居正决定了办法，东厂底讯问只是初审，居正奏明神宗，交掌锦衣卫左都督朱希孝和左都御史葛守礼以及冯保复审。葛守礼和冯保当然责无旁贷。希孝是第二名靖难功臣成国公朱能之后，第六代成国公朱希忠之弟。明朝自成祖以后，特别看重靖难功臣，第一名靖难功臣淇国公丘福底后代削除了，所以成国公是当时的第一世家。加以希忠、希孝，自世宗以来，都是特蒙思宠的勋臣，居正提出希孝，正是看重他底资望。但是事情却把希孝难住了，他和希忠商量。遵照冯保底计划吧，他们不愿意得罪士大夫；遵照良心吧，他们又不愿意得罪冯保。希孝认定了事情底困难，他向居正请教，居正教他再和杨博、葛守礼商量。审讯底经过相当复杂，但是这件事情底结果非常简单。万历二年，希孝逝世，居正在他底神道碑记着：
今上践祚之元年，有贼挟刃至官门，惊跸。捕得，下东厂治，贼冀缓死，妄言有主者。于是内外错愕，索贼甚急。然余心知其诬，乃见上，言斯事重，请令锦衣卫与东厂杂治之。上日，“可。”公既受命，即独宿外舍，燕居深念，多设方略，密侦之，如是十余日，乃得其情，趣具狱上，戮止一人，余无所问。当是时，微公，搢绅祸且不测，其所存活，不啻数百千人矣。（文集四《后军都督府左都督朱公神道碑》）
王大臣灌下一杯生漆酒，哑了；他不能诬赖高拱指使，也不能陈述冯保唆供，就这样胡涂地交给刑部拟罪，得到斩首的处分。王大臣底无辜的血液，洗清高拱底被诬，但是没有洗去居正底嫌疑。居正在给总理河道万恭的信中说起：
昨会舍亲西石公言：顷者内狱之起，众情汹汹，独公以为朝有人焉，无足虑者。此足以见公知我之深也。今士大夫亲见仆行事，无一人知及于此者，而公乃在外得之，人之相去，岂不远哉。（书牍五《答司马万两溪》）
居正对于当时士大夫之不相知，真有些愤意了。他对于高拱。不是不恨，但是他没有置之死地的意念。他在这一年曾和吴百朋说起：“仆平生所厚士大夫甚多，见背者亦不少，然终不以是而易其好贤之心，即今日内狱之事，可以观矣。”（同卷《答吴尧山言宏愿济世》）这几句话，透露他对于高拱的怨恨，但是他没有意思要杀高拱。居正《杂著》（文集十一）里，痛责王猛计陷慕容垂的错误。他说：“猛盖自揣才略，不能驾驭垂，故百计欲去之，以为足以弭将来之患，而乃出于阴贼险狠之谋，类小人女子妒宠忌能者之所为，此诸葛孔明辈所不道也”他知道高拱已经倒了，自己有控制底力量，何必得罪清议，更揭示自己底不能容物。居正底自信力，正在逐日加强。
万历元年六月，内阁上疏请随时考成。在居正底一生，这是一件重要的政治事业。居正平时常说遵循祖宗成宪；假如我们要探求居正创制的行为，那便只有他底考成法。全文如次：
臣等窃闻尧之命舜曰，“询事考言，乃言底可绩。”皋陶之论治曰，“率作兴事，屡省乃成。”盖天下之事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效。若询事而不考其终，兴事而不加屡省，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，禹皋为佐，亦恐难以底绩而有成也。臣等窃见近年以来，章奏繁多，各衙门题复，殆无虚日。然敷奏虽勤，而实效盖鲜。言官议建一法，朝廷日“可”，置邮而传之四方，则言官之责已矣，不必其法之果便否也。部臣议厘一弊，朝廷曰‘可”，置邮而传之四方，则部臣之责已矣，不必其弊之果厘否也。某罪当提问矣，或碍于请托之私，概从延缓；某事当议处矣，或牵于可否之说，难于报闻。征发期会，动经岁月，催督稽验，取具空文。虽屡奉明旨，不曰“著实举行”，必曰“该科记着”，顾上之督之者虽谆谆，而下之听之者恒藐藐。鄙谚曰，“姑口顽而妇耳顽”，今之从政者殆类于此。欲望底绩而有成，岂不难哉？臣居正当先帝时，曾上《便宜六事》，内《重诏令》一款，亦尝亹亹言之，随该吏部题复，欲各衙门皆立勘合文簿，事下各抚按官，皆明立程限，责令完报，然亦未闻有如期令而以实应者。甚者寝格如初。兹遇皇上躬不世出之资，励精图治，百执事亦皆兢兢务修其职业，无敢以玩愒弛废者；独所谓考言屡省者，尚未加之意焉，窃恐致理之道，有未尽也。查得《大明会典》内一款，“凡六科每日收到各衙门题奏本状，奉圣旨者，各具奏目，送司礼监交收；又置文簿，陆续编号，开具本状，俱送监交收。”又一款，“凡各衙门题奏过本状，俱附写文簿，后五日，各衙门具发落日期，赴科注销，过期稽缓者，参奏。”又一款，“凡在外司、府行门，每年将完销过两京六科行移勘合，填写底簿，送各科收贮，以备查考，钦此。”及查见行事例，在六科，则上下半年，仍具奏目缴本；在部院，则上下半月，仍具手本，赴科注销。以是知稽查章奏，自是祖宗成宪，第岁久因循，视为故事耳。请自今伊始，申明旧章，凡六部都察院，遇各章奏，或题奉明旨，或复奏钦依，转行各该衙门，俱先酌量道里远近，事情缓急，立定程期，置立文簿存照，每月终注销。除通行章奏不必查考者，照常开具手本外，其有转行复勘，提问议处，催督查核等项，另造文册二本，各注紧关略节，及原立程限，一本送科注销，一本送内阁查考。该科照册内前件，逐一附簿候查，下月陆续完销，通行注簿，每于上下半年缴本，类查簿内事件，有无违限未销。如有停阁稽迟，即开列具题候旨，下各衙门法问，责令对状。次年春、夏季终缴本，仍通查上年未完，如有规避重情，指实参奏。秋、冬二季亦照此行。又明年仍复挨查。必俟完销乃已，若各该抚、按官，奏行事理，有稽迟延阁者，该部举之。各部、院注销文册，有容隐欺蔽者，科臣举之。六科缴本具奏，有容隐欺蔽者，臣等举之。如此，月有考，岁有稽，不惟使声必中实，事可责成，而参验综核之法严，即建言立法者，亦将虑其终之罔效，而不敢不慎其始矣。致理之要，无逾于此。伏惟圣明裁断施行。（奏疏三《请稽查章奏随事考成以修实政疏》）
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