曾国藩、左宗棠各奏浙陷、徽围，通筹全局，以图补救，并请调各路兵饷各折片。当即降旨，均照所请矣。
曾国藩自请严议之处，前因浙省失陷，已将该督交部议处，毋庸更议。
当兹时势阽危，该大臣受国重任，唯当与左宗棠同心戮力，以挽东南全局，方为不负委任，不在区区小节，引咎自责也。
浙、苏两省膏腴，尽为贼有。全浙所存，尚有湖郡、海宁州两城，又孤悬贼中，独衢州一府尚可图存。左宗棠当如该大臣所议，择要于衢、徽、广信三府之间，相机调度，以固江西、皖南边防。一俟徽围得解，调齐各军，分路进取浙江。
浙江按察使曾国荃，回籍募勇，即可到营。该员久历戎行，与该大臣讲求亲切，庶足与左宗棠指臂相联，以期有济。
左宗棠虽经简放浙抚，一切进兵机宜，仍着与曾国藩通筹全局，不可因身任地方为职守牵制，稍涉拘泥。
曾国藩节制四省，昨又简授协办大学士，其敷乃腹心，弼予郅治，朕实有厚望焉！
大学士翁心存上书：苏、常绅民，结团自保，盼曾国藩如慈父母！请饬该大臣派一素能办贼之员，驰赴通泰，由江阴、常熟进捣。
视天下为子民的慈禧太后，颇为吃惊，心里有些不快：绅民百姓，盼曾国藩竟然如慈父母？连朝官也这样认为？
知道以大局为重的慈禧太后隐藏自己的不快，立即批复：曾国藩能否派员前往？着迅速筹办，以慰民望，以纾朕南顾之忧！
如何快速有效地平定东南？是否应该首先荡平太平军首都金陵？
曾国荃献计：金陵为贼根本，急攻金陵，贼必以全力援护，而后苏、杭可图！
曾国藩仔细审视和研究，觉得曾国荃之策略可行。他上书御前，详陈攻略。慈禧太后认为此计甚好，厚赏曾国藩兄弟。
曾国藩一再受到嘉奖和厚赏，心中惶恐，特地上书：金陵未克之前，请不再加恩于臣家！
慈禧太后笑着对侍女说：好，好个曾剃头，我就等着你攻克金陵的好消息，到时为你庆功！
不让加恩，慈禧太后觉得不足以表明自己对曾氏的信任。于是，她致书曾国藩：请举荐大臣。
手握四省军政大权的曾国藩，心中更加害怕：太后太信任我了。
曾国藩立即回复，明确表示不敢接受，坚决辞却，叩首谢恩：疆臣既有征伐之权，不可更分黜陟之柄。风气一开，流弊甚长！
慈禧太后笑道：曾国藩真像诸葛亮，忠心耿耿，一生谨慎。
获得前线最高指挥权之后，曾国藩开始精心布置战事，全盘规划，一举收拾残局。他坐镇安庆，命令曾国荃攻打金陵，左宗棠进攻杭州，李鸿章进攻苏州，彭玉麟进攻长江下游；鲍超攻打宁国，运兰防守徽州，多隆阿攻打卢州，李续宜驰援颍州。
慈禧太后首肯了这套战略，交给曾国藩全权指挥。
战火纷飞，大大小小的血战，日以继夜，尸横遍野。
战事一日多变，前线忙碌得不可开交，曾国藩、李鸿章、左宗棠根本没有时间每天一奏战况。
慈禧太后一直十分关注东南战事，一日没有战报，心里就不踏实，夜里就睡不好觉。
慈禧太后指示李鸿章：现在江、浙遍地贼氛，只有镇江一隅，为进兵适中之地。着催李鸿章迅速赴镇，迟则此着又恐落后！该大臣身任统帅，事非越俎，不必稍避嫌怨，总期于事有济。江、浙军务，朕惟该大臣是赖！钦此。
李鸿章早就这么做了，接旨后大笑，说：太后也有些好手段！
慈禧太后更担心的是曾国藩兄弟，不知道战局如何。于是，她一再致书曾氏兄弟：现在曾国荃是否到营？李鸿章是否到镇？鲍超进规宁国是否到手？多隆阿等曾否分攻卢、寿？杨载福何时销假？与彭玉麟并图东下？着分别速奏！
圣谕、奏报纷纷之际，战事进入了白热化：三月十三日，曾氏五弟曾国葆取得荻港、旧县、三山夹大捷，四弟曾国荃在望城冈大破敌军；鲍超收复了青阳县，溪口、泾县相继克复。
曾国荃、曾国葆兄弟统大军分南北两岸东下，全力攻克金陵。西梁山素称金陵天险，被太平军视为门户，曾氏兄弟竟以轻兵攻克。
慈禧太后得到军报，十分高兴，决定给予嘉奖。可是，曾国藩说了：一门之内，数月之间，异数殊恩，有加无已，感激之余继以悚惧，恳求金陵未克之前，不再加恩！
