这些州的官员本已自顾不暇，无兵可派。越州知州刘韐是童贯的亲信，崇宁年间河湟战役供应军需有功，以后步步高升，对谭稹的传令只一笑置之。苏州知州应安道是朱勔的心腹，原任两浙转运使，为采运花石而用尽各州县库藏，百姓们称他是朱勔的家奴。两浙提刑王仲闳是原丞相王硅的儿子，一直受蔡京的打击，自从拜认童贯为他的同父异母的兄长之后，就有了强有力的后台。现任两浙转运使陆寘是名臣陆佃的儿子，越州山阴人，陆佃被蔡京列为元祐党人以后，他赋闲在家。越州刘韐为童贯扩充实力，推荐陆寘出任，成了童贯的党羽。这些大员由于有童贯和朱勔作后盾，自然不听从谭稹的将令。只有湖州知州腰杆不硬，答应派一支船队，运送粮食和武器前去支援杭州。
进驻富阳前线的义军军师汪七佛准备进攻杭州，但杭州有江山形势之胜，城池高大坚固，防守也很严，一时无从下手。这时突然接到他的爱徒即湖州的陆行儿的一封密信，信中说自从接到师父的命令后，他和师兄——苏州的石生等人决意配合义军的行动。现在湖州的水手被官府征调，运送粮食和武器到杭州，近日内就可到达杭州城北艮山门。他建议派义军在途中某地伏击，按规定的信号联合作战。汪七佛心中大喜，认为是天赐良机。他召来童小古和女将方百花，让他俩各选五百名男女军卒，夜行至某地埋伏，然后按计行事。
十二月十九日傍晚，在杭州城北四十里的一座小山旁，有数千难民在争夺过运河的二只小渡船，互不相让。这个年月，到处都是难民，逃难的大部分是官宦和富贵之家。穷苦人家无需逃难，相反的正怀着焦急的欣喜的心情，盼望圣公的天兵早日降临。寒冬腊天的傍晚，天气越来越冷，残阳在运河的水面上收起最后的微光，山冈、树木、荒草、田野，慢慢地被夜幕笼罩。寒冷的西北风呜呜地呼号，时而传来远处狼的嚎叫声，荒村的狗吠声，芦苇荒滩上宿禽的惊飞声，这些声音更显出冬夜的静寂和酷寒。只有这运河渡口人喊马嘶，逃难者继续在争夺渡船。他们来自两浙各地，其中有老爷、夫人，庄主、富豪，公子、小姐，以及他们的至亲好友。他们带着金银财宝，带着护卫、保镖、庄客、仆役，本想逃到杭州城去投靠亲友，或者暂作寓公。想不到杭州也风声吃紧，城门早已关闭。在无可奈何之中，只好北上去秀州（今浙江省嘉兴市）、苏州、镇江等地。眼下只有到达运河彼岸，才算逃出鬼门关。
正当逃难者以刀剑火拼争夺渡船时，从远处驶来四五十只大船，从淡淡的月光中可以看出飘扬着湖州官府的旗号。绝处逢生的逃难者都想劫持官船渡河，而押运船队的官兵们也想到月黑杀人夜，正是他们发财的好机会。于是双方各怀鬼胎迅速接近，接着就相互撕杀，一时之间难解难分。后来官军慢慢地占了优势。开始劫掠财宝和妇女。此时官船上响起了螺号声，山冈的树林中响起了牛角号声，长短声相同，相互呼应。一支近千人的队伍从树林中杀出，打的是圣公天兵的旗号，为首的两人骑着高头大马，手持长枪，竟是令官军闻之丧胆的民军将领童小古和方百花。官军们见势不妙，背着抢来的财宝想逃回船队，但水手们早把船队驶进河水深处，分明是见死不救。义军很快歼灭了官兵，歼灭残存的老爷、庄主及其武装，只留下身穿普通服色的老幼和仆役。一些熟悉水性的官兵跳进河里游近船队，想求水手们搭救，而迎接他们的却是刀剑。以陆行儿为首的水手们正式成了起义军的水军，迎接童小古、方百花率领的步军上了船队，大张旗鼓地继续向杭州城驶去。
