在居正奏疏中，这是初次，也许在世宗一朝，除了例行章疏以外，居正上疏，也只有这一次。这里充分地表现居正底政治才能。他看定当时政治的症结，应当说的已经说了，然而没有得罪世宗，也没有得罪严嵩。这便和杨继盛、海瑞不同。杨继盛攻击仇鸾，攻击严嵩；海瑞攻击世宗：从直言极谏底立场看来，当然没有丝毫的遗憾，但是在事实方面，继盛所得的是弃市，海瑞所得的是下狱，这是居正所不愿为的事。蜗牛底触角伸出了，但是觉得空气不利，终于还是收回，居正只是再埋头于朝章国故的探索，对于时政，便不更置一辞。
嘉靖二十八年居正上疏的时候，才二十五岁，我们因此遥想到汉文帝时一个二十余岁的洛阳少年。然而居正究竟不如贾谊。贾谊《治安策》论众建诸侯以遏乱萌，这是汉代政局的对策，但是在明世宗的时候，要说宗室骄恣，真是太可怜了。武宗的时候，亲藩造反确有两次，但是即以宁王宸濠那样的声势，也是不久即灭，亲藩底威力，已经过去了，其实没有什么尾大不掉之势。在这个时期里，世宗正在崇奉道教，于是徽王厚爝也奉道，世宗封他太清辅元宣化真人；辽王宪㸅也奉道，世宗封他清微忠教真人。这只是讨皇帝欢喜的一种可怜相，还有什么远大的志趣呢？也许居正念念不忘宪㸅，在这个机会里，给他放一枝冷箭，但是他却忘去关于宗藩的一个大问题。明代宗藩的问题是宗禄。太祖二十六子，除懿文太子外，其余皆封王，王底长子当然也是王，其余便封郡王，如是一代一代地递降，除长子袭封以外，便有镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉。
王和郡王底女儿是公主、郡主，递降还有县主、郡君、县君、乡君。公主底丈夫是驸马，郡主以至乡君底丈夫是仪宾。这一切人都有岁禄，从王底一万石到乡君及仪宾底二百石，单单一个王府底岁禄，已经是非常骇人。而自成祖以后，每经过一个皇帝，当然又要添若干王府。在宗室媵妾没有限制的时侯，他们底子女，也没有限制。太祖二十六子、十六女，已经是很大的数目，但是晋府庆成王奇浈便有子七十人，虽然没有打破田常七十余男的多子记录，比太祖已经多出三倍。一切王、郡王、将军、中尉，真把整个的国家吃穷了。直到嘉靖四十一年，御史林润才指出“天下之事极弊而大可虑者，莫甚于宗藩禄廪。天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石。以山西言，存留百五十二万石，而宗禄二百十二万。以河南言，存留八十四万三千石，而宗禄百九十二万。是二省之粮，借令全输，不足供禄米之半，况吏禄、军饷皆出其中乎？故自郡王以上，犹得厚享，将军以上，（字应作下，《明史·食货志》引作上）多不能自存。饥寒困辱，势所必至，常号呼道路，聚诟有司，守土之臣，每惧生变。夫赋不可增，而宗室日益蕃衍，可不为寒心？宜令大臣科道集议于朝，且谕诸王以势穷弊极，不得不通变之意，令户部会计赋额，以十年为率，通计兵荒蠲免存留及王府增封之数，共陈善后良策，断自宸衷，以垂万世不易之规。”林润底见地，便比居正中肯了。以后神宗万历六年，居正奏定宗藩事例，在这方面，才建立了一些规模。