慈禧太后再看曾氏上书，不禁笑了，还是要加恩：
曾国荃等宣力戎行，连克要隘，洵足以褫贼魄而快人心。曾国荃着交部从优议叙。曾贞干（国葆）着赏给迅勇巴图鲁名号。朝廷赏功罚罪，一秉大公，非独有厚于该大臣也。该大臣惟当督饬曾国荃等乘胜进攻，尽歼丑类，同膺懋赏，毋再固辞。
四月二十日，曾国荃会同彭玉麟攻克太平府，金柱关、东梁山、芜湖相继收复。太平军盘据金陵，就是以芜湖为天京屏障，以东、西梁山和金柱关为关锁。屏障、关锁尽失，金陵危在旦夕。
曾国荃、彭玉麟合计水陆会攻金陵，曾国藩同意。
曾国荃率马步15营直逼金柱关下，彭玉麟统领水师从上游环击。曾氏大军，一路势如破竹，抵达太平府北门，攻克城池。彭玉麟将水师分为三队，攻陷金柱关。曾国葆沿江进发，攻克芜湖。三方形成包围之势，准备合力攻取金陵。
慈禧太后非常高兴，传谕：
曾国藩调度各军，迭克名城要隘。现在，九伏洲亦将得手，指日可抵金陵。惟江北都兴阿一军，尚形单薄，宜如何添兵布置，以防逆匪北窜，该大臣亦须妥筹兼顾。钦此。
五月初一日，曾国荃进攻金陵雄镇之称的大胜关右辅之秣陵关，守军举关投降。大胜关、三叉河等重要军事要隘，随之荡平。六月，攻克宁国府，并在雨花台展开血腥争夺战。金陵周围的重要城镇，相继攻克。到十月初，太平军援军被击败、击溃。战局迫使各地的太平军主力回撤，这样，双方在金陵之地，展开最为惨烈的天京保卫战。
曾国藩精心布局收复金陵，上书攻取方略。
慈禧太后赞成决战方略，并特地颁谕奖励：
苏、浙诸贼酋，因官军逼攻金陵老巢，大举来援，号称数十万之众。明攻暗袭，意图吞噬各营，合犯上游，贼计甚为狡恶。
经曾国藩饬令曾国荃督率各营将士，以孱病之余，当穷凶之寇，苦战力守四十余日，以寡敌众，出生入死，竟能力挽危机，保全大局。
伪忠、侍两逆渠计索鼠窜而去，金陵大营危而复安。详览折中所叙战状，各营将士坚忍奋力，谋勇兼施，深堪嘉尚。全营立脚已定，仍应严密防守，徐图进攻之策。苏州等处援贼，经此惩创，自不复敢正视。惟伪忠逆回苏之后，分党留守金陵，并分股力攻九伏洲。李世忠未知能否堵御？宁国、旌德同时吃紧，鲍超、张运兰、朱品隆诸军尚属羸病之余，着曾国藩照所拟各策分兵往援为要！
江苏布政使曾国荃，着赏给江绸、黄马褂料一件，小卷江绸袍料一件，白玉喜字翎管一枝，白玉柄小刀一把。曾贞干着加恩以知府用。
同治二年正月，太平军忠王李秀成，统兵20万人发动反攻。
曾国藩东下视察，调整和布置新的作战方略。
三月初，太平军主力遭受重创，许多都被消灭。慈禧太后授曾国荃为浙江巡抚，左宗棠为闽浙总督兼署浙江巡抚。
曾国藩上书朝廷，表示辞谢。上谕回复：
曾国藩奏为伊弟国荃恳辞巡抚恩命，并曾国荃奏恳收回成命各折。曾国荃自统帅南下以来，迭复沿江名城要隘。驻雨花台，连破逆垒……勋绩卓著，宜擢授浙江巡抚。
四月初，攻克金陵条件成熟，曾国藩同意曾国荃攻取之策，并获得了慈禧太后的赞许。
四月二十七日，曾国荃激励各军：先登者赏，退后者诛。
大队人马，齐队出濠，六路并进；各路以一营为先锋，两营为侧应。李臣典等奉命进攻雨花台石头城，赵清河进攻聚宝门外南卡石垒，晏沣周进攻西卡石垒，何玉贵进攻东卡石垒。
三更时分，前锋各营匍伏蛇行，束草填濠，开始架梯登城。双方展开殊死之战，死伤数千人。接连的几场大战，伤亡数万之众。
六月二十二日，抵挡不住猛烈进攻的太平军弃城出逃，从金陵城仪凤门、太平门涌出。
捷报一日数至，不是收复失地，就是歼敌无数。
慈禧太后万分振奋，她听说洋人要卖给太平军枪炮，特降圣谕：
金陵逆匪聚集悍党，坚守老巢。时复伺隙出战，并有白齐文役入贼中，广置炸炮，分解金陵。
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