽留，脱不幸遂捐馆舍，陛下之学将终不成，志将终不定耶？臣观居正疏言：“世有非常之人，然后办非常之事，”若以奔丧为常事而不屑为者：不知人惟尽此五常之道，然后谓之人；今有人于此，亲生而不顾，亲死而不奔，犹自号于世日，“我非常人也’，世不以为丧心，则以为禽彘，可谓之“非常人”哉？
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