嘉靖二十八年三月庄敬太子死了，居正集中有《庄敬太子挽歌》。（诗三）但是这一件事留给居正的不是一首五律而是毕生的事业。世宗八子，五子早夭，成立的只有次子载壑、三于载垕、四子载圳。嘉靖十八年立载壑为太子，（《明史·庄敬太子传》误作嘉靖八年。）载垕为裕王，载圳为景王。十年以后，太子死了，谥为庄敬。这时当然是裕王晋封太子了，偏偏世宗认为册立太子是一件不吉利的事，所以无形地耽搁下来。当时得宠的道士陶仲文又提出二龙不能见面之说，皇帝是龙，太子当然是小龙，所以世宗索性不立太子，裕王、景王也看不到他们底父亲，从此裕王们便真真莫睹龙颜了。在太子的地位没有确定以前，裕王、景王成为急切的竞争者，幸亏他们都只是平庸到无可奈何的人物，所以宫庭以内，不曾演出流血的惨剧。这一件事直到嘉靖四十年，景王归藩，四十四年景王死去，才算告一段落。但是从二十八年到四十年的这个段落中，裕王底地位，实在是非常地不安。景王夺嫡的计划，在宫闱中已经是公开的事实。首辅严嵩对于裕王也是相当地冷淡。裕王应得的岁赐，一直拖欠了三年，自己当然不敢和父亲世宗提起，只得由左右先送银一千两给严嵩底儿子严世蕃，才能补发。可是严嵩对于裕王，还是不很放心。一天世蕃对裕王讲官高拱和陈以勤两人说：
“听说裕王殿下对于家大人有些不愿意，是怎样一回事呀？”
这是一个霹雳。在世宗、裕王父子不得见面，严嵩在世宗面前说一听一的时候，要是严嵩感到裕王底威胁，一切的演变都不是意外。高拱正在设法移转世蕃底注意，以勤只是沉静地说：
“国本久已决定了。裕王殿下底讳字，从后从土，明明是土地之主，这是皇上命名的意思。亲王讲官，旧例只有检讨，（见《明会典》）但是裕王讲官，兼用编修，和其余诸府不同，这是宰相底意思。殿下常说惟有首辅才算得社稷之臣，请问不愿意的话从何而来呀？”
这一席话，保全了裕王底地位。其后高拱、以勤入阁，都是因为裕邸讲官的关系。嘉靖四十三年居正为裕邸日讲官，其后隆庆元年，居正入阁，也是因为这个关系。
嘉靖二十九年正月大学士严嵩七十岁了，这正是他炙手可热的时候，居正有《寿严少师三十韵》。（诗六）从“握斗调元化，持衡佐上玄，声名悬日月，剑履逼星缠，补衮功无匹，垂衣任独专，风云神自合，鱼水契无前”几句，可以看出世宗对于严嵩信任之专。同篇“履盛心逾小，承恩貌益虔，神功归寂若，晚节更怡然”，也指明严嵩那一番谨慎小心的态度。直到这时，居正对于严嵩，还保持相当的好感。
这一年春间，居正曾经请假回江陵一次。《宜都县重修儒学记》：（文集九）“庚戌之春，余用侍从，请告归故郡”，可证。明弘治间规定两京给假官员，除往回水陆程外，许在家两个月。那时北京到江陵，交通困难，所以往回水陆程期再加在家两个月，居正回京的时候，已在秋间，因此有名的庚戌之变，居正大致恰巧看到。
嘉靖二十九年六月间，俺答寇大同，八月入蓟州，攻古北口，同时从黄榆沟溃墙入境。巡按顺天御史王忬出驻通州，调兵死守，一面向北京告急。本来从成祖初年，弃福余、泰宁、朵颜三卫以后，北京已经站在国防第一线了。蓟州失陷以后，敌人再从古北口取道通州进攻，对于北京，完成围攻的形势。北京原是明代第一个要塞，一切都是取的战时体制。成祖设京卫七十二，计军四十万，加以畿内八府军二十八万，中部大宁、山东、河南班军十六万，一共八十余万军队，当然不会感受任何的威胁。但是成祖底规模已经不在了，京军由三大营改为十二团营，再改为东西官厅，额军由三十八万再减为十四万，世宗初年京营额军只剩得十万七千余人。
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