神宗随即再下圣旨；
卿精诚可贯天日，虽负重处危，鬼神犹当护佑，谗邪阴计，岂能上干天道。朕亦知卿贞心不贰，决非众口所能动摇，已遣司礼监随堂官往谕朕意，卿宜即出视事，勉终先帝顾托，勿复再辞。
这是正月二十六日的事。神宗还不放心，再差司礼监太监孙隆前往慰留，并降手谕；
谕元辅：先帝以朕幼小，付托先生。先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳，不避怨，不居功，皇天后土祖宗必共鉴知。独此畜物，为党丧心，狂发悻言，动摇社稷，自有祖宗法度。先生不必介意，只思先帝顾命，朕所倚任，保安社稷为重，即出辅理。朕实惓惓伫望。特赐烧割一份、手盒二副、长春酒十瓶，用示眷怀，先生其钦承之，慎勿再辞。
在这个情形之下，居正没有再辞的理由，他只有重行出来辅理国事。居正对于政治，有自己底理想和抱负；政权是贯彻这个理想和抱负的工具，他决不轻易放弃政权。在他认定神宗对于自己的信任，不但没有动摇，而且更加坚定的时候，他慨然地说；
夫事推求诸理之至当，心岂必于人之尽知。况臣区区之愚，既特孚于昭鉴，则诸呶呶之口，诚无足为重轻。谨当仰体圣怀，益殚赤悃，冰霜自保，虽嫌怨以奚辞，社稷是图，何发肤之敢惜。（奏疏四《谢恩疏》）
政权在自己手中，居正准备继续贯彻自己底主张。“你们谅解也好，不谅解也好，我底行为，自然有我底标准，”他想。
神宗说起对于刘台，自有祖宗法度，果然派文书官邱得用，口传圣旨：“刘台这厮，谗言乱政，着打一百充军，拟票来行。”拟旨是内阁底职务，但是交付廷杖，究竟有些困难。居正具疏论救，其结果刘台免去廷杖，只得“除名为民”的处分。这一点，当时颇有人认为是居正底宽宏。但是居正却坚决地否认，他说：
古之圣贤所遇之时不同，而处之之道亦异。《易大过》栋桡。《彖》曰，“刚过乎中。”当大过之时，为大过之事，未免有刚过之病；然不如是，不足以定倾而安国，栋桡而本末弱矣。伊、周当大过之时，为大过之事，而商、周之业赖之以存，虽刚而不失为中也。仆以一竖儒，拥十余龄幼主，而立于天下臣民之上，威德未建，人有玩心。况自嘉、隆以来，议论滋多，国事靡定，纪纲倒植，名实混淆。自仆当事，始布大公，彰大信，修明祖宗法度，开众正之路，杜群枉之门，一切以尊主庇民，振举颓废为务，天下始知有君也。而疾之者乃倡为异说，欲以抑损主威，摇乱朝政，故不得不重处一、二人，以定国是，以一人心，盖所谓刚过乎中，处大过之时者也。而丈乃以为失士心，误矣。吾但欲安国家，定社稷耳，怨仇何足恤乎！……仆今所处何时也？主上举艰巨之任，付之于眇然之身，今权珰贵戚，奉法遵令，俯首贴耳而不敢肆，狡夷强虏，献琛修贡，厥角稽首而惟恐后者，独以仆摄持之耳，其出处去就，所系岂浅浅哉？彼谗人者不畏不愧，职为乱阶，且其蓄意甚深，为谋甚狡，上不及主上，旁不及中贵，而独剚刃于仆之身，又无所污蔑，而独曰“专擅，专擅”云云，欲以竦动幼主，阴间左右，而疑我于上耳。赖天地宗庙之灵，默启高衷，益坚信任。不然，天下之事，岂不为之寒心哉！自有此事，主上食不甘味，寝不安席，以痛恨于忌者，盖大舜疾谗说之殄行，孔子恶利口之复邦，故去此人以安仆也，以安社稷也。离明允断，诚理法之正，而仆所以恳恳救之者，盖以仰答圣恩，下明臣节耳，非欲为沽名之事也。（书牍八《答奉常陆五台论治体用刚》）
同期中，居正又有上徐阶书，（书牍十五《上师相徐存斋十九》）答胡邦奇书；（书牍八《答廉宪胡公邦奇》）他说：“颛蒙之见，果于自信，但知竭忠捐躯，可以报国，更不思身。”（《上存斋》）他又说：“盖仆素以至诚待人，绝不虞人之伤己：至于近日之事，则反噬出于门墙，怨敌发于知厚，又适出常理之外。”（《答胡邦奇》）经过三四年的政局，居正对于自己，充满了自信，他认定惟有自己，才能担当国家底大任。因此从居正看来：攻击居正，便是攻击国家；摧毁居正，便是摧毁国家。这是必然的逻辑。居正说：“其出处去就，所系岂浅浅哉？”自信力底扩大，已经到达惊人的地位，但是倘使把居正当国十年的政局，和万历十年以后直到明末的政局比较，我们不能不承认居正见地底正确。
居正对于刘台的怨愤，真是深刻万分。救止廷杖的事，只是政治手腕的运用。他不愿意给一般人以强烈的刺激，所以刘台幸免廷杖底处分。万历八年，张学颜为户部尚书，揭发刘台在辽东受贿的事实，再经过辽东巡按于应昌，江西巡抚王宗载底彻查，刘台终于得到流戍浔州的处分。嫌疑底阴影，又投射到居正身上。居正说：“古云，‘宁人负我，无我负人’，况冤亲平等，悉归幻妄，今转盼之间，已成陈迹矣，何足挂之怀抱乎？”（《答胡邦奇》）话虽说得淡泊，但是事实上居正不是一个淡泊的人。孔子说过：“以直报怨。”什么是“以直报怨”呢？《礼记·表记》又记孔子之说：“以德报德，则民有所劝；以怨报怨，则民有所惩”。“直”只是应得的价值，因此“以怨报怨”和“以直报怨”，适成为同义的语句。也许居正认为刘台只得到他应得的价值罢！从近代的政治风度看来；不能不算是可以惋惜的事。
刘台攻击居正底贪污，不是没有根据的诬蔑。居正当国以后，曾说：“仆自当事以来，闭门却扫，士大夫公言之外，不交一谈。”（书牍五《答司马王继津》）又说：“仆近来用人处事，一秉公心，谬持愚见，旁人无所关其说，士大夫公见之外，不延一客，公谈之外，不交一语，即有一、二亲故，间一过从，不过相与道旧故，遣客怀而已，无一语及于时政。”（同卷《答工部郎中刘公伯燮言用人毁誉》）居正对于自己底生活，不算没有把握。在操守方面，正因为居正对于政权的热中，我们更可想象他对于货利的淡泊。在言论自由的时期，一旦贪污有据，经人指摘，往往不但成为终身的沾辱，而且会引起政权的动摇。这是一个热中政权的人所不愿意的。然而明代腐化的空气，已经弥漫了，腐化的势力，侵蚀一切，笼罩一切，何况一个全权在握的首辅，更易成为腐化势力底对象。北京只是居正底寓所，他底家在江陵；居正可以洁身自好，但是居正有仆役，有同族，有儿子，有弟弟，还有父亲。腐化的势力，在北京找不到对象，便会找到江陵。居正也许还能管束子弟，他能管束父亲吗？尤其张文明那一副放荡不羁的形态，更不会给一个十几年不曾见面的儿子以说话的机会。
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