十二月二十日清晨，杭州城北艮山门下，驶来一支长长的船队，悬挂着湖州官府的旗号，这是守军盼望已久的援军，现在总算到了。守军怕有诈，仔细验明了送来的两浙制置司和湖州官府的关文和公文之后，才打开水门，让船队驶进城门。奇怪的是船内却突然冲出一千多名义军，以迅雷不及掩耳之势突然占领了艮山门，打开了城门。潜伏在城外的义军，像潮水一样涌进城内。杭州知州赵霆知道大事不妙，就急忙逃窜。只有廉访使者赵约还想负隅顽抗，领着守军想夺回艮山门，被义军当场击毙。义军迅速占领全城，杭州下属的钱塘、仁和、余杭、临安、盐官等县也一鼓而下。
几天后方腊带着后妃、太子和相国，乘龙舟从富阳顺流而下，很快到达杭州，当他们从凤山门入城时，发现起义军已穿上官军用的新棉衣，刀枪如雪光如电，将军们还身穿胄甲，骑着战马，气势雄壮地跟随其后。大街两旁挤满了普通百姓，都想一睹方圣公的天颜。
方腊和将相们进入杭州帅府之后，立即商议当前要事。方七佛和奉命来到的陈箍桶提出，我军攻占杭州后，敌人已闻风丧胆。兵贵神速，东路军和北路军应继续出击，去进攻宣州、秀州、苏州，然后两军会师于金陵和镇江，完成圣公提出的划江而守、南面为王的总计划。大部分的将领也都表示应按原计划进行。而国相方肥却认为起义后已将近两个月，大家都很辛苦，应该稍事休整，等过了年以后再说。方腊现在踌躇满志，感到敌人已不堪一击，江南可传檄而定。在杭州过年赏灯，倒是个好主意。他的威望很高，所议的大事由他一言而定。
攻下杭州和歙州之后，方腊已拥众五十万人。这消息吓得皇上目瞪口呆，他想不到东南地区的官吏军将如此腐败无能，百姓如此痛恨花石纲，如果不迅速扭转局势，叛军很快就会威胁到两淮和京畿地区。他现在能够依靠的是陕西精兵十余万人，为伐辽早巳云集京城。另外还能从殿前侍卫亲军中抽出二万人，能担负重任的是第一号御鹰太傅童贯。他当机立断：任命童贯为江浙淮南等路宣抚使，坐镇镇江。任命殿前副都指挥使刘延庆都统陕西各路军马，任命殿前都虞侯王禀为统制，率领侍卫亲军前去平叛。他握着童贯的手臂说：“东南地区的军政大事，现在全都托付给你了，如有要事来不及上奏时，你可用御笔诏书行事！”
童贯觉出皇上说这些话时手在索索发抖，眼里闪着泪光，不禁被皇上充分信任的真情所感动，表示即使粉身碎骨，也要平定叛乱。大军迅速南下，很快到达镇江、金陵一线，稳住长江以北地区的局势。
方腊和他的将士们，在杭州城过了一个富裕的、快乐的新年，迎接宣和三年的到来。在被称之为人间天堂里，酒池肉林，几乎要什么就有什么。义军将领们发现，他们的圣公和国相仍不提继续攻占城池的事，又在热心安排元宵节观灯，他们知道这样会误了大事，会给敌人留下喘息的机会。再说原来估计朝廷发兵要在半年之后，现在只用一个月就南下了，而且都是精兵。可统帅不下令，下属又有什么办法！
值得高兴的是许多州县的摩尼教徒响应方腊的号召，参加了起义。剡县的仇道人是方七佛的弟子，原名叫裘日新，组织越州的教徒数万人，攻克剡、上虞、新昌三县，还几次围困越州城。浙东的摩尼教首领郑魔王率众数万人，攻占了衢州、婺州（今浙江省金华市）和信州（今江西省上饶市），攻占了龙游、义乌、浦江、东阳等县。台州首领吕帅囊率众攻占天台、黄岩、仙居等县。这些胜利形成起义的第二次高潮，兵众已达百万人。
