自己的统治地位得到巩固之后，乾隆皇帝开始一步步把自己的理想变为现实。
因为雍正皇帝规定秘密建储，乾隆皇帝即位前，在法制上没有自己的僚属，更谈不上在官吏队伍中有自己的亲信，所以他即位时，年仅25岁便一肩担起管理十几万官吏、近百万军队、一亿多人民的重担。
那么这位羽翼未丰的年轻君主是用什么方法挑起这副重担的呢？如果对此稍加分析，就可以看出，正像驭手驾驭马匹需要鞍辔缰绳一样，乾隆皇帝管理国家也有两条无形的绳索。其中一条绳索是秘密奏折制度，另外一条绳索就是军机处。
奏折制度最早始于入关之初的顺治、康熙时期，本为当时两种上行文书题本和奏本的补充和附庸。其主要特点是：具折人可以直接和皇帝本人秘密联系，不必像题本、奏本一样经通政司转呈内阁，经内阁票拟之后再和皇帝见面，而是直达御前。当时，可以具折言事的只限于少数高级官员和皇帝的几个亲信。雍正时期，为了加强皇权，进一步控制各级官员，对于奏折制度更加重视。不但具折言事官员的范围进一步扩大，在中央供职的身份较低的监察官员和各省布、按两司以及一些知府皆可具折言事，而且奏事内容也更多地转到和统治安危直接相关的政治事件上来。这样，皇帝随时可以通过全国各地官员打来的这些秘密报告，了解包括各级官员在内的全国军政财文各方面的情况；而各级官吏却因此而被一条无形的绳索紧紧地捆住了手脚，只能服服帖帖，不能有任何越轨行为。
对于这种特务制度，乾隆皇帝大加赞赏。即位之初，虽对于雍正政策多所改动以博取宽大之名，而且，在居丧期间，还把处理国家日常事务的工作交给总理事务五大臣办理，然而对奏折制度，却一不废除，二不假手于人。雍正皇帝去世的第二天，他即规定，“若有密封陈奏事件，仍令本人自行交奏”。并下令“其从前何等官员准奏何事，或有特旨令其奏事者，俱著照前折奏”。在此同时，他还不顾一些臣下对奏折制度的批评，而进一步扩大拥有奏折言事权力官员的范围。他下令“于大臣九卿科道外，并准部属参领及翰林等俱得奏折言事，以收明目达聪之效”。对于处理奏折，乾隆皇帝也十分认真，“详细览阅，不遗一字，若有差讹，必指出令其改正”。而且，外出巡幸期间，也不委人代办，而规定“自起銮之日为始，凡有外省奏折，俱赍付在京总理事务五大臣加封，交由内阁随本呈送，候朕批示，随本发回”。
在此同时，有鉴于奏折在处理国家事务中的作用日益重要，他还在雍正朝各种旧有规定的基础上，提高奏折在所有上行文书中的地位。乾隆十三年，他正式下令，“将向用奏本之处，概用题本，以示行简之意”。从此，奏折又成了与题本并行的两种最重要的上行文书之一。而且，由于当时许多机密政务，中央和地方官员都是先用奏折报告皇帝，得到皇帝首肯后，再以题本形式正式向中央政府有关机构打报告，以便完整批准手续，因此，虽然其与题本并为上行文书的两种基本形式，但其作用却远在题本之上。
除此之外，乾隆皇帝还采用各种措施，加强奏折的保密程度：一是坚持满洲官员奏事用清文具折而不得使用汉文；二是严禁将奏折上皇帝的批语引入具题本章；三是不准具折人将具奏内容和乾隆皇帝之批语泄露于同僚或上司官员；四是为防奏折呈送途中发生泄密，对所有具折言事官员，概行颁发凭匣和钥匙，只有具折人和皇帝才能开启。这样，由于乾隆皇帝高度重视和制度健全，奏折制度在乾隆皇帝专制统治不断强化的过程中发挥了十分突出的作用。举凡统治集团中几次较大的政治斗争，各级官吏各种贪污不法案件的揭发和处理，多起文字狱的制造和对人民反抗斗争的镇压等，无不通过奏折的形式而得到了极为迅速和秘密的处理。乾隆皇帝利用奏折管理国务，简直达到了出凡入圣，妙不可言的地步。
军机处初建于雍正七年，本名军机房，原是西北用兵期间为了军事上的保密而设置的一个临时机构。
由于在此期间有关西北用兵的一些机宜事务既不经内阁票拟批答，又不经议政王大臣会议讨论决定，而是经由军机处直达御前，由雍正帝亲自处理，故而，这一机构的建立对于雍正皇权的加强起过一定的作用。
尽管如此，终雍正一代，军机处的工作范围却大致没有超出筹办西北军务之外，有些重要事务如雍正十三年的平定苗疆叛乱，雍正皇帝还于军机处之外另行任命办理苗疆事务五大臣。而且，雍正皇帝去世之后，在统治政策的调整中，乾隆皇帝还将其作为前朝的一项败政予以取消。这些情况表明，军机处建立之初，由于皇权尚未得到充分发展，军机处在管理国家事务中所发挥出来的重要作用尚未引起最高统治者足够的重视。
即位之后，巩固和加强自己统治的强烈愿望推动乾隆皇帝着手重建军机处。雍正皇帝去世后，由总理事务五大臣暂时处理国家日常事务。但因这些人不是宗室，就是重臣，职位尊崇，联络广泛，长此以往，很容易自成体系而尾大不掉。再者，为了处理要务，乾隆皇帝每日仍需阅看并处理大量的奏折。对于一个刚刚二十多岁的青年皇帝来说，这一工作，无论就个人精力还是就统治经验来说都有极大的困难。阅览、处理尚且如此，更不用说核实情况和督促落实并检查办理情况了。因而，他迫切需要一个既能贯彻自己意旨、又有工作效率的工作机构。这样，三年丧满之后，乾隆皇帝撤消了总理事务处，又恢复了雍正年间设立的军机处。
由上可见，乾隆皇帝重建军机处的直接目的是加强皇权。因而，在确定军机处的编制、规模、预选军机大臣、赋予军机处权力和工作范围等方面都较之雍正时期更为自觉、更为主动。首先，在人员编制上，雍正年间，军机大臣在职者始终没有超过3人，而乾隆皇帝重建军机处，一下子便任命了6位军机大臣。
其次，对于军机大臣的预选，乾隆皇帝也有自己的标准：一是不准宗室担任，以防大权旁落；二是首席军机大臣必须是满人，以保证满族权贵在政权中枢的指导地位；三是不问资历，提拔亲信。如果说，军机处重建之初，乾隆皇帝尚不得不任用鄂尔泰、张廷玉等雍正时的旧臣担任军机大臣，那么，乾隆皇帝10年以后，随着其统治地位的日益巩固，他便先后将傅恒等亲近拉进军机处，从而将军机处完全置于自己的控制之下；四是完善军机处的各项制度，加强保密。
乾隆十四年，他下令将雍正年间军机处“办理军机事务”六字印文改为“办理军机事务印信”八字印文，并规定印信本时由内奏事处之夸兰达太监收存；用印时，由值班军机章京以镌有“军机处”三字之金鍉将之请出，用毕立即交还。为了保密，不但军机处的听差皆选15岁以下不识字的孩童担任，而且在军机处值庐，此外还专派御史往复稽查，不准任何人窥探。
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