皇上将所能调集到的精兵良将全部交给童贯，本意是希望他能很快平定方腊之乱。然而一个月过去了，皇上并没有看到他所送呈的捷报，相反的只听到两浙路、江东路许多州县被叛军攻陷的噩耗。在失望之余，皇上不断派中使督责催问，才知道方腊势力方盛，而陕西士兵厌于长期征战，痛恨赏罚不明，不愿出力卖命。为了提高士气，皇上御笔亲书赏格：凡擒获方十三（腊）者，白身可授防御使，可享受五品官的待遇，赏银绢各一万两匹，钱一万贯，金五百两。凡擒获次等罪犯，赏格减一半。以下各等依此类推。皇上还恩准将士赏功，按所斩首级累计之数，不得被他人贪冒。
重赏之下必有勇夫，皇上所颁布的赏格使疲惫涣散之师士气大振，个个磨拳擦掌。此时皇上已无暇顾及这样做所产生的严重后果了。接着又下诏罢去应奉局和花石纲，使得东南百姓感到皇恩浩荡。百姓们是善良的，对天子和官府历来崇拜和轻信，相信天子都是圣明的，过去种种暴政都是蔡京、朱勔等奸臣所为。现在天开云散，百姓又可过好日子了，于是百姓崇敬方腊的狂热已大大减退，连方腊也感到自己讨伐朱勔的檄文已经缺乏号召力了。
宣和三年正月二十四日，方腊的起义军经过一个多月的休整才重新出征，军师方七佛率东路军六万人进攻秀州。秀州守军只有二千人，而义军武器精良，衣甲一新，却久攻不下。原来知州宋昭年在一个月内训练士卒，整修城墙，储备粮草，决心死守。宣抚司统制王禀率侍卫亲军，辛兴宗、杨惟忠率领陕西兵马前来救援。义军与官兵在秀州城下大战十余日，伤亡很大。他们大多来自睦州，作战英勇，但缺乏阵地战的经验。而官军则是锐师，步骑配合，最后逐渐包围了义军。幸好在关键时刻，苏州的石生奉方七佛之命在官军后方纵火焚烧军粮和辎重，官兵惊恐回救，才使义军突破包围，撤回到杭州。
此后两军在杭州郊外激战，官军水陆并进，义军损失二万多人，女将方百花、水军头领陆行儿也不幸身亡。方腊感到人多粮少，又得悉宣抚司都统刘延庆在领兵猛攻歙州，直接威胁义军老家青溪县。他下令放弃杭州城，迅速向青溪方向撤退，于是所攻占的杭州、睦州及各县城又全部落入官军之手。军师方七佛、水军将领石生也在撤退途中牺牲了。安抚使童贯春风得意，由苏州进驻杭州。
刘延庆与陕西名将杨可世、刘镇攻下歙州，八大王童大古阵亡。方腊率领主力二十多万人回到老家梓桐、帮源，据险坚守。童贯令王禀、辛兴宗、杨惟忠自南边进军，刘镇、杨可世从北边进军，合力围攻方腊，义军奋勇抵抗，视死如归。从杭州到梓桐共计七百里，从宣州到梓桐共计百里，官军见人就杀戮，只有幼童幸免，以便按首级领赏。特别是在梓桐、帮源，义军与其家属共有五十万人，经官军放火杀戮之后，很少有人生还。
四月末起义领袖方腊和相国方肥以及妻儿被擒，八月在汴京慷慨就义。义军余众转入浙南，在陈箍桶、吕师囊指挥下继续攻打州县，以后被官军斩尽杀绝，“立功”最多的是陕西青年将领姚平仲和刘光世。
方腊所领导的农民起义，前后只有一年多，却迅速攻下六州五十二县，曾拥有兵众百万，表现了劳苦群众敢于造反的英雄气概和高度的智慧。皇上集中了精锐的兵力，下令进行血腥屠杀。官军所到之处，往往人烟断绝，鸡犬不留。童贯为三军请赏的首级累计数字是二百万人。特别是睦州地区尸横遍野，新安江成了血的河流。在扑灭农民起义的烈火之后，皇上又开始纵情享乐了